genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5--3244	7	468.4	7	95	4	5104	40	42	2	14	1.59
2667--3582	7	130.9	7	99	0	905	25	42	17	14	1.87
3583--3695	7	15.6	7	92	3	154	28	55	15	0	1.41
3639--3675	8	4.6	8	96	0	65	27	54	18	0	1.44
3583--3723	21	6.6	21	78	8	124	27	55	17	0	1.42
3245--3727	14	34.3	14	92	4	54	22	46	21	9	1.81
3751--3786	14	2.6	14	95	0	63	41	36	0	22	1.54
3751--3790	7	5.7	7	81	0	53	42	35	0	22	1.54
7081--7152	27	2.7	26	78	8	74	11	4	47	37	1.59
7081--7160	26	3.0	27	75	10	76	10	5	46	38	1.59
15167--15211	21	2.1	21	100	0	90	15	42	0	42	1.47
16114--16228	38	3.0	38	97	0	212	38	14	22	24	1.92
22680--22713	18	1.9	17	88	5	50	55	0	0	44	0.99
41552--41642	45	2.0	45	97	0	173	28	10	25	35	1.90
50515--50570	19	2.8	19	89	5	85	37	0	1	60	1.07
53320--53349	6	5.0	6	95	0	51	13	50	20	16	1.78
65647--65686	13	2.8	13	88	11	53	67	0	2	30	1.04
71264--71365	23	4.3	23	77	14	109	11	24	21	42	1.86
71264--71392	23	5.4	23	77	15	72	12	24	20	43	1.86
71264--71395	48	2.8	47	80	8	144	12	23	20	43	1.86
71286--71410	48	2.6	47	80	6	135	12	24	18	44	1.84
72138--72338	92	2.2	94	79	5	212	32	16	16	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74790--74889	23	4.4	23	78	1	112	48	9	21	22	1.77
75429--75483	22	2.4	24	87	6	78	32	12	10	43	1.78
75648--75672	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
76521--76596	16	4.8	16	82	4	84	42	6	25	26	1.79
76763--76881	58	2.1	58	88	3	177	52	2	0	45	1.14
76852--76898	22	2.2	21	88	3	67	44	2	0	53	1.12
76773--76898	10	12.5	10	64	22	50	51	2	0	46	1.14
82395--82428	16	2.1	16	100	0	68	47	5	0	47	1.26
84027--84413	52	7.5	52	90	2	566	26	15	22	35	1.94
84034--84413	206	1.8	207	90	1	611	26	15	22	35	1.94
90800--90856	4	14.5	4	78	10	64	24	0	1	73	0.92
91167--91225	31	2.0	30	86	6	84	42	15	10	32	1.80
91162--91228	31	2.3	27	80	14	80	40	13	10	35	1.79
92675--92769	30	3.2	30	96	0	172	22	3	16	57	1.53
93130--93158	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
96058--96084	6	4.5	6	100	0	54	0	18	66	14	1.25
104893--104935	19	2.3	19	79	0	50	16	2	41	39	1.61
108974--109012	18	2.2	18	85	0	51	33	0	5	61	1.18
120613--120661	22	2.2	22	78	7	55	53	8	2	36	1.43
129559--129605	24	2.0	24	87	8	69	44	6	0	48	1.28
143313--143390	34	2.3	34	82	8	97	58	10	14	16	1.62
146370--146409	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156560--156588	6	4.8	6	100	0	58	51	13	0	34	1.42
160045--160322	138	2.0	138	97	0	520	41	19	9	30	1.83
160696--160926	30	7.7	30	85	0	284	44	4	20	30	1.71
161885--161915	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
161970--162015	22	2.0	23	83	4	58	19	17	6	56	1.62
162939--163111	23	7.5	23	80	8	172	41	20	25	12	1.87
162962--163103	46	3.0	48	84	6	191	41	21	24	11	1.87
162939--163111	71	2.5	68	82	8	199	41	20	25	12	1.87
165480--166084	38	16.1	38	67	11	212	26	18	21	34	1.96
165490--165676	103	1.8	102	84	7	254	23	18	21	36	1.95
165584--166163	77	7.5	77	86	2	720	26	18	21	33	1.97
178022--178240	59	3.7	59	84	6	273	43	2	20	33	1.64
177956--178251	30	9.9	30	81	7	300	43	2	20	33	1.65
189602--189631	6	5.0	6	95	0	51	16	30	3	50	1.62
193585--193657	28	2.5	31	78	17	84	47	2	1	47	1.24
198112--198156	19	2.4	19	81	7	56	40	0	4	55	1.20
198956--198998	22	2.0	22	86	9	61	20	6	0	72	1.08
210402--210451	21	2.3	23	83	10	61	36	6	10	48	1.61
212504--212574	12	6.0	12	76	15	67	47	2	2	46	1.31
214442--214562	29	4.0	30	71	14	97	33	26	1	38	1.66
214480--214629	29	5.1	29	68	17	103	30	24	2	43	1.68
214452--214629	60	3.0	59	84	7	220	31	24	2	41	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214476--214629	58	2.6	60	86	6	217	31	24	2	42	1.68
216210--216258	21	2.3	21	89	3	71	44	36	0	18	1.50
216247--216308	20	3.1	20	90	0	97	46	33	1	17	1.58
216242--216271	15	2.0	15	100	0	60	46	33	0	20	1.51
216364--216429	7	9.9	7	75	9	57	16	25	22	34	1.95
216360--216432	13	5.5	13	85	4	101	16	24	21	36	1.94
223553--223677	20	6.2	20	79	5	83	20	23	20	36	1.96
223553--223664	27	4.1	27	87	0	143	20	23	20	35	1.96
223565--223677	47	2.4	47	88	4	84	19	23	21	36	1.95
224625--224688	3	21.3	3	96	0	119	32	1	0	65	1.02
227896--227956	24	2.5	24	84	5	79	16	29	16	37	1.91
230489--230543	28	2.0	28	82	7	67	63	7	3	25	1.37
230703--230740	11	3.5	11	82	7	51	31	2	0	65	1.06
230703--230748	21	2.3	20	81	7	58	30	2	2	65	1.16
230848--230896	21	2.5	19	81	15	55	22	8	0	69	1.14
242861--243035	23	7.4	23	80	8	124	12	24	22	40	1.88
246989--247066	31	2.4	32	91	4	122	26	0	8	64	1.23
253226--253340	17	6.7	16	78	14	113	42	2	0	54	1.14
253220--253340	6	22.0	6	71	25	99	42	2	0	54	1.13
253220--253338	27	4.4	27	92	3	177	42	2	0	55	1.13
253220--253322	21	5.0	20	71	20	79	40	2	0	56	1.14
254052--254081	15	2.0	15	93	0	51	60	3	0	36	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254074--254145	16	4.7	15	73	23	62	52	1	2	43	1.24
254059--254144	19	4.5	20	71	12	74	54	1	2	41	1.20
254194--254244	22	2.3	22	86	0	66	13	43	25	17	1.86
255167--255357	29	6.7	28	70	18	135	32	30	2	34	1.70
255167--255357	57	3.3	57	91	2	285	32	30	2	34	1.70
263226--263270	21	2.1	22	83	4	56	60	0	0	40	0.97
263422--263467	6	7.7	6	90	0	74	2	19	15	63	1.41
270645--270692	21	2.3	21	89	3	71	27	8	20	43	1.80
275654--275746	37	2.5	37	92	0	150	35	22	16	25	1.94
276346--276375	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
276375--276406	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
286281--286325	6	7.5	6	89	0	63	22	31	0	46	1.52
293012--293392	205	1.9	203	81	4	462	41	14	9	34	1.78
302302--302333	6	5.3	6	100	0	64	31	0	50	18	1.48
302945--302986	6	7.0	6	94	0	66	28	16	54	0	1.42
315979--316017	6	6.5	6	87	0	51	46	0	30	23	1.53
316119--316219	38	2.6	40	71	10	100	21	19	28	29	1.98
322856--322995	37	3.8	37	86	0	190	33	30	22	13	1.92
323287--323324	19	2.0	19	100	0	76	47	5	5	42	1.48
334418--334456	17	2.3	17	86	8	53	46	23	12	17	1.83
344216--344263	24	2.0	24	100	0	96	16	29	16	37	1.91
364742--364809	29	2.3	29	84	0	91	25	11	22	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
368460--368493	17	2.1	16	88	5	50	26	0	0	73	0.83
375527--375868	52	6.6	52	91	1	535	33	25	14	26	1.94
379168--379216	20	2.4	21	76	13	57	63	0	4	32	1.13
380935--380985	18	2.7	19	87	6	68	21	0	5	72	1.05
380946--380985	9	4.3	10	78	15	50	22	0	2	75	0.93
382737--382801	11	5.9	11	79	0	67	26	29	30	13	1.94
382748--382802	22	2.5	22	87	0	74	25	30	30	12	1.93
382735--382809	33	2.3	33	83	0	87	26	29	29	14	1.95
382824--382862	21	1.9	20	94	5	69	5	2	35	56	1.35
385175--385796	49	12.7	48	73	10	367	36	17	26	19	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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