genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22239289--22239318	11	2.7	11	94	0	51	26	0	3	70	1.03
22242153--22242208	28	2.0	28	92	0	94	23	30	16	30	1.96
22247016--22247139	23	5.3	23	82	9	110	12	24	20	42	1.87
22247017--22247139	46	2.6	47	77	10	126	13	24	19	43	1.86
22248913--22248963	14	3.6	14	73	5	50	54	1	1	41	1.22
22248983--22249110	61	2.1	61	91	2	204	44	0	2	52	1.19
22250335--22250373	20	1.9	21	89	5	62	15	2	15	66	1.36
22252351--22252411	27	2.3	27	80	5	70	36	13	21	29	1.91
22252494--22252545	27	1.9	27	88	7	79	19	42	5	32	1.75
22252654--22252705	25	2.1	25	100	0	104	32	26	13	26	1.94
22252813--22252865	26	2.0	26	85	0	70	32	0	9	58	1.30
22253452--22253532	26	3.1	26	87	1	108	59	4	1	34	1.27
22253639--22253678	21	1.9	21	84	0	53	45	25	0	30	1.54
22253675--22253779	26	4.0	26	81	0	111	57	7	3	31	1.45
22261015--22261060	9	4.8	10	80	17	53	32	0	2	65	1.05
22263733--22263777	23	2.0	23	90	0	72	62	11	4	22	1.46
22265296--22265335	21	2.0	21	90	5	64	57	0	10	32	1.32
22265755--22265787	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
22272350--22272574	40	5.7	40	78	9	203	33	23	18	24	1.96
22275045--22275110	26	2.6	26	81	9	66	62	7	4	25	1.42
22275045--22275103	29	2.2	26	84	9	73	62	6	3	27	1.36
22275471--22275538	35	1.9	35	82	5	84	64	7	2	25	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22282370--22282424	11	5.3	10	75	20	51	50	1	3	43	1.30
22288181--22288208	12	2.3	12	100	0	56	14	35	21	28	1.92
22290184--22290229	15	3.3	14	76	17	51	0	32	2	65	1.05
22292014--22292045	13	2.5	13	94	0	55	71	0	0	28	0.86
22300759--22300857	4	24.8	4	100	0	198	50	24	0	25	1.49
22302384--22302419	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
22302893--22302917	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22308079--22308292	23	9.5	23	73	14	169	43	20	23	12	1.85
22308079--22308292	48	4.8	44	73	18	165	43	20	23	12	1.85
22308133--22308207	39	1.9	39	88	0	114	44	20	22	13	1.86
22310896--22310928	11	3.0	11	90	0	57	33	0	0	66	0.92
22315990--22316022	11	3.0	11	90	0	57	33	0	3	63	1.10
22321136--22321167	16	2.1	15	94	5	55	28	0	0	71	0.86
22321976--22322005	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
22322630--22322672	21	2.0	21	86	4	59	41	4	0	53	1.21
22323408--22323451	22	2.0	21	91	4	70	54	11	0	34	1.36
22327099--22327293	37	5.3	37	85	0	237	14	20	29	34	1.93
22327227--22327311	37	2.3	36	82	9	100	18	22	28	30	1.97
22327099--22327300	111	1.8	111	83	0	269	15	20	29	34	1.94
22331780--22331995	37	5.8	37	87	0	306	14	21	29	34	1.93
22358290--22358338	16	2.9	17	80	20	66	40	2	2	55	1.23
22365735--22366133	65	6.2	62	76	12	250	47	10	16	26	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22368015--22368051	3	12.7	3	88	5	58	0	27	0	72	0.84
22370018--22370056	16	2.4	16	82	0	51	43	23	20	12	1.86
22371733--22371909	60	3.0	60	90	1	284	34	24	2	38	1.68
22371736--22371907	90	1.9	90	91	2	283	35	23	2	38	1.68
22371733--22371909	30	5.9	29	87	4	255	34	24	2	38	1.68
22372661--22372699	6	6.5	6	87	0	51	23	30	0	46	1.53
22374440--22374588	30	5.0	30	81	1	183	35	28	2	33	1.69
22377824--22377870	23	2.1	22	84	11	60	21	17	10	51	1.75
22378757--22378790	13	2.8	12	90	4	50	73	0	8	17	1.08
22379619--22379675	7	8.4	7	84	3	73	84	1	14	0	0.71
22379618--22379676	9	6.9	9	77	11	61	83	1	15	0	0.74
22380691--22380783	47	2.0	47	86	0	132	38	17	24	19	1.92
22380783--22380909	49	2.6	50	71	14	120	37	18	24	19	1.94
22383234--22383463	30	7.7	29	77	8	219	33	26	2	37	1.70
22383234--22383447	91	2.4	92	83	8	262	33	26	2	37	1.69
22386675--22386699	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
22391920--22391948	14	2.1	14	100	0	58	27	37	0	34	1.57
22411098--22411142	17	2.6	17	75	10	56	35	0	0	64	0.94
22411087--22411138	24	2.3	20	81	15	50	38	0	0	61	0.96
22415349--22415430	23	3.5	24	81	6	105	12	20	23	43	1.85
22420886--22420919	16	2.1	16	94	0	59	50	0	26	23	1.50
22422667--22422768	23	4.3	23	84	7	116	11	23	21	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22422668--22422768	48	2.2	46	83	7	123	11	23	20	43	1.85
22426369--22426489	60	2.0	61	91	1	199	40	3	30	25	1.72
22430812--22430914	23	4.5	23	83	0	134	45	23	18	12	1.83
22433812--22433855	22	2.0	21	83	12	54	81	2	15	0	0.78
22434660--22434689	14	2.1	14	93	0	51	50	0	3	46	1.18
22434688--22434715	14	2.0	14	100	0	56	35	0	21	42	1.53
22436460--22436758	149	2.0	149	98	0	580	29	9	23	38	1.86
22441454--22441664	45	4.7	45	89	1	307	29	24	19	25	1.99
22444509--22444542	15	2.3	15	89	0	50	47	2	0	50	1.16
22447113--22447150	18	2.1	18	100	0	76	39	15	15	28	1.89
22447219--22447268	19	2.5	20	77	6	57	30	2	2	66	1.14
22454627--22454680	11	4.8	11	79	4	54	24	22	0	53	1.46
22454618--22454668	22	2.3	22	83	6	68	19	25	0	54	1.44
22454627--22454666	11	3.5	12	86	10	57	20	22	0	57	1.41
22454619--22454759	23	6.6	22	72	15	59	30	22	0	46	1.57
22454688--22454724	9	4.1	9	96	0	65	35	21	0	43	1.53
22454857--22454932	9	7.7	11	71	19	53	34	0	0	65	0.93
22454858--22454941	20	4.9	17	72	27	72	34	0	0	65	0.93
22454856--22454945	30	3.0	31	81	13	91	34	0	0	65	0.93
22454865--22454915	21	2.5	21	83	3	68	33	0	0	66	0.92
22454871--22454945	31	2.5	30	85	10	93	33	0	0	66	0.92
22456915--22457031	62	1.9	60	86	6	164	35	7	7	49	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22457050--22457262	112	1.9	112	97	1	401	48	9	9	32	1.68
22457349--22457404	20	2.8	21	84	10	64	51	19	0	28	1.47
22460775--22460809	15	2.3	15	90	0	52	5	17	2	74	1.14
22463113--22463246	61	2.2	60	82	6	173	44	1	2	51	1.26
22464333--22464382	24	2.0	24	84	3	64	58	2	0	40	1.10
22465517--22465610	6	16.7	6	70	24	71	44	1	2	52	1.20
22465517--22465596	17	4.7	17	84	6	108	45	1	2	51	1.22
22465517--22465596	34	2.4	34	89	0	124	45	1	2	51	1.22
22466057--22466123	3	21.3	3	79	14	73	64	0	1	34	1.03
22467181--22467393	30	7.2	30	71	15	106	37	25	2	35	1.69
22467177--22467293	59	2.0	59	80	6	130	37	19	3	39	1.69
22467308--22467632	29	11.2	29	71	14	127	32	26	7	34	1.84
22467308--22467584	29	9.5	30	71	11	139	31	25	7	35	1.84
22467853--22468141	98	3.0	96	86	4	370	27	16	16	39	1.89
22468885--22469127	30	8.1	28	75	11	184	41	4	15	39	1.67
22468885--22469128	89	2.7	89	79	11	266	41	4	15	38	1.67
22468935--22469128	59	3.3	59	80	7	223	42	4	14	38	1.66
22472584--22472713	60	2.1	61	85	4	174	23	14	13	49	1.78
22472914--22472991	31	2.5	31	84	10	90	50	12	11	25	1.74
22473588--22473631	5	8.8	5	100	0	88	38	0	40	20	1.53
22474134--22474166	16	2.0	17	88	5	50	51	6	3	39	1.42
22488368--22488414	21	2.3	21	89	7	71	57	4	0	38	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22500181--22500220	15	2.6	16	84	8	55	0	17	0	82	0.67
22501457--22501486	14	2.1	14	93	0	51	26	13	6	53	1.64
22504591--22504713	23	5.3	23	79	14	135	11	25	23	39	1.88
22504591--22504713	48	2.6	46	85	9	160	11	25	23	39	1.88
22504678--22504752	39	1.9	39	91	0	123	12	22	21	44	1.85
22504712--22504805	23	4.0	23	74	16	86	11	24	18	45	1.82
22508338--22508519	23	8.4	23	73	18	149	43	21	22	12	1.86
22508383--22508519	23	6.2	23	79	14	162	41	21	23	13	1.88
22508340--22508505	64	2.7	63	90	7	259	43	21	22	12	1.86
22508406--22508482	41	1.9	40	86	5	111	42	22	22	12	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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