genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  3  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
560432--560508	31	2.5	30	80	12	86	46	16	10	25	1.79
561928--561957	15	2.0	15	93	0	51	50	3	0	46	1.18
563591--563749	24	6.8	23	75	8	135	10	6	15	67	1.39
563594--563714	12	10.4	12	71	7	97	10	5	14	68	1.37
563607--563713	11	9.4	11	67	8	61	10	6	15	67	1.40
563591--563749	46	3.4	46	92	1	246	10	6	15	67	1.39
566678--566722	2	22.5	2	100	0	90	0	0	48	51	1.00
572745--572770	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
580231--580317	44	2.0	44	97	0	165	55	9	14	20	1.67
582008--582368	188	1.9	189	91	0	598	44	20	13	21	1.86
597901--598023	63	2.0	63	93	0	210	47	8	16	27	1.76
599243--599283	3	13.7	3	94	0	73	0	36	0	63	0.95
622877--622915	16	2.4	16	91	0	69	41	5	23	30	1.76
623085--623211	57	2.2	58	88	4	186	48	2	0	48	1.20
628103--628136	7	4.9	7	100	0	68	44	14	26	14	1.84
628636--630562	642	3.0	642	99	0	3845	37	14	24	23	1.93
635436--635510	38	2.0	38	94	5	136	36	14	5	44	1.68
635438--635496	19	3.2	19	61	9	50	33	16	5	44	1.70
642783--642828	18	2.5	20	75	10	53	60	8	0	30	1.26
644892--644952	30	2.0	30	100	0	122	32	11	22	32	1.90
645183--646545	40	34.4	39	75	11	586	24	18	25	31	1.97
645182--646524	199	6.8	198	79	6	951	24	18	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
645183--646525	159	8.5	156	76	7	866	24	18	25	31	1.97
645183--646547	80	17.2	80	78	8	922	24	18	25	31	1.97
646838--646960	49	2.5	49	75	12	126	17	27	16	38	1.91
647837--647891	10	6.0	9	75	12	58	1	14	0	83	0.73
647851--647890	17	2.4	17	86	0	53	2	12	0	85	0.71
654128--654173	19	2.4	20	75	7	51	60	8	0	30	1.26
659651--659734	42	2.0	41	93	6	143	61	7	2	28	1.35
661125--662004	439	2.0	440	91	0	1429	23	20	24	31	1.98
667434--667486	19	2.8	19	78	16	56	64	5	3	26	1.33
671684--671743	25	2.4	25	91	5	95	41	8	0	50	1.33
671682--671732	25	2.0	25	100	0	102	45	7	0	47	1.32
672245--672500	137	1.9	134	83	5	334	33	17	12	35	1.89
684091--684136	22	2.1	22	91	0	74	30	19	4	45	1.70
685012--685126	57	2.0	57	100	0	230	27	10	27	33	1.90
685610--685667	18	3.0	18	79	16	71	27	18	1	51	1.56
685610--685665	22	2.8	20	84	10	71	26	17	1	53	1.54
704690--704787	23	4.2	23	67	14	58	47	1	2	48	1.19
707514--707560	23	2.1	22	84	4	58	57	2	4	36	1.30
708002--708035	9	3.9	9	88	3	52	67	0	0	32	0.91
710092--710223	59	2.2	59	81	4	149	33	28	3	34	1.73
719783--719889	55	1.9	55	96	0	196	32	17	23	26	1.97
722318--722640	147	2.2	147	90	3	504	34	21	22	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
722976--723038	17	3.7	17	79	8	74	42	0	4	52	1.22
722974--723038	34	1.9	34	90	0	103	43	0	4	52	1.22
723050--723082	16	2.2	16	89	10	52	48	21	6	24	1.72
723700--723768	17	4.0	17	74	12	61	52	0	1	46	1.09
724778--724875	29	3.3	29	69	21	78	31	25	4	38	1.75
724798--724899	29	3.5	30	70	17	88	36	22	2	38	1.70
724827--724918	30	3.1	29	72	26	77	39	26	1	33	1.64
724777--725021	59	4.2	59	80	4	235	33	26	2	37	1.71
728653--728937	51	5.5	51	84	6	335	32	15	23	28	1.95
728653--728901	101	2.4	102	87	3	367	32	14	23	28	1.94
732386--732427	21	2.0	21	100	0	84	9	14	42	33	1.78
736080--736215	36	3.8	36	93	0	236	31	16	27	24	1.96
738426--738493	3	22.0	3	94	5	118	0	33	0	66	0.92
743994--744034	16	2.6	15	85	11	55	36	24	7	31	1.83
764115--764151	15	2.3	17	90	9	60	0	13	0	86	0.57
771282--771328	22	2.2	20	85	7	58	25	2	0	72	0.96
775932--775991	30	2.0	30	83	0	75	25	13	16	45	1.84
784940--785007	29	2.3	30	76	5	75	33	1	16	48	1.55
791303--791344	22	1.9	22	85	9	59	59	4	14	21	1.53
791334--791377	6	7.7	6	94	5	74	84	0	15	0	0.63
791564--791600	4	9.2	4	100	0	74	24	24	0	51	1.49
795232--795293	30	2.1	30	87	3	90	25	12	11	50	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802233--802476	51	4.8	51	93	0	389	32	15	22	29	1.95
803103--803159	21	2.6	21	75	8	51	26	10	22	40	1.86
805321--805366	25	1.9	23	86	8	65	32	6	4	56	1.45
809362--809403	5	7.8	5	87	10	57	19	2	2	76	1.01
810342--810378	9	3.7	10	89	10	58	75	5	10	8	1.17
810335--810383	20	2.6	18	87	12	71	77	4	12	6	1.09
811445--811490	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
813490--813533	24	2.0	21	100	0	61	45	4	0	50	1.22
813876--813914	6	6.5	6	90	0	60	0	43	23	33	1.54
813876--813914	18	2.2	18	100	0	78	0	43	23	33	1.54
833648--833690	16	2.6	18	82	17	65	53	0	0	46	1.00
834505--834540	5	7.0	5	96	3	63	58	19	0	22	1.40
843100--843162	6	11.0	6	73	10	60	44	3	1	50	1.27
843100--843162	17	3.7	17	84	0	81	44	3	1	50	1.27
843986--844028	15	2.9	15	82	0	50	58	0	2	39	1.11
845065--845127	30	2.1	30	88	2	92	44	26	3	25	1.69
845090--845407	59	5.4	58	85	4	406	33	27	2	36	1.72
845120--845402	29	9.6	30	66	24	115	33	26	2	37	1.70
845090--845408	176	1.8	177	88	2	498	33	27	2	36	1.72
845090--845407	117	2.7	116	86	5	401	33	27	2	36	1.72
849471--850305	200	4.2	199	88	4	1185	36	20	22	20	1.95
850671--850730	17	3.5	17	79	0	66	41	3	3	51	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851553--851595	15	2.9	15	82	0	50	58	0	2	39	1.11
852546--852713	60	2.8	59	79	14	177	40	22	1	35	1.62
852544--852713	30	5.7	29	74	12	141	40	22	1	35	1.62
852544--852934	59	6.6	57	75	12	233	36	26	2	34	1.68
852690--852831	30	4.8	30	71	22	122	31	29	2	35	1.72
852645--852988	175	2.0	176	85	5	473	34	28	3	33	1.73
852895--852979	30	2.9	30	72	15	86	32	27	4	35	1.78
852661--852977	59	5.4	58	79	9	308	34	28	2	34	1.72
852661--852988	116	2.8	117	78	9	339	34	28	3	33	1.74
862296--862333	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
866144--866178	18	1.9	18	88	0	52	60	0	0	40	0.97
869644--869670	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
870151--870200	12	4.5	11	80	19	59	72	2	24	2	1.06
870151--870200	3	16.7	3	80	15	50	72	2	24	2	1.06
893884--893932	25	2.0	25	100	0	98	28	12	16	42	1.84
894201--894264	31	2.1	30	82	2	74	67	6	1	25	1.23
894291--894443	30	5.1	30	82	3	155	35	5	20	37	1.76
894290--894429	60	2.3	60	83	6	176	35	5	20	39	1.75
896102--896241	40	3.5	40	72	16	128	27	15	23	33	1.94
896221--896261	20	2.0	20	90	9	66	39	12	19	29	1.88
896032--896288	139	1.8	139	90	3	419	26	15	24	32	1.95
896402--896629	50	4.6	50	85	3	298	19	26	20	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
896402--896633	100	2.3	100	91	1	367	19	26	20	33	1.96
907487--907770	152	1.9	152	90	0	460	35	14	16	33	1.89
908284--908411	59	2.2	60	85	7	181	35	3	31	30	1.73
908316--908464	30	5.0	30	69	22	84	34	4	30	30	1.76
908374--908464	29	3.1	30	76	19	93	35	3	29	31	1.74
909478--909518	3	13.0	3	85	10	55	34	2	2	60	1.23
910283--910398	6	20.0	6	71	16	84	50	4	2	42	1.35
910286--910380	11	7.7	12	73	19	54	51	4	3	41	1.37
910284--910398	17	6.6	17	74	14	85	51	4	2	41	1.35
911006--911069	31	2.1	30	82	2	74	67	4	3	25	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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