genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21175151--21175206	22	2.5	22	85	0	76	42	21	28	7	1.79
21175154--21175232	22	3.4	23	77	10	63	41	17	27	12	1.86
21178167--21178424	49	5.3	49	84	1	331	36	15	26	21	1.93
21178167--21178581	98	4.2	98	79	7	326	37	14	26	21	1.92
21178169--21178433	147	1.8	147	87	1	397	36	15	26	21	1.93
21178397--21178606	49	4.3	48	77	10	162	39	13	24	22	1.90
21178150--21178586	147	3.0	146	76	7	366	38	14	25	21	1.91
21178397--21178606	98	2.1	98	81	6	230	39	13	24	22	1.90
21180361--21180448	27	3.3	26	87	9	115	26	7	0	65	1.19
21182080--21182125	22	2.1	22	84	8	58	58	8	2	30	1.40
21182407--21182478	29	2.4	30	79	6	74	31	2	12	52	1.53
21184266--21184315	14	3.3	16	78	16	52	28	16	26	30	1.96
21185633--21185679	22	2.2	21	81	11	51	48	2	12	36	1.53
21185531--21185899	123	3.0	123	89	1	576	43	8	9	38	1.69
21190720--21190810	21	4.6	21	75	18	95	9	18	30	40	1.83
21190741--21190812	37	1.9	37	91	0	117	12	19	29	38	1.88
21195502--21195739	37	6.4	37	88	1	334	11	20	30	37	1.88
21195585--21195647	21	3.2	21	67	28	66	7	22	33	36	1.83
21196464--21196503	21	1.9	21	89	0	62	42	10	15	32	1.79
21200912--21201256	123	2.8	123	90	1	557	42	8	9	39	1.68
21206216--21206365	59	2.5	59	89	0	219	33	16	14	35	1.90
21206343--21206387	22	2.0	22	82	8	54	24	15	20	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21206398--21206631	32	7.6	32	72	10	173	29	14	27	28	1.96
21206416--21206631	61	3.5	60	85	5	281	28	15	27	28	1.96
21206410--21206613	29	6.7	30	72	9	146	29	16	25	28	1.97
21206416--21206663	61	4.1	60	82	8	164	28	16	27	27	1.97
21207734--21207801	25	2.8	24	84	2	82	27	30	19	22	1.97
21207735--21207871	24	5.7	24	87	4	179	28	26	20	24	1.99
21211073--21211211	40	3.5	40	88	1	190	47	7	23	21	1.77
21212324--21212373	21	2.4	21	83	12	59	28	18	22	32	1.97
21213700--21213806	41	2.6	42	80	7	121	7	8	17	66	1.42
21213700--21213800	21	4.9	21	75	6	89	6	8	17	66	1.41
21213794--21213855	32	1.9	32	90	3	97	6	4	19	69	1.29
21213797--21213875	32	2.4	30	78	15	77	7	5	18	68	1.33
21215084--21215141	30	1.9	30	82	10	73	60	15	5	18	1.53
21229395--21229436	20	2.1	20	90	0	66	19	14	30	35	1.91
21239552--21239606	26	2.1	26	89	0	83	58	0	9	32	1.30
21242304--21242398	50	1.9	50	97	0	181	37	13	17	30	1.89
21246793--21246826	18	1.9	17	88	5	50	38	0	2	58	1.13
21255024--21255066	16	2.5	18	81	7	54	62	0	2	34	1.08
21255490--21255569	28	2.9	27	75	16	74	62	0	2	35	1.09
21255696--21255729	16	2.2	16	89	5	52	76	0	0	23	0.79
21256859--21256903	23	2.0	23	86	0	63	8	24	20	46	1.78
21262555--21262626	21	3.5	20	80	14	67	29	0	2	68	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21263649--21263700	20	2.6	20	87	0	68	28	21	13	36	1.91
21266426--21266466	20	2.0	20	95	0	73	31	29	7	31	1.85
21268362--21268422	23	2.5	23	84	10	68	47	4	3	44	1.41
21270345--21270387	13	3.4	12	84	15	52	67	2	4	25	1.22
21273735--21273976	45	5.1	45	77	10	250	42	16	7	33	1.77
21273779--21273961	101	1.8	101	91	2	305	42	15	8	33	1.78
21274020--21274095	33	2.3	33	75	11	84	44	18	6	30	1.75
21274780--21274854	30	2.5	30	80	4	80	33	4	17	45	1.67
21276919--21276977	27	2.2	26	85	11	82	69	0	6	23	1.12
21276943--21276981	15	2.7	14	80	7	51	74	0	5	20	1.01
21277910--21277970	20	2.8	21	69	11	52	54	0	8	37	1.31
21280465--21280627	30	5.6	30	78	10	135	43	1	18	36	1.61
21281413--21281441	6	4.8	6	100	0	58	34	0	17	48	1.47
21281650--21281693	15	3.0	15	93	3	72	13	11	52	22	1.72
21283863--21283928	22	3.0	22	86	10	98	39	25	21	13	1.90
21289380--21289464	35	2.4	35	86	0	116	41	16	23	18	1.90
21289698--21289789	30	3.0	31	79	4	116	46	0	0	53	1.00
21289710--21289744	11	3.2	11	83	0	52	51	0	0	48	1.00
21289710--21289783	9	7.3	10	68	29	50	50	0	0	50	1.00
21295378--21295457	33	2.5	31	83	4	97	21	22	11	45	1.83
21295381--21295457	31	2.4	32	82	4	93	22	22	11	44	1.85
21299128--21299193	31	2.3	27	76	19	62	43	7	12	36	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21312047--21312093	23	2.0	24	83	4	60	46	4	6	42	1.48
21314686--21314864	4	44.0	4	81	5	126	64	7	0	27	1.23
21314715--21314864	57	2.6	57	84	3	203	64	7	0	28	1.21
21314686--21314743	21	2.9	21	77	12	59	70	5	1	22	1.16
21315858--21315913	6	9.5	6	80	3	69	44	0	1	53	1.11
21315871--21315923	18	3.0	18	80	5	63	49	0	3	47	1.19
21315871--21315923	17	3.0	17	83	5	61	49	0	3	47	1.19
21316539--21316607	28	2.5	27	75	13	68	55	0	5	39	1.24
21317701--21318001	59	5.1	59	80	6	310	34	24	5	34	1.80
21317688--21317999	29	10.6	29	75	11	235	35	24	5	34	1.79
21317688--21318034	59	5.9	58	77	8	269	34	24	5	35	1.79
21318070--21318130	28	2.2	28	82	2	70	31	29	8	31	1.86
21320274--21320318	21	2.1	21	100	0	90	53	15	15	15	1.74
21320882--21321102	80	2.7	79	85	2	280	28	25	20	25	1.99
21322887--21322935	25	2.0	25	84	8	64	18	14	4	63	1.46
21323069--21323250	30	6.1	30	77	6	183	36	26	7	29	1.83
21324871--21325612	370	2.0	370	99	0	1466	32	19	21	26	1.97
21329367--21329716	174	2.0	174	97	0	655	34	18	14	32	1.90
21330138--21330353	98	2.2	98	81	3	238	36	16	24	23	1.94
21330068--21330347	49	5.7	49	73	4	188	37	14	23	23	1.92
21330639--21331148	45	11.8	44	74	9	261	30	25	15	27	1.96
21330867--21330964	43	2.3	43	98	0	187	29	29	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21330807--21331053	131	1.9	132	82	7	313	29	26	17	26	1.98
21331026--21331151	44	2.8	44	83	8	157	34	26	11	27	1.91
21331234--21331488	85	3.0	85	82	2	298	38	16	21	23	1.93
21331326--21331867	209	2.6	208	83	2	694	39	17	20	22	1.92
21331542--21331697	85	1.8	85	85	0	222	39	12	21	25	1.89
21331672--21332027	161	2.2	161	87	3	513	39	17	19	23	1.92
21331830--21332275	208	2.1	209	84	1	581	39	17	20	23	1.92
21331456--21332218	369	2.1	370	85	3	1047	39	17	19	23	1.92
21332110--21332361	85	3.0	84	82	3	326	37	17	21	23	1.94
21332190--21335697	209	16.8	209	76	7	1559	39	16	19	24	1.92
21331211--21332558	294	4.6	293	72	10	1061	39	17	19	23	1.92
21332821--21332977	85	1.8	85	87	0	233	38	15	21	24	1.92
21332195--21333391	417	2.9	416	84	2	1535	40	16	19	24	1.91
21332195--21333389	626	1.9	622	85	1	1654	40	16	19	24	1.91
21333368--21333438	37	1.9	37	82	0	88	36	14	19	29	1.91
21333240--21333486	85	3.0	85	76	3	261	38	16	21	23	1.92
21334028--21334164	48	2.9	48	92	0	211	37	17	19	24	1.93
21334098--21334556	207	2.2	207	87	3	636	38	17	19	23	1.92
21334400--21334654	85	3.0	84	83	4	323	38	17	21	23	1.93
21334205--21334849	294	2.2	291	85	3	864	39	16	20	23	1.92
21334915--21335072	85	1.9	84	86	1	226	38	14	20	25	1.91
21334485--21335697	417	2.9	416	84	2	1459	39	16	19	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21335521--21335780	85	3.0	84	81	1	286	39	17	19	23	1.92
21335611--21336477	209	4.2	207	82	4	1048	39	16	19	23	1.92
21337547--21337719	43	4.0	43	82	8	208	26	15	28	30	1.96
21348418--21348519	38	2.6	40	75	10	111	24	19	26	29	1.98
21350670--21350708	21	1.9	20	89	5	60	30	7	2	58	1.39
21350670--21350715	21	2.4	19	82	13	58	28	6	2	63	1.31
21350800--21350848	24	1.9	27	88	12	77	61	0	2	36	1.08
21353560--21353637	31	2.5	31	82	2	93	32	28	25	14	1.94
21354132--21354186	22	2.5	22	81	0	65	21	18	14	45	1.85
21355713--21355826	52	2.2	51	84	4	140	45	7	19	28	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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