genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.112.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  112  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26062431--26062460	14	2.1	14	100	0	60	76	0	0	23	0.78
26064380--26064455	38	2.0	38	97	0	143	19	10	22	47	1.80
26074333--26074743	206	2.0	204	93	2	700	41	12	6	39	1.69
26074689--26074763	37	2.0	37	92	5	125	45	16	2	36	1.61
26075150--26075208	31	1.9	31	89	3	93	40	22	11	25	1.88
26075302--26075373	30	2.4	31	85	2	92	47	18	13	20	1.82
26075611--26075654	21	2.1	21	100	0	88	18	15	29	36	1.92
26076696--26076767	30	2.4	31	81	6	85	22	12	18	47	1.81
26077077--26077123	19	2.5	19	83	13	53	70	2	2	25	1.10
26080169--26080218	22	2.2	24	82	13	61	48	0	2	50	1.12
26080184--26080228	15	3.0	15	78	12	56	55	0	0	44	0.99
26093470--26093529	10	6.3	10	75	12	56	35	1	0	63	1.05
26093470--26093538	19	3.7	19	71	9	61	37	2	0	59	1.12
26093463--26093559	10	10.1	10	66	16	53	37	4	1	57	1.25
26107332--26107369	20	1.9	20	88	0	58	34	36	5	23	1.78
26108812--26108875	24	2.7	24	76	7	60	37	0	6	56	1.25
26146710--26146736	14	1.9	14	100	0	54	22	22	7	48	1.75
26148676--26148821	72	2.0	72	97	0	274	43	20	10	26	1.84
26150238--26150450	84	2.5	84	82	8	220	39	17	7	34	1.79
26150565--26150614	21	2.4	21	80	6	57	66	2	0	32	1.03
26150562--26150622	19	3.0	20	79	13	72	65	1	0	32	1.02
26151041--26151136	9	10.4	9	73	16	72	25	0	6	68	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26151041--26151110	19	3.7	19	74	12	63	25	0	8	65	1.21
26151048--26151110	20	3.2	20	77	4	65	25	0	9	65	1.23
26151304--26151346	21	2.0	21	86	0	59	27	2	9	60	1.40
26162655--26162694	19	2.2	19	86	4	55	72	7	2	17	1.19
26163135--26163199	30	2.2	30	83	10	80	41	1	4	52	1.31
26163132--26163201	29	2.4	30	76	16	74	41	1	4	52	1.30
26164418--26164454	4	9.2	4	93	0	65	45	27	2	24	1.66
26180763--26181000	119	2.0	119	100	0	476	36	14	21	27	1.92
26184171--26184230	30	2.0	30	86	3	84	28	16	8	46	1.76
26184155--26184230	31	2.5	31	80	2	91	28	15	9	46	1.77
26184430--26184488	31	1.9	31	89	0	91	47	10	15	27	1.77
26186786--26186839	20	2.7	21	74	8	58	40	3	0	55	1.17
26187088--26187133	23	2.0	24	91	4	76	8	19	19	52	1.72
26187094--26187142	23	2.1	23	84	0	62	10	20	18	51	1.75
26189118--26189157	21	1.9	19	85	14	53	55	0	2	42	1.13
26189106--26189157	19	2.6	20	82	14	63	51	0	1	46	1.12
26193323--26193372	19	2.6	19	83	0	64	36	4	12	48	1.59
26193471--26193511	18	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
26193527--26193608	39	2.1	38	84	6	103	37	6	14	41	1.71
26193528--26193612	19	4.4	19	82	8	91	37	5	14	42	1.69
26200770--26200988	73	3.0	73	87	3	300	32	26	10	30	1.90
26201672--26201707	17	2.1	17	100	0	72	16	16	16	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26202025--26202092	21	3.0	21	71	19	64	50	11	10	27	1.71
26205892--26206215	166	1.9	165	92	3	542	22	23	20	33	1.97
26208400--26208441	22	1.9	22	90	0	66	64	2	2	30	1.19
26208492--26208535	22	2.0	22	82	13	54	25	15	18	40	1.90
26216223--26216255	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
26217360--26217403	3	14.7	3	85	0	61	25	40	0	34	1.56
26217360--26217403	12	3.7	12	90	0	70	25	40	0	34	1.56
26228258--26228301	24	1.9	23	81	9	54	40	4	4	50	1.43
26228816--26229230	206	2.0	206	96	0	767	30	16	26	27	1.97
26229904--26229967	24	2.7	23	76	7	65	28	12	17	42	1.85
26229953--26229998	23	2.0	23	83	8	58	39	15	17	28	1.90
26230979--26231020	11	3.9	11	78	15	52	61	0	0	38	0.96
26230956--26231025	17	4.2	17	73	14	74	61	0	0	38	0.96
26233462--26233502	21	2.0	21	85	9	57	56	2	7	34	1.40
26233678--26233716	14	2.8	14	92	0	60	28	17	10	43	1.82
26233945--26233990	23	2.0	23	91	0	74	60	4	2	32	1.28
26234213--26234282	30	2.3	31	79	16	76	24	18	5	51	1.68
26236055--26236275	30	7.4	30	79	8	195	37	4	21	36	1.74
26236084--26236283	90	2.2	91	85	2	269	38	5	21	35	1.75
26236095--26236286	30	6.4	29	85	4	224	36	4	21	36	1.74
26238178--26238260	6	14.0	6	72	20	68	51	1	3	43	1.26
26238187--26238271	25	3.4	25	87	6	102	54	2	3	40	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26238632--26239368	75	9.9	75	86	6	968	31	18	16	33	1.93
26251142--26251341	30	6.7	29	75	10	163	35	3	22	39	1.70
26252471--26252514	22	2.0	22	86	4	63	38	0	4	56	1.20
26253250--26253319	6	12.0	6	69	22	51	52	1	4	41	1.30
26253250--26253330	25	3.2	25	86	6	94	53	2	3	40	1.32
26253269--26253324	16	3.6	16	86	9	62	57	3	1	37	1.27
26258161--26258185	5	5.0	5	100	0	50	20	20	60	0	1.37
26259917--26260278	180	2.0	180	99	0	715	33	22	13	29	1.93
26261702--26261727	3	8.7	3	100	0	52	30	0	34	34	1.58
26268413--26268439	13	2.1	13	100	0	54	29	7	22	40	1.81
26270745--26270877	64	2.1	64	100	0	266	33	15	19	30	1.93
26275207--26275245	6	6.3	6	96	3	69	64	15	20	0	1.30
26277137--26277176	17	2.4	16	84	15	55	40	2	2	55	1.27
26277108--26277202	27	3.5	27	77	9	77	40	3	6	50	1.44
26279028--26279135	29	3.7	29	80	4	128	40	27	0	30	1.63
26279027--26279282	58	4.4	55	77	12	189	36	29	1	32	1.67
26279112--26279281	29	5.9	27	70	15	92	33	30	1	34	1.68
26279085--26279253	59	2.9	58	84	3	223	34	31	1	32	1.66
26279085--26279304	117	1.9	117	85	7	313	35	29	2	33	1.70
26279362--26279416	22	2.7	21	75	8	60	23	18	7	50	1.71
26285715--26285784	34	2.0	35	83	8	90	48	10	18	22	1.78
26286234--26287470	200	6.2	200	93	0	2024	36	21	23	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26287842--26287881	17	2.4	16	84	15	55	40	2	2	55	1.27
26287813--26287907	27	3.5	27	77	9	77	40	3	6	50	1.44
26289746--26289883	29	4.8	29	83	8	165	42	24	0	31	1.60
26289745--26289969	58	3.8	58	80	10	203	40	26	0	32	1.62
26289863--26289970	30	3.6	30	72	18	100	37	26	0	34	1.63
26289831--26290033	60	3.4	60	85	6	256	36	28	1	33	1.69
26289754--26290015	29	8.9	28	74	15	115	38	26	1	33	1.66
26289831--26290043	118	1.8	118	82	10	274	38	27	2	32	1.70
26291445--26291575	65	2.0	65	100	0	262	19	30	4	45	1.70
26293048--26293087	20	2.0	20	85	0	53	22	2	2	72	1.09
26297578--26297611	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
26297695--26297731	17	2.2	17	90	4	58	64	0	2	32	1.07
26300050--26300088	21	1.9	20	89	5	60	41	23	5	30	1.76
26300102--26300141	20	2.0	20	85	0	53	32	27	10	30	1.89
26301985--26302039	21	2.7	20	78	15	58	65	1	1	30	1.13
26301986--26302039	22	2.6	21	82	5	65	66	1	1	29	1.12
26303391--26303451	31	2.0	31	83	6	79	39	8	13	39	1.74
26304843--26304915	31	2.3	32	81	9	89	32	13	15	38	1.86
26308338--26308400	29	2.1	30	85	8	85	57	1	0	41	1.08
26308338--26308399	30	2.1	30	85	11	83	58	1	0	40	1.08
26308377--26308415	18	2.2	18	86	4	53	66	0	0	33	0.92
26325990--26326038	22	2.2	23	81	3	55	67	0	8	24	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26328888--26328937	22	2.3	23	90	10	79	78	6	6	10	1.10
26328880--26328937	21	2.7	22	87	10	77	77	5	8	8	1.11
26337291--26337890	317	1.9	317	97	0	1130	44	9	8	37	1.68
26362113--26362170	28	2.1	28	96	0	107	60	3	8	27	1.42
26367610--26367673	24	2.7	24	78	4	76	17	34	20	28	1.95
26371725--26371767	14	3.1	14	86	3	61	20	2	2	74	1.04
26384198--26384423	30	7.5	30	81	5	224	35	2	26	35	1.71
26384198--26384424	90	2.5	90	84	2	294	35	2	26	35	1.71
26385307--26385353	14	3.2	14	80	16	51	14	8	0	76	1.01
26388223--26388276	29	1.9	27	82	14	65	64	9	3	22	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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