genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   

This is table  32  of  144  ( 17169 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7943551--7943581	15	2.1	15	100	0	62	48	38	6	6	1.55
7988759--7988800	21	2.0	21	86	9	59	30	7	9	52	1.61
8002817--8002862	15	3.1	16	84	12	62	73	4	21	0	1.00
8002866--8002897	16	1.9	17	93	6	57	37	6	6	50	1.53
8005895--8005978	13	6.5	13	78	5	80	41	1	26	30	1.63
8010907--8010977	13	5.5	13	77	0	61	42	2	25	29	1.69
8016256--8016323	25	2.7	25	83	2	73	22	16	30	30	1.95
8019485--8019604	61	2.0	62	81	5	145	34	22	13	30	1.92
8019599--8019792	52	3.7	52	94	0	325	31	21	15	31	1.94
8020653--8020696	20	2.1	21	83	4	54	36	13	2	47	1.56
8020979--8021170	93	2.1	93	90	0	303	22	26	15	35	1.94
8026857--8027098	52	4.7	52	94	0	403	30	22	16	30	1.96
8027967--8028010	20	2.1	21	83	4	54	36	13	2	47	1.56
8036347--8036406	30	2.0	30	93	0	102	36	10	26	26	1.88
8044096--8044220	63	2.0	62	93	1	214	35	22	12	29	1.91
8044989--8045047	27	2.2	28	80	17	72	49	3	6	40	1.46
8055457--8055588	70	1.9	70	82	0	165	23	25	17	33	1.96
8065673--8065710	20	1.9	20	94	0	67	81	0	5	13	0.85
8065673--8065711	6	6.2	6	82	11	51	82	0	5	12	0.83
8074323--8074368	23	2.0	23	87	8	67	50	0	41	8	1.33
8076282--8076406	60	2.1	60	83	0	151	38	20	20	20	1.94
8076498--8076588	37	2.5	35	77	16	94	38	16	18	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8081624--8081713	46	2.0	46	95	0	162	32	16	15	35	1.91
8087256--8087303	17	2.9	16	81	3	51	60	2	2	35	1.20
8087256--8087304	23	2.2	22	88	3	71	59	2	2	36	1.21
8087268--8087313	23	2.0	23	83	8	58	58	4	4	32	1.37
8088029--8088096	29	2.3	29	85	5	84	54	1	2	41	1.24
8088056--8088104	19	2.6	19	76	0	62	57	2	2	38	1.22
8089155--8089229	29	2.5	30	79	12	75	37	26	1	34	1.65
8089174--8089236	29	2.1	29	82	2	72	31	23	1	42	1.64
8090508--8090638	36	3.7	36	88	1	201	28	12	22	35	1.92
8090893--8091031	66	2.1	68	85	5	185	20	12	25	40	1.89
8091127--8091298	23	7.5	23	85	0	202	33	4	12	49	1.61
8091125--8091298	69	2.5	69	84	0	224	33	4	12	49	1.60
8093915--8094004	43	2.1	43	95	0	162	38	23	8	28	1.85
8100222--8100299	25	3.1	25	72	3	68	28	19	19	33	1.96
8101241--8101352	56	2.0	56	92	0	188	37	16	21	25	1.93
8107167--8107333	23	7.3	23	88	0	219	34	5	13	46	1.68
8108482--8108512	2	15.5	2	93	0	53	0	0	48	51	1.00
8111616--8111648	12	2.6	13	80	9	50	24	0	0	75	0.80
8111737--8111765	9	3.2	9	100	0	58	10	0	10	79	0.94
8112290--8112387	50	2.0	50	83	4	126	21	18	19	40	1.91
8113782--8113811	14	2.1	14	93	0	51	33	10	6	50	1.62
8117448--8117500	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8117490--8117581	38	2.5	38	85	7	118	30	13	26	30	1.93
8117610--8117690	36	2.2	37	86	4	110	25	18	27	28	1.98
8119539--8119563	12	2.1	12	100	0	50	8	28	0	64	1.22
8121402--8121540	22	6.0	22	81	9	152	12	24	23	39	1.89
8121402--8121537	70	1.9	70	91	2	220	12	25	23	38	1.90
8121402--8121549	48	3.1	48	83	7	178	12	26	22	37	1.91
8121555--8121609	21	2.6	21	86	13	85	20	14	18	47	1.83
8124640--8124689	26	1.9	26	91	0	82	26	20	22	32	1.98
8124641--8124697	26	2.2	26	87	0	78	29	19	19	31	1.96
8124800--8124875	37	2.1	37	89	0	116	23	15	30	30	1.96
8124809--8124888	37	2.1	37	84	6	99	25	16	27	31	1.96
8129300--8129338	12	3.0	13	85	7	53	28	0	0	71	0.86
8139230--8139282	21	2.6	20	77	11	63	9	16	5	67	1.37
8153620--8153669	10	4.5	11	80	14	59	32	0	0	68	0.90
8153748--8153775	9	3.1	9	100	0	56	10	0	10	78	0.96
8158956--8159038	27	2.9	27	78	16	87	39	19	20	20	1.92
8158956--8159038	13	5.9	14	72	20	66	39	19	20	20	1.92
8159044--8159106	22	2.9	22	84	11	76	22	23	38	15	1.93
8161159--8161195	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
8165193--8165273	13	6.2	12	77	17	56	45	14	17	22	1.84
8165193--8165273	6	12.3	6	72	19	56	45	14	17	22	1.84
8165193--8165273	19	4.1	20	80	7	87	45	14	17	22	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8173002--8173034	17	1.9	17	88	11	50	72	3	6	18	1.18
8179193--8179336	36	4.0	36	90	3	209	31	9	23	36	1.86
8179787--8179884	23	4.3	23	88	5	144	28	6	17	47	1.71
8180553--8180623	23	3.1	23	85	2	90	30	5	14	49	1.66
8181172--8181215	20	2.2	20	84	8	54	38	6	4	50	1.50
8182402--8182452	16	3.0	17	83	11	68	56	7	0	35	1.28
8204504--8204664	80	2.0	79	95	1	286	21	18	24	36	1.95
8205799--8205841	22	2.0	21	86	4	59	51	2	0	46	1.13
8211826--8211951	23	5.5	22	80	6	126	16	19	20	43	1.88
8211838--8211948	46	2.4	47	86	4	154	17	18	21	42	1.89
8217592--8217670	23	3.4	23	91	0	113	16	18	21	43	1.88
8222473--8222534	28	2.2	28	88	0	88	37	24	12	25	1.91
8231808--8231873	27	2.4	27	73	9	62	16	9	28	45	1.78
8235467--8235500	9	3.6	10	88	11	54	0	14	0	85	0.60
8235464--8235501	10	3.9	10	79	6	51	0	13	0	86	0.56
8241315--8241339	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
8255998--8256022	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
8260200--8260290	23	4.0	22	79	11	85	6	19	1	72	1.13
8267476--8267508	16	2.1	16	88	5	50	24	6	30	39	1.79
8268256--8268288	16	2.1	16	88	5	50	21	6	33	39	1.78
8270490--8270521	16	2.0	16	93	0	55	53	3	18	25	1.59
8271498--8271832	52	6.4	52	95	0	607	24	15	25	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8273393--8273470	17	4.5	17	73	7	59	21	20	10	47	1.80
8283226--8283278	21	2.5	21	85	11	72	47	18	16	16	1.83
8283235--8283287	21	2.5	21	85	11	56	45	20	11	22	1.83
8283286--8283340	26	2.1	26	89	0	83	40	21	27	10	1.87
8295041--8295083	12	3.6	12	83	0	59	65	0	34	0	0.93
8295359--8295400	13	3.3	13	80	12	52	50	14	35	0	1.43
8295469--8295521	19	2.6	21	85	11	74	16	11	9	62	1.54
8299932--8299969	12	3.0	13	85	14	53	71	0	0	28	0.87
8299932--8299986	26	2.1	25	83	12	67	74	1	0	23	0.91
8301525--8301606	15	5.6	15	78	15	66	67	3	1	28	1.15
8301550--8301605	3	19.0	3	85	10	80	66	1	0	32	1.03
8309198--8309242	16	2.9	15	83	9	54	6	11	4	77	1.09
8311033--8311082	21	2.5	20	79	20	68	64	2	30	4	1.23
8311032--8311075	21	2.1	21	95	0	79	63	2	29	4	1.26
8321043--8321067	13	1.9	13	100	0	50	40	24	12	24	1.88
8321296--8321341	16	2.8	16	86	3	56	10	15	15	58	1.63
8326181--8326235	27	2.0	27	96	0	101	20	23	38	18	1.93
8328362--8328394	17	1.9	17	88	11	50	42	0	9	48	1.35
8330175--8330248	29	2.5	30	80	6	89	39	5	22	32	1.77
8330303--8330745	30	14.8	30	76	8	334	38	4	24	32	1.77
8330342--8330740	59	6.7	59	79	5	329	38	5	23	32	1.77
8330177--8330744	30	19.1	29	73	11	320	36	4	25	33	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8331406--8331908	39	12.6	42	71	13	266	24	20	30	24	1.99
8331523--8331986	81	5.9	81	85	4	563	25	20	29	23	1.99
8331535--8331986	161	2.8	158	85	3	606	25	20	30	23	1.99
8331562--8331947	39	9.7	39	73	8	150	25	21	29	23	1.99
8332271--8333789	49	30.8	49	73	9	948	18	24	17	39	1.92
8332212--8333776	98	15.9	98	78	6	1272	18	24	18	39	1.92
8332212--8333776	147	10.6	146	78	6	1263	18	24	18	39	1.92
8332212--8333775	294	5.3	293	80	5	1426	18	24	18	39	1.92
8334809--8334872	24	2.7	22	77	15	65	3	18	0	78	0.89
8334816--8334872	24	2.4	23	83	13	71	1	19	0	78	0.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144