genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10257055--10257240	62	3.0	62	95	0	327	27	18	16	37	1.92
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10257677--10257865	62	3.0	61	80	9	222	26	19	16	38	1.92
10257423--10258143	340	2.1	342	84	4	927	27	18	14	38	1.91
10258022--10258143	62	2.0	62	93	0	208	24	18	18	39	1.92
10257801--10258850	492	2.1	491	85	4	1416	28	18	14	38	1.90
10258816--10258974	62	2.6	62	86	2	203	25	18	16	39	1.91
10258349--10258912	277	2.0	278	82	4	692	27	18	15	38	1.91
10259129--10259252	62	2.0	62	95	3	223	26	19	16	37	1.92
10259621--10259744	62	2.0	62	90	0	194	27	19	16	36	1.93
10259884--10260072	62	3.0	62	85	0	243	26	18	15	38	1.91
10260454--10260626	62	2.8	62	93	0	283	26	20	15	37	1.92
10260805--10260964	62	2.6	62	87	4	232	27	17	15	39	1.90
10260224--10261178	338	2.8	336	85	4	1158	28	17	15	38	1.90
10260901--10261380	214	2.2	215	84	1	622	28	17	15	39	1.89
10259621--10261518	892	2.1	881	93	1	3210	28	17	15	38	1.90
10261333--10261580	62	4.0	62	83	4	302	26	19	14	39	1.90
10261333--10261580	124	2.0	124	87	3	356	26	19	14	39	1.90
10260441--10262641	956	2.3	956	95	0	3951	28	17	15	39	1.90
10261761--10261920	62	2.6	62	84	4	205	27	16	16	39	1.90
10261857--10262350	214	2.3	214	82	3	580	29	17	15	38	1.90
10262289--10262534	62	4.0	62	90	4	356	28	18	14	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10262472--10262822	181	1.9	179	82	3	436	29	17	13	39	1.89
10262647--10263146	215	2.3	215	81	5	564	30	17	14	37	1.90
10263092--10263253	62	2.6	62	85	5	229	27	14	19	37	1.91
10263422--10263610	62	3.0	62	84	0	243	28	16	16	37	1.91
10262875--10264165	340	3.8	340	89	2	1832	28	16	15	39	1.90
10263762--10263950	62	3.0	62	91	0	297	26	17	16	39	1.91
10263886--10264380	215	2.3	214	86	5	660	29	16	14	39	1.88
10264316--10264442	62	2.0	62	89	0	191	28	17	15	38	1.90
10263484--10264720	278	4.5	276	72	12	1114	27	16	15	40	1.89
10264594--10264782	62	3.0	61	86	3	270	26	17	17	38	1.92
10264316--10264995	340	2.0	338	88	3	1008	27	16	15	40	1.89
10264718--10265213	215	2.3	216	83	4	655	29	17	14	38	1.89
10264378--10266108	555	3.1	552	88	2	2443	28	16	14	39	1.89
10265152--10265337	62	3.0	63	89	3	297	25	18	17	38	1.93
10264316--10266787	895	2.8	885	74	12	2434	28	16	15	39	1.89
10265273--10265768	215	2.3	216	86	2	665	30	17	13	39	1.88
10265704--10265892	62	3.0	62	90	1	281	27	18	16	37	1.92
10266044--10266232	62	3.0	62	89	1	272	27	17	15	38	1.91
10266394--10266555	62	2.6	62	83	9	222	27	14	19	38	1.91
10266724--10266911	62	3.0	62	84	0	241	28	17	17	37	1.92
10265489--10267466	340	5.8	340	88	2	2692	28	16	15	39	1.89
10265489--10267466	679	2.9	677	88	2	2889	28	16	15	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10267063--10267251	62	3.0	62	91	0	297	26	17	16	39	1.91
10267187--10267681	215	2.3	214	86	5	660	29	16	14	39	1.88
10267617--10267743	62	2.0	62	89	0	191	28	17	15	38	1.90
10266785--10268021	278	4.5	276	72	12	1123	27	16	15	40	1.89
10267895--10268142	62	4.0	62	93	2	421	26	18	16	38	1.92
10267895--10268142	122	2.0	123	92	2	419	26	18	16	38	1.92
10268257--10268553	62	4.6	62	79	12	326	25	18	15	40	1.90
10268279--10268421	75	1.9	75	95	0	259	27	17	16	38	1.91
10268740--10268896	62	2.5	62	87	2	217	23	19	17	38	1.93
10268506--10269668	553	2.1	554	83	2	1476	27	19	15	38	1.91
10269274--10269446	62	2.8	61	90	3	265	26	18	15	39	1.90
10269049--10269790	339	2.2	340	84	2	951	27	19	15	37	1.92
10269603--10269972	62	6.0	62	93	3	635	25	19	16	38	1.92
10269603--10269972	122	3.0	122	96	2	654	25	19	16	38	1.92
10270088--10270383	62	4.6	62	80	10	340	25	18	15	39	1.90
10270109--10270251	75	1.9	75	95	0	259	27	17	16	38	1.91
10270568--10270728	62	2.6	61	89	1	232	24	20	17	37	1.93
10270201--10270944	339	2.2	340	85	3	1016	26	18	15	39	1.91
10270664--10271158	215	2.3	215	85	2	672	29	17	13	38	1.89
10271042--10271080	19	1.9	19	85	10	51	28	7	15	48	1.72
10271097--10271335	61	3.9	62	93	2	403	25	19	16	38	1.92
10271522--10271681	62	2.6	62	90	0	239	25	20	17	37	1.94
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10271156--10271895	340	2.2	336	87	2	1054	27	18	15	38	1.91
10271628--10272111	214	2.2	216	82	4	613	29	18	15	37	1.91
10272057--10272229	62	2.8	61	90	3	265	26	19	15	38	1.91
10270182--10272229	952	2.1	955	95	0	3701	27	18	15	38	1.91
10271288--10272452	554	2.1	555	84	3	1536	27	18	15	38	1.91
10271832--10272574	340	2.2	340	84	2	960	27	19	15	37	1.92
10272387--10272756	62	6.0	62	93	3	635	25	19	16	38	1.92
10272387--10272756	122	3.0	122	96	2	654	25	19	16	38	1.92
10272871--10273167	62	4.6	62	80	10	333	25	18	15	40	1.90
10272893--10273035	75	1.9	75	95	0	259	27	16	16	39	1.91
10273354--10273513	62	2.6	62	87	2	223	25	19	17	38	1.93
10272985--10273729	340	2.2	340	84	3	982	27	18	15	38	1.91
10273460--10273944	215	2.2	216	82	5	597	29	18	14	37	1.91
10273120--10274285	555	2.1	555	84	3	1511	27	18	15	38	1.91
10273890--10274062	62	2.8	61	90	3	265	26	18	15	39	1.90
10273665--10274407	340	2.2	340	84	2	951	27	18	15	37	1.92
10274220--10274589	62	6.0	62	93	3	626	25	18	16	38	1.92
10274220--10274589	122	3.0	122	95	2	645	25	18	16	38	1.92
10274704--10275000	62	4.6	62	80	10	342	25	18	15	39	1.91
10274726--10274868	75	1.9	75	95	0	259	27	17	16	38	1.91
10275187--10275346	62	2.6	62	86	2	205	25	20	16	37	1.93
10274818--10275558	340	2.2	340	84	4	958	26	18	15	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10275282--10275777	215	2.3	216	82	3	606	29	18	13	38	1.89
10275716--10275955	122	2.0	124	89	1	376	26	18	16	38	1.92
10275716--10275955	62	3.9	62	91	2	376	26	18	16	38	1.92
10274799--10276850	955	2.1	957	93	1	3549	27	18	15	38	1.91
10276142--10276301	62	2.6	62	90	0	239	25	20	17	37	1.94
10275775--10276516	340	2.2	337	86	3	990	27	18	15	38	1.91
10276248--10276732	215	2.2	216	83	4	622	29	18	15	37	1.91
10276678--10276850	62	2.8	61	90	3	265	26	19	15	38	1.91
10275908--10277073	555	2.1	554	83	3	1486	27	19	15	38	1.91
10276453--10277195	340	2.2	340	84	2	960	27	19	15	37	1.92
10277008--10277377	62	6.0	62	93	3	635	25	19	16	38	1.92
10277008--10277377	122	3.0	122	96	2	654	25	19	16	38	1.92
10277491--10277787	62	4.6	62	80	10	333	25	18	15	40	1.90
10277513--10277655	75	1.9	75	95	0	259	27	16	16	39	1.91
10277974--10278133	62	2.6	62	87	2	223	25	19	17	38	1.93
10277116--10278133	402	2.5	399	82	8	1203	26	18	15	39	1.91
10277605--10278349	340	2.2	340	84	4	984	26	18	15	38	1.91
10278080--10278564	215	2.2	216	83	5	615	29	17	15	37	1.91
10277740--10278905	555	2.1	555	84	3	1513	27	18	15	38	1.91
10278510--10278682	62	2.8	61	90	3	265	26	18	15	39	1.90
10278285--10279027	340	2.2	340	84	2	951	27	18	15	37	1.92
10278840--10279209	62	6.0	62	93	3	626	25	18	16	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10278840--10279209	122	3.0	122	95	2	645	25	18	16	38	1.92
10279324--10279620	62	4.6	62	80	10	342	25	18	15	39	1.91
10279346--10279488	75	1.9	75	95	0	259	27	17	16	38	1.91
10279805--10279965	62	2.6	62	86	2	209	24	20	16	37	1.93
10279438--10280177	339	2.2	340	84	4	958	26	18	15	39	1.90
10279902--10280396	215	2.3	215	82	3	595	29	18	13	38	1.89
10280335--10280574	122	2.0	124	89	1	376	26	18	16	38	1.92
10280335--10280574	62	3.9	62	91	2	376	26	18	16	38	1.92
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