genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  30  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7363532--7363595	31	2.1	31	85	8	87	56	7	4	31	1.49
7364109--7364211	6	17.2	6	100	0	206	16	66	0	16	1.25
7373765--7373860	41	2.3	41	94	0	165	37	28	5	29	1.79
7373850--7373888	17	2.3	17	90	0	60	46	25	12	15	1.81
7380652--7380753	40	2.5	40	84	3	134	21	24	3	50	1.66
7394098--7394596	161	3.1	161	90	2	743	43	13	16	25	1.85
7395185--7395222	15	2.4	16	86	8	51	10	10	0	78	0.95
7395466--7395518	23	2.2	24	87	9	74	26	3	1	67	1.17
7396187--7396220	18	1.9	17	88	5	50	55	0	0	44	0.99
7396637--7396878	76	3.3	76	84	8	290	30	20	14	34	1.92
7396825--7397619	75	11.0	75	82	9	1019	31	19	15	33	1.94
7396760--7397619	212	4.0	213	88	6	1148	31	19	16	33	1.94
7409641--7409924	29	9.7	29	69	15	149	34	3	30	31	1.74
7409645--7409927	59	4.8	57	86	6	327	34	3	30	31	1.74
7409675--7409927	119	2.1	118	89	2	382	35	3	29	32	1.73
7409997--7410496	162	3.1	161	88	2	718	43	13	16	26	1.84
7411363--7411415	23	2.2	24	87	9	74	26	3	1	67	1.17
7412079--7412162	6	14.3	6	76	9	75	47	3	2	46	1.32
7412079--7412201	17	7.2	16	71	12	84	48	4	1	44	1.33
7417033--7417192	86	1.9	86	83	7	209	36	6	19	38	1.77
7420487--7420557	27	2.6	27	84	4	90	36	22	12	28	1.91
7420799--7420923	27	4.6	27	80	0	151	32	21	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7420799--7420923	54	2.3	54	87	2	171	32	21	16	29	1.96
7424369--7424503	34	4.4	31	73	13	116	41	4	1	52	1.30
7436133--7436622	164	2.9	167	82	5	564	53	8	8	29	1.60
7441322--7441416	40	2.3	41	90	3	165	32	21	11	34	1.89
7448187--7448244	22	2.6	23	81	5	66	60	8	5	25	1.47
7448193--7448245	23	2.3	24	77	9	65	56	9	5	28	1.54
7450860--7450974	43	2.7	43	95	0	203	16	20	35	27	1.94
7454757--7454848	45	2.0	45	83	4	123	29	18	9	42	1.82
7463126--7463219	23	4.1	23	85	6	120	39	25	26	8	1.84
7463126--7463219	46	2.1	45	88	6	136	39	25	26	8	1.84
7463441--7463487	16	3.0	16	81	3	60	38	17	0	44	1.48
7466213--7466252	15	2.9	15	85	14	59	0	37	0	62	0.95
7496175--7496228	25	2.2	25	86	6	74	37	18	16	27	1.93
7501393--7501417	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
7502894--7503368	93	5.2	94	79	9	468	32	21	7	38	1.81
7503198--7503357	83	1.9	83	82	9	202	35	16	8	39	1.79
7504280--7504408	23	5.5	23	78	7	143	44	23	21	10	1.84
7504232--7504408	71	2.5	71	82	6	191	43	21	23	11	1.85
7504280--7504409	48	2.8	47	82	6	156	43	23	22	10	1.84
7506309--7506422	60	1.9	60	90	3	185	22	23	7	46	1.76
7506369--7506608	92	2.6	93	88	6	360	28	23	7	40	1.81
7506552--7506665	60	1.9	60	89	3	176	21	29	6	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7506250--7506853	246	2.5	248	87	4	832	29	22	6	40	1.80
7506612--7507759	94	12.4	93	85	6	1272	31	20	7	40	1.80
7506460--7506762	154	2.0	152	85	3	412	27	23	6	42	1.79
7506612--7507755	184	6.2	183	88	4	1440	31	20	7	40	1.80
7506612--7507723	278	4.0	279	89	2	1539	31	21	7	39	1.80
7508448--7508505	21	2.6	22	82	15	59	63	3	32	0	1.11
7508469--7508512	23	2.0	21	82	8	52	68	0	31	0	0.90
7509097--7509244	21	7.4	19	67	22	81	58	0	2	37	1.17
7509149--7509219	12	6.4	12	69	26	50	54	1	5	38	1.33
7509107--7509278	57	3.1	56	77	16	182	57	0	4	37	1.22
7511186--7511239	27	2.0	27	88	0	81	20	16	37	25	1.93
7520283--7520419	30	4.6	30	76	13	129	27	5	10	56	1.53
7520337--7520401	32	2.0	32	90	0	103	26	9	7	56	1.57
7520283--7520469	90	2.1	89	84	6	236	25	6	12	55	1.60
7520646--7520748	31	3.4	30	72	20	88	48	11	14	25	1.77
7520636--7520762	60	2.2	59	81	2	148	55	10	13	21	1.67
7520743--7520782	21	2.0	20	85	14	55	77	10	5	7	1.11
7526435--7526476	21	2.0	22	90	4	68	26	4	35	33	1.77
7528687--7528792	42	2.5	42	80	6	99	25	33	21	19	1.97
7532741--7532785	20	2.2	20	84	4	54	62	4	24	8	1.43
7538384--7538417	12	2.8	12	81	0	50	17	20	29	32	1.96
7542419--7542481	23	2.8	22	78	4	72	52	1	1	44	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7546003--7546049	16	2.9	16	78	12	51	25	0	6	68	1.13
7547258--7547457	109	1.8	109	84	3	278	39	15	12	33	1.84
7547780--7547847	27	2.5	27	79	9	84	61	1	7	29	1.32
7549789--7550013	46	4.9	45	80	6	238	25	16	24	33	1.96
7549787--7550016	92	2.5	93	85	6	292	26	16	23	33	1.95
7549999--7550297	42	7.3	41	81	11	271	23	18	28	30	1.97
7550019--7550296	82	3.4	80	81	7	298	23	19	27	30	1.98
7550006--7550297	124	2.4	120	85	6	374	23	18	27	30	1.98
7553363--7553392	12	2.5	12	94	0	51	0	26	0	73	0.84
7553370--7553403	10	3.4	10	83	0	50	0	23	0	76	0.79
7557379--7557466	37	2.4	37	86	3	115	35	12	22	29	1.91
7557823--7557857	14	2.4	15	90	4	54	2	8	2	85	0.79
7558769--7558816	20	2.4	19	83	10	60	8	6	0	85	0.74
7558779--7558818	13	3.2	13	89	10	57	10	2	0	87	0.63
7568068--7568119	24	2.2	24	85	0	68	26	21	21	30	1.98
7573050--7573274	46	4.9	46	86	3	301	25	16	25	32	1.96
7573044--7573276	92	2.5	92	88	2	335	25	15	25	33	1.96
7573043--7573292	138	1.8	138	86	5	362	24	17	24	33	1.96
7573259--7573600	42	8.3	42	82	5	378	23	17	28	29	1.97
7573260--7573600	82	4.2	78	80	10	314	24	17	28	29	1.97
7573261--7573600	166	2.1	160	85	8	452	24	17	27	30	1.97
7573676--7573761	43	2.0	43	97	0	163	29	18	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7576172--7576259	37	2.4	38	75	11	92	29	13	26	30	1.94
7576706--7576737	12	2.7	12	95	0	55	0	28	0	71	0.86
7583973--7584114	23	6.2	23	83	8	148	10	23	23	42	1.84
7583973--7584114	69	2.1	69	83	10	175	10	23	23	42	1.84
7584079--7584153	39	1.9	39	91	0	123	12	22	22	42	1.86
7584654--7584691	14	2.7	14	91	0	58	26	15	15	42	1.87
7585712--7585800	31	2.8	31	83	5	99	39	8	17	33	1.82
7586493--7586530	17	2.2	17	86	9	51	18	26	0	55	1.43
7592843--7592999	23	6.8	23	91	0	260	47	15	4	33	1.65
7593186--7593324	66	2.1	68	87	5	203	39	26	12	20	1.89
7593589--7593707	61	2.0	61	96	0	220	39	21	8	30	1.83
7598286--7598310	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
7601758--7601797	18	2.3	18	87	12	57	70	2	0	27	1.01
7602142--7602169	12	2.3	12	100	0	56	42	0	0	57	0.99
7602454--7602495	22	1.9	22	85	0	57	59	9	0	30	1.29
7602720--7602751	16	2.0	16	93	0	55	65	0	0	34	0.93
7603144--7603184	18	2.2	18	86	4	55	26	4	2	65	1.25
7603123--7603214	47	1.9	47	85	10	125	30	4	3	61	1.31
7603804--7603837	11	3.2	11	87	4	52	32	0	0	67	0.91
7604510--7604565	28	1.9	30	82	13	73	57	3	3	35	1.34
7611055--7611094	20	2.0	20	100	0	80	50	10	15	25	1.74
7616795--7616855	22	2.8	22	87	7	81	72	1	11	14	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7616821--7616850	15	1.9	16	93	6	53	70	0	13	16	1.18
7617642--7617686	19	2.3	20	78	17	51	55	4	2	37	1.32
7618272--7618468	108	1.8	107	81	5	245	24	24	12	38	1.90
7619201--7619247	5	9.8	5	88	9	55	82	0	0	17	0.66
7619200--7619251	22	2.4	21	82	17	63	82	0	0	17	0.66
7621988--7622047	22	2.8	22	85	9	72	71	1	11	15	1.22
7622013--7622042	15	1.9	16	93	6	53	70	0	13	16	1.18
7622847--7622891	19	2.3	20	78	17	51	55	4	2	37	1.32
7631722--7631753	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
7635370--7635406	6	6.2	6	96	0	65	18	0	67	13	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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