genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  120  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28221810--28221859	25	1.9	25	84	8	64	58	12	4	26	1.51
28230983--28231028	14	3.3	15	76	11	53	34	4	19	41	1.71
28236946--28236979	4	8.5	4	100	0	68	26	0	23	50	1.50
28238625--28239246	311	2.0	310	95	0	1118	28	12	21	37	1.90
28262630--28262666	18	2.1	18	89	0	56	67	16	8	8	1.40
28266641--28266707	33	2.0	33	97	0	125	34	17	5	41	1.74
28277321--28277368	16	2.9	16	81	3	51	50	6	4	39	1.47
28290577--28290623	15	3.0	15	79	17	51	70	2	6	21	1.20
28297823--28297870	21	2.3	20	80	16	53	41	2	0	56	1.11
28306093--28306137	19	2.4	19	85	7	56	64	4	2	28	1.25
28309337--28309381	16	2.8	16	83	6	56	55	0	24	20	1.43
28315111--28315151	22	2.0	20	85	9	55	7	12	21	58	1.58
28316348--28316431	18	4.5	19	76	18	63	50	0	4	45	1.23
28316348--28316428	17	4.4	18	78	15	78	50	0	4	44	1.23
28316348--28316435	8	9.7	9	70	22	51	52	0	4	43	1.22
28316380--28316434	17	3.2	16	80	12	56	54	0	3	41	1.18
28323526--28323634	53	2.1	53	89	1	166	55	13	3	27	1.56
28332957--28332989	17	1.9	18	88	11	52	69	3	0	27	1.03
28337240--28337313	38	2.0	37	82	12	89	32	6	25	35	1.82
28337433--28337587	58	2.6	59	85	9	201	52	1	0	45	1.13
28338835--28338878	12	3.5	12	77	22	54	43	15	20	20	1.88
28340410--28340519	56	2.0	56	83	3	141	26	20	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28340433--28340632	97	2.0	98	82	6	244	28	22	16	34	1.95
28340530--28340779	116	2.2	115	85	8	330	26	22	17	34	1.95
28344734--28344781	12	3.7	12	77	20	51	47	0	10	41	1.37
28344911--28345168	84	3.0	87	76	16	241	39	4	4	51	1.42
28344946--28345196	84	3.0	83	78	13	262	40	5	3	50	1.42
28345285--28345339	22	2.5	22	84	0	74	36	34	5	23	1.78
28345358--28345413	10	5.6	10	89	8	87	19	32	21	26	1.97
28345358--28345435	20	3.9	20	83	6	95	17	29	23	29	1.97
28348422--28348515	30	3.2	29	68	24	70	34	7	26	31	1.84
28348422--28348584	59	2.8	59	88	1	247	36	7	26	29	1.85
28348451--28348544	29	3.2	29	68	24	79	35	7	26	30	1.84
28349350--28349381	16	2.0	16	93	0	55	40	18	21	18	1.91
28349675--28349705	3	10.7	3	93	6	55	35	0	0	64	0.94
28350386--28350443	17	3.3	17	82	4	71	55	5	0	39	1.22
28359160--28359208	24	2.0	24	100	0	98	46	0	36	16	1.47
28360869--28360929	23	2.4	26	84	10	74	42	4	8	44	1.55
28370681--28370721	21	2.0	21	85	9	57	65	4	2	26	1.25
28382293--28382631	99	3.4	98	78	4	333	38	19	24	17	1.93
28383274--28383313	19	2.0	21	90	9	66	55	25	5	15	1.60
28398132--28398173	22	1.9	22	85	0	57	57	14	14	14	1.66
28403988--28404021	5	6.8	5	100	0	68	20	20	38	20	1.94
28414431--28414590	83	1.9	83	88	6	245	44	15	8	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28415195--28415232	18	2.0	20	85	10	53	65	2	2	28	1.19
28416180--28416237	25	2.3	26	75	19	61	43	3	6	46	1.47
28418998--28419041	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
28419726--28419773	23	2.1	23	88	7	71	35	14	8	41	1.76
28420389--28420423	17	2.0	18	88	5	54	0	37	2	60	1.12
28420514--28420548	14	2.5	14	85	0	52	65	5	0	28	1.15
28421775--28421824	23	2.1	24	82	10	59	28	24	0	48	1.52
28421794--28421844	6	8.5	6	86	0	57	21	27	0	50	1.48
28421796--28421849	18	3.0	18	80	0	63	22	24	0	53	1.46
28424373--28424429	24	2.4	24	84	0	69	52	8	12	26	1.67
28424385--28424431	24	2.0	24	91	0	76	57	8	6	27	1.53
28436964--28436997	6	5.7	6	85	0	50	29	50	0	20	1.49
28440078--28440121	15	2.9	15	86	0	61	63	0	4	31	1.14
28442464--28442618	75	2.1	75	97	1	294	42	7	33	16	1.76
28451309--28451334	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
28455388--28455439	18	3.0	18	86	10	65	51	0	0	48	1.00
28455388--28455437	16	3.2	15	81	18	66	52	0	0	48	1.00
28456349--28456384	18	2.0	18	88	0	54	22	2	2	72	1.11
28457924--28457970	24	2.0	24	82	0	58	17	21	0	61	1.34
28460036--28460065	14	2.2	14	94	5	53	40	13	6	40	1.71
28460259--28460306	23	2.0	24	88	8	71	56	0	8	35	1.30
28462945--28463021	21	3.7	21	78	0	82	31	27	11	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28467728--28467760	15	2.2	15	100	0	66	75	0	24	0	0.80
28470919--28470947	7	4.1	7	100	0	58	41	13	13	31	1.84
28474378--28474431	15	3.7	15	73	9	58	53	1	1	42	1.22
28479732--28479770	16	2.4	17	87	8	55	25	0	2	71	0.98
28484316--28484406	37	2.5	37	84	10	107	30	21	12	35	1.90
28491751--28491898	30	5.0	30	73	23	125	31	29	4	34	1.78
28491721--28491948	59	3.9	58	82	7	266	32	28	3	36	1.73
28491698--28491948	118	2.1	117	82	6	301	33	27	3	36	1.73
28491758--28491982	118	1.9	117	80	11	264	32	28	4	34	1.78
28501097--28501226	58	2.2	58	90	1	206	34	1	32	31	1.67
28501136--28501226	28	3.1	29	69	17	89	32	1	32	32	1.65
28501205--28501590	30	12.8	30	84	5	426	36	3	23	37	1.72
28503189--28503238	25	2.0	24	81	11	57	14	12	56	18	1.68
28503440--28503542	6	18.0	6	69	20	69	54	1	1	41	1.22
28503696--28503743	19	2.5	19	75	0	51	41	2	2	54	1.24
28506911--28506940	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
28506942--28506973	13	2.5	13	94	0	55	18	0	34	46	1.49
28510548--28510608	30	2.0	30	84	9	79	54	8	16	21	1.68
28510646--28510715	28	2.5	28	86	4	79	28	11	30	30	1.92
28510786--28510955	30	5.6	30	88	3	225	37	4	22	34	1.76
28511740--28511790	23	2.3	21	80	6	57	9	15	1	72	1.19
28512056--28512096	15	2.7	15	84	3	55	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28512885--28512988	6	17.8	6	71	19	78	53	0	0	44	1.13
28512869--28512988	17	7.2	17	82	8	122	51	0	1	45	1.16
28512885--28512982	11	8.5	11	70	15	65	55	0	1	43	1.06
28512897--28512955	31	1.9	31	96	0	109	57	0	1	40	1.09
28521440--28521487	12	3.7	12	77	20	51	60	0	0	39	0.97
28522225--28522264	21	1.9	21	90	10	64	72	0	0	27	0.85
28522228--28522269	5	8.2	5	80	15	50	76	0	0	23	0.79
28523390--28523451	22	2.8	22	80	9	65	74	1	4	19	1.09
28526529--28526602	23	3.2	23	70	16	62	67	20	5	6	1.34
28526573--28526623	21	2.4	21	86	3	66	64	25	5	3	1.33
28531928--28531986	31	1.9	31	89	0	91	44	11	10	33	1.75
28549502--28549627	63	2.0	63	100	0	252	38	17	19	25	1.93
28551637--28551688	24	2.2	24	80	13	63	48	0	7	44	1.31
28555715--28555760	22	2.1	22	100	0	92	32	17	4	45	1.68
28555719--28555768	22	2.5	20	87	12	68	34	20	4	42	1.70
28559712--28559802	44	2.1	44	87	4	130	31	25	5	37	1.79
28569947--28570016	36	1.9	36	83	11	90	32	7	20	40	1.79
28575818--28575895	29	2.6	30	71	13	72	47	2	1	48	1.23
28576543--28576677	31	4.2	31	80	4	135	37	5	2	54	1.35
28576541--28576677	64	2.1	65	80	9	156	37	5	2	54	1.35
28583692--28583735	21	2.1	21	83	8	54	79	9	0	11	0.93
28583778--28583820	20	2.2	19	84	12	52	74	0	11	13	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28583752--28583820	18	3.7	18	73	17	59	69	1	13	15	1.26
28584247--28584313	20	3.4	20	70	4	64	65	1	13	19	1.34
28584560--28584615	19	2.8	20	75	5	60	50	8	14	26	1.72
28584647--28584719	20	3.7	20	78	9	60	53	6	20	19	1.67
28584644--28584749	19	5.4	19	66	18	56	56	8	17	16	1.65
28584742--28584787	19	2.4	19	88	0	74	54	19	15	10	1.70
28584725--28584790	19	3.5	20	78	14	68	56	15	15	13	1.69
28584745--28584807	19	3.3	19	84	4	63	58	12	14	14	1.63
28584745--28584808	20	3.2	20	84	2	58	59	12	14	14	1.62
28584799--28584878	20	4.1	19	69	16	56	62	3	12	21	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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