genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.106.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  106  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24866175--24866327	58	2.6	57	81	9	184	35	1	30	32	1.66
24866280--24866518	30	8.0	30	82	8	240	35	4	23	36	1.74
24867228--24867255	14	2.0	14	100	0	56	35	21	21	21	1.96
24868570--24868655	28	3.0	28	74	16	77	36	1	2	60	1.17
24868726--24868755	15	1.9	16	93	6	53	66	0	0	33	0.92
24872200--24872396	39	5.2	39	81	8	201	22	20	22	34	1.97
24872200--24872340	73	1.9	73	86	2	203	23	20	22	33	1.97
24873957--24873999	11	3.9	11	79	11	52	20	46	18	13	1.83
24884003--24884327	159	2.0	159	96	0	605	19	13	20	45	1.84
24885860--24885902	12	3.6	12	81	12	61	32	9	11	46	1.72
24885857--24885934	24	3.3	24	90	1	122	32	11	14	42	1.81
24885872--24885938	12	5.8	12	72	11	50	29	11	16	41	1.84
24887550--24887593	20	2.2	20	87	0	61	56	2	0	40	1.11
24889920--24889945	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
24892174--24892403	30	7.7	29	78	5	192	34	26	2	36	1.69
24892197--24892383	60	3.1	59	82	6	216	34	25	1	37	1.66
24892178--24892385	89	2.3	89	81	4	240	35	26	1	36	1.68
24898340--24898565	99	2.3	99	92	0	380	36	18	27	17	1.93
24898395--24898713	148	2.2	147	89	1	478	36	18	26	18	1.94
24898421--24898726	147	2.1	148	88	3	438	36	19	25	17	1.94
24898341--24898844	49	10.2	50	73	9	385	36	18	27	17	1.93
24898546--24898866	98	3.3	98	87	2	441	37	20	26	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24899641--24899674	15	2.3	15	90	5	52	79	8	0	11	0.94
24901151--24901536	30	13.0	30	81	7	412	37	23	1	37	1.64
24901515--24901578	30	2.1	30	88	0	92	31	23	4	40	1.75
24904957--24905028	28	2.6	28	84	4	83	31	8	29	30	1.87
24905040--24905173	59	2.3	59	84	3	164	41	5	22	30	1.78
24905072--24905208	30	4.6	30	78	12	122	40	4	24	31	1.75
24905071--24905181	59	1.9	59	92	1	188	40	4	23	31	1.75
24905101--24905360	30	8.8	29	75	16	173	37	2	24	35	1.70
24905161--24905340	59	3.1	58	78	13	199	37	2	24	36	1.68
24905101--24905326	89	2.6	86	80	10	226	37	3	24	34	1.71
24907783--24908199	39	10.7	38	70	7	230	28	19	27	25	1.99
24907782--24908210	78	5.5	78	86	2	567	27	19	27	25	1.99
24908258--24908460	101	2.0	99	84	6	266	31	17	17	34	1.93
24908540--24908674	49	2.8	49	72	7	123	20	27	17	34	1.95
24908554--24908674	49	2.5	49	79	4	129	19	28	15	35	1.93
24908553--24908981	97	4.4	97	78	10	392	15	28	19	36	1.93
24908678--24908976	49	6.1	49	85	1	395	14	29	20	36	1.91
24908572--24908974	146	2.8	146	83	5	408	15	28	19	36	1.92
24910221--24910294	8	8.8	8	75	16	51	4	14	2	78	1.01
24913306--24914536	628	2.0	623	78	7	1294	31	17	16	34	1.92
24915997--24916050	28	1.9	28	96	0	99	29	12	31	25	1.93
24916062--24916348	59	4.9	58	84	5	292	37	5	24	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24916091--24916348	59	4.4	59	87	1	347	37	4	25	32	1.75
24916124--24916410	29	9.8	29	75	16	229	36	4	26	33	1.76
24916118--24916410	59	5.0	57	82	9	308	36	4	26	32	1.76
24916027--24916415	118	3.3	117	81	6	380	35	5	26	31	1.80
24918366--24918436	30	2.4	29	81	4	88	49	5	2	42	1.41
24923251--24923308	29	2.0	30	89	3	91	31	1	12	55	1.47
24923482--24923560	29	2.5	31	82	13	92	50	8	2	37	1.47
24923538--24923723	92	2.0	92	100	0	372	38	15	12	33	1.86
24923706--24923747	22	1.9	22	90	0	66	16	28	11	42	1.84
24923752--24923810	3	19.3	3	83	10	75	0	28	0	71	0.87
24931622--24931674	26	2.1	26	86	10	74	35	1	1	60	1.19
24934546--24934595	25	2.0	25	100	0	100	32	12	4	52	1.57
24935061--24935124	31	2.1	31	90	0	101	39	7	4	48	1.53
24935396--24935437	22	1.9	22	85	0	57	38	0	7	54	1.28
24935408--24935467	16	4.0	15	75	20	63	43	0	3	53	1.17
24941232--24941361	65	2.0	65	100	0	260	40	16	18	24	1.91
24943479--24943822	172	2.0	174	86	4	491	41	13	11	33	1.80
24944672--24944710	14	2.8	14	80	0	51	28	5	5	61	1.39
24948419--24948794	125	3.0	125	83	4	470	29	12	20	36	1.90
24950040--24950094	25	2.2	25	80	0	65	45	5	3	45	1.44
24952671--24952699	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
24961346--24961406	31	2.0	31	86	0	86	21	6	19	52	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24963308--24963342	7	5.0	7	100	0	70	71	0	0	28	0.86
24969089--24969120	14	2.2	14	94	5	55	56	0	0	43	0.99
24971443--24971502	31	1.9	31	93	0	102	25	16	30	28	1.97
24988361--24988441	27	3.0	27	92	0	126	17	32	30	19	1.95
24989621--24989677	29	2.0	28	83	10	71	36	0	3	59	1.14
24989743--24989781	15	2.7	15	88	4	53	69	0	2	28	1.02
24989927--24989981	23	2.4	22	82	8	65	43	3	1	50	1.30
24989910--24989982	6	12.7	6	72	18	57	42	4	1	52	1.29
24989930--24989997	17	3.9	17	80	16	61	44	2	1	51	1.25
24989910--24989982	11	6.3	12	74	16	57	42	4	1	52	1.29
24989907--24989983	12	6.8	11	76	10	75	44	3	1	50	1.28
24990083--24990128	12	3.5	13	88	11	67	43	26	13	17	1.85
24990291--24990325	17	2.1	17	100	0	70	57	17	11	14	1.66
24990826--24990908	30	2.8	30	96	0	148	40	22	3	32	1.71
24990921--24991016	30	3.2	30	72	7	97	33	29	3	34	1.73
24990925--24991023	29	3.4	29	70	6	83	31	31	5	32	1.79
24992034--24992066	10	3.3	10	95	0	57	27	6	9	57	1.53
24994996--24995045	26	1.9	26	91	0	82	36	0	6	58	1.23
24995002--24995051	26	1.9	26	91	0	82	32	0	10	58	1.31
24998147--24998204	22	2.8	21	84	12	75	29	25	43	1	1.65
24998311--24998349	15	2.6	15	88	8	53	43	0	0	56	0.99
25002579--25002618	9	4.0	10	84	12	55	15	2	0	82	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25002918--25002970	24	2.2	25	93	3	90	28	1	1	67	1.11
25004085--25004117	12	2.8	12	86	4	50	60	0	6	33	1.21
25006159--25006200	22	1.9	22	85	0	57	78	4	2	14	1.01
25013255--25013359	53	2.0	53	85	7	142	40	10	15	34	1.81
25018183--25018995	216	3.6	216	79	10	681	20	14	18	46	1.84
25018175--25019073	222	4.0	217	78	11	769	20	14	18	46	1.84
25021279--25021311	16	2.0	17	88	5	50	30	3	0	66	1.06
25029756--25029795	18	2.2	18	86	0	53	42	0	0	57	0.98
25030064--25030106	22	2.1	19	83	12	50	37	4	0	58	1.19
25034586--25034629	20	2.2	20	83	0	52	45	4	4	45	1.44
25035221--25035280	29	2.0	30	84	9	79	25	10	13	51	1.71
25050380--25050439	30	2.0	30	90	0	93	35	26	25	13	1.93
25050787--25051010	59	3.8	56	75	12	184	33	3	25	37	1.72
25050852--25051053	29	7.1	28	71	15	94	35	1	25	37	1.67
25050769--25050951	87	2.1	88	86	5	255	32	4	26	36	1.76
25050827--25051010	29	6.3	29	73	15	121	34	2	23	39	1.67
25052712--25052792	6	14.0	6	71	7	69	53	3	1	41	1.27
25052712--25052820	17	6.4	17	81	5	121	53	4	1	40	1.32
25052714--25052769	29	1.9	29	85	7	78	53	3	1	41	1.29
25052731--25052792	23	2.7	23	82	5	72	54	4	1	38	1.31
25052731--25052786	11	4.8	12	82	10	64	55	5	1	37	1.33
25053401--25053703	162	1.9	162	96	0	561	21	21	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25053518--25053928	211	1.9	211	93	0	696	22	23	18	36	1.95
25060502--25060781	29	9.7	29	74	9	178	31	6	26	35	1.83
25060499--25060770	58	4.7	56	80	5	238	31	7	27	33	1.84
25060545--25060759	87	2.5	87	76	3	200	30	7	26	35	1.85
25060617--25060907	29	9.9	29	70	15	145	35	3	23	37	1.72
25060675--25060907	58	4.0	60	70	11	162	37	2	22	38	1.66
25060856--25060938	30	2.8	30	86	0	103	38	4	20	36	1.74
25062558--25062609	23	2.2	24	86	3	70	53	3	3	38	1.37
25062582--25062637	17	3.3	17	87	7	78	55	5	1	37	1.33
25064215--25064298	40	2.1	41	97	2	161	36	7	9	46	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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