genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10354264--10354508	62	4.0	61	91	2	375	38	16	18	26	1.92
10354448--10354942	214	2.3	217	83	5	603	36	13	18	30	1.90
10354894--10355005	54	2.1	53	86	1	152	38	16	19	25	1.92
10355225--10355336	54	2.1	53	85	6	145	35	17	17	28	1.93
10354664--10355727	330	3.2	331	87	4	1414	38	15	18	27	1.92
10355541--10355964	62	6.9	62	88	1	600	38	15	18	27	1.90
10355541--10355964	123	3.4	124	92	1	665	38	15	18	27	1.90
10355556--10355964	185	2.2	185	88	0	586	39	15	18	27	1.90
10355945--10356406	215	2.1	218	81	7	532	37	13	18	30	1.89
10356359--10356471	54	2.1	54	86	3	156	38	18	19	23	1.93
10356133--10357877	331	5.2	330	67	19	884	38	15	18	27	1.91
10356673--10356982	62	5.0	62	90	1	451	38	14	19	27	1.91
10356673--10356982	123	2.5	124	90	1	478	38	14	19	27	1.91
10356952--10357415	212	2.2	217	82	7	563	38	13	17	29	1.88
10357368--10357481	54	2.1	55	85	4	151	38	18	18	24	1.93
10357688--10357998	62	5.0	62	84	6	389	38	14	18	27	1.90
10357688--10357996	125	2.5	124	85	6	401	39	14	19	27	1.90
10358255--10358443	62	3.0	62	83	2	254	37	17	16	27	1.92
10358605--10358833	58	3.8	61	84	6	279	39	14	17	28	1.89
10358708--10359665	277	3.5	274	84	6	1227	39	13	17	28	1.88
10359540--10359724	62	3.0	61	87	9	256	38	16	18	27	1.92
10359261--10360060	336	2.4	335	86	7	1084	40	14	17	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10359877--10360111	61	3.9	62	81	8	245	38	16	16	28	1.90
10359618--10360623	510	2.0	506	89	5	1559	39	15	17	27	1.90
10360386--10360631	61	4.0	61	87	4	352	38	15	19	26	1.91
10360402--10360631	123	1.9	124	90	2	374	39	15	18	26	1.91
10360386--10360631	62	4.0	62	87	4	356	38	15	19	26	1.91
10360681--10360829	79	1.9	79	87	5	221	34	10	21	33	1.88
10360865--10361049	62	3.0	62	85	0	246	38	17	16	26	1.91
10361204--10361449	61	4.0	62	92	1	388	37	15	19	27	1.92
10360758--10361388	339	1.9	339	90	1	1014	39	13	18	28	1.89
10361204--10361449	123	2.0	123	93	0	420	37	15	19	27	1.92
10360865--10361668	401	2.0	400	84	2	1060	39	14	17	29	1.89
10361389--10361883	214	2.3	217	83	5	641	38	12	17	31	1.87
10361819--10362008	63	3.0	63	81	6	235	40	16	16	26	1.90
10361823--10362008	62	3.0	61	80	8	223	40	17	16	25	1.89
10362157--10362340	62	3.0	61	84	3	217	38	17	16	27	1.91
10362494--10362741	62	4.0	62	93	0	406	37	15	19	27	1.92
10361609--10362682	339	3.2	339	88	2	1561	39	14	17	28	1.89
10362189--10364249	402	4.9	401	67	16	1103	39	14	17	28	1.88
10363107--10363295	62	3.0	62	82	3	229	41	15	16	26	1.88
10363446--10363629	62	3.0	61	84	3	217	38	17	16	27	1.91
10362900--10363972	337	3.2	337	87	3	1475	40	14	17	27	1.88
10363784--10364031	62	4.0	62	91	0	388	37	14	19	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10364397--10364585	62	3.0	62	83	3	238	40	15	16	26	1.89
10364737--10364920	62	3.0	61	84	3	217	38	17	16	27	1.91
10364190--10365263	338	3.2	336	88	3	1525	40	14	17	27	1.88
10365075--10365322	62	4.0	62	93	0	406	37	15	19	27	1.92
10364769--10365540	402	1.9	401	85	1	1071	39	13	17	29	1.88
10365688--10365876	62	3.0	62	83	3	238	40	15	16	26	1.89
10366028--10366211	62	3.0	61	84	3	217	38	17	16	27	1.91
10365481--10366554	338	3.2	336	87	3	1516	40	14	17	27	1.88
10366366--10366613	62	4.0	62	92	0	397	37	15	19	27	1.92
10366060--10366832	402	1.9	402	85	1	1057	39	14	17	29	1.88
10366552--10367044	211	2.3	215	83	5	626	38	12	17	31	1.87
10366980--10367168	62	3.0	62	83	3	238	40	15	16	26	1.89
10367320--10367503	62	3.0	61	84	3	217	38	17	16	27	1.91
10366773--10367846	338	3.2	337	88	3	1534	40	14	17	27	1.88
10367658--10367905	62	4.0	62	93	0	406	37	15	19	27	1.92
10367352--10368123	402	1.9	401	85	1	1071	39	13	17	29	1.88
10368271--10368459	62	3.0	62	83	3	238	40	15	16	26	1.89
10368611--10368794	62	3.0	61	84	3	217	38	17	16	27	1.91
10368064--10369137	338	3.2	337	88	3	1534	40	14	17	27	1.88
10368949--10369196	62	4.0	62	93	0	406	37	15	19	27	1.92
10368643--10369414	402	1.9	401	85	1	1071	39	13	17	29	1.88
10369562--10369750	62	3.0	62	83	4	231	40	16	16	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10368399--10370274	953	2.0	954	90	1	2976	39	14	17	28	1.89
10369902--10370148	62	4.0	62	87	1	334	40	14	19	26	1.89
10369355--10370085	340	2.2	335	87	3	1049	40	14	17	27	1.88
10369902--10370148	123	2.0	123	87	0	350	40	14	19	26	1.89
10370382--10370566	62	3.0	62	88	0	271	37	17	18	25	1.93
10369460--10371097	820	2.0	819	92	1	2721	38	14	18	28	1.90
10370724--10370964	62	3.9	62	89	0	365	38	15	19	26	1.91
10370910--10371404	214	2.3	215	83	5	617	37	13	18	30	1.89
10370910--10371404	215	2.3	216	83	5	628	37	13	18	30	1.89
10371344--10371521	62	2.9	61	81	5	214	41	16	17	24	1.89
10371680--10371864	61	3.0	61	84	4	228	37	14	20	28	1.91
10371130--10372082	339	2.8	336	84	4	1195	39	13	17	29	1.89
10371468--10372637	554	2.1	554	85	3	1550	39	14	17	29	1.89
10371803--10372297	214	2.3	215	84	5	646	38	12	17	31	1.87
10372233--10372414	62	2.9	62	82	4	217	40	17	17	25	1.90
10370799--10372757	893	2.2	893	96	0	3639	39	13	17	28	1.89
10372023--10372760	340	2.2	337	87	3	1097	39	14	17	28	1.89
10372641--10372758	61	2.1	53	80	14	123	40	14	19	25	1.89
10372573--10372819	62	4.0	62	89	1	343	39	14	19	26	1.90
10372573--10372819	123	2.0	123	87	0	359	39	14	19	26	1.90
10372128--10373768	820	2.0	822	92	0	2707	38	14	18	28	1.90
10373053--10373237	62	3.0	62	90	0	280	38	17	18	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10373395--10373635	62	3.9	62	89	0	347	38	14	19	27	1.91
10373602--10374076	215	2.2	215	83	5	582	39	13	16	30	1.87
10374028--10374448	62	6.8	62	88	1	603	39	15	18	26	1.90
10374624--10374750	62	2.0	62	89	0	191	35	18	18	26	1.95
10374820--10374917	49	2.0	50	84	9	130	33	9	21	35	1.85
10375022--10375243	62	3.6	60	79	8	232	40	15	18	25	1.90
10375186--10375678	215	2.3	216	83	5	631	39	13	16	30	1.88
10375403--10376572	278	4.2	276	91	1	1702	39	14	17	28	1.89
10375892--10376018	62	2.0	62	90	0	200	37	15	18	29	1.92
10376170--10376295	62	2.0	61	86	4	173	38	15	15	30	1.88
10376446--10376634	62	3.0	61	86	3	243	38	15	18	27	1.91
10376786--10376973	62	3.0	62	84	0	243	37	15	17	29	1.91
10376170--10377655	340	4.4	341	87	1	2065	39	15	17	28	1.90
10377127--10377315	62	3.0	61	85	1	225	38	15	17	28	1.91
10376190--10377655	681	2.2	680	88	2	2138	39	15	17	27	1.89
10377467--10377776	62	5.0	62	94	0	530	38	15	18	27	1.91
10377715--10378211	215	2.3	216	78	5	533	40	13	17	28	1.87
10378149--10378267	62	1.9	62	86	3	168	42	18	18	20	1.89
10377931--10378545	277	2.2	277	82	4	708	41	15	17	26	1.88
10378422--10378669	62	4.0	62	88	0	361	37	16	19	26	1.92
10377529--10379445	894	2.1	896	89	1	2907	39	14	17	27	1.89
10379041--10379167	62	2.0	62	87	0	182	38	14	17	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10379319--10379445	62	2.0	62	89	0	191	37	14	18	29	1.91
10378829--10380278	278	5.2	277	93	1	2255	39	14	17	28	1.89
10379597--10379723	62	2.0	62	90	0	200	37	15	18	29	1.92
10379875--10380001	62	2.0	62	89	0	191	37	14	18	29	1.91
10380152--10380340	62	3.0	62	88	0	261	39	15	18	26	1.90
10380492--10380679	62	3.0	62	83	0	234	37	15	17	29	1.91
10379875--10381361	340	4.4	341	88	1	2126	39	14	17	27	1.90
10379875--10381361	681	2.2	680	88	1	2196	39	14	17	27	1.90
10380833--10381021	62	3.0	61	85	1	225	38	15	17	28	1.91
10381173--10381420	62	4.0	62	95	0	424	37	15	18	27	1.91

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