genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10139666--10139851	62	3.0	61	88	3	266	36	16	19	27	1.94
10140226--10140410	62	3.0	61	81	7	201	41	15	18	25	1.89
10140559--10140807	62	4.0	61	92	2	381	37	16	18	27	1.92
10140745--10141238	215	2.3	213	82	5	586	37	14	18	29	1.90
10141190--10141303	54	2.1	54	90	0	174	37	16	19	26	1.93
10141507--10141751	62	4.0	61	91	2	366	38	16	18	26	1.91
10141694--10142183	215	2.3	213	80	5	526	37	14	18	29	1.91
10142135--10142248	54	2.1	54	90	0	174	37	16	19	26	1.93
10142450--10142693	62	4.0	62	91	3	377	38	16	18	26	1.92
10142450--10142693	123	2.0	123	90	3	384	38	16	18	26	1.92
10142633--10143128	215	2.3	217	82	5	596	36	13	18	30	1.90
10143080--10143192	54	2.1	54	88	0	163	38	15	19	26	1.92
10143413--10143524	54	2.1	53	85	6	145	35	17	17	28	1.93
10142849--10143916	332	3.2	331	88	3	1441	38	15	18	27	1.91
10143729--10144153	62	6.9	62	88	1	611	38	15	18	28	1.91
10143729--10144153	123	3.4	123	93	1	665	38	15	18	28	1.91
10144134--10144594	213	2.1	218	80	8	500	38	13	18	30	1.89
10144548--10144686	55	2.4	57	82	10	158	40	18	20	20	1.92
10144862--10145169	62	5.0	61	90	3	431	37	15	19	27	1.92
10145139--10145595	209	2.2	214	81	8	542	38	14	18	28	1.90
10145880--10146187	61	5.0	61	86	6	383	28	18	14	38	1.90
10146390--10146499	53	2.1	52	85	8	143	24	20	17	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10146002--10146731	329	2.2	332	82	8	846	27	18	14	39	1.90
10146886--10147493	62	10.0	62	84	7	721	28	19	15	37	1.92
10146886--10147462	245	2.4	245	86	6	780	27	19	15	37	1.91
10147643--10148316	61	11.1	60	77	12	564	27	18	15	38	1.91
10147694--10147805	52	2.1	54	88	3	165	25	18	16	40	1.91
10147749--10148316	61	9.3	62	81	9	630	28	18	15	38	1.91
10148467--10148644	54	3.0	57	74	15	166	24	19	16	38	1.92
10148516--10148627	54	2.1	54	89	0	170	25	18	16	38	1.92
10149014--10149322	62	5.0	62	88	2	426	28	18	14	38	1.91
10149526--10149639	54	2.1	55	85	4	151	24	18	18	38	1.93
10149592--10150064	215	2.2	217	83	6	577	29	17	13	38	1.89
10150027--10150336	62	5.0	62	91	0	467	27	19	14	37	1.91
10150540--10150652	54	2.1	54	86	3	156	23	19	18	38	1.93
10148126--10150884	332	8.2	327	67	16	1323	27	18	15	38	1.91
10150605--10151089	215	2.2	218	80	7	542	30	18	13	37	1.89
10151047--10151471	62	6.9	62	88	0	611	28	18	14	38	1.90
10151047--10151471	124	3.4	124	93	1	676	28	18	14	38	1.90
10151675--10151786	54	2.1	53	85	6	145	28	17	17	35	1.93
10151285--10152351	332	3.2	331	88	3	1448	27	18	15	38	1.91
10152007--10152119	54	2.1	54	88	0	163	26	19	15	38	1.92
10152506--10152750	62	4.0	62	92	0	384	26	18	16	38	1.92
10152564--10153295	329	2.2	329	83	5	873	27	18	15	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10152954--10153067	54	2.1	54	90	0	174	26	19	16	37	1.93
10153450--10153682	62	3.8	62	93	0	394	26	18	16	38	1.92
10151623--10154591	946	3.1	945	93	1	4936	27	18	15	38	1.91
10153868--10154031	63	2.6	63	83	2	188	24	19	15	40	1.90
10153847--10154031	62	3.0	62	80	5	212	25	18	15	41	1.89
10154406--10154591	62	3.0	62	89	1	275	27	19	16	36	1.94
10154798--10154904	54	2.0	54	85	3	144	22	18	19	39	1.93
10154189--10155138	331	2.8	334	82	4	1076	27	18	15	38	1.91
10154860--10155335	215	2.2	216	83	5	588	29	17	14	38	1.90
10155294--10155541	62	4.0	62	89	0	370	28	18	15	36	1.92
10154141--10156436	957	2.5	888	85	7	2720	27	18	15	38	1.91
10155722--10155882	63	2.6	62	82	3	189	25	19	16	38	1.92
10155693--10155876	63	3.0	61	79	5	183	25	19	16	39	1.91
10155353--10156094	338	2.2	338	82	3	884	27	18	15	38	1.91
10156251--10156482	62	3.7	62	94	1	394	25	18	16	38	1.92
10156706--10156810	54	1.9	54	86	3	149	22	19	17	40	1.91
10156768--10157243	215	2.2	217	83	5	590	29	17	14	38	1.89
10154406--10163191	951	9.2	952	89	4	12358	27	18	15	38	1.91
10157202--10157449	62	4.0	62	91	0	388	28	18	15	37	1.91
10157601--10157784	63	3.0	61	78	4	181	25	18	16	39	1.91
10158159--10158390	62	3.7	62	92	1	385	25	18	17	38	1.92
10158614--10158720	54	2.0	54	87	3	153	22	18	18	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10158676--10159151	215	2.2	217	83	5	588	29	17	14	38	1.90
10159110--10159357	62	4.0	62	90	0	370	28	17	15	38	1.90
10159541--10159698	63	2.5	62	82	2	199	25	19	15	39	1.91
10159506--10159691	62	3.0	61	80	2	210	24	18	15	40	1.90
10160065--10160312	62	4.0	62	90	1	372	28	17	15	38	1.90
10160451--10160634	63	3.0	61	79	4	190	25	19	15	40	1.90
10161008--10161242	62	3.8	62	93	2	391	25	18	16	39	1.91
10161463--10161569	54	2.0	54	88	0	160	22	17	18	41	1.91
10161939--10162240	62	4.9	62	88	0	444	27	19	15	37	1.91
10161939--10162240	123	2.4	124	87	1	435	27	19	15	37	1.91
10162446--10162556	54	2.1	54	87	0	159	26	19	15	38	1.91
10162508--10163005	215	2.3	217	82	6	591	30	17	13	37	1.89
10162951--10163375	62	6.9	62	89	0	602	28	18	15	37	1.91
10163526--10163652	62	2.0	62	89	0	191	27	18	18	35	1.94
10163251--10163867	277	2.2	275	87	3	884	28	17	14	39	1.89
10163588--10164083	215	2.3	216	83	3	615	29	16	13	39	1.88
10164022--10164235	62	3.5	62	90	2	315	28	17	14	39	1.90
10163804--10164544	399	1.9	401	85	2	1035	28	17	15	38	1.90
10164418--10164544	62	2.0	62	89	0	191	27	18	18	35	1.94
10164143--10164759	277	2.2	275	87	2	873	29	17	14	38	1.89
10163130--10166018	892	3.2	892	96	0	5215	28	18	14	39	1.89
10164480--10164975	215	2.3	216	84	3	633	30	17	13	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10164914--10165159	62	4.0	62	90	1	343	28	17	15	38	1.90
10164696--10165436	399	1.9	401	85	2	1035	28	17	14	38	1.90
10165310--10165436	62	2.0	62	87	0	182	28	18	17	35	1.94
10165372--10165866	215	2.3	215	82	5	599	29	18	14	37	1.90
10165806--10166170	62	5.9	62	88	0	543	25	18	15	40	1.91
10166328--10166454	62	2.0	62	86	5	177	29	18	15	37	1.92
10166390--10166885	214	2.3	216	81	7	562	29	18	14	38	1.89
10166824--10167234	184	2.2	185	87	4	589	25	19	15	39	1.91
10166824--10167238	62	6.8	61	86	4	575	25	19	15	39	1.91
10167406--10167532	62	2.0	62	89	5	195	27	18	18	35	1.94
10167128--10167732	278	2.2	277	86	4	869	26	19	15	38	1.91
10167468--10167963	215	2.3	216	81	5	556	29	18	14	38	1.90
10167902--10168071	62	2.7	62	90	1	270	27	18	16	38	1.92
10167684--10168635	340	2.8	335	81	5	1055	28	18	14	38	1.90
10168299--10168426	62	2.1	61	80	1	139	28	21	14	35	1.93
10167435--10169313	888	2.1	892	92	1	3124	27	18	15	38	1.91
10168790--10168969	62	2.9	62	88	0	252	25	20	16	38	1.92
10168023--10169177	548	2.1	542	81	6	1320	27	18	15	38	1.91
10169127--10169431	62	5.0	61	84	4	400	24	18	17	39	1.92
10168572--10169297	340	2.1	340	84	2	917	26	18	16	38	1.92
10169127--10169430	122	2.5	123	85	6	409	25	18	17	39	1.92
10169618--10169776	62	2.6	62	84	1	203	27	20	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10168790--10169776	462	2.1	464	91	1	1588	25	19	16	38	1.92
10169251--10169991	339	2.2	339	85	4	994	27	19	14	39	1.90
10169713--10170206	215	2.3	215	84	4	622	30	17	13	38	1.89
10170145--10170569	62	6.9	62	88	1	622	26	18	15	38	1.91
10170145--10170569	183	2.3	185	88	2	622	26	18	15	38	1.91
10170751--10170909	62	2.6	61	80	5	167	25	20	16	36	1.94
10170415--10171655	339	3.7	338	83	5	1519	26	18	15	39	1.90
10171060--10171227	64	2.7	62	86	5	232	25	14	19	40	1.90
10171429--10171588	62	2.6	62	83	0	194	23	21	17	37	1.94
10171874--10172036	62	2.6	62	90	0	263	26	18	16	38	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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