genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2010782--2011456	295	2.3	294	82	4	820	19	24	17	38	1.93
2010781--2011433	49	13.3	49	70	11	352	19	24	17	38	1.93
2011217--2011463	49	5.0	49	71	8	171	17	25	19	38	1.93
2011395--2011534	71	2.0	71	82	2	174	20	25	20	34	1.96
2011293--2011616	169	1.9	169	89	1	497	19	24	19	36	1.95
2011468--2011650	49	3.7	49	72	12	144	19	25	18	36	1.94
2011462--2011650	98	1.9	98	89	4	292	19	24	18	37	1.94
2012759--2012837	7	11.7	7	75	16	51	0	20	1	78	0.82
2012758--2012862	27	3.8	28	79	13	92	1	18	0	79	0.89
2012758--2012863	29	3.5	29	77	14	97	1	18	0	78	0.90
2012755--2012835	41	2.0	40	83	9	101	0	20	1	77	0.83
2012783--2012846	16	3.9	16	79	6	65	0	17	1	81	0.77
2012758--2012862	34	3.0	36	82	13	123	1	18	0	79	0.89
2012770--2012862	24	3.7	24	77	14	80	2	16	1	80	0.86
2013681--2013715	16	2.1	17	89	5	54	0	22	0	77	0.78
2013674--2013715	9	4.7	9	77	11	50	0	23	0	76	0.79
2017964--2018048	27	3.1	27	86	6	118	28	11	29	30	1.92
2017963--2018052	28	3.2	28	87	6	130	27	11	30	31	1.91
2018153--2018399	58	4.2	58	77	8	241	36	3	23	36	1.71
2018153--2018399	29	8.4	29	73	10	173	36	3	23	36	1.71
2020056--2020090	17	2.1	17	88	0	52	51	0	2	45	1.16
2020065--2020131	34	2.0	34	85	5	91	53	8	4	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2020056--2020125	17	4.1	16	67	10	50	51	5	4	38	1.45
2020594--2021985	197	7.0	197	89	2	2084	23	22	19	34	1.96
2020594--2021978	599	2.3	591	90	2	2124	23	22	19	34	1.96
2021917--2022033	48	2.4	48	97	0	216	24	26	13	35	1.93
2021720--2022239	245	2.1	247	89	3	803	24	23	17	35	1.95
2022796--2023011	100	2.2	100	78	1	245	16	24	20	38	1.92
2024164--2024240	6	12.3	6	79	8	73	0	19	1	79	0.81
2029638--2029877	29	8.2	29	71	15	122	37	4	22	36	1.74
2029646--2029895	59	4.3	58	75	8	220	36	4	21	37	1.74
2029748--2029826	30	2.7	29	78	3	95	39	0	24	36	1.55
2029668--2029884	29	7.4	29	71	11	140	36	3	22	37	1.71
2032271--2032459	97	1.9	97	84	4	247	38	13	16	31	1.88
2032687--2032913	58	4.0	58	76	8	207	33	8	25	32	1.86
2032756--2032918	29	5.6	30	75	16	130	36	7	22	33	1.82
2032676--2032880	28	7.1	28	71	14	98	33	8	24	33	1.86
2032804--2032930	30	4.3	30	72	14	113	34	5	26	33	1.80
2032819--2032937	29	4.1	30	76	13	90	32	5	25	36	1.80
2034770--2034879	17	6.4	17	79	9	98	51	2	0	45	1.15
2034770--2034861	6	16.0	6	73	13	86	52	2	0	45	1.13
2034788--2034879	28	3.4	28	73	15	79	53	3	0	43	1.17
2034792--2034879	23	3.9	23	76	11	83	54	3	0	42	1.17
2036213--2036268	11	5.0	11	82	4	67	41	1	1	55	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2036200--2036281	17	4.9	16	78	10	58	40	2	2	54	1.26
2036216--2036282	34	2.0	34	85	5	91	41	1	1	55	1.18
2036210--2036284	17	4.5	16	83	11	80	45	1	1	52	1.17
2036213--2036267	6	9.7	6	76	11	53	41	1	1	54	1.21
2038252--2038571	59	5.4	59	81	4	308	35	24	4	35	1.75
2038252--2038575	29	11.0	29	78	10	259	35	24	4	35	1.76
2038320--2038655	29	11.5	31	78	12	101	33	25	5	35	1.80
2038549--2038893	146	2.4	145	80	8	369	32	24	6	35	1.82
2038579--2038749	58	2.9	58	76	4	157	32	26	7	34	1.83
2038698--2038759	28	2.2	28	82	5	81	37	30	6	25	1.81
2042866--2042915	15	3.3	15	80	20	59	72	0	0	28	0.86
2043556--2043590	4	8.8	4	87	0	52	20	5	22	51	1.68
2051693--2051717	13	1.9	13	100	0	50	36	8	8	48	1.62
2052067--2052099	9	3.7	9	88	12	50	36	0	0	63	0.95
2052147--2052254	20	5.4	19	76	12	92	30	2	5	61	1.33
2058852--2058934	3	27.7	3	92	4	96	60	0	38	1	1.05
2059481--2059523	13	3.2	13	84	15	52	55	2	0	41	1.12
2061245--2061274	12	2.4	13	94	5	53	33	13	0	53	1.40
2074392--2074423	12	2.6	13	85	14	50	68	0	15	15	1.21
2079300--2079352	19	2.8	18	86	11	70	28	0	1	69	0.99
2079300--2079355	20	2.8	19	81	8	67	28	0	1	69	0.98
2079394--2079440	9	5.2	9	80	10	51	29	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2079403--2079477	17	4.2	17	79	8	71	32	1	2	64	1.16
2079392--2079479	8	9.9	9	76	11	76	32	1	2	63	1.14
2081843--2081898	24	2.3	25	93	6	105	32	12	10	44	1.77
2090527--2091073	272	2.0	272	99	0	1076	31	21	14	32	1.93
2095456--2095516	32	1.9	31	83	9	79	62	0	0	37	0.96
2099029--2099068	16	2.5	17	80	19	50	37	2	0	60	1.11
2104669--2104776	54	2.0	54	94	0	189	31	15	16	36	1.91
2112678--2112720	21	2.0	21	90	0	68	30	11	25	32	1.91
2114606--2114643	20	1.9	20	88	0	58	39	10	26	23	1.87
2114775--2114832	29	2.0	29	100	0	116	55	6	3	34	1.44
2114899--2114936	11	3.5	11	92	3	60	23	0	2	73	0.95
2114887--2114951	11	6.0	10	81	12	58	27	1	3	67	1.14
2119489--2119589	9	10.8	9	71	14	62	45	0	2	50	1.23
2119491--2119582	19	4.9	19	70	15	75	44	1	2	52	1.20
2119545--2119601	19	3.1	19	85	12	66	42	0	5	52	1.24
2119682--2119719	18	2.1	18	90	0	58	36	10	10	42	1.74
2124636--2124703	31	2.2	31	86	2	93	39	7	13	39	1.72
2137736--2137807	24	3.0	24	80	8	67	51	19	11	18	1.75
2140921--2140983	9	7.0	9	83	0	63	44	0	31	23	1.54
2141116--2141164	14	3.5	14	86	5	64	20	32	26	20	1.97
2143328--2143361	3	11.3	3	87	0	50	61	32	5	0	1.20
2144465--2144512	17	2.9	17	81	3	62	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2145980--2146033	2	27.5	2	89	10	85	48	0	1	50	1.11
2146086--2146125	21	1.9	21	94	0	71	52	2	0	45	1.14
2158014--2158315	152	2.0	152	94	1	534	36	11	9	42	1.74
2164677--2164733	29	2.0	29	85	0	78	28	12	14	45	1.80
2170520--2170603	17	4.9	17	77	10	73	41	3	3	51	1.36
2170540--2170618	23	3.5	23	75	11	67	44	2	5	48	1.38
2170533--2170603	34	2.1	34	84	5	90	42	2	4	50	1.36
2171319--2171369	22	2.3	23	86	10	79	58	3	0	37	1.16
2171919--2172012	46	2.0	47	97	2	181	55	10	10	23	1.65
2172422--2172693	30	9.2	29	73	10	158	39	21	1	37	1.64
2172413--2172634	60	3.7	59	82	3	234	40	18	2	38	1.65
2172420--2172617	90	2.2	90	80	3	238	39	19	2	38	1.65
2172413--2172646	30	7.9	30	76	3	206	39	20	2	37	1.66
2172629--2172735	30	3.6	27	72	21	81	34	28	0	36	1.64
2172645--2172794	59	2.5	58	81	12	180	31	28	3	37	1.73
2172602--2172793	59	3.3	57	79	12	178	34	25	2	37	1.70
2179364--2179399	18	2.0	18	94	0	63	63	2	27	5	1.30
2184087--2184853	100	7.8	100	85	6	1033	39	22	25	12	1.89
2184087--2184853	190	3.9	194	84	6	956	39	22	25	12	1.89
2184339--2184853	203	2.6	200	87	2	771	38	22	26	12	1.90
2185548--2185631	17	4.9	17	77	10	73	41	3	3	51	1.36
2185568--2185617	23	2.2	23	85	7	66	42	2	4	52	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2185561--2185631	34	2.1	34	84	5	90	42	2	4	50	1.36
2185880--2186106	30	7.7	29	79	9	192	38	21	2	37	1.66
2185881--2186077	59	3.3	58	83	5	243	39	20	2	37	1.66
2185881--2186109	60	3.9	60	84	4	270	39	20	2	37	1.65
2185882--2186160	30	9.5	28	75	10	175	36	21	2	39	1.67
2186061--2186255	60	3.3	57	82	11	216	31	26	4	37	1.75
2186086--2186241	29	5.3	28	68	23	90	32	27	3	35	1.75
2190894--2190947	18	2.8	18	91	8	81	44	5	31	18	1.73
2194064--2194095	15	2.1	15	94	0	55	34	18	12	34	1.89
2194972--2195001	13	2.3	13	94	0	51	50	10	0	40	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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