genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  103  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24153574--24153658	29	2.9	30	71	16	79	40	0	24	35	1.56
24153640--24153954	29	10.8	28	70	22	188	33	2	29	34	1.70
24155786--24155861	6	12.8	6	73	13	68	55	0	5	39	1.23
24155787--24155861	17	4.6	17	85	9	111	56	0	5	38	1.22
24155793--24155844	11	4.9	11	77	17	65	55	0	7	36	1.29
24155787--24155845	31	1.9	31	96	0	109	54	0	6	38	1.27
24155786--24155883	31	3.4	28	81	7	90	53	2	4	40	1.32
24156489--24156513	6	4.2	6	100	0	50	68	16	0	16	1.22
24169250--24169285	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
24169618--24169661	11	3.9	11	80	16	54	31	2	2	63	1.19
24169617--24169665	23	2.1	24	88	3	73	32	2	6	59	1.34
24171131--24171376	73	3.4	71	76	9	255	28	23	28	20	1.99
24171463--24171576	38	3.0	37	83	6	129	41	20	13	25	1.88
24176454--24176601	39	3.8	39	81	7	176	39	18	18	23	1.92
24176466--24176642	77	2.3	77	82	7	207	37	18	19	24	1.94
24186034--24186069	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
24186633--24186725	41	2.3	41	98	0	177	32	13	16	37	1.88
24186656--24186720	18	3.3	18	70	25	60	29	12	16	41	1.85
24186633--24186702	23	3.3	22	70	25	69	31	14	17	37	1.89
24186644--24186709	21	3.2	20	69	26	57	31	15	16	36	1.90
24192729--24192969	96	2.5	96	81	2	270	21	14	34	28	1.93
24194372--24195086	237	3.0	235	84	3	910	36	19	10	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24195926--24196006	29	2.9	28	78	12	85	61	3	2	32	1.26
24198393--24198443	19	2.8	18	79	5	59	47	1	5	45	1.38
24204884--24205013	21	5.9	22	69	14	79	8	3	18	69	1.30
24204911--24204996	12	7.6	12	69	12	56	8	5	16	69	1.32
24205807--24205848	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
24205972--24206035	34	1.9	34	90	3	103	46	3	6	43	1.44
24209616--24209679	28	2.2	30	83	5	78	60	3	7	28	1.39
24210179--24210209	12	2.6	12	94	0	53	51	41	0	6	1.27
24212243--24212534	144	2.0	145	95	0	523	32	9	19	38	1.84
24214235--24214305	23	3.1	23	86	8	74	9	26	23	39	1.86
24214247--24214360	23	5.0	24	77	8	98	10	23	24	41	1.86
24214247--24214360	46	2.5	45	78	12	133	10	23	24	41	1.86
24216102--24216136	12	2.9	12	86	0	52	25	0	11	62	1.28
24217489--24217535	6	8.0	6	88	2	69	14	31	4	48	1.63
24221714--24221834	61	2.0	61	82	6	147	33	20	9	36	1.86
24221997--24222123	46	2.7	46	81	12	143	60	4	5	29	1.39
24222060--24222104	21	2.1	21	84	8	56	60	4	8	26	1.46
24222266--24222338	37	1.9	37	86	2	101	32	2	2	61	1.24
24243293--24243358	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
24251902--24251935	17	2.0	17	100	0	68	52	0	5	41	1.25
24260788--24260815	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24261377--24261445	30	2.3	29	80	9	77	43	2	5	47	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24263589--24263631	15	2.8	16	78	7	52	55	0	4	39	1.20
24263858--24263900	22	2.0	22	86	9	61	41	13	0	44	1.44
24267443--24267546	24	4.3	24	90	0	163	30	25	20	23	1.98
24267440--24267546	48	2.2	48	98	0	205	30	26	20	22	1.98
24270898--24270929	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
24276562--24276594	16	2.0	17	88	5	50	51	0	0	48	1.00
24277068--24277135	28	2.4	27	75	17	68	23	11	10	54	1.67
24278291--24278317	12	2.2	12	100	0	54	70	0	7	22	1.12
24279193--24279234	19	2.2	20	83	12	61	71	2	0	26	0.98
24279193--24279306	9	12.0	10	66	12	53	60	1	6	31	1.31
24279252--24279306	9	5.9	9	76	16	58	61	0	5	32	1.19
24279252--24279306	19	2.9	19	76	10	67	61	0	5	32	1.19
24279493--24279553	28	2.1	29	87	3	88	31	1	3	63	1.20
24279540--24279595	25	2.2	24	84	6	67	21	0	3	75	0.96
24279540--24279596	17	3.4	17	74	13	55	21	0	3	75	0.95
24284834--24284886	16	3.4	16	73	5	54	54	1	26	16	1.53
24284833--24284884	15	3.4	16	76	7	54	55	1	26	15	1.50
24285243--24285291	7	7.5	6	82	13	53	63	6	2	28	1.30
24287224--24287271	24	2.0	24	100	0	96	33	20	8	37	1.83
24287175--24287330	83	1.9	82	88	5	233	32	26	5	36	1.78
24287258--24287751	59	8.4	58	83	6	568	31	28	4	35	1.76
24287248--24287751	118	4.3	119	87	4	688	31	28	4	35	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24287464--24287626	29	5.4	30	72	15	140	32	29	4	33	1.77
24287464--24287627	30	5.5	29	69	16	111	32	29	4	33	1.77
24287702--24287761	29	2.1	28	81	6	68	35	28	6	30	1.83
24289017--24289042	11	2.4	11	100	0	52	15	7	0	76	0.99
24289017--24289053	13	3.0	13	88	7	51	16	5	0	78	0.93
24295053--24295195	51	2.8	51	80	2	151	33	22	7	36	1.83
24306318--24306361	14	2.8	16	80	16	56	52	0	0	47	1.00
24306589--24306676	29	2.9	31	79	6	99	50	15	11	22	1.76
24307059--24307122	28	2.5	26	78	14	69	42	0	0	57	0.98
24307063--24307125	27	2.3	28	89	5	94	41	0	0	58	0.98
24307727--24307762	15	2.3	16	90	4	56	63	2	0	33	1.08
24307818--24307865	24	2.0	25	83	4	62	54	2	2	41	1.24
24307884--24307931	22	2.1	22	84	7	60	25	4	2	68	1.18
24309506--24309561	16	3.5	16	95	0	103	35	5	32	26	1.79
24309543--24309636	44	2.1	44	86	7	127	29	5	27	37	1.79
24309743--24309836	16	6.0	16	71	7	59	56	0	0	43	0.99
24309734--24309835	30	3.5	30	74	16	90	53	0	0	46	1.00
24309734--24309888	58	2.6	59	83	9	183	52	0	1	45	1.13
24309853--24309903	24	2.1	24	82	10	59	56	0	5	37	1.23
24317159--24317211	21	2.5	20	82	11	54	28	1	3	66	1.20
24330293--24330338	9	4.9	9	79	10	56	30	0	0	69	0.89
24330290--24330333	11	4.4	11	78	21	51	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24330293--24330338	20	2.4	18	78	7	56	30	0	0	69	0.89
24332317--24332357	17	2.3	18	87	4	57	41	0	0	58	0.98
24335091--24335143	26	2.0	26	96	0	97	41	18	16	22	1.90
24337952--24337985	11	3.1	11	91	0	50	64	0	0	35	0.94
24338450--24338510	7	8.9	7	96	1	106	44	9	0	45	1.37
24340359--24340393	15	2.2	16	90	5	54	51	2	2	42	1.31
24345496--24345581	29	3.0	29	91	0	136	47	11	13	26	1.78
24346484--24346534	21	2.4	21	80	6	59	33	21	15	29	1.94
24353557--24353646	30	3.0	30	80	3	92	37	26	7	27	1.84
24354174--24354206	15	2.2	15	100	0	66	48	21	18	12	1.80
24362200--24362255	29	1.9	29	82	13	71	39	7	3	50	1.47
24364954--24364988	15	2.4	15	90	4	54	65	11	0	22	1.24
24368322--24368545	55	4.0	54	75	11	189	26	20	18	33	1.96
24368549--24368725	61	2.9	62	85	10	229	30	18	14	37	1.90
24369542--24369592	17	3.2	17	71	21	56	62	3	9	23	1.42
24369548--24369639	30	3.1	30	82	3	105	61	5	6	26	1.42
24371856--24371907	10	5.2	10	73	0	50	25	25	34	15	1.95
24371856--24371907	20	2.6	20	84	6	61	25	25	34	15	1.95
24371919--24371973	22	2.5	22	81	0	65	21	5	34	38	1.77
24372084--24372441	175	2.0	175	95	2	648	51	3	5	38	1.43
24372069--24372441	86	4.3	86	93	4	619	52	3	5	38	1.43
24373678--24373953	30	9.4	30	65	17	107	34	2	30	32	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24373675--24374107	59	7.4	58	80	8	398	34	2	29	32	1.72
24373678--24373998	29	10.9	29	65	21	109	34	2	31	32	1.71
24373678--24374107	118	3.6	117	82	5	460	35	2	30	32	1.72
24373884--24374121	30	8.1	28	68	18	101	34	2	32	30	1.71
24373959--24374121	89	1.8	87	79	12	188	34	2	31	31	1.71
24375077--24375106	12	2.5	12	94	0	51	50	0	0	50	1.00
24375078--24375125	15	3.1	15	82	8	53	52	0	0	47	1.00
24375856--24375892	17	2.2	17	90	0	56	37	0	2	59	1.12
24376073--24376112	11	3.7	11	90	3	55	42	2	0	55	1.13
24376073--24376128	11	5.0	11	79	10	51	41	5	0	53	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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