genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  118  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27606172--27606618	30	14.9	30	89	2	628	38	23	2	35	1.67
27606609--27606783	59	3.0	59	73	8	151	28	29	5	37	1.79
27613850--27613886	18	2.1	18	89	0	56	16	16	10	56	1.66
27614300--27614396	49	2.0	49	97	0	185	36	11	2	50	1.50
27614743--27614796	3	17.7	3	96	3	99	33	0	0	66	0.92
27617688--27617720	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
27625746--27625780	18	1.9	19	88	11	56	77	0	8	14	0.99
27626795--27626843	21	2.4	20	75	3	53	48	2	8	40	1.44
27627598--27627675	4	18.2	4	87	10	102	70	0	29	0	0.87
27627599--27627675	22	3.6	21	83	11	102	71	0	28	0	0.86
27630592--27630628	14	2.7	14	95	4	67	43	16	0	40	1.48
27630765--27630811	21	2.2	21	88	7	69	25	14	36	23	1.93
27632812--27632861	16	3.2	16	73	21	52	34	0	6	60	1.21
27633054--27633327	95	2.9	95	90	2	428	47	12	2	37	1.54
27633672--27633714	15	2.9	15	85	0	59	0	44	0	55	0.99
27633672--27633711	9	4.4	9	83	0	53	0	45	0	55	0.99
27656945--27657040	36	2.7	36	90	1	149	37	13	15	33	1.87
27660365--27660473	46	2.3	46	84	9	141	41	22	22	12	1.88
27660396--27660494	23	4.3	23	87	7	121	42	23	24	10	1.84
27660396--27660494	46	2.2	46	87	3	137	42	23	24	10	1.84
27661353--27661398	21	2.4	19	83	16	60	0	34	4	60	1.16
27670470--27670501	7	4.6	7	100	0	64	87	0	0	12	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27673036--27673103	36	2.0	36	85	8	97	64	4	1	29	1.21
27674254--27674313	28	2.1	28	82	11	70	26	8	28	36	1.85
27674988--27675063	32	2.4	32	90	0	134	34	2	3	59	1.30
27674996--27675047	15	3.3	15	70	19	52	30	0	3	65	1.10
27676397--27676447	17	2.9	17	97	2	93	45	0	7	47	1.32
27684523--27684558	19	1.9	19	88	5	56	52	19	11	16	1.73
27684888--27685007	58	2.1	58	87	3	170	33	0	16	50	1.46
27684912--27685022	58	1.9	58	85	7	154	32	0	17	50	1.46
27686833--27686885	26	2.0	27	85	3	72	32	20	18	28	1.97
27690644--27691047	202	2.0	202	100	0	808	30	17	25	26	1.97
27694285--27694582	30	10.0	29	75	10	226	36	19	4	39	1.70
27694274--27694582	60	5.2	60	80	8	292	37	19	4	39	1.71
27694285--27694582	90	3.3	88	78	8	289	36	19	4	39	1.70
27694297--27694621	90	3.6	88	78	8	223	36	19	3	40	1.70
27694567--27694752	29	6.4	28	72	14	128	32	25	2	39	1.70
27694599--27694825	58	3.9	57	82	5	258	32	27	3	37	1.73
27695029--27695217	95	2.0	96	83	7	242	29	20	13	35	1.91
27696615--27696674	25	2.3	26	91	2	95	53	5	3	38	1.39
27697858--27697903	22	2.0	24	87	8	69	43	15	0	41	1.46
27697918--27697974	10	5.7	10	76	12	55	63	0	3	33	1.12
27697919--27697977	31	1.9	30	90	10	93	64	0	3	32	1.10
27697918--27697974	20	2.8	20	76	10	62	63	0	3	33	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27697931--27697979	11	4.6	11	73	19	50	67	0	4	28	1.09
27698483--27698523	19	2.2	19	86	8	57	34	7	0	58	1.26
27703958--27703987	2	14.5	2	93	6	51	3	46	0	50	1.18
27713228--27713307	3	26.3	3	89	2	124	1	36	0	62	1.03
27724047--27724125	40	2.0	40	95	2	142	31	10	6	51	1.60
27726682--27726804	64	1.9	64	100	0	246	34	32	5	27	1.80
27726919--27726977	31	1.9	31	96	0	109	47	15	5	32	1.67
27733109--27733160	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
27733360--27733395	3	12.0	3	93	0	63	63	2	0	33	1.08
27741946--27741986	17	2.3	18	91	4	66	43	2	0	53	1.13
27743946--27744022	30	2.6	30	78	12	86	40	16	6	36	1.75
27744060--27744210	29	5.2	28	67	20	96	32	31	3	32	1.74
27744037--27744248	59	3.6	58	89	3	284	31	29	4	34	1.77
27744201--27744279	40	2.0	40	94	0	140	25	32	6	35	1.81
27744143--27744338	99	2.0	98	82	3	241	31	31	4	33	1.77
27747205--27747247	21	2.0	22	86	4	61	48	0	0	51	1.00
27747210--27747255	21	2.2	21	84	0	56	41	0	2	56	1.11
27751476--27751519	21	2.1	22	91	8	74	25	36	20	18	1.95
27755678--27755760	41	2.1	38	84	10	105	6	3	19	71	1.23
27755666--27755786	35	3.3	34	77	15	91	5	3	20	70	1.23
27755667--27755795	20	6.9	19	71	18	92	6	3	20	70	1.23
27755780--27755864	12	7.4	12	73	12	72	7	3	20	69	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27755692--27755796	35	2.9	34	77	8	102	6	3	20	68	1.29
27755778--27755909	56	2.4	56	77	7	142	9	3	21	65	1.36
27755675--27755863	23	8.2	23	68	16	72	6	3	19	70	1.25
27755900--27755947	22	2.3	21	85	7	62	16	2	8	72	1.18
27755906--27755947	22	1.9	22	90	0	66	16	2	9	71	1.23
27756019--27756070	19	2.8	19	78	21	65	26	0	5	67	1.13
27757262--27757306	22	2.2	21	88	11	67	53	6	0	40	1.27
27757302--27757364	32	2.0	31	84	9	83	65	0	6	28	1.17
27759661--27759693	16	2.0	17	88	5	50	39	6	0	54	1.25
27760694--27760719	5	5.2	5	100	0	52	19	0	42	38	1.51
27768238--27768295	12	4.9	12	70	17	50	44	0	1	53	1.10
27770513--27770554	19	2.3	18	80	11	50	50	0	7	42	1.30
27771218--27771264	16	2.8	17	83	6	60	51	6	2	40	1.39
27780567--27780727	77	2.1	77	100	0	322	37	19	14	27	1.91
27780602--27780760	77	2.1	77	82	7	189	41	20	11	26	1.87
27793970--27794016	18	2.6	19	80	10	53	53	4	4	38	1.40
27793967--27794016	19	2.7	19	78	9	59	54	4	4	38	1.38
27798376--27798499	43	2.9	43	86	3	162	25	16	27	29	1.97
27802874--27802922	19	2.5	21	78	18	61	28	38	12	20	1.89
27807164--27807193	15	2.0	15	100	0	60	33	6	0	60	1.23
27807165--27807201	15	2.4	15	90	4	56	32	8	0	59	1.27
27807176--27807218	19	2.3	19	84	8	52	30	6	0	62	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27810587--27810644	2	29.5	2	96	3	109	50	0	0	50	1.00
27815091--27815309	94	2.3	95	83	5	266	36	13	14	35	1.86
27816791--27816862	23	3.1	23	74	4	72	47	16	11	25	1.79
27831407--27831458	14	3.7	14	80	10	70	67	9	0	23	1.20
27831407--27831455	13	3.5	13	76	13	53	67	10	0	22	1.20
27831585--27831678	28	3.3	28	70	15	77	53	7	1	38	1.36
27831577--27831708	57	2.3	55	81	10	160	56	5	1	36	1.31
27831724--27831758	15	2.3	15	95	0	61	68	0	0	31	0.90
27831838--27831887	25	2.0	25	96	0	91	48	6	20	26	1.72
27833777--27833826	26	1.9	26	87	0	73	30	0	10	60	1.30
27833892--27833932	6	6.8	6	83	10	57	65	14	2	17	1.37
27834359--27834389	6	5.2	6	100	0	62	16	32	35	16	1.91
27836336--27836363	13	2.2	13	100	0	56	50	0	0	50	1.00
27836355--27836393	17	2.4	17	91	4	62	58	2	0	38	1.12
27837600--27837639	21	1.9	21	84	0	53	62	10	2	25	1.39
27839322--27839388	31	2.2	31	81	5	73	41	2	10	44	1.54
27839341--27839421	31	2.6	31	84	5	94	35	1	8	54	1.39
27839663--27839758	47	2.0	47	100	0	192	43	4	18	33	1.69
27841084--27841149	31	2.1	31	83	8	80	42	4	4	48	1.44
27843069--27843101	6	5.5	6	100	0	66	18	15	48	18	1.81
27854330--27854402	31	2.4	31	86	4	94	53	8	9	28	1.62
27854435--27854482	23	2.1	23	100	0	96	35	14	16	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27858668--27858711	22	2.0	23	86	4	63	50	9	18	22	1.75
27863005--27863057	19	2.5	21	82	11	56	26	0	3	69	1.05
27866294--27866352	31	1.9	31	96	0	109	22	25	18	33	1.96
27866917--27866958	23	1.9	21	85	9	57	45	0	2	52	1.13
27875422--27875486	30	2.2	30	82	0	85	18	30	9	41	1.82
27875479--27875595	60	2.0	60	81	6	139	24	31	5	38	1.77
27875515--27875595	30	2.7	30	72	0	81	25	28	3	41	1.72
27875620--27875649	15	2.0	15	100	0	60	26	33	6	33	1.83
27875676--27875753	15	5.2	15	71	0	75	12	32	12	42	1.81
27875676--27875754	30	2.6	30	97	0	149	12	31	12	43	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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