genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23004795--23004871	36	2.1	36	95	0	136	23	14	32	29	1.94
23005075--23005118	18	2.4	18	76	0	52	20	20	29	29	1.98
23007609--23007637	13	2.2	13	100	0	58	31	13	34	20	1.92
23009048--23009169	43	2.8	43	89	1	181	32	8	18	40	1.81
23009417--23009505	46	1.9	46	88	4	135	20	14	16	48	1.81
23009867--23010229	174	2.1	175	92	4	606	21	18	15	44	1.86
23012943--23012981	17	2.3	17	90	0	60	15	12	25	46	1.81
23014268--23014299	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
23018876--23018913	20	1.9	20	88	0	58	18	63	5	13	1.48
23018928--23018962	17	2.1	17	89	10	54	60	5	5	28	1.43
23028942--23029094	71	2.2	71	89	2	236	24	13	27	34	1.92
23029063--23029116	21	2.6	21	82	5	65	27	12	27	31	1.93
23030048--23030094	2	23.5	2	95	0	76	51	44	0	4	1.21
23037157--23037190	17	1.9	18	88	5	52	32	8	0	58	1.29
23038061--23038115	23	2.4	22	82	8	65	43	3	1	50	1.30
23038044--23038116	6	12.7	6	72	18	57	42	4	1	52	1.29
23038064--23038131	17	3.9	17	80	16	61	44	2	1	51	1.25
23038044--23038116	11	6.3	12	74	16	57	42	4	1	52	1.29
23038041--23038117	12	6.8	11	76	10	75	44	3	1	50	1.28
23038229--23038274	12	3.6	12	91	8	65	39	28	17	15	1.90
23039202--23039244	22	2.0	22	86	9	61	72	4	18	4	1.20
23039690--23040004	163	1.9	162	85	3	427	26	18	12	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23040097--23040575	30	15.9	30	89	1	679	37	23	3	35	1.71
23040185--23040233	15	3.3	15	70	30	50	36	20	2	40	1.64
23041697--23041728	10	3.3	10	95	4	57	25	9	9	56	1.61
23052433--23052940	68	7.5	68	92	2	822	34	16	20	28	1.94
23052540--23052931	31	11.7	31	67	17	171	34	16	20	28	1.94
23053233--23053305	6	12.7	6	72	18	57	42	4	1	52	1.29
23053253--23053320	17	3.9	17	80	16	61	44	2	1	51	1.25
23053233--23053305	11	6.3	12	74	16	57	42	4	1	52	1.29
23053230--23053306	12	6.8	11	76	10	75	44	3	1	50	1.28
23053418--23053463	12	3.6	12	91	8	65	39	28	17	15	1.90
23054388--23054430	22	2.0	22	86	9	61	72	4	18	4	1.20
23054875--23055189	163	1.9	162	85	3	436	26	18	12	42	1.86
23055282--23055788	30	16.9	30	89	0	735	37	23	3	35	1.71
23055801--23055896	29	3.2	30	70	7	88	33	28	3	35	1.73
23056911--23056942	10	3.3	10	95	4	57	25	9	9	56	1.61
23058317--23058360	18	2.5	18	77	3	54	29	13	9	47	1.74
23059402--23059447	20	2.3	20	81	3	58	47	8	13	30	1.72
23061097--23061157	23	2.7	22	82	5	59	32	19	19	27	1.96
23063125--23063240	17	7.2	16	77	19	102	43	0	2	52	1.20
23063140--23063238	11	8.9	11	80	15	91	43	0	2	54	1.11
23063140--23063238	28	3.6	28	82	10	116	43	0	2	54	1.11
23063140--23063221	6	14.7	6	79	14	95	42	0	2	54	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23064057--23064106	13	3.8	13	78	5	64	62	0	0	38	0.96
23064057--23064109	14	3.9	14	80	7	65	62	0	0	37	0.96
23065133--23065313	30	5.9	30	75	14	131	35	23	4	35	1.77
23065209--23065274	34	1.9	34	84	6	89	33	24	7	34	1.84
23067459--23067504	25	1.9	25	91	8	78	58	13	10	17	1.62
23069336--23069362	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
23075641--23075670	7	4.3	7	100	0	60	43	0	43	13	1.43
23078434--23078481	23	2.1	23	84	0	60	8	27	18	45	1.78
23078919--23078944	10	2.6	10	100	0	52	84	0	0	15	0.62
23080324--23080390	29	2.3	30	82	10	77	49	2	4	43	1.38
23081455--23081503	20	2.6	20	84	9	68	48	4	2	44	1.33
23081417--23081548	68	1.9	72	86	9	193	50	3	3	42	1.35
23081419--23081566	68	2.1	72	80	9	164	51	4	2	41	1.35
23087529--23087596	23	2.9	23	78	8	66	66	0	1	32	1.01
23097365--23097439	37	2.2	33	80	17	82	36	0	0	64	0.94
23098966--23099096	65	2.0	65	100	0	262	36	1	18	43	1.59
23099752--23099785	17	2.0	17	88	0	50	52	0	0	47	1.00
23105595--23105646	24	2.2	23	83	10	61	36	1	1	59	1.19
23107805--23107837	16	2.1	16	100	0	66	33	24	6	36	1.80
23110926--23111024	16	5.9	16	65	24	53	43	1	4	51	1.27
23113338--23113430	31	3.0	31	81	9	100	29	23	24	22	1.99
23113747--23113791	10	4.5	10	86	8	65	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23113757--23113806	19	2.7	19	77	17	52	34	0	0	66	0.92
23114876--23114909	3	11.3	3	93	0	59	64	2	0	32	1.08
23115740--23116084	161	2.1	162	92	1	577	24	17	13	43	1.86
23116159--23116317	29	5.5	28	70	18	92	33	29	1	34	1.69
23116156--23116659	59	8.6	59	87	4	693	33	29	2	34	1.71
23116156--23116659	117	4.3	117	87	4	698	33	29	2	34	1.71
23116645--23116669	10	2.5	10	100	0	50	44	16	0	40	1.47
23116693--23116752	28	2.1	28	87	6	86	31	30	11	26	1.92
23120290--23120319	13	2.4	12	94	5	51	43	0	3	53	1.17
23128664--23128717	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
23139082--23139161	38	2.1	38	90	0	124	32	20	15	32	1.93
23144132--23144201	3	23.3	3	97	0	131	67	0	32	0	0.91
23145634--23145680	15	3.0	15	78	9	58	40	2	0	57	1.11
23145634--23145691	17	3.6	16	79	9	64	43	3	0	53	1.17
23147366--23147423	26	2.2	26	84	0	71	50	3	1	44	1.29
23148800--23148852	22	2.3	23	81	12	65	62	1	1	33	1.17
23148808--23148877	10	6.6	10	73	14	52	60	1	2	35	1.21
23152029--23152089	14	4.4	14	71	8	52	49	21	1	27	1.59
23152075--23152131	14	4.2	13	75	8	51	42	26	0	31	1.56
23152852--23152879	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
23159562--23159622	30	2.0	30	84	9	79	57	13	1	27	1.46
23161204--23161308	20	5.2	20	78	8	104	13	27	21	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23161204--23161308	41	2.5	40	77	10	104	13	27	21	37	1.91
23164330--23164405	23	3.2	23	68	23	57	39	18	3	38	1.69
23164346--23164431	26	3.4	25	78	16	106	38	18	3	39	1.68
23164266--23164549	59	5.4	49	78	12	232	39	17	4	38	1.72
23164404--23164560	10	13.8	10	68	20	62	36	19	4	39	1.72
23164355--23164559	59	3.5	59	93	0	347	37	18	4	39	1.71
23165039--23165187	36	4.1	36	80	3	174	38	24	8	28	1.84
23166483--23166532	22	2.3	20	77	12	55	64	10	0	26	1.25
23166492--23166540	22	2.2	22	88	0	80	61	10	0	28	1.29
23166908--23167062	45	3.5	44	74	9	143	39	18	20	21	1.93
23166893--23167090	90	2.2	90	85	2	256	38	19	18	23	1.93
23169660--23170128	43	11.2	43	77	8	373	25	14	26	33	1.94
23169672--23170128	81	5.5	86	82	3	370	25	13	27	33	1.93
23169899--23170117	39	5.5	38	72	14	172	25	15	28	31	1.95
23169791--23170198	81	5.0	81	82	4	394	26	16	25	31	1.96
23169768--23170198	162	2.6	163	83	6	494	26	15	26	31	1.96
23179806--23179846	20	2.0	20	85	4	55	58	12	9	19	1.61
23181681--23181727	13	3.4	14	85	8	69	65	27	2	4	1.22
23182627--23182651	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
23187214--23187239	5	5.2	5	100	0	52	76	0	0	23	0.78
23188361--23188450	40	2.3	40	96	1	164	23	22	10	44	1.82
23188389--23188539	41	3.7	41	82	4	153	25	25	9	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23191405--23191441	4	9.8	4	82	11	51	78	0	0	21	0.75
23191401--23191445	14	3.2	13	84	12	54	77	0	0	22	0.76
23191400--23191447	18	2.6	18	86	3	69	77	0	0	22	0.78
23191398--23191441	22	2.0	23	90	4	72	77	0	0	22	0.77
23194880--23195012	40	3.3	40	83	4	135	24	24	19	31	1.98
23194894--23195015	40	3.0	40	85	2	156	25	26	18	30	1.98
23195814--23195850	19	1.9	19	94	0	65	13	10	2	72	1.21
23199476--23199507	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
23201943--23202020	21	3.7	22	73	20	76	29	26	11	32	1.91
23204158--23204252	19	5.0	19	77	0	109	22	22	17	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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