genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  33  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8334826--8334870	11	4.1	10	83	16	54	0	17	0	82	0.68
8334828--8334863	18	1.9	19	88	5	56	0	19	0	80	0.71
8334807--8334896	23	3.8	22	79	13	74	5	16	0	77	0.94
8334838--8334893	27	2.2	26	87	6	78	5	12	0	82	0.83
8334838--8334897	26	2.4	25	81	10	70	5	15	0	80	0.88
8335739--8335774	16	2.2	17	90	5	56	0	16	0	83	0.65
8335724--8335776	9	5.6	9	85	12	70	0	16	0	83	0.66
8339807--8339999	58	3.3	56	76	9	131	37	5	24	32	1.78
8339856--8340274	58	7.2	56	80	11	373	36	1	25	36	1.66
8339866--8340244	87	4.4	86	81	8	394	36	1	25	36	1.65
8339866--8340270	30	14.0	29	79	9	371	37	1	24	36	1.65
8342082--8342162	17	4.8	16	80	10	81	51	4	1	41	1.31
8344158--8344210	25	2.1	27	82	10	67	32	0	0	67	0.91
8348269--8348314	21	2.2	21	88	0	65	58	4	0	36	1.18
8364322--8364400	21	3.6	21	78	13	79	49	6	1	43	1.36
8365004--8365052	23	2.2	21	79	10	53	32	0	0	67	0.91
8368579--8368626	24	2.1	23	81	11	55	10	41	0	47	1.37
8369667--8369712	18	2.6	18	78	0	56	52	8	8	30	1.62
8372398--8372626	76	3.0	76	99	0	449	21	15	20	42	1.89
8374947--8374997	21	2.4	21	83	6	68	29	25	13	31	1.94
8375686--8375790	36	2.9	36	87	2	140	21	28	14	35	1.93
8381758--8381962	61	3.1	64	76	13	202	39	3	3	53	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8383217--8383246	7	4.3	7	100	0	60	0	16	0	83	0.65
8386869--8386893	12	2.1	12	100	0	50	48	16	0	36	1.46
8389850--8389924	30	2.5	30	72	8	71	37	4	16	42	1.66
8396267--8396291	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
8402269--8402343	28	2.7	27	79	8	69	20	16	21	42	1.89
8405091--8405138	22	2.0	25	84	15	66	41	8	12	37	1.73
8405091--8405142	25	2.0	26	85	3	70	40	7	11	40	1.70
8415064--8415116	18	3.0	17	86	8	70	37	28	20	13	1.90
8418004--8418042	6	6.5	6	87	0	51	46	0	30	23	1.53
8424371--8424399	15	1.9	15	100	0	58	41	6	37	13	1.72
8424814--8424852	17	2.3	17	82	8	53	17	12	10	58	1.61
8435803--8435850	18	2.7	18	78	12	55	72	2	2	22	1.05
8435958--8436024	31	2.2	31	83	5	82	38	11	4	44	1.62
8438967--8439005	18	2.3	18	86	8	55	61	2	0	35	1.10
8446560--8446660	49	2.1	49	86	3	141	33	7	10	47	1.68
8451011--8451050	19	2.2	18	86	8	55	35	15	5	45	1.68
8451016--8451058	19	2.3	19	91	0	68	37	18	2	41	1.63
8452591--8452669	22	3.9	22	68	21	64	32	22	7	36	1.83
8454402--8454444	22	2.0	22	86	9	61	20	6	0	72	1.08
8454767--8454809	19	2.3	19	91	0	68	37	18	0	44	1.50
8471688--8471746	30	2.0	29	83	12	75	32	23	8	35	1.85
8471695--8471763	30	2.3	30	82	2	84	28	26	5	39	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8472540--8472573	14	2.3	15	90	5	52	41	0	8	50	1.34
8483167--8483376	24	8.5	24	78	8	215	13	30	25	29	1.94
8483168--8483328	75	2.1	75	85	4	209	13	32	26	27	1.93
8483167--8483376	51	4.2	48	82	6	215	13	30	25	29	1.94
8483169--8483376	75	2.8	73	81	7	206	13	31	25	29	1.94
8487582--8487610	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
8493287--8493324	19	1.9	19	89	5	58	5	5	18	71	1.25
8493288--8493386	21	4.8	20	78	11	103	6	8	20	65	1.40
8493368--8493462	12	8.0	12	84	5	95	4	7	21	67	1.33
8493377--8493474	24	4.1	24	80	5	117	4	6	21	68	1.29
8493380--8493476	48	2.0	48	88	4	142	4	5	20	70	1.24
8493382--8493476	12	7.9	12	83	9	95	4	5	20	70	1.24
8494571--8494609	20	2.0	20	85	10	53	64	0	2	33	1.08
8494842--8494879	17	2.2	17	100	0	76	31	5	5	57	1.43
8500831--8500863	7	4.7	7	100	0	66	27	60	0	12	1.32
8503105--8503148	22	2.0	23	82	13	56	29	4	6	59	1.44
8503156--8503190	18	1.9	18	88	0	52	22	0	22	54	1.45
8510529--8510580	22	2.3	23	74	6	54	42	1	7	48	1.43
8510976--8511200	72	3.1	72	81	2	265	22	14	24	38	1.92
8512020--8512062	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
8515213--8515260	24	1.9	25	91	8	80	45	10	0	43	1.38
8515241--8515279	20	2.0	20	100	0	78	48	10	0	41	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8518696--8518752	16	3.4	16	68	13	51	35	8	14	42	1.76
8518686--8518758	35	2.1	35	100	0	146	38	9	15	36	1.80
8518698--8518756	19	3.3	19	64	22	54	37	8	15	38	1.78
8519642--8519695	24	2.2	24	90	0	90	14	12	33	38	1.85
8537793--8537833	14	2.9	14	81	0	55	39	12	9	39	1.76
8541040--8541098	18	3.2	18	87	2	82	32	20	22	25	1.98
8556189--8556239	21	2.4	21	84	12	61	50	0	0	49	1.00
8556189--8556229	10	4.0	10	85	14	57	48	0	0	51	1.00
8557015--8557060	18	2.3	20	85	10	60	39	0	6	54	1.26
8557788--8557832	10	4.4	10	78	15	56	51	0	2	46	1.13
8557857--8557912	24	2.4	22	77	11	58	64	1	0	33	1.04
8559027--8559076	23	2.1	25	88	7	77	58	0	0	42	0.98
8559031--8559081	26	1.9	27	88	4	77	58	0	0	41	0.98
8559027--8559083	25	2.3	26	77	14	66	59	0	0	40	0.97
8560540--8560584	18	2.6	17	77	19	56	15	6	6	71	1.29
8562470--8562496	4	6.8	4	100	0	54	51	25	0	22	1.48
8568781--8568824	22	2.0	23	86	4	63	13	18	2	65	1.36
8571721--8571745	12	2.1	12	100	0	50	40	0	52	8	1.31
8573623--8573836	49	4.5	48	82	4	217	40	12	24	22	1.88
8576481--8576518	18	2.0	20	90	10	62	52	15	10	21	1.72
8579490--8579626	70	2.0	70	92	2	231	53	8	15	23	1.68
8589638--8589677	21	1.9	21	85	10	55	67	5	27	0	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8589647--8589690	19	2.3	19	84	7	54	68	6	25	0	1.14
8594040--8594181	23	6.2	23	91	1	223	47	14	3	33	1.62
8594587--8594899	36	8.7	36	88	0	446	35	22	11	30	1.89
8601692--8601892	23	8.7	23	94	0	339	47	14	3	33	1.63
8602303--8602610	36	8.6	36	91	0	472	37	23	9	29	1.87
8607192--8607261	26	2.7	26	93	0	113	30	37	18	14	1.90
8608850--8608904	24	2.3	24	93	0	92	50	14	12	21	1.76
8615675--8615709	18	1.9	18	88	0	52	28	17	11	42	1.83
8626767--8626856	26	3.5	26	81	3	101	27	21	24	26	1.99
8649027--8649061	12	2.8	13	86	8	54	37	8	5	48	1.58
8649426--8649489	18	3.4	18	83	12	60	40	1	4	53	1.31
8653373--8653422	23	2.2	22	82	3	55	28	2	6	64	1.28
8653585--8653643	31	1.9	32	86	6	86	64	1	5	28	1.24
8654204--8654293	24	3.9	24	73	9	73	47	0	1	51	1.08
8654556--8654593	4	9.5	4	100	0	76	26	0	23	50	1.50
8677316--8677408	31	3.0	31	93	0	150	34	27	22	15	1.94
8680623--8680840	29	7.4	29	73	15	146	37	21	4	37	1.72
8680623--8680873	57	4.3	58	78	11	148	37	22	3	36	1.72
8680723--8680861	57	2.4	57	87	2	190	38	21	3	36	1.71
8680767--8681049	58	4.9	56	78	9	189	33	21	4	39	1.75
8680767--8680956	29	6.6	28	69	18	88	36	21	4	38	1.73
8680609--8680897	29	9.9	28	70	13	122	37	22	4	36	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8680851--8680996	59	2.5	58	87	1	202	31	21	6	40	1.79
8680851--8681049	58	3.4	58	82	3	195	31	21	6	41	1.77
8687988--8688018	15	2.1	15	100	0	62	41	25	6	25	1.79
8693335--8693362	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
8695797--8696925	229	4.9	230	87	4	1383	34	16	18	30	1.93
8695830--8696925	460	2.4	459	85	4	1437	34	15	18	30	1.93
8697672--8697715	15	3.0	15	86	6	54	29	0	2	68	1.02
8698145--8698175	13	2.4	13	94	0	53	16	22	19	41	1.89
8700669--8700820	75	2.0	75	96	0	277	45	11	22	21	1.83
8703807--8703848	12	3.5	12	75	12	50	26	16	2	54	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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