genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1828948--1828980	15	2.3	15	89	5	50	54	0	0	45	0.99
1834390--1834490	6	17.0	6	75	17	86	48	0	3	47	1.20
1834404--1834500	11	8.9	11	74	10	65	50	1	3	45	1.24
1834404--1834490	17	5.4	16	83	9	97	50	0	3	45	1.18
1834411--1834490	31	2.5	32	87	8	117	52	0	3	43	1.19
1834417--1834490	17	4.6	17	85	11	102	54	0	4	41	1.19
1834454--1834508	27	2.0	27	85	0	74	52	5	1	40	1.35
1837704--1837742	18	2.1	19	85	4	53	20	7	0	71	1.10
1839615--1839698	42	2.0	42	88	4	125	32	1	19	47	1.57
1842090--1842465	49	7.6	49	74	7	223	34	19	30	14	1.92
1842092--1842463	99	3.8	99	81	6	398	34	19	31	14	1.92
1843312--1843391	2	40.0	2	94	0	124	45	0	1	53	1.08
1843327--1843401	24	3.1	24	92	0	114	38	0	2	58	1.12
1843395--1843448	15	3.6	15	80	12	58	18	3	1	75	1.03
1843397--1843435	18	2.1	19	90	4	62	20	5	0	74	1.01
1851933--1852103	89	1.9	89	83	2	218	46	9	5	38	1.60
1858645--1858802	29	5.3	30	75	6	115	36	25	3	34	1.72
1858696--1858789	31	3.1	30	83	4	118	40	29	2	27	1.68
1860317--1860343	13	2.1	13	100	0	54	14	7	33	44	1.73
1862455--1862493	16	2.6	14	81	14	51	35	23	7	33	1.83
1862455--1862493	15	2.6	15	84	11	53	35	23	7	33	1.83
1866183--1866236	24	2.2	24	96	0	99	22	20	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1873590--1873872	78	3.6	77	86	1	350	24	32	18	24	1.97
1873590--1873872	155	1.8	156	83	2	381	24	32	18	24	1.97
1873551--1873839	39	7.4	39	72	8	169	24	32	18	24	1.97
1873670--1873872	39	5.2	39	78	7	189	24	34	17	22	1.96
1873590--1873910	78	4.1	77	81	5	283	25	31	19	24	1.98
1876111--1876317	30	7.0	29	77	9	166	36	26	2	35	1.70
1876104--1876299	60	3.3	59	86	5	252	36	27	2	34	1.71
1876104--1876317	59	3.6	59	85	4	243	36	26	2	34	1.69
1882953--1883016	22	3.0	22	76	21	73	46	0	1	51	1.10
1885930--1885962	15	2.2	15	89	10	50	66	0	0	33	0.92
1885917--1886069	9	17.1	9	66	22	56	58	1	3	35	1.25
1885928--1885964	16	2.4	16	82	17	51	64	0	0	35	0.94
1885935--1885994	20	3.4	17	77	22	54	60	1	3	35	1.23
1885925--1886039	25	4.5	25	70	18	69	59	1	3	35	1.25
1886078--1886122	17	2.5	17	85	10	54	64	8	0	26	1.23
1886101--1886171	20	3.6	19	74	12	63	67	4	0	28	1.09
1889492--1889537	18	2.6	18	82	6	58	28	17	39	15	1.90
1893327--1893677	98	3.5	98	81	8	359	31	17	20	29	1.96
1895540--1895580	21	2.0	21	90	9	66	56	7	9	26	1.58
1896843--1896971	50	2.6	50	86	2	161	17	18	29	34	1.94
1897622--1897658	7	5.3	7	86	0	56	81	0	0	18	0.70
1897893--1897972	37	2.2	37	100	0	160	37	17	5	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1899676--1899784	53	2.0	54	80	5	123	55	3	1	39	1.28
1900605--1900650	23	2.0	23	83	4	58	39	13	4	43	1.63
1904469--1904514	15	3.4	15	72	27	57	58	6	0	34	1.24
1909974--1910002	7	4.1	7	100	0	58	41	0	0	58	0.98
1914639--1914675	19	2.0	19	89	5	58	51	18	0	29	1.47
1915913--1915983	32	2.3	31	82	7	81	40	4	1	53	1.29
1915958--1916047	47	1.9	47	86	2	119	46	1	0	52	1.07
1916001--1916057	29	2.0	29	83	13	73	49	5	0	45	1.24
1921899--1921931	7	4.7	7	96	0	57	18	0	36	45	1.49
1925454--1925640	78	2.4	80	88	5	283	21	20	28	28	1.98
1926384--1926414	15	2.1	14	94	5	53	58	0	0	41	0.98
1926377--1926434	19	3.1	18	77	18	55	56	0	0	43	0.99
1926403--1926435	10	3.4	10	83	8	50	60	0	0	39	0.97
1928701--1928750	22	2.3	22	92	0	82	14	4	18	64	1.44
1928695--1928752	22	2.4	24	77	16	66	13	3	17	65	1.40
1930248--1930277	9	3.3	9	95	0	51	40	23	0	36	1.55
1930493--1930943	161	2.8	157	83	5	557	31	13	19	35	1.91
1931865--1931955	36	2.5	36	90	0	155	52	8	5	32	1.55
1934549--1934598	18	2.8	18	81	0	55	26	56	0	18	1.42
1934630--1934669	6	6.7	6	83	11	55	22	65	0	12	1.26
1934636--1934672	18	2.1	18	94	0	65	24	64	0	10	1.25
1936458--1936514	6	9.5	6	92	0	87	21	31	0	47	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1936759--1936786	14	2.0	14	100	0	56	21	28	0	50	1.49
1940083--1940237	63	2.4	63	79	8	161	45	23	4	25	1.72
1940212--1940270	23	2.6	23	86	0	73	50	22	0	27	1.49
1940235--1940298	32	2.1	31	82	5	76	50	25	0	25	1.50
1943006--1943052	7	6.9	7	82	2	60	48	0	0	51	1.00
1943006--1943052	21	2.3	20	85	7	67	48	0	0	51	1.00
1943006--1943053	14	3.5	14	91	2	71	47	0	0	52	1.00
1944637--1944674	20	1.9	20	88	0	58	39	21	31	7	1.82
1945074--1945158	7	12.4	7	70	9	59	41	25	3	29	1.72
1945059--1945132	20	3.7	20	80	3	69	40	22	2	33	1.69
1945064--1945170	27	4.0	27	74	7	83	40	25	3	30	1.73
1945059--1945129	34	2.1	34	86	0	97	42	21	2	33	1.67
1945125--1945163	13	2.9	14	80	7	53	35	28	5	30	1.79
1945194--1945242	21	2.3	21	75	6	55	44	30	2	22	1.64
1945209--1945262	14	3.8	14	80	2	63	38	24	3	33	1.73
1945196--1945255	28	2.1	28	84	6	77	45	26	3	25	1.69
1950322--1950511	97	2.0	97	100	0	380	29	4	30	36	1.76
1952088--1952121	10	3.8	9	88	11	52	32	0	5	61	1.20
1952227--1952265	13	3.2	12	89	7	53	48	0	5	46	1.24
1955061--1955090	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
1957217--1957268	26	2.0	25	82	14	61	61	7	11	19	1.53
1957398--1957670	30	9.3	29	77	7	210	36	2	25	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1957398--1957636	59	4.1	57	77	10	203	37	2	24	35	1.71
1957398--1957669	59	4.6	57	76	7	197	36	2	25	35	1.71
1959377--1959411	17	2.1	17	89	5	54	17	2	37	42	1.64
1959418--1959451	15	2.2	16	89	5	52	23	5	20	50	1.70
1960014--1960632	78	7.9	78	84	1	675	25	17	29	27	1.97
1960045--1960501	39	11.7	38	65	12	180	25	17	29	26	1.97
1960358--1960559	39	5.2	38	68	13	124	22	21	30	25	1.99
1972667--1973089	60	7.1	59	77	11	369	39	1	22	35	1.64
1972671--1973084	30	13.8	30	77	4	325	40	1	21	35	1.64
1974822--1974855	15	2.2	16	89	5	52	23	5	20	50	1.70
1976708--1976740	10	3.4	10	87	8	50	57	9	3	30	1.45
1977062--1977133	34	2.1	35	81	2	83	48	6	2	41	1.44
1984186--1984286	42	2.4	41	80	6	112	46	3	5	43	1.46
1986153--1986222	31	2.4	28	79	13	70	60	12	0	27	1.33
1988991--1989071	14	5.7	14	74	12	76	19	0	18	61	1.34
1988998--1989077	28	2.9	28	96	0	142	17	0	21	61	1.35
1989087--1989157	21	3.4	21	74	3	63	35	2	16	45	1.63
2001622--2001649	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2002490--2002527	16	2.4	16	90	0	67	34	26	5	34	1.79
2005133--2005196	29	2.2	29	83	8	78	35	6	14	43	1.70
2005147--2005203	29	2.0	29	100	0	114	28	7	21	43	1.78
2006878--2007071	97	2.0	97	83	2	246	38	13	17	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2007305--2007646	30	11.6	28	75	10	179	33	5	26	34	1.81
2007340--2007681	30	11.6	30	77	8	256	32	4	26	36	1.76
2007305--2007682	59	6.4	59	78	7	261	33	5	26	35	1.80
2009505--2009597	6	16.2	6	70	20	65	50	0	1	48	1.07
2009505--2009597	17	5.4	17	80	2	96	50	0	1	48	1.07
2009524--2009584	23	2.6	24	73	21	67	50	0	0	49	1.00
2010137--2010251	39	3.0	38	73	13	108	26	19	30	24	1.98
2010139--2010473	78	4.3	78	80	4	361	27	18	29	24	1.98
2010688--2011463	98	7.9	99	82	3	777	18	23	18	39	1.92
2010688--2011456	196	3.9	195	83	4	866	18	23	18	39	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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