genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  11  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2715698--2716099	144	2.8	144	97	0	750	30	21	15	33	1.94
2723101--2723212	30	3.7	30	73	15	106	33	3	27	34	1.74
2723067--2723241	60	2.9	59	91	1	278	34	3	28	33	1.74
2723200--2723293	29	3.2	31	79	10	99	34	7	24	34	1.83
2723219--2723300	30	2.8	29	81	5	94	29	10	23	36	1.89
2723397--2723720	161	2.0	161	86	2	445	41	12	18	26	1.86
2725441--2725521	6	13.0	6	75	12	74	46	1	2	49	1.23
2725465--2725523	26	2.4	26	86	8	79	54	1	1	42	1.20
2726315--2726369	29	1.9	29	88	3	85	45	14	14	25	1.83
2727205--2727247	16	2.8	15	72	6	50	46	4	2	46	1.36
2727935--2727995	24	2.5	24	86	0	86	26	13	9	50	1.72
2729930--2729980	24	2.1	24	92	0	84	23	11	7	56	1.61
2731274--2731337	31	2.1	31	93	0	110	21	6	34	37	1.79
2740740--2740794	28	2.1	27	86	10	78	30	3	7	58	1.43
2747019--2747049	14	2.2	14	94	0	53	51	0	0	48	1.00
2747176--2747249	29	2.5	29	86	8	96	48	13	14	22	1.79
2749034--2749467	144	3.0	145	88	1	667	32	15	23	29	1.95
2756557--2756638	17	4.8	17	77	8	78	39	1	4	54	1.29
2760720--2761302	144	4.0	144	91	0	878	29	18	24	26	1.98
2760720--2761302	289	2.0	288	89	1	889	29	18	24	26	1.98
2763768--2763816	18	2.7	18	87	12	73	44	0	4	51	1.20
2763768--2763814	19	2.6	18	87	12	69	46	0	4	48	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2772041--2772156	58	2.0	58	84	3	153	46	18	0	35	1.49
2774015--2774063	10	4.5	10	78	16	53	32	0	0	67	0.91
2774024--2774072	23	2.1	23	92	0	80	38	0	0	61	0.96
2774830--2774870	20	2.2	18	86	8	55	29	0	12	58	1.34
2775631--2775691	24	2.4	25	81	15	79	59	11	4	24	1.52
2788475--2788520	24	1.9	24	86	0	65	41	4	4	50	1.42
2795238--2795517	144	1.9	144	95	0	506	31	16	25	26	1.96
2796204--2796344	41	3.4	41	94	0	237	31	19	8	39	1.82
2797191--2797247	18	3.1	18	80	14	71	56	1	0	42	1.10
2797436--2797500	17	3.9	17	81	4	78	38	0	6	55	1.25
2797437--2797509	33	2.2	33	82	0	83	41	1	4	53	1.28
2797443--2797516	27	2.7	27	78	0	76	41	1	4	52	1.28
2797456--2797509	16	3.3	16	79	5	54	42	1	1	53	1.22
2798251--2798295	21	2.0	23	87	12	67	51	0	2	46	1.13
2799467--2799618	30	5.2	29	70	18	91	34	30	2	31	1.72
2799293--2799665	175	2.1	175	87	2	518	33	31	3	32	1.74
2799544--2799634	29	3.1	27	74	22	87	32	32	1	32	1.65
2799293--2799657	117	3.1	116	84	3	493	33	30	3	32	1.73
2799293--2799665	58	6.4	58	85	3	448	33	31	3	32	1.74
2808072--2808107	18	2.0	18	94	0	63	33	25	16	25	1.96
2811844--2812685	200	4.2	200	91	1	1292	35	21	22	20	1.96
2812997--2813061	17	3.9	17	81	4	78	38	0	6	55	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2812998--2813070	33	2.2	33	82	0	83	41	1	4	53	1.28
2813004--2813077	27	2.7	27	78	0	76	41	1	4	52	1.28
2813017--2813070	16	3.3	16	79	5	54	42	1	1	53	1.22
2813809--2813855	21	2.3	21	85	10	62	42	2	8	46	1.46
2814917--2815191	30	9.4	28	67	22	131	32	30	3	33	1.75
2814885--2815263	58	6.4	58	83	8	467	32	30	3	33	1.75
2814914--2815258	116	2.9	117	88	6	516	32	30	4	33	1.76
2817400--2817425	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2819909--2820123	72	3.0	72	86	0	304	35	22	13	27	1.93
2822109--2822172	21	2.8	24	72	13	62	43	3	1	51	1.26
2828741--2828786	20	2.2	20	84	3	56	52	15	6	26	1.67
2831373--2831620	58	4.2	58	86	6	297	39	2	25	32	1.70
2831411--2831679	29	9.2	29	70	21	129	38	2	24	33	1.71
2831573--2831778	30	6.9	30	75	9	165	40	1	21	36	1.65
2831373--2831679	118	2.6	117	79	6	304	39	2	24	33	1.70
2831587--2831778	60	3.3	58	86	6	244	40	2	20	37	1.64
2831607--2831769	90	1.8	89	84	4	220	41	2	18	38	1.64
2832877--2832934	21	2.7	21	84	7	73	41	3	3	51	1.35
2832862--2832947	21	3.9	23	72	18	67	40	2	2	54	1.26
2833661--2833733	17	4.3	17	81	6	85	50	1	0	47	1.09
2833655--2833715	11	5.5	11	73	19	56	49	1	0	49	1.10
2833677--2833733	6	10.0	6	74	11	57	50	1	0	47	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2834223--2834583	51	7.1	51	74	5	311	12	25	21	40	1.88
2834178--2834583	101	4.0	101	86	1	537	13	24	21	40	1.89
2845821--2846062	28	8.4	27	69	18	134	33	2	28	35	1.71
2845795--2846159	29	12.6	29	71	15	183	35	1	26	36	1.67
2845795--2846041	58	4.3	56	85	9	322	33	2	28	35	1.69
2845795--2846041	114	2.2	116	90	3	385	33	2	28	35	1.69
2845823--2846159	58	5.8	58	82	10	288	35	1	26	36	1.67
2846016--2846198	30	6.2	29	75	8	147	39	1	21	37	1.61
2846009--2846198	59	3.2	57	82	10	224	38	1	21	38	1.61
2847026--2847054	15	2.0	15	93	6	51	34	20	24	20	1.97
2847300--2847353	21	2.7	21	85	5	76	42	3	1	51	1.30
2847293--2847366	24	3.2	24	75	13	73	41	2	1	54	1.23
2847279--2847366	21	4.0	22	68	11	54	42	2	1	54	1.20
2848022--2848046	13	1.9	13	100	0	50	36	8	24	32	1.84
2848056--2848098	17	2.5	17	88	0	59	46	2	0	51	1.13
2848073--2848116	11	4.0	11	81	0	52	52	2	0	45	1.13
2848074--2848115	17	2.5	17	85	11	52	52	2	0	45	1.13
2852094--2852818	144	5.0	144	93	0	1180	25	24	17	31	1.97
2859030--2859070	11	3.8	11	84	12	50	0	19	0	80	0.71
2859030--2859070	22	1.9	21	90	5	64	0	19	0	80	0.71
2859050--2859137	35	2.5	34	90	3	131	6	18	3	71	1.22
2859050--2859149	34	2.8	35	87	6	148	9	19	5	67	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2870443--2870902	59	7.8	59	84	5	549	35	2	29	33	1.71
2870443--2870929	58	8.3	56	81	8	481	34	2	29	33	1.72
2870464--2870900	236	1.9	236	86	3	612	35	2	29	32	1.71
2872764--2872822	6	9.8	6	73	14	50	55	1	3	38	1.26
2872779--2872806	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
2873045--2873078	17	2.0	17	88	0	50	64	5	5	23	1.38
2873834--2873896	32	2.0	32	100	0	126	57	11	3	28	1.49
2873940--2873986	23	2.0	23	92	8	78	25	25	21	27	1.99
2873942--2873994	23	2.3	23	87	6	72	26	24	20	28	1.99
2874247--2874329	31	2.7	31	83	9	116	48	10	4	36	1.60
2874434--2874507	39	2.0	35	85	12	96	44	14	2	37	1.60
2875095--2875199	28	3.6	28	71	15	97	24	18	12	44	1.84
2875065--2875256	59	3.2	61	82	5	230	22	18	12	45	1.83
2875411--2875606	92	2.1	90	80	8	209	44	13	17	23	1.84
2878915--2878977	6	11.0	6	76	10	60	39	0	1	58	1.07
2878919--2878975	11	5.1	11	81	8	53	38	0	1	59	1.08
2878913--2878977	17	3.8	17	95	0	112	40	0	1	58	1.07
2878919--2878975	28	2.0	28	86	6	80	38	0	1	59	1.08
2879975--2880012	13	2.9	13	92	0	58	65	0	23	10	1.23
2880719--2880959	30	8.1	30	70	14	151	36	24	3	36	1.73
2880688--2880790	29	3.4	29	77	7	82	37	20	5	35	1.77
2880688--2880874	30	6.2	30	73	6	103	35	21	5	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2880894--2880959	29	2.2	30	84	7	82	39	24	0	36	1.56
2882452--2882512	20	2.9	21	78	7	70	18	26	18	37	1.93
2883937--2883979	22	2.0	22	90	0	68	41	27	18	11	1.85
2886210--2886244	18	2.0	18	88	5	54	74	22	0	2	0.95
2889341--2889394	24	2.1	24	86	10	72	9	27	12	50	1.71
2892701--2893017	59	5.4	59	89	5	464	31	3	32	32	1.74
2892701--2893017	117	2.7	117	90	4	471	31	3	32	32	1.74
2893978--2894023	3	15.0	3	84	4	56	36	2	0	60	1.09
2893962--2894010	16	3.0	16	87	3	71	38	0	0	61	0.96
2894797--2894879	6	14.0	6	70	20	59	54	1	2	42	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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