genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.117.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27284530--27284602	19	3.9	19	98	1	139	27	10	0	61	1.29
27284530--27284602	37	1.9	37	97	2	137	27	10	0	61	1.29
27291038--27291077	18	2.2	18	86	4	53	20	2	0	77	0.88
27298386--27298416	13	2.4	13	88	0	53	48	0	0	51	1.00
27298456--27298514	27	2.1	28	81	9	68	55	0	1	42	1.09
27305043--27305080	18	2.2	18	90	4	60	39	0	0	60	0.97
27306879--27306920	11	3.9	11	81	3	50	40	0	4	54	1.21
27306881--27306942	17	3.8	17	80	6	74	40	0	4	54	1.22
27306879--27306920	22	2.0	22	85	4	59	40	0	4	54	1.21
27306885--27306976	27	3.3	27	73	3	76	45	2	4	47	1.34
27306898--27306951	16	3.3	16	79	5	54	42	1	1	53	1.22
27307805--27307839	16	2.2	16	94	0	61	62	2	2	31	1.24
27308616--27308669	28	1.9	28	81	7	65	18	16	3	61	1.49
27308973--27309034	29	2.1	29	87	3	88	30	24	6	38	1.80
27309012--27309151	59	2.4	60	84	5	171	38	27	0	33	1.62
27309013--27309169	59	2.7	58	80	8	167	38	28	0	33	1.62
27309013--27309228	28	7.5	29	70	16	155	36	27	0	35	1.61
27308984--27309236	29	8.8	29	68	18	145	35	26	1	37	1.64
27309014--27309283	143	1.9	145	85	3	375	34	27	2	35	1.70
27322063--27322185	23	5.3	23	87	1	113	11	24	21	42	1.86
27322087--27322231	69	2.1	66	85	10	184	12	24	20	42	1.86
27322084--27322231	23	6.4	23	81	9	160	12	23	21	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27329422--27329523	23	4.4	23	83	2	116	10	24	21	43	1.84
27330119--27330733	200	3.1	200	92	1	991	35	21	23	19	1.96
27331071--27331112	11	3.9	11	81	3	50	40	0	4	54	1.21
27331073--27331134	17	3.8	17	80	6	74	40	0	4	54	1.22
27331071--27331112	22	2.0	22	85	4	59	40	0	4	54	1.21
27331077--27331168	27	3.3	27	73	3	76	45	2	4	47	1.34
27331090--27331143	16	3.3	16	79	5	54	42	1	1	53	1.22
27331955--27332008	20	2.7	20	82	2	63	48	0	5	46	1.25
27331997--27332031	16	2.2	16	94	0	61	62	2	2	31	1.24
27332449--27332643	59	3.3	59	82	5	218	32	25	3	38	1.73
27332563--27332643	28	2.7	30	69	9	76	33	25	2	38	1.70
27349743--27349848	56	1.9	55	86	3	151	29	1	11	57	1.44
27349932--27349969	20	1.9	19	94	5	67	28	0	5	65	1.14
27355292--27355374	27	3.2	25	78	14	73	37	3	1	57	1.24
27368764--27368826	24	2.6	24	92	5	101	28	12	6	52	1.64
27370252--27370282	12	2.6	12	94	0	53	51	3	0	45	1.17
27373236--27373271	9	4.0	9	88	0	54	50	0	0	50	1.00
27374181--27374230	25	2.0	25	96	0	91	32	18	8	42	1.79
27380457--27380500	17	2.5	18	85	14	65	72	0	0	27	0.85
27392860--27392886	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
27395829--27395955	50	2.5	50	79	5	150	52	7	4	34	1.51
27398083--27398139	24	2.4	24	90	0	87	50	10	14	24	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27398095--27398145	24	2.1	24	100	0	102	56	7	11	23	1.61
27403228--27403280	19	2.8	19	75	13	56	26	1	3	67	1.17
27412046--27412085	21	2.0	20	85	5	53	67	7	0	25	1.16
27416298--27416327	15	1.9	16	93	6	53	63	3	13	20	1.43
27417591--27417615	13	1.9	13	100	0	50	56	12	8	24	1.62
27420559--27421133	197	3.0	195	83	10	790	21	21	14	42	1.88
27420743--27421099	178	2.0	178	92	0	588	22	22	14	40	1.90
27421950--27421989	15	2.5	16	88	8	55	37	5	0	57	1.21
27422932--27422973	17	2.5	17	80	7	50	38	0	7	54	1.28
27424891--27425177	30	9.8	29	66	23	95	34	27	3	34	1.74
27424928--27425213	59	4.9	59	84	3	339	33	28	2	35	1.71
27425018--27425265	118	2.1	116	80	10	265	34	25	3	36	1.72
27430914--27430964	26	2.0	25	85	11	68	43	7	15	33	1.76
27433782--27433826	23	2.0	23	86	0	63	31	13	20	35	1.91
27434058--27434141	42	2.0	42	88	4	125	47	21	0	30	1.51
27436052--27436110	19	3.2	19	78	7	59	57	3	3	35	1.32
27436308--27436346	20	2.0	20	89	0	60	53	12	0	33	1.39
27436309--27436346	18	2.0	19	85	10	51	52	13	0	34	1.40
27441707--27441737	16	1.9	16	93	0	53	61	0	0	38	0.96
27449428--27449458	6	5.2	6	100	0	62	19	16	32	32	1.94
27451841--27452132	145	2.0	145	98	0	566	41	25	4	29	1.74
27454094--27454123	15	2.0	15	93	0	51	26	10	3	60	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27454557--27454600	6	7.3	6	94	0	79	50	0	34	15	1.45
27458733--27458759	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
27474122--27474175	19	2.8	20	83	8	60	53	1	0	44	1.11
27474223--27474286	23	2.8	22	76	6	56	46	4	7	40	1.53
27476227--27476259	17	1.9	17	100	0	66	72	0	3	24	0.98
27480592--27480639	3	16.0	3	95	0	87	33	2	0	64	1.05
27487311--27487348	17	2.2	18	90	4	60	57	0	2	39	1.12
27487533--27487588	21	2.7	19	79	17	58	48	1	1	48	1.22
27490481--27490580	31	3.3	29	72	14	87	36	2	29	33	1.69
27490371--27490619	59	4.2	58	82	3	284	37	4	25	32	1.76
27490364--27490619	119	2.2	117	83	6	318	37	4	26	32	1.76
27490466--27490619	29	5.2	28	68	25	86	35	2	26	35	1.71
27491573--27491617	6	8.0	6	78	14	51	51	2	2	44	1.26
27491573--27491628	17	3.4	17	85	2	69	51	3	1	42	1.29
27491610--27491655	11	4.2	11	86	8	67	54	13	0	32	1.39
27492033--27492824	200	4.0	200	89	0	1167	19	22	21	36	1.95
27504974--27505075	29	3.4	29	70	20	84	37	0	29	33	1.58
27504892--27505082	60	3.2	58	84	4	249	35	2	27	35	1.69
27504960--27505053	31	3.1	31	67	21	81	34	1	26	38	1.64
27504931--27505096	29	5.6	28	67	19	72	34	0	27	36	1.62
27505034--27505096	29	2.1	30	82	5	74	34	0	30	34	1.58
27505473--27505508	5	7.2	5	100	0	72	0	19	61	19	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27506132--27506156	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
27507033--27507088	6	10.0	6	75	14	57	53	1	1	42	1.21
27507033--27507088	17	3.4	17	87	2	78	53	1	1	42	1.21
27507070--27507115	11	4.2	11	83	8	58	56	10	0	32	1.34
27529112--27529137	9	2.9	9	100	0	52	80	0	11	7	0.89
27532612--27532639	6	4.7	6	100	0	56	0	0	14	85	0.59
27537572--27537603	5	6.4	5	100	0	64	18	0	0	81	0.70
27547420--27547478	6	9.8	6	98	0	109	16	47	0	35	1.47
27550887--27550962	17	4.4	17	76	5	73	36	2	5	55	1.37
27550889--27550955	34	2.0	34	82	5	82	37	2	4	55	1.36
27551156--27551196	15	2.7	15	100	0	82	21	43	7	26	1.79
27554216--27554286	23	2.9	25	83	8	101	39	19	25	15	1.91
27554216--27554297	23	3.5	22	79	14	92	39	19	28	13	1.89
27559202--27559232	16	1.9	16	93	0	53	48	6	3	41	1.45
27560162--27560386	113	2.0	113	86	5	321	41	16	13	28	1.87
27560581--27560742	54	3.0	54	86	5	220	44	9	19	26	1.81
27561346--27561387	21	2.0	22	85	4	59	35	28	19	16	1.93
27562106--27562144	20	1.9	21	89	5	62	23	2	15	58	1.49
27562143--27562181	12	3.2	12	85	3	51	51	0	0	48	1.00
27562163--27562200	20	1.9	20	88	0	58	50	0	0	50	1.00
27568382--27568435	14	4.1	14	77	15	53	55	3	0	40	1.17
27568382--27568432	13	3.9	13	73	19	52	56	3	0	39	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27581275--27581304	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
27589057--27589136	6	13.0	6	75	10	63	48	2	1	47	1.23
27590963--27591380	30	14.0	30	87	2	502	38	22	1	36	1.65
27590963--27591364	90	4.5	90	88	2	558	38	22	1	37	1.63
27591263--27591318	19	3.4	19	64	35	56	39	25	3	32	1.73
27591371--27591549	59	3.1	58	74	9	157	27	29	5	37	1.78
27603141--27603895	69	10.9	68	90	2	1087	35	16	20	26	1.94
27603141--27603895	137	5.5	137	91	2	1136	35	16	20	26	1.94
27604247--27604314	12	5.8	12	76	10	50	39	1	1	57	1.17
27604259--27604345	6	14.2	6	77	11	70	49	3	1	45	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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