genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  77  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17134507--17134544	18	2.0	20	85	10	53	34	2	2	60	1.24
17139748--17139808	25	2.4	25	75	10	61	55	3	1	39	1.26
17139918--17140003	44	2.0	44	90	0	136	46	3	5	44	1.44
17145770--17145812	21	2.0	21	82	8	52	55	2	13	27	1.51
17147756--17147790	17	2.1	17	88	0	52	20	14	14	51	1.76
17148779--17148819	16	2.8	15	78	14	50	46	2	12	39	1.54
17149873--17149979	48	2.2	48	86	0	151	40	13	23	23	1.89
17150031--17150104	27	2.9	28	82	13	79	32	6	40	20	1.78
17155329--17155385	25	2.4	24	82	8	71	5	8	24	61	1.46
17155601--17155702	53	1.9	53	87	0	150	47	4	10	37	1.60
17155660--17155745	37	2.3	37	83	0	100	50	4	11	33	1.60
17160469--17160717	46	5.7	45	78	9	187	28	17	24	30	1.97
17160565--17160817	42	6.0	43	81	2	242	28	17	24	29	1.97
17160515--17160817	84	3.5	83	79	7	275	28	17	24	30	1.97
17160755--17160879	62	2.0	62	82	3	153	33	15	20	31	1.93
17160817--17161090	43	6.3	43	76	8	245	31	18	21	29	1.97
17160830--17161083	88	2.9	85	84	6	296	29	19	20	29	1.97
17161966--17162000	6	6.0	6	90	6	54	0	11	0	88	0.51
17161963--17162011	19	2.6	17	87	12	62	0	14	0	85	0.59
17166976--17167082	33	3.2	32	75	10	108	71	0	5	22	1.13
17168014--17168051	19	2.1	19	90	5	60	5	15	0	78	0.91
17168211--17168245	17	2.0	18	88	5	54	77	2	5	14	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17176021--17176085	28	2.3	28	84	7	78	27	6	12	53	1.61
17182148--17182185	13	2.9	13	84	0	58	21	10	15	52	1.72
17186755--17187304	45	12.4	44	82	5	583	26	18	26	29	1.98
17188192--17188234	22	1.9	23	90	4	70	55	16	9	18	1.67
17195285--17195332	16	3.1	15	82	14	53	12	0	16	70	1.16
17197222--17197563	94	3.6	95	79	4	343	15	17	17	50	1.79
17198944--17199011	26	2.6	26	83	2	73	32	25	17	25	1.97
17198969--17199045	26	3.0	26	92	0	118	29	25	19	24	1.98
17198972--17199063	26	3.5	26	82	8	89	29	27	19	23	1.98
17199042--17199116	27	2.8	28	84	8	102	34	21	14	29	1.93
17203989--17204118	50	2.6	47	77	17	131	38	16	8	36	1.79
17204833--17204954	20	6.2	20	76	12	110	67	18	6	8	1.38
17204833--17204943	57	1.9	57	85	5	152	66	17	7	9	1.41
17204872--17204922	9	5.6	9	77	13	50	70	13	5	9	1.32
17204833--17204958	58	2.1	59	82	8	150	67	17	6	8	1.38
17205878--17206063	93	2.0	93	84	2	239	43	20	20	15	1.87
17206260--17206430	59	2.9	58	77	9	168	24	15	11	48	1.78
17206653--17206787	31	4.6	30	78	15	147	51	9	11	27	1.68
17208515--17208557	18	2.5	16	81	11	50	39	0	0	60	0.97
17208608--17208656	22	2.3	23	79	10	59	63	0	2	34	1.06
17208637--17208692	17	3.5	15	75	15	51	71	0	0	28	0.86
17210418--17210492	11	6.5	11	70	10	51	33	1	5	60	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17211895--17211927	16	2.1	16	88	5	50	33	0	0	66	0.92
17216710--17216760	20	2.5	20	93	3	84	29	9	13	47	1.75
17217226--17217289	20	3.3	19	77	12	58	32	9	0	57	1.30
17225382--17225422	18	2.3	18	82	0	55	39	26	17	17	1.91
17231542--17231591	3	16.7	3	77	22	52	64	2	34	0	1.05
17241983--17242009	12	2.2	12	100	0	54	22	7	0	70	1.12
17242915--17242995	40	2.1	40	86	9	114	51	3	8	35	1.50
17242864--17242974	51	2.1	53	81	11	129	50	4	6	38	1.48
17243037--17243063	7	3.9	7	100	0	54	70	0	0	29	0.88
17246495--17246634	43	3.3	42	86	6	174	23	28	21	26	1.99
17246948--17247101	66	2.3	66	88	0	227	15	24	16	43	1.87
17252939--17253131	69	2.8	68	84	12	247	45	1	5	48	1.31
17253010--17253296	112	2.5	117	85	6	390	44	1	6	47	1.37
17252856--17253248	181	2.1	187	84	7	514	44	1	6	46	1.39
17253264--17253318	22	2.5	22	96	0	101	60	1	0	38	1.08
17253264--17253318	10	5.1	10	83	16	74	60	1	0	38	1.08
17252963--17253696	323	2.3	320	89	2	1089	44	1	5	49	1.34
17253115--17253340	120	1.9	119	80	7	260	46	1	5	46	1.35
17253122--17253497	211	1.8	205	85	6	533	44	1	5	48	1.38
17253308--17253642	113	2.9	115	83	7	410	41	1	4	51	1.32
17253539--17253564	4	6.5	4	100	0	52	26	0	0	73	0.84
17253511--17253750	46	5.1	46	75	12	145	42	1	3	52	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17253580--17253648	15	4.6	15	75	7	77	49	1	0	49	1.09
17253264--17253664	113	3.5	115	78	6	368	44	1	3	50	1.31
17253563--17253761	93	2.2	91	79	7	215	46	1	3	48	1.26
17253676--17253758	8	10.1	8	80	3	67	51	1	1	45	1.16
17256645--17256726	41	2.0	41	95	0	146	20	21	20	36	1.95
17262835--17262872	15	2.4	16	82	4	51	60	2	0	36	1.11
17271979--17272066	23	3.9	23	90	1	133	50	5	4	39	1.47
17274815--17274899	18	4.3	19	70	20	50	60	0	2	37	1.10
17274826--17274881	16	3.4	17	76	11	53	62	0	1	35	1.06
17275393--17275450	18	3.3	18	66	20	50	31	0	3	65	1.09
17275911--17275955	17	2.8	16	83	6	56	73	0	0	26	0.84
17275915--17275974	19	3.0	20	73	11	61	66	0	0	33	0.92
17277350--17277408	29	2.0	30	90	3	93	40	0	37	22	1.54
17289212--17289390	51	3.5	51	88	3	272	34	25	11	29	1.90
17292933--17292965	7	4.7	7	100	0	66	30	0	54	15	1.41
17293357--17293400	23	2.0	22	86	4	61	45	15	0	38	1.47
17298344--17298571	51	4.5	51	89	2	359	32	25	12	29	1.93
17299978--17300023	13	3.5	13	83	13	58	28	50	0	21	1.49
17299980--17300022	7	6.3	7	83	5	52	25	53	0	20	1.46
17300304--17300349	13	3.5	13	83	13	58	28	50	0	21	1.49
17300306--17300348	7	6.3	7	83	5	52	25	53	0	20	1.46
17299947--17300603	326	2.0	327	99	0	1307	35	25	10	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17302228--17302285	24	2.4	24	97	0	107	70	10	8	10	1.34
17302966--17302999	14	2.4	14	95	0	59	44	0	32	23	1.54
17304542--17304582	19	2.2	18	86	8	55	58	21	4	14	1.55
17306964--17307045	13	6.6	12	74	16	60	51	1	1	46	1.16
17314047--17314128	13	6.6	12	72	13	51	50	1	2	46	1.22
17316058--17316234	56	3.1	56	74	9	169	20	22	33	23	1.97
17317416--17317548	43	3.1	42	80	7	151	33	19	9	37	1.85
17322717--17322765	13	3.8	13	70	24	50	61	16	4	18	1.50
17326822--17326847	13	2.0	13	100	0	52	46	30	0	23	1.53
17329057--17329125	6	12.2	6	76	11	65	40	0	1	57	1.07
17329067--17329131	17	3.9	17	81	4	69	44	1	0	53	1.09
17329057--17329125	27	2.4	28	83	9	86	40	0	1	57	1.07
17329056--17329122	17	4.0	17	84	3	73	38	0	1	59	1.06
17329057--17329122	33	2.0	33	81	0	78	39	0	1	59	1.07
17329057--17329151	27	3.4	28	77	13	72	45	1	2	51	1.20
17331086--17331279	59	3.3	59	82	5	241	31	25	5	37	1.78
17331086--17331284	30	6.8	29	68	21	112	31	26	5	36	1.79
17331086--17331299	118	1.8	116	83	7	279	31	26	6	35	1.82
17343550--17343848	76	3.9	76	94	1	508	33	15	17	33	1.91
17343644--17344039	191	2.1	191	98	0	774	34	14	18	32	1.91
17343839--17344256	76	5.5	76	93	1	701	33	15	17	32	1.92
17343563--17344117	267	2.1	269	92	2	947	34	14	18	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17343839--17344256	230	1.8	229	94	1	739	33	15	17	32	1.92
17343839--17344261	154	2.8	154	92	1	715	34	15	17	32	1.92
17344534--17344602	6	12.2	6	72	17	58	42	0	1	56	1.08
17344554--17344592	17	2.3	19	75	25	50	41	0	0	58	0.98
17344544--17344628	27	3.3	26	79	12	79	49	2	0	48	1.14
17344558--17344599	17	2.6	16	92	7	68	42	0	0	57	0.99
17344570--17344608	17	2.3	17	86	0	51	48	2	0	48	1.15
17346558--17346935	59	6.4	59	84	4	469	33	27	3	35	1.73
17346617--17346888	29	9.2	29	69	22	156	35	27	1	34	1.68
17346558--17346935	177	2.1	177	88	3	548	33	27	3	35	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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