genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  89  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20739787--20739853	34	2.0	34	90	0	107	32	4	7	55	1.48
20740533--20740612	15	5.2	15	76	5	79	53	2	3	40	1.32
20744478--20744516	6	6.5	6	87	0	51	23	30	0	46	1.53
20747723--20747770	18	2.6	19	83	3	62	33	2	0	64	1.05
20747898--20747959	26	2.4	26	91	2	99	38	3	3	54	1.32
20747931--20747975	18	2.3	20	81	14	67	35	4	8	51	1.54
20747938--20747977	18	2.2	18	95	0	71	32	5	10	52	1.56
20756983--20757023	21	2.0	21	86	9	59	48	0	0	51	1.00
20756986--20757055	29	2.5	27	86	9	95	51	0	1	47	1.09
20757447--20757492	12	3.6	13	80	11	51	76	2	0	21	0.90
20757448--20757494	18	2.5	20	86	6	71	76	2	0	21	0.89
20769985--20770038	21	2.6	21	85	5	74	25	14	27	31	1.95
20770484--20770973	243	2.0	243	99	0	962	33	22	16	27	1.95
20776198--20776255	24	2.5	23	75	10	55	13	1	27	56	1.47
20777573--20777611	20	2.0	20	85	10	53	23	5	10	61	1.48
20781697--20781788	31	3.0	29	80	6	85	46	19	4	29	1.69
20786734--20786779	24	1.9	24	86	0	65	34	2	4	58	1.30
20791064--20791153	31	3.1	27	67	13	72	35	5	2	56	1.35
20791825--20791856	14	2.2	15	94	5	57	31	0	0	68	0.90
20792930--20793026	48	2.0	48	100	0	194	40	16	12	30	1.85
20793846--20793892	23	2.0	24	83	4	60	48	4	4	42	1.42
20795614--20795639	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20796157--20796202	21	2.2	21	84	7	58	43	2	2	52	1.25
20796221--20796272	20	2.6	20	87	6	70	48	0	0	51	1.00
20796796--20796858	28	2.2	28	80	8	74	53	6	4	34	1.47
20797524--20797556	16	2.0	17	94	5	59	48	0	3	48	1.17
20798564--20798613	24	2.1	23	88	3	73	54	4	2	40	1.31
20799749--20799791	15	2.8	16	78	3	52	67	0	13	18	1.23
20799749--20799834	32	2.8	30	81	8	100	65	2	9	23	1.34
20799749--20799891	62	2.3	63	78	9	150	62	2	11	23	1.38
20801761--20803478	42	40.8	42	81	6	1732	26	17	25	30	1.97
20801762--20803438	509	3.3	505	85	5	2069	26	17	25	30	1.97
20803709--20803811	40	2.6	40	89	1	145	20	14	32	33	1.93
20804068--20804582	146	3.5	146	80	2	444	20	26	16	36	1.94
20804096--20804582	49	10.0	49	73	3	345	20	26	17	36	1.94
20803994--20804576	244	2.4	244	83	0	711	20	26	17	36	1.94
20805043--20805247	112	1.8	111	90	1	329	41	8	20	29	1.82
20805560--20805611	6	8.7	6	79	8	52	1	21	0	76	0.87
20805560--20805641	27	3.4	22	74	21	67	3	18	0	78	0.90
20805567--20805636	24	2.6	27	82	10	74	2	20	0	77	0.90
20809988--20810200	107	2.0	108	83	5	272	42	14	10	32	1.80
20810521--20810597	30	2.6	30	84	11	104	62	1	12	23	1.38
20810556--20810657	52	2.0	52	82	5	127	63	1	9	24	1.35
20817125--20817167	13	3.2	13	80	12	52	58	0	2	39	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20818059--20818131	34	2.1	35	87	2	103	24	16	20	38	1.93
20819469--20819527	27	2.2	27	87	6	84	27	16	33	22	1.95
20820798--20820839	13	3.2	13	83	10	50	19	2	2	76	1.01
20832275--20832308	16	2.2	16	89	5	52	14	20	41	23	1.89
20832483--20832517	17	2.1	17	89	5	54	28	0	2	68	1.04
20835641--20835673	10	3.7	9	84	15	50	33	0	0	66	0.92
20835642--20835683	16	2.4	18	84	11	52	35	0	0	64	0.94
20846834--20846866	17	1.9	17	93	0	57	75	3	3	18	1.06
20847411--20847444	13	2.5	13	90	4	50	67	11	2	17	1.34
20849990--20850029	21	2.0	22	85	14	59	17	10	20	52	1.72
20862785--20862841	27	2.2	26	81	15	64	63	1	7	28	1.30
20864769--20865057	39	7.2	39	77	9	269	25	16	28	28	1.97
20864769--20865056	81	3.6	79	80	5	321	25	17	28	28	1.97
20865335--20865628	50	5.9	50	75	8	190	18	29	16	35	1.93
20865342--20865630	150	1.9	150	83	2	377	17	30	16	35	1.93
20866618--20866660	13	3.4	13	87	3	61	4	11	0	83	0.78
20871427--20871467	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
20872610--20872733	17	7.2	17	81	6	142	41	1	2	54	1.23
20872610--20872719	6	19.0	6	71	17	81	40	0	2	55	1.20
20872610--20872733	35	3.6	34	81	5	142	41	1	2	54	1.23
20874588--20874678	30	3.1	29	77	12	87	36	24	5	34	1.79
20874605--20874678	30	2.6	29	81	12	98	35	28	4	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20874610--20874741	67	2.0	67	83	3	167	37	24	2	36	1.68
20874577--20874761	96	1.9	96	86	2	264	36	24	3	35	1.74
20874676--20874785	29	3.8	30	80	10	120	39	20	2	37	1.67
20874676--20874820	58	2.5	58	83	6	168	40	22	2	35	1.68
20874914--20874989	28	2.7	28	89	0	107	34	31	7	26	1.85
20881341--20881639	50	5.9	49	70	11	185	41	21	23	14	1.89
20881387--20881646	101	2.6	101	87	1	360	41	21	24	13	1.88
20881341--20881646	51	6.1	50	71	9	210	41	20	23	13	1.88
20881656--20881774	52	2.3	52	89	4	186	31	18	19	30	1.96
20881919--20881992	39	1.9	38	81	13	89	27	22	22	27	2.00
20881977--20882185	39	5.4	38	70	8	152	23	30	20	25	1.98
20881944--20882199	78	3.3	78	82	1	316	23	29	21	25	1.99
20882223--20883186	201	4.8	200	89	1	1300	34	19	23	22	1.97
20883601--20883676	6	13.0	6	76	15	79	43	1	1	53	1.17
20883601--20883690	17	5.2	17	82	5	108	43	2	1	53	1.20
20883601--20883690	35	2.6	35	82	3	110	43	2	1	53	1.20
20884394--20884463	15	4.1	15	69	25	50	54	1	2	41	1.24
20885535--20885795	58	4.4	58	83	4	294	38	22	3	35	1.70
20885535--20885745	29	7.2	30	77	10	179	37	23	2	35	1.70
20885565--20885761	29	6.8	30	77	16	182	38	22	2	37	1.66
20885889--20885960	28	2.6	28	90	0	108	33	30	6	29	1.84
20889981--20890010	14	2.1	14	100	0	60	36	0	6	56	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20906064--20906121	30	2.0	30	82	3	73	22	39	0	37	1.54
20906378--20906415	20	1.9	20	84	10	51	26	28	0	44	1.54
20909092--20909279	52	3.6	53	85	2	220	28	13	22	34	1.93
20933624--20933864	90	2.7	91	78	7	233	39	17	8	35	1.80
20934505--20934610	12	9.2	12	73	6	67	68	12	5	13	1.36
20934547--20934640	24	4.2	23	76	6	77	69	10	5	14	1.35
20934565--20934640	24	3.3	23	79	3	82	68	10	6	14	1.38
20934625--20934684	21	2.8	22	85	11	81	68	16	3	11	1.33
20934808--20934913	12	9.2	12	77	6	85	68	12	5	13	1.36
20934373--20934985	303	2.0	305	97	0	1149	63	12	6	17	1.49
20934826--20934971	68	2.1	67	81	9	163	67	13	6	13	1.41
20934794--20934994	56	3.7	54	75	15	148	67	14	5	12	1.39
20934820--20934935	45	2.6	44	82	9	119	66	12	6	13	1.43
20934918--20935002	21	4.0	22	75	17	65	68	16	4	10	1.36
20935365--20935429	19	3.4	20	79	10	82	27	7	3	61	1.38
20935432--20935483	19	2.7	20	80	17	65	21	5	0	73	1.04
20935432--20935499	20	3.5	19	75	15	59	23	5	0	70	1.09
20935360--20935567	9	22.2	9	66	19	70	31	4	1	62	1.25
20946474--20946506	15	2.1	16	88	11	50	54	3	0	42	1.15
20946605--20946631	14	1.9	14	100	0	54	74	0	0	25	0.83
20950285--20950331	2	25.0	2	83	12	64	48	0	0	51	1.00
20953018--20953043	13	2.0	13	100	0	52	30	0	23	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20953127--20953174	14	3.5	14	77	5	53	58	25	2	14	1.48
20953127--20953287	81	2.0	80	88	1	241	52	22	4	20	1.64
20958493--20959847	456	3.0	456	98	0	2613	31	15	21	31	1.94
20967137--20967204	6	12.2	6	71	14	56	42	1	2	52	1.25
20967137--20967204	16	4.1	17	83	7	77	42	1	2	52	1.25
20967157--20967211	27	2.0	27	82	6	67	43	3	3	49	1.37
20969039--20969306	29	9.2	29	72	18	150	37	25	2	34	1.71
20969043--20969153	30	3.7	30	78	11	104	40	21	1	36	1.64
20969112--20969300	59	3.2	58	76	11	192	37	24	3	34	1.73
20969083--20969304	29	7.7	29	72	13	163	38	24	3	33	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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