genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.119.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  119  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27880615--27880676	31	2.0	31	93	0	106	40	11	14	33	1.82
27881493--27881546	26	2.1	26	100	0	108	50	0	7	42	1.30
27881493--27881534	13	3.2	13	74	12	50	52	0	7	40	1.29
27885971--27886001	14	2.2	14	94	0	53	22	19	6	51	1.69
27893364--27893556	96	2.0	96	100	0	386	43	4	22	30	1.72
27895645--27895758	23	5.0	23	80	4	106	38	24	25	11	1.89
27895645--27895758	46	2.5	45	75	12	124	38	24	25	11	1.89
27895621--27895758	23	5.9	23	79	7	102	38	23	26	11	1.89
27900037--27900094	25	2.3	24	82	11	64	37	1	0	60	1.07
27900178--27900222	22	2.0	22	86	0	63	55	2	0	42	1.12
27900165--27900215	25	2.0	25	85	7	68	47	1	0	50	1.12
27901550--27901618	28	2.5	28	77	9	70	63	1	1	33	1.12
27901869--27901902	16	2.1	16	94	0	59	17	5	8	67	1.37
27904776--27904887	54	2.1	54	100	0	224	28	16	23	32	1.96
27906470--27906525	17	3.3	17	79	18	71	46	1	3	48	1.30
27906468--27906543	34	2.2	33	79	9	82	50	3	2	43	1.34
27906553--27906648	49	2.0	48	89	2	147	31	26	15	27	1.96
27907603--27907642	21	1.9	21	84	0	53	52	0	12	35	1.39
27908432--27908749	59	5.4	59	81	8	294	33	29	4	33	1.76
27908494--27908744	58	4.2	58	84	9	271	32	28	3	35	1.73
27908435--27908653	29	7.5	28	68	27	111	33	27	4	34	1.76
27908524--27908673	29	5.1	28	72	24	114	33	27	3	36	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27910026--27910275	28	8.7	28	68	21	126	36	1	28	34	1.65
27909972--27910275	57	5.2	58	85	7	377	35	1	28	34	1.66
27910174--27910275	29	3.5	29	70	9	91	35	0	28	35	1.64
27911113--27911263	75	2.0	75	97	0	284	30	19	16	33	1.94
27912198--27912242	14	3.3	13	82	17	56	15	13	28	42	1.85
27912196--27912234	13	2.9	13	85	14	53	15	15	25	43	1.86
27912198--27912255	27	2.1	27	83	0	71	20	12	27	39	1.88
27912278--27912361	5	15.6	5	78	18	80	55	2	0	41	1.12
27912261--27912359	11	8.9	11	78	17	98	56	3	0	40	1.15
27912303--27912378	16	4.6	18	79	15	67	56	2	1	39	1.21
27914058--27914307	117	2.2	112	81	9	274	38	14	12	34	1.84
27916679--27916730	24	2.3	24	80	9	65	44	0	9	46	1.36
27919497--27919535	18	2.2	19	86	9	55	56	0	23	20	1.42
27922022--27922060	18	2.2	18	86	9	53	20	23	0	56	1.42
27922141--27922183	23	2.0	20	86	13	59	48	20	4	25	1.69
27923062--27923099	16	2.2	18	90	9	62	39	0	0	60	0.97
27929076--27929114	18	2.2	19	86	9	55	56	0	23	20	1.42
27930487--27930553	3	22.3	3	93	0	116	65	2	0	31	1.07
27932724--27932761	7	5.4	7	96	0	58	34	7	0	57	1.28
27947797--27947857	23	2.7	24	77	10	74	44	3	1	50	1.28
27948351--27948387	20	1.9	18	89	10	56	59	0	8	32	1.27
27949042--27949102	32	1.9	32	93	0	104	24	8	11	55	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27959311--27959497	51	3.6	51	86	6	225	29	24	15	30	1.95
27972650--27972724	37	2.0	37	84	2	96	49	12	1	37	1.48
27976772--27976816	23	2.0	21	83	8	54	35	20	6	37	1.79
27983080--27983149	25	2.7	25	84	4	77	17	8	12	61	1.55
27988975--27989009	5	7.0	5	100	0	70	40	0	60	0	0.97
28003179--28003212	16	2.1	17	88	5	52	67	0	2	29	1.05
28003844--28003892	24	2.0	24	88	4	71	40	10	24	24	1.86
28003869--28003900	16	1.9	17	93	6	57	50	9	18	21	1.75
28011074--28011372	144	2.0	144	82	7	350	35	15	7	42	1.74
28011481--28011518	19	2.0	19	85	10	51	60	0	0	39	0.97
28012259--28012328	29	2.3	30	90	9	108	41	17	8	32	1.79
28019131--28019157	14	1.9	14	100	0	54	37	0	18	44	1.50
28022381--28022431	25	2.0	25	92	0	84	41	3	9	45	1.56
28022513--28022538	6	4.3	6	100	0	52	30	50	19	0	1.48
28030511--28030798	70	4.1	70	95	1	522	34	12	7	45	1.70
28030511--28030799	141	2.0	141	95	1	526	34	13	7	44	1.71
28031203--28031260	26	2.3	25	80	14	66	31	32	5	31	1.80
28032286--28032321	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
28038067--28038120	15	3.4	16	82	10	74	31	1	0	66	1.02
28038069--28038120	17	3.2	17	83	8	72	30	1	0	67	1.02
28044433--28044560	63	2.0	63	81	0	148	46	10	5	38	1.61
28049052--28049121	30	2.3	29	81	13	79	48	1	4	45	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28052399--28052474	15	5.2	15	69	15	52	47	0	2	50	1.15
28055882--28055948	6	11.2	6	80	12	75	43	1	1	53	1.19
28055873--28055946	17	4.6	16	83	11	89	39	1	1	58	1.15
28056916--28056941	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
28057662--28057962	30	9.9	30	80	8	313	38	23	3	34	1.72
28057686--28057987	59	5.0	59	83	7	347	38	23	2	35	1.69
28057792--28057962	66	2.7	67	83	11	209	38	22	2	35	1.70
28057662--28057973	29	10.3	29	76	8	183	38	23	3	35	1.72
28057970--28058135	58	2.9	58	86	3	228	29	28	5	36	1.79
28057979--28058135	29	5.4	29	68	24	98	28	28	5	37	1.80
28070040--28070509	68	6.9	68	96	1	849	33	18	20	27	1.96
28070400--28070587	103	1.8	98	95	3	277	33	16	21	28	1.95
28070866--28070932	22	3.2	22	83	8	68	35	1	2	59	1.22
28070883--28070943	6	10.3	6	75	16	56	40	1	1	55	1.19
28070881--28070941	30	2.0	31	90	3	97	39	1	1	57	1.18
28070874--28070934	11	6.0	10	80	16	63	36	1	1	60	1.16
28071891--28071917	13	2.1	13	100	0	54	77	0	0	22	0.76
28072646--28072831	30	6.3	29	87	3	237	37	24	3	34	1.73
28072796--28073051	59	4.4	59	81	3	250	31	28	4	35	1.77
28072837--28072937	30	3.4	29	71	17	91	30	27	3	37	1.75
28072856--28072950	30	3.2	29	69	21	81	33	25	4	36	1.75
28077067--28077135	36	1.9	36	91	5	113	33	2	39	24	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28080371--28080471	38	2.6	39	86	6	127	44	0	1	52	1.19
28080419--28080511	32	3.1	31	66	20	81	43	1	1	54	1.14
28081531--28081610	39	2.1	38	86	9	108	26	18	12	42	1.86
28084402--28084478	20	4.0	20	71	17	65	63	5	1	29	1.24
28089477--28090494	207	4.9	206	84	4	1219	33	15	13	38	1.86
28089474--28090503	413	2.5	411	85	5	1322	33	15	13	38	1.86
28094547--28094575	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
28096408--28096446	20	2.0	20	89	0	60	51	2	2	43	1.29
28101192--28101216	13	1.9	13	100	0	50	0	8	12	80	0.92
28101921--28101954	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
28103845--28105034	594	2.0	593	98	0	2290	34	15	17	32	1.92
28112327--28112402	40	1.9	39	86	5	109	46	1	13	39	1.51
28112368--28112754	181	2.3	169	81	14	426	45	3	11	39	1.57
28112441--28112779	181	1.9	176	87	6	495	44	3	11	40	1.58
28112448--28112871	181	2.4	177	83	8	483	42	3	10	43	1.57
28116168--28116210	22	2.0	22	85	0	59	76	6	2	13	1.08
28117081--28117149	26	2.7	26	77	16	72	44	0	2	52	1.16
28123797--28123828	6	5.3	6	96	0	55	68	12	0	18	1.20
28139755--28139807	26	2.0	26	100	0	106	35	18	3	41	1.69
28158822--28158861	19	2.0	21	86	13	59	60	0	0	40	0.97
28171058--28171091	16	2.2	16	94	5	61	52	0	0	47	1.00
28172432--28172537	42	2.5	41	79	7	124	50	13	2	33	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28175662--28176145	244	2.0	244	95	0	860	41	18	13	26	1.88
28181869--28181918	20	2.5	20	84	15	59	30	2	6	62	1.31
28189242--28189283	18	2.2	19	83	8	50	28	11	35	23	1.91
28189498--28189523	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
28190056--28190088	5	6.6	5	100	0	66	18	0	63	18	1.31
28207073--28207410	169	2.0	170	92	0	570	27	17	16	39	1.90
28207314--28207752	219	2.0	219	97	0	824	26	15	16	41	1.88
28214786--28214827	18	2.3	19	88	12	61	71	2	0	26	0.98
28214884--28214916	12	2.8	12	90	9	50	33	6	3	57	1.38
28216619--28216663	22	2.0	22	95	0	81	62	0	17	20	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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