genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  92  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21357781--21357825	23	2.0	23	95	0	81	46	2	28	22	1.63
21361469--21361511	17	2.5	17	80	0	59	34	11	4	48	1.60
21362858--21362897	20	2.0	20	85	9	55	22	0	10	67	1.20
21363021--21363081	28	2.2	28	85	8	81	31	3	8	57	1.44
21363951--21364001	19	2.7	19	81	6	59	62	1	1	33	1.17
21363959--21364002	19	2.3	19	88	4	61	63	0	2	34	1.07
21363970--21364013	10	4.4	10	81	18	56	61	0	2	36	1.09
21363959--21364016	20	3.0	20	85	10	66	60	0	3	36	1.14
21377531--21377582	20	2.7	19	77	8	52	61	3	1	32	1.25
21380224--21380259	11	3.5	11	85	14	58	25	0	0	75	0.81
21380227--21380259	10	3.3	10	84	16	50	24	0	0	75	0.80
21380578--21380630	4	13.2	4	84	7	63	67	0	32	0	0.91
21383735--21383760	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
21385932--21385981	16	3.2	16	73	21	52	34	0	6	60	1.21
21386173--21386433	95	2.8	93	90	4	402	47	13	1	37	1.53
21386820--21386857	13	3.1	12	85	14	51	0	18	0	81	0.69
21386777--21386858	22	3.8	22	73	13	64	1	30	0	68	0.98
21388273--21388583	109	3.0	102	78	8	245	36	18	14	30	1.91
21388909--21389096	30	6.3	30	77	7	168	37	7	20	34	1.81
21390817--21391435	45	13.9	45	82	2	610	26	17	22	32	1.96
21392273--21392496	112	2.0	115	88	2	337	37	12	20	29	1.89
21395382--21395550	30	5.7	29	73	8	117	37	21	2	37	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21395447--21395572	58	2.2	58	86	2	173	36	23	5	34	1.78
21395534--21395628	29	3.3	29	83	2	120	32	28	8	30	1.87
21396091--21397351	632	2.0	633	93	0	2186	32	17	15	34	1.92
21397557--21397592	12	2.9	12	87	4	54	0	8	2	88	0.59
21401848--21401908	24	2.5	23	75	17	61	65	9	8	16	1.45
21402018--21402250	30	7.8	29	74	8	146	35	6	23	35	1.79
21402001--21402250	60	4.2	59	79	7	236	36	6	23	34	1.80
21402018--21402252	90	2.6	90	79	3	258	35	5	22	35	1.79
21403640--21403686	16	2.9	16	78	9	51	63	4	2	29	1.25
21408548--21408610	33	1.9	33	93	0	108	25	0	15	58	1.37
21408667--21408756	44	2.0	44	97	0	171	36	5	22	35	1.78
21416161--21416191	16	1.9	16	93	0	53	45	0	0	54	0.99
21416176--21416221	11	4.3	11	83	2	58	47	0	0	52	1.00
21416165--21416220	11	4.6	12	78	15	53	48	0	0	51	1.00
21417126--21417172	25	2.0	25	91	8	80	59	0	0	40	0.97
21418426--21418457	2	16.0	2	93	0	55	50	46	0	3	1.17
21419746--21419875	53	2.4	53	92	3	208	18	1	35	44	1.59
21425594--21425619	10	2.6	10	100	0	52	50	38	0	11	1.39
21425740--21425776	13	2.8	13	87	0	56	72	0	2	24	0.97
21426810--21426910	14	7.4	14	71	8	73	38	21	18	20	1.93
21426815--21426870	20	2.8	20	83	0	76	35	19	19	25	1.95
21426862--21426910	7	7.0	7	85	0	71	38	26	16	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21429895--21429972	28	2.8	28	76	9	88	24	16	8	50	1.74
21431576--21431642	31	2.2	30	86	10	91	28	19	7	44	1.77
21431867--21432029	58	2.8	58	85	6	213	55	10	10	23	1.65
21450787--21450861	18	4.3	16	75	14	69	45	1	1	52	1.17
21450800--21450861	6	10.7	6	76	13	58	46	0	1	51	1.10
21450801--21450861	17	3.6	16	77	18	61	45	0	1	52	1.10
21451650--21451685	3	12.0	3	93	0	63	69	0	0	30	0.89
21452708--21452850	29	5.0	28	80	11	146	34	25	2	38	1.68
21452717--21452854	58	2.4	58	85	4	181	34	24	2	38	1.68
21452868--21452939	29	2.5	28	82	8	74	33	25	9	31	1.88
21455371--21455667	30	9.9	30	85	5	309	39	22	2	36	1.67
21455372--21455667	60	4.9	59	85	4	371	38	22	2	36	1.67
21455370--21455667	90	3.3	88	83	5	373	38	22	2	36	1.67
21455639--21455831	59	3.3	57	73	11	158	29	27	4	38	1.75
21472341--21472398	28	2.1	28	96	0	107	53	17	8	20	1.70
21472724--21472865	46	3.1	46	83	5	164	28	9	14	47	1.76
21473928--21473979	15	3.2	16	79	12	54	73	0	13	13	1.11
21474347--21474411	19	3.2	20	85	12	71	49	7	1	41	1.41
21474362--21474412	26	2.0	26	96	0	93	50	7	1	39	1.42
21475559--21475603	23	2.0	23	86	0	63	46	8	6	37	1.61
21476512--21476566	25	2.2	25	84	12	69	69	1	0	29	0.99
21486091--21486277	20	8.8	20	73	21	114	68	19	4	8	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21486125--21486237	12	9.8	12	68	13	60	67	19	5	7	1.36
21486107--21486289	43	4.2	43	76	13	146	68	19	4	7	1.33
21486171--21486237	33	1.9	35	85	8	93	68	16	4	10	1.34
21486245--21486324	19	3.9	19	73	13	79	70	20	6	3	1.25
21486234--21486323	41	2.1	43	89	4	139	70	18	6	4	1.27
21498084--21498141	23	2.5	22	78	18	55	58	0	0	41	0.98
21499974--21500014	20	2.0	21	85	4	57	31	2	2	63	1.20
21501585--21501705	11	10.6	11	69	11	66	22	2	9	66	1.32
21501622--21501651	14	2.1	14	93	0	51	23	0	6	70	1.11
21503208--21503253	21	2.1	22	88	11	69	23	4	13	58	1.52
21504585--21504878	52	5.7	52	92	0	462	35	22	12	28	1.92
21510837--21510866	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21511194--21511237	18	2.3	20	80	7	56	68	2	11	18	1.30
21514025--21514078	26	2.1	26	92	0	90	29	16	25	27	1.97
21515062--21515110	13	3.8	13	83	0	62	59	2	4	34	1.28
21521905--21522115	90	2.3	91	82	4	248	35	11	9	43	1.74
21523585--21523813	79	2.9	79	86	0	332	21	17	27	32	1.96
21525713--21525836	62	2.0	62	82	6	153	52	12	3	32	1.54
21532758--21532813	24	2.3	24	84	6	69	44	1	5	48	1.36
21533383--21533429	10	4.5	10	80	19	60	46	10	12	29	1.76
21536530--21536578	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
21540690--21540733	23	1.9	23	81	9	54	22	15	9	52	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21540908--21540945	19	2.0	19	89	0	58	63	5	5	26	1.37
21544636--21544717	23	3.6	23	96	0	146	31	18	14	35	1.91
21555656--21555698	18	2.4	18	88	7	61	53	0	0	46	1.00
21563180--21563212	17	1.9	17	88	11	50	33	3	3	60	1.27
21566520--21567057	30	17.9	30	81	0	524	23	17	31	27	1.97
21570156--21570213	30	1.9	30	89	0	89	17	22	36	24	1.95
21574482--21574917	189	2.3	188	79	5	470	18	17	16	47	1.83
21577944--21577986	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
21596527--21596570	14	3.1	14	83	3	52	22	4	15	56	1.57
21599054--21599089	18	1.9	19	94	5	65	22	0	0	77	0.76
21603939--21603992	25	2.1	27	83	13	69	44	27	0	27	1.55
21604017--21604048	16	2.0	16	93	0	55	59	34	0	6	1.23
21604100--21604145	14	3.4	14	82	14	60	21	21	23	32	1.98
21606133--21606286	79	1.9	79	98	0	299	28	12	29	29	1.94
21609538--21609566	14	2.1	14	100	0	58	27	13	27	31	1.94
21611319--21611353	15	2.2	16	90	5	54	51	34	5	8	1.56
21611382--21611416	7	5.1	7	93	3	54	11	31	28	28	1.92
21614353--21614398	19	2.4	19	85	0	56	47	2	6	43	1.41
21615336--21615389	21	2.6	21	100	0	108	12	20	29	37	1.90
21623755--21623883	65	2.0	65	93	3	224	33	17	14	34	1.90
21623992--21624087	49	1.9	50	85	2	131	33	20	26	19	1.97
21626912--21627039	40	3.2	40	77	4	141	28	24	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21626967--21627139	40	4.3	41	74	11	155	32	25	15	26	1.95
21626912--21627139	79	2.9	78	84	5	262	31	25	17	25	1.97
21626987--21627134	39	3.8	38	76	12	147	32	25	17	25	1.97
21627687--21627722	18	2.0	18	89	10	56	19	0	0	80	0.71
21632296--21632567	134	2.0	134	85	7	370	32	27	4	35	1.78
21635244--21635291	22	2.2	22	81	7	53	62	2	0	35	1.07
21635865--21635908	22	2.0	22	82	8	54	54	2	2	40	1.25
21645656--21645730	2	37.5	2	100	0	150	49	0	0	50	1.00
21645761--21645799	20	1.9	21	85	15	55	28	0	10	61	1.28
21648815--21648847	16	2.1	16	100	0	66	27	12	6	54	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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