genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14512397--14513011	277	2.2	275	89	2	941	28	17	14	39	1.89
14513166--14513412	62	4.0	62	89	3	363	27	17	16	38	1.91
14513166--14513412	123	2.0	124	88	2	363	27	17	16	38	1.91
14512948--14514084	396	2.9	398	85	4	1481	28	17	15	38	1.90
14513559--14513807	62	4.0	62	86	1	295	28	18	15	37	1.91
14513958--14514084	62	2.0	62	86	0	173	28	18	17	35	1.94
14513683--14514300	277	2.2	273	85	4	844	29	17	13	39	1.88
14514455--14514702	62	4.0	62	89	1	363	27	18	16	37	1.92
14514849--14515097	62	4.0	62	86	2	306	28	17	16	38	1.91
14515247--14515373	62	2.0	62	89	0	191	27	18	18	35	1.94
14514237--14515373	397	2.8	393	85	6	1518	28	17	15	38	1.90
14515742--14515987	62	4.0	62	90	1	343	28	17	15	38	1.90
14516138--14516264	62	2.0	62	89	0	191	27	18	18	35	1.94
14516200--14516695	215	2.3	216	85	3	651	29	17	13	39	1.89
14514638--14517154	890	2.8	891	93	1	4109	28	17	14	38	1.90
14516634--14516881	62	4.0	62	89	2	372	26	18	16	38	1.92
14517028--14517275	62	4.0	62	89	2	349	29	18	15	36	1.92
14516416--14517531	397	2.8	398	85	4	1532	27	17	15	39	1.90
14517152--14517766	277	2.2	275	88	2	916	28	17	14	39	1.89
14517488--14517982	215	2.3	216	83	5	610	30	16	13	39	1.87
14517921--14518134	62	3.5	62	92	1	331	27	17	14	40	1.89
14518317--14518443	62	2.0	62	89	0	191	27	18	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14516817--14518997	891	2.5	888	93	2	3704	28	17	14	39	1.89
14518379--14518873	215	2.3	215	84	4	624	29	17	13	39	1.88
14518812--14518997	62	3.0	64	87	3	254	28	17	15	38	1.90
14517093--14519484	891	2.8	829	84	9	3329	28	17	14	39	1.89
14519146--14519270	60	2.0	61	87	3	180	28	18	18	35	1.94
14519424--14519668	62	4.0	62	89	1	334	28	17	15	38	1.91
14518812--14521714	673	4.3	676	76	11	2939	28	17	14	38	1.90
14519819--14519945	62	2.0	62	87	0	182	27	18	18	36	1.94
14519881--14520352	214	2.2	216	83	5	582	29	16	14	39	1.88
14520314--14520623	62	5.0	62	90	2	462	27	18	15	38	1.91
14520314--14520623	125	2.5	123	88	3	453	27	18	15	38	1.91
14520767--14521014	61	4.0	62	86	3	297	30	17	15	36	1.91
14521165--14521289	61	2.0	61	90	0	196	27	18	19	35	1.95
14521465--14521896	62	7.0	62	86	2	581	27	18	15	38	1.91
14521835--14522277	208	2.1	211	82	6	524	32	16	13	37	1.88
14522259--14522504	62	4.0	62	82	6	295	28	18	15	37	1.91
14526562--14526612	25	2.0	25	100	0	102	31	11	11	45	1.77
14530776--14530824	21	2.3	21	85	0	71	18	30	24	26	1.98
14551442--14551540	42	2.4	42	87	0	144	24	27	11	37	1.89
14555724--14555932	103	2.0	103	96	0	382	30	10	18	40	1.84
14556095--14556171	21	3.7	21	82	3	84	28	11	25	33	1.91
14557954--14557984	14	2.1	15	94	5	55	77	3	6	12	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14562238--14562279	20	2.0	21	86	4	59	38	0	4	57	1.20
14563125--14563161	19	1.9	19	89	10	58	51	2	0	45	1.15
14564220--14564282	24	2.6	24	84	0	81	49	9	14	26	1.74
14566199--14566261	24	2.6	24	87	0	90	49	9	12	28	1.72
14572696--14572743	23	2.0	24	88	4	71	18	4	37	39	1.70
14574576--14574609	11	3.0	11	91	4	50	64	2	0	32	1.08
14577892--14577977	42	2.0	42	95	0	154	20	24	27	26	1.99
14579117--14579403	29	9.8	30	81	5	266	35	2	26	35	1.70
14579117--14579425	59	5.3	58	81	7	268	35	2	26	35	1.69
14579146--14579381	88	2.7	86	88	3	321	33	2	27	37	1.69
14579117--14579425	30	10.6	29	77	11	238	35	2	26	35	1.69
14584104--14584171	30	2.3	29	78	11	77	36	5	23	33	1.79
14584120--14584211	30	3.1	29	82	6	112	38	4	26	31	1.76
14596527--14596698	60	2.8	63	86	5	235	26	19	15	38	1.92
14596886--14597045	62	2.6	61	81	6	196	25	20	17	36	1.94
14596432--14597247	341	2.4	332	80	7	855	28	18	14	37	1.91
14597429--14597566	62	2.3	62	80	7	149	23	19	14	42	1.88
14596647--14598335	548	3.1	549	85	5	2075	27	18	15	38	1.91
14597526--14598013	213	2.3	212	83	5	587	30	17	14	37	1.89
14597955--14598130	59	2.9	61	90	4	268	26	18	17	38	1.92
14597188--14599022	885	2.1	888	91	3	3007	27	18	15	39	1.90
14598316--14598474	62	2.6	62	86	1	221	23	20	16	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14598411--14598904	213	2.3	215	83	6	628	27	17	15	39	1.89
14598842--14599072	61	3.7	62	91	4	369	25	19	16	38	1.93
14598842--14599072	123	1.9	124	90	2	376	25	19	16	38	1.93
14599238--14599422	62	3.0	62	84	4	232	25	20	15	37	1.92
14598902--14600980	339	6.2	333	71	15	1304	26	19	15	38	1.91
14599578--14599769	63	3.0	61	81	6	224	25	19	17	38	1.93
14600119--14600419	62	4.9	62	88	2	448	26	18	16	37	1.93
14600740--14601196	216	2.1	216	82	4	557	29	18	13	38	1.90
14601135--14601502	62	5.9	62	87	0	522	25	19	16	39	1.91
14601678--14601845	62	2.7	62	82	0	194	25	20	17	36	1.94
14601317--14602106	338	2.3	340	86	1	1111	27	18	15	39	1.90
14601996--14602116	62	2.0	62	93	0	206	28	18	14	38	1.90
14602275--14602463	62	3.0	62	82	0	207	27	19	15	37	1.92
14601377--14602676	616	2.1	616	90	1	2075	27	18	15	39	1.91
14602399--14602891	214	2.3	214	82	5	577	29	18	14	37	1.90
14602774--14602813	20	2.0	21	85	5	55	32	7	15	45	1.74
14602830--14603058	121	1.9	123	88	1	354	26	18	16	39	1.91
14602830--14603058	62	3.7	62	88	3	347	26	18	16	39	1.91
14603225--14603404	61	2.9	60	85	8	229	24	21	17	37	1.94
14602613--14603404	398	2.0	398	83	5	1010	27	19	15	37	1.92
14602889--14603740	339	2.5	334	86	3	1150	26	18	16	38	1.92
14603596--14603752	62	2.5	62	84	0	188	26	17	19	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14604101--14604401	62	4.9	62	86	4	430	26	18	15	38	1.91
14604101--14604401	121	2.5	124	88	2	464	26	18	15	38	1.91
14603883--14604722	460	1.8	461	82	4	1095	27	18	16	37	1.92
14604587--14604737	62	2.5	62	81	1	169	24	21	17	35	1.95
14604896--14605048	61	2.5	63	82	5	195	30	18	15	36	1.91
14604464--14605064	302	2.0	303	90	1	938	26	18	16	38	1.92
14604955--14605495	279	1.9	277	86	2	764	27	18	14	39	1.90
14605262--14605727	215	2.2	217	82	5	561	29	18	13	38	1.89
14605692--14605879	61	3.0	62	86	7	256	26	17	15	40	1.89
14605697--14605883	63	3.0	61	86	7	252	27	17	15	39	1.90
14605479--14606496	340	3.0	339	82	4	1239	28	18	14	38	1.90
14606053--14606222	62	2.8	62	83	0	216	26	20	15	38	1.92
14606377--14606494	62	1.9	62	89	0	182	28	19	13	38	1.90
14606100--14606782	278	2.5	278	87	1	938	28	17	13	40	1.88
14606656--14606839	61	3.0	61	86	0	242	25	17	16	40	1.90
14605755--14607033	617	2.1	618	90	1	2016	27	17	14	40	1.88
14606377--14607054	339	2.0	339	86	2	961	28	17	14	40	1.88
14606776--14607266	215	2.3	216	81	4	571	29	17	14	38	1.89
14607209--14607393	62	3.0	62	91	0	282	27	17	17	37	1.92
14607266--14607945	276	2.5	276	86	3	940	28	17	15	39	1.89
14607822--14608001	62	2.9	62	91	0	261	26	17	16	40	1.90
14607543--14609362	339	5.4	337	85	2	2533	27	17	15	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14606991--14608284	614	2.1	615	88	2	1960	27	17	15	39	1.90
14608184--14608345	61	2.6	62	89	0	236	25	20	16	37	1.93
14608507--14608679	62	2.8	62	92	0	292	24	19	16	39	1.91
14607572--14609356	677	2.6	678	98	0	3394	27	18	15	39	1.90
14608861--14609022	61	2.6	62	89	0	236	25	20	16	37	1.93
14609184--14609548	62	5.9	62	94	0	604	26	18	15	39	1.91
14609729--14609888	62	2.6	62	89	4	241	27	20	15	36	1.93
14608844--14609888	526	2.0	525	87	2	1515	26	18	15	39	1.91
14609360--14610103	340	2.2	339	89	3	1111	28	17	14	39	1.89
14609824--14610319	215	2.3	216	88	2	719	29	17	14	38	1.89

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