genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2453268--2453353	6	14.7	6	67	13	54	46	1	2	50	1.21
2453978--2454013	15	2.3	16	90	4	56	55	5	8	30	1.52
2455224--2455323	30	3.4	29	72	18	89	37	28	1	34	1.64
2455224--2455383	63	2.6	61	84	8	211	35	28	1	34	1.68
2467497--2468241	38	20.0	36	64	17	231	33	15	19	31	1.93
2467497--2467677	75	2.5	76	91	6	304	33	16	17	32	1.92
2467548--2467691	32	4.2	32	76	17	153	34	15	17	33	1.91
2467650--2468266	76	8.2	76	89	3	917	32	15	19	31	1.93
2467497--2468213	183	3.9	182	69	18	524	33	15	19	31	1.93
2467650--2468266	151	4.1	152	90	2	917	32	15	19	31	1.93
2467650--2468266	227	2.7	226	89	4	915	32	15	19	31	1.93
2468551--2468599	17	2.9	17	82	8	64	46	2	2	48	1.25
2468540--2468609	17	4.7	14	73	21	54	47	1	1	50	1.19
2469247--2469282	15	2.3	16	90	4	56	55	5	8	30	1.52
2470446--2470665	29	7.5	29	70	21	131	33	26	3	36	1.74
2470418--2470670	59	4.3	59	88	3	350	33	27	3	35	1.75
2470418--2470670	117	2.2	117	86	2	357	33	27	3	35	1.75
2470418--2470707	117	2.5	117	83	3	316	32	27	5	34	1.80
2499593--2499619	6	4.5	6	100	0	54	0	14	0	85	0.61
2499938--2499988	18	2.8	18	77	14	50	1	27	0	70	0.98
2499933--2499988	21	2.6	21	83	11	69	3	28	0	67	1.07
2502975--2503009	14	2.5	14	100	0	70	57	28	0	14	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2506996--2507032	4	9.2	4	87	0	56	43	27	2	27	1.68
2510357--2510394	20	1.9	20	84	10	51	68	7	10	13	1.39
2527476--2527541	13	5.1	13	78	7	71	37	19	4	37	1.73
2528638--2528668	6	5.2	6	96	0	53	51	12	35	0	1.40
2530366--2530412	24	2.0	24	95	0	85	46	0	31	21	1.51
2541755--2541786	6	5.3	6	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2541872--2541915	6	7.3	6	80	10	54	47	0	0	52	1.00
2542191--2542290	43	2.3	43	84	3	139	28	28	20	24	1.99
2542543--2542596	21	2.6	21	78	0	63	12	40	12	33	1.82
2544077--2544122	24	1.9	23	86	8	65	54	6	4	34	1.46
2545145--2545175	14	2.1	15	94	5	55	0	16	3	80	0.83
2546117--2546164	5	9.2	5	80	17	53	77	2	2	18	0.97
2546117--2546163	16	2.9	16	87	6	60	78	2	2	17	0.94
2550906--2550940	13	2.7	13	86	0	52	57	11	0	31	1.34
2552625--2552751	41	3.1	41	82	2	166	18	31	19	29	1.96
2563656--2563702	25	2.0	23	87	8	67	59	4	2	34	1.29
2563772--2563805	13	2.6	13	85	0	50	58	11	0	29	1.33
2568221--2568263	9	5.0	8	78	15	50	67	2	2	27	1.15
2568220--2568263	18	2.5	18	82	13	56	65	2	2	29	1.16
2568868--2568928	31	2.0	30	84	9	79	60	13	0	26	1.33
2571122--2571201	39	2.0	40	90	2	126	31	21	17	30	1.96
2571126--2571218	39	2.4	38	82	7	98	31	22	17	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2572515--2572559	18	2.6	17	83	13	56	24	4	0	71	1.05
2573618--2573664	23	2.0	25	87	8	71	53	6	4	36	1.46
2574325--2574392	35	2.0	34	86	11	95	20	1	14	63	1.38
2576384--2576567	86	2.2	85	86	3	244	30	27	17	24	1.97
2576392--2576567	43	4.1	43	81	2	203	30	27	17	25	1.97
2582494--2582585	22	4.4	22	75	15	104	55	0	0	44	0.99
2582495--2582553	8	7.4	8	74	14	59	59	0	0	40	0.97
2582508--2582554	18	2.6	18	100	0	94	59	0	0	40	0.97
2582495--2582579	26	3.1	26	83	10	82	56	0	0	43	0.99
2582492--2582580	18	4.0	23	73	26	54	53	0	0	46	1.00
2582504--2582598	18	5.8	18	76	18	84	53	0	0	46	1.00
2587100--2587133	16	2.1	16	88	5	50	44	0	0	55	0.99
2588194--2588263	33	2.1	33	86	7	97	10	2	12	74	1.18
2588204--2588306	44	2.3	44	82	9	113	7	3	16	71	1.24
2588202--2588261	12	5.1	12	78	6	52	10	1	15	73	1.17
2591368--2591400	3	10.7	3	93	6	57	0	36	0	63	0.95
2604267--2604326	25	2.4	24	84	13	77	30	0	0	70	0.88
2604267--2604331	12	5.5	11	71	18	51	30	0	0	69	0.89
2604297--2604337	21	2.0	21	85	0	55	39	0	0	60	0.96
2605518--2605700	55	3.3	54	81	4	215	26	7	15	50	1.70
2606536--2606564	14	2.0	15	93	6	51	27	0	0	72	0.85
2616502--2617028	41	12.8	41	78	5	427	24	25	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2616462--2617028	82	6.9	81	77	8	481	24	25	26	23	2.00
2619099--2619175	22	3.3	23	71	18	79	29	3	3	62	1.31
2622354--2622409	22	2.5	22	82	5	60	42	16	26	14	1.86
2623843--2623909	34	2.0	35	85	5	93	22	5	20	50	1.69
2626968--2627008	21	2.0	21	85	0	55	31	4	4	58	1.40
2628295--2628319	13	1.9	13	100	0	50	24	16	0	60	1.36
2628524--2628594	31	2.4	29	88	4	97	39	4	0	56	1.19
2628522--2628592	11	6.5	11	73	15	58	39	4	0	56	1.19
2628571--2628605	17	2.1	17	88	0	52	45	2	0	51	1.16
2628644--2628700	17	3.6	17	73	24	61	47	21	17	14	1.82
2630262--2630574	162	1.9	162	96	0	572	24	15	14	45	1.84
2630673--2631029	59	6.1	59	90	2	549	31	27	4	36	1.77
2635903--2636189	144	2.0	144	88	1	432	29	18	14	36	1.91
2651951--2652005	17	3.2	17	84	5	74	38	1	1	58	1.20
2651951--2652003	18	3.0	18	86	2	72	39	1	1	56	1.21
2651972--2652014	18	2.4	18	84	7	52	48	2	0	48	1.14
2653550--2653626	29	2.7	28	86	8	93	31	24	7	36	1.84
2653653--2654101	29	15.3	30	73	16	304	34	27	4	33	1.76
2653578--2653720	77	1.9	76	82	7	182	34	20	6	37	1.78
2653655--2654101	58	7.6	57	79	9	429	34	27	4	33	1.76
2653551--2653751	106	1.9	104	84	6	271	34	22	5	36	1.79
2653657--2654101	59	7.6	57	82	7	434	34	27	4	33	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2654252--2654284	15	2.3	15	89	5	50	24	15	0	60	1.35
2666262--2666487	124	1.8	124	92	0	380	39	20	19	20	1.93
2666816--2666903	17	5.2	17	80	5	106	37	2	3	56	1.28
2666828--2666912	33	2.5	32	84	5	55	41	2	3	52	1.31
2666870--2666912	18	2.4	18	84	7	52	48	2	0	48	1.14
2667570--2667641	12	6.3	11	71	23	51	58	1	1	38	1.15
2667588--2667645	3	19.0	3	79	10	64	62	1	0	36	1.06
2668771--2668902	30	4.5	29	73	15	83	38	25	3	32	1.71
2668825--2669370	59	9.3	58	77	11	469	34	26	5	34	1.80
2668771--2669370	29	20.5	30	71	15	295	34	25	5	34	1.79
2668771--2669370	88	6.8	89	73	12	401	34	25	5	34	1.79
2668839--2669408	118	4.9	116	80	9	540	33	25	5	34	1.81
2668889--2669408	116	4.4	115	80	9	497	33	25	5	34	1.81
2670622--2670654	15	2.1	16	88	5	50	39	0	0	60	0.97
2680152--2680214	22	2.8	23	76	7	67	36	1	3	58	1.23
2680596--2680655	21	3.0	20	83	7	68	35	5	3	56	1.37
2681534--2681695	28	5.5	30	68	18	97	24	17	12	44	1.84
2681534--2681695	59	2.8	58	86	4	218	24	17	12	44	1.84
2681882--2681994	31	3.8	31	80	15	116	46	9	17	25	1.79
2681911--2681995	27	3.0	27	77	19	84	48	9	18	23	1.77
2683630--2683667	18	2.1	18	90	9	60	26	10	15	47	1.78
2685447--2685750	144	2.1	144	89	1	457	30	19	15	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2685447--2685796	144	2.4	143	85	3	391	30	20	14	35	1.92
2685926--2686191	144	1.8	144	90	1	381	30	21	15	33	1.94
2691023--2691184	83	2.0	83	82	2	191	54	16	8	21	1.67
2694852--2694911	21	3.0	20	80	7	59	33	6	5	55	1.48
2700291--2700317	14	1.9	14	100	0	54	51	7	3	37	1.48
2700791--2700869	31	2.6	30	80	6	88	43	8	17	30	1.80
2701473--2701514	20	2.0	21	81	4	50	9	16	0	73	1.08
2705825--2706098	144	1.9	144	90	3	444	30	18	14	36	1.91
2710932--2710979	21	2.2	21	82	10	53	45	0	4	50	1.21
2715136--2715556	144	2.9	144	96	0	781	27	21	17	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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