genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20969136--20969417	29	9.7	29	69	19	142	34	23	4	37	1.74
20969254--20969445	58	3.3	58	76	9	176	32	22	5	39	1.76
20969258--20969445	59	3.2	59	75	8	181	32	22	5	39	1.76
20969083--20969379	87	3.4	87	78	8	241	36	23	4	36	1.75
20969083--20969331	87	2.9	87	79	9	249	37	23	4	34	1.75
20980977--20981666	92	7.5	92	92	0	1137	32	16	18	32	1.94
20981967--20982038	6	13.0	6	73	16	66	43	1	2	52	1.24
20981945--20982024	34	2.6	31	79	14	85	40	1	3	55	1.26
20981954--20982035	17	4.8	17	83	4	94	40	1	3	54	1.26
20981967--20982038	11	6.5	12	76	12	66	43	1	2	52	1.24
20981991--20982045	27	2.0	27	82	6	67	43	3	3	49	1.37
20983926--20984071	29	4.9	29	78	5	130	37	23	2	35	1.70
20984027--20984190	57	2.8	58	70	14	142	32	23	5	38	1.78
20983990--20984252	29	9.1	29	67	16	109	35	21	3	38	1.72
20984110--20984273	87	1.9	88	83	6	217	35	21	3	40	1.69
20988438--20988463	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
20990501--20990639	71	2.0	71	86	0	197	37	20	19	23	1.94
20995710--20995938	84	2.7	83	96	2	424	35	11	1	50	1.49
20995762--20995866	49	2.1	50	82	7	124	35	10	1	52	1.47
20995808--20995901	35	2.8	34	78	12	95	32	10	3	53	1.51
20995925--20995968	2	22.0	2	95	0	70	50	4	0	45	1.22
20995849--20996062	113	1.9	113	84	6	290	38	10	2	49	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21001176--21001348	96	1.8	95	83	3	231	38	14	19	27	1.90
21001747--21001904	29	5.4	29	76	8	115	36	3	21	37	1.72
21001767--21001878	57	2.0	57	84	7	147	36	2	22	38	1.68
21001765--21001969	30	7.0	30	76	10	165	37	3	22	36	1.73
21003626--21003697	17	4.2	17	90	0	99	55	2	1	40	1.23
21003646--21003701	6	9.7	6	75	7	53	57	1	1	39	1.20
21005680--21005713	16	2.2	15	89	5	50	73	0	0	26	0.83
21006397--21006467	10	7.3	10	76	16	69	57	2	0	39	1.13
21006388--21006510	19	6.5	19	77	10	94	60	1	0	36	1.12
21006371--21006546	9	18.7	9	74	16	74	60	2	1	35	1.19
21006373--21006548	19	9.3	19	70	16	91	60	2	1	35	1.19
21006374--21006581	19	10.9	18	72	14	80	59	3	1	35	1.25
21006703--21006792	29	3.1	28	71	17	67	35	4	3	56	1.36
21006782--21006849	30	2.3	30	82	5	84	32	0	7	60	1.24
21006782--21006877	19	4.9	19	74	11	79	30	1	7	61	1.30
21006783--21006877	20	4.8	20	73	15	74	30	1	7	61	1.30
21008393--21008577	93	2.0	93	98	0	361	36	14	14	35	1.86
21014893--21014941	19	2.5	20	86	10	73	61	2	0	36	1.08
21014872--21015052	10	19.0	9	67	16	80	59	3	1	35	1.24
21014916--21014995	29	2.9	28	80	15	87	57	2	1	38	1.20
21015239--21015263	9	2.8	9	100	0	50	56	0	0	44	0.99
21015461--21015525	19	3.2	20	78	10	62	32	1	3	63	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21018706--21018747	20	2.1	20	100	0	84	45	19	4	30	1.71
21020833--21020935	17	6.0	17	83	2	134	38	1	2	56	1.26
21020834--21020936	6	17.8	6	70	11	63	39	1	2	55	1.26
21020857--21020927	11	6.7	11	69	18	53	38	2	2	56	1.29
21020834--21020936	23	4.2	23	70	16	64	39	1	2	55	1.26
21021632--21021713	3	26.0	3	74	9	65	57	2	2	37	1.25
21021619--21021764	13	11.8	12	75	15	86	56	2	4	35	1.35
21022839--21023010	89	1.9	90	85	3	240	38	24	1	35	1.66
21022997--21023358	30	12.5	29	75	12	266	32	27	8	32	1.86
21022840--21023331	30	16.7	31	78	9	245	33	26	5	33	1.81
21022998--21023276	88	3.2	88	80	9	259	31	27	7	33	1.84
21023109--21023358	88	2.9	89	82	6	266	31	26	10	31	1.89
21022997--21023358	58	6.3	58	75	13	277	32	27	8	32	1.86
21027575--21027609	16	2.2	16	89	0	52	77	0	22	0	0.78
21028468--21028533	22	3.0	22	78	14	73	78	4	16	0	0.90
21028471--21028510	13	3.2	13	86	13	50	82	2	15	0	0.77
21028467--21028516	6	8.5	6	78	8	50	82	2	16	0	0.77
21028471--21028557	11	7.4	11	71	15	59	80	4	12	2	0.96
21029329--21029647	49	6.5	49	76	9	283	32	18	31	17	1.94
21029315--21029782	148	3.2	146	89	3	670	33	16	30	19	1.94
21029315--21029782	49	9.5	49	70	10	272	33	16	30	19	1.94
21029315--21029679	99	3.7	98	73	10	303	33	18	29	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21029315--21029949	148	4.3	148	81	4	649	34	16	28	20	1.94
21029315--21029862	296	1.9	296	83	3	719	33	17	29	19	1.95
21029812--21030473	49	13.5	49	75	9	472	39	16	24	19	1.92
21029769--21030473	147	4.8	147	80	5	699	38	16	24	19	1.92
21029769--21030545	98	7.9	98	76	6	589	38	16	24	20	1.93
21030636--21030743	28	3.9	28	81	1	128	41	22	12	23	1.88
21034248--21034572	169	1.9	172	82	8	414	39	0	36	23	1.55
21034519--21034576	30	2.0	29	86	3	80	50	0	29	20	1.49
21039960--21040002	20	2.1	21	86	4	61	39	4	34	20	1.74
21042774--21042807	14	2.4	15	90	9	54	70	14	8	5	1.31
21043622--21043669	21	2.3	21	92	0	78	45	16	14	22	1.84
21043689--21043742	23	2.3	23	93	0	90	40	25	18	14	1.89
21046359--21046417	30	1.9	31	86	3	84	25	13	0	61	1.33
21046359--21046424	30	2.1	31	83	5	80	28	12	1	57	1.44
21050409--21050457	21	2.3	21	85	0	62	34	26	10	28	1.89
21054398--21054462	22	3.0	21	80	8	67	78	3	16	1	0.96
21055290--21056050	49	15.6	49	76	2	562	35	15	27	21	1.94
21057059--21057131	4	18.0	4	88	2	110	50	23	1	24	1.57
21058049--21058120	30	2.4	31	86	6	94	26	12	1	59	1.41
21069647--21069747	25	4.0	25	80	5	121	23	17	24	33	1.96
21069643--21069791	52	2.9	52	82	2	174	26	17	21	34	1.95
21070842--21070971	23	5.6	22	74	13	93	45	20	21	13	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21070888--21070971	23	3.6	23	85	3	105	47	21	19	11	1.81
21070841--21070991	71	2.2	69	83	7	180	44	19	22	13	1.86
21070841--21070986	23	6.3	21	73	18	87	45	19	21	13	1.84
21087956--21088115	28	5.6	28	76	14	143	31	3	30	35	1.73
21087925--21088258	29	11.5	29	72	15	194	32	2	27	36	1.72
21087925--21088256	59	5.7	58	82	8	247	32	3	27	36	1.72
21088071--21088258	87	2.2	88	85	5	249	34	2	25	37	1.68
21092554--21092719	83	2.0	83	83	10	218	31	14	12	42	1.82
21094309--21094416	30	3.7	29	87	6	137	34	16	24	25	1.95
21095859--21095897	19	2.1	19	85	9	53	17	17	2	61	1.46
21100885--21100954	22	3.3	22	75	18	85	47	1	20	31	1.59
21100875--21100954	41	2.0	41	94	0	142	45	1	22	31	1.61
21101115--21101166	26	2.0	26	84	0	68	42	3	3	50	1.39
21110733--21110791	29	2.0	29	90	0	91	33	33	10	22	1.87
21111095--21111125	16	1.9	16	93	0	53	12	9	6	70	1.31
21112366--21112434	37	1.9	35	82	11	86	37	2	2	56	1.29
21114995--21115043	21	2.3	21	79	6	55	28	14	26	30	1.95
21123610--21123649	3	13.3	3	94	0	71	0	30	0	70	0.88
21126778--21126820	22	2.1	19	83	12	50	74	0	9	16	1.06
21129702--21129762	30	2.0	30	90	0	95	40	14	16	27	1.88
21131043--21131082	16	2.4	18	76	16	50	27	2	2	67	1.16
21131297--21131447	26	5.8	26	86	0	185	43	7	14	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21131297--21131447	52	2.9	52	89	2	223	43	7	14	34	1.75
21140990--21141041	21	2.5	21	80	0	59	28	13	25	32	1.93
21146136--21146263	31	4.2	30	75	8	116	39	12	7	40	1.72
21148725--21148791	32	2.0	35	85	8	95	56	1	1	40	1.17
21155102--21155166	19	3.3	19	82	10	69	55	4	1	38	1.30
21155388--21155433	23	2.0	23	83	8	58	41	6	0	52	1.27
21158685--21158752	22	3.0	22	86	2	82	45	19	25	10	1.81
21163003--21163046	21	2.1	21	91	8	72	18	4	4	72	1.19
21165654--21165723	23	2.9	22	81	18	61	64	5	18	11	1.45
21174984--21175022	19	2.1	19	85	9	53	38	15	12	33	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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