genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24624361--24624435	39	1.9	39	94	0	132	13	22	21	42	1.87
24626354--24626383	9	3.4	9	95	4	53	0	10	6	83	0.81
24630008--24630036	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
24635560--24635597	20	1.9	20	88	0	58	50	2	2	44	1.30
24641289--24641611	158	2.0	158	84	0	421	21	22	24	30	1.99
24644901--24645139	59	4.1	58	85	7	313	33	27	2	36	1.69
24644901--24645105	30	7.0	28	73	14	173	34	26	1	37	1.66
24644901--24645134	118	2.0	117	88	6	348	34	26	1	37	1.67
24662735--24662785	24	2.1	24	82	7	59	68	7	17	5	1.34
24666657--24666713	12	4.4	13	75	25	50	15	26	1	56	1.50
24670340--24670387	20	2.3	20	82	10	53	31	2	8	58	1.39
24681533--24681582	16	3.2	16	73	21	61	32	0	8	60	1.26
24682468--24682527	17	3.5	17	79	6	59	0	31	0	68	0.90
24682723--24683072	94	3.8	93	91	6	561	47	12	1	38	1.52
24682723--24683072	186	1.9	183	90	6	562	47	12	1	38	1.52
24683044--24683085	21	2.0	21	86	4	59	57	14	2	26	1.50
24683456--24683518	4	16.0	4	85	9	76	0	26	0	73	0.84
24684299--24684339	15	2.6	16	88	7	66	56	0	0	43	0.99
24687375--24687415	6	6.8	6	83	10	57	17	2	14	65	1.37
24687448--24687485	19	2.0	19	100	0	76	36	21	10	31	1.87
24689139--24689188	26	2.0	26	88	4	75	18	26	4	52	1.63
24689346--24689375	15	2.1	14	93	6	51	30	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24690603--24690679	29	2.6	28	66	16	66	25	1	9	63	1.32
24699912--24699965	25	2.1	26	96	3	101	46	9	7	37	1.64
24700633--24700676	22	2.0	22	86	8	63	59	2	0	38	1.10
24701398--24701440	12	3.6	12	90	0	68	0	2	25	72	0.97
24711053--24711816	200	3.8	201	89	2	1148	19	22	21	36	1.95
24723996--24724186	29	6.6	28	71	16	97	35	3	27	33	1.75
24724015--24724223	59	3.6	58	86	4	294	35	3	28	31	1.75
24724047--24724215	29	5.8	28	69	18	94	36	2	28	31	1.72
24724015--24724220	30	7.0	29	72	22	139	35	3	29	31	1.74
24727989--24728225	121	2.0	121	92	0	393	31	22	13	32	1.93
24729009--24729038	15	2.0	15	93	0	51	26	36	3	33	1.73
24731859--24731945	42	2.1	42	87	8	124	37	6	0	55	1.27
24731890--24731945	15	3.9	15	71	21	57	37	10	0	51	1.37
24731795--24732009	97	2.2	97	90	4	346	41	6	0	51	1.29
24731901--24732008	55	2.0	55	90	7	175	42	7	0	50	1.30
24734366--24734434	24	2.8	23	85	12	77	57	0	0	42	0.98
24734355--24734438	26	3.3	25	79	17	84	54	0	1	44	1.07
24734356--24734437	24	3.2	26	74	20	75	54	0	1	43	1.07
24734869--24734912	21	2.1	21	87	8	63	36	4	0	59	1.18
24735683--24735715	16	2.0	17	88	5	50	51	6	3	39	1.42
24737452--24737510	29	2.0	29	93	0	100	32	15	15	37	1.88
24741091--24741149	22	2.6	23	81	8	66	37	0	8	54	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24741138--24741180	17	2.5	16	82	14	50	46	0	2	51	1.13
24744202--24744312	28	3.9	27	75	19	102	48	0	5	45	1.25
24744210--24744361	56	2.8	55	84	6	184	50	0	3	44	1.25
24744463--24744521	30	1.9	30	86	3	82	54	0	0	45	0.99
24750063--24750102	21	1.9	21	89	0	62	37	12	7	42	1.71
24750110--24750149	21	1.9	21	89	0	62	30	12	0	57	1.36
24759515--24759557	21	2.0	22	90	4	70	48	2	0	48	1.14
24760416--24760464	23	2.2	22	85	10	64	24	30	0	44	1.54
24760925--24760964	20	2.0	21	90	5	64	37	17	10	35	1.83
24762585--24762660	6	12.7	6	80	8	66	44	5	31	18	1.72
24765742--24765848	31	3.5	30	83	2	124	46	10	10	32	1.72
24766949--24767331	139	2.8	133	79	8	437	28	13	14	43	1.83
24767365--24767404	21	1.9	21	84	0	53	12	2	22	62	1.42
24779743--24779782	19	2.2	19	90	4	64	65	5	0	30	1.14
24787786--24787834	3	16.3	3	100	0	98	67	0	32	0	0.91
24790098--24790156	21	2.8	21	81	0	73	44	16	13	25	1.85
24792145--24792292	72	2.1	72	85	5	201	25	18	26	30	1.98
24792680--24792796	39	3.0	39	83	3	157	39	20	17	23	1.92
24795305--24795345	21	1.9	22	90	5	66	31	12	19	36	1.89
24804114--24804146	15	2.1	16	88	5	50	51	0	12	36	1.39
24812745--24813114	191	2.0	188	86	4	521	34	14	11	39	1.82
24814019--24814085	34	2.0	34	82	11	84	34	4	7	53	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24814060--24814095	17	2.1	17	89	0	54	44	2	0	52	1.15
24814838--24815211	29	12.9	29	68	18	120	33	26	3	36	1.73
24814881--24815243	59	6.2	58	83	6	421	31	26	4	37	1.75
24819755--24819796	17	2.5	17	84	0	57	54	4	0	40	1.21
24820191--24820250	26	2.3	26	88	2	84	40	25	8	26	1.84
24820568--24820645	3	25.7	3	86	2	93	61	1	2	34	1.18
24820548--24820624	34	2.3	34	88	0	109	55	3	3	36	1.36
24821576--24821747	90	1.9	89	83	3	220	39	22	1	36	1.62
24821685--24821871	59	3.2	58	78	6	198	34	27	1	36	1.67
24821572--24821895	30	10.9	30	71	16	187	37	24	1	36	1.65
24821572--24821895	59	5.5	59	72	14	195	37	24	1	36	1.65
24823954--24826477	841	3.0	841	99	0	4985	27	20	25	26	1.99
24835580--24836245	200	3.3	200	95	0	1154	36	22	22	18	1.95
24836633--24836667	17	2.1	17	88	0	52	54	0	2	42	1.15
24837069--24837128	26	2.3	26	85	2	75	40	26	8	25	1.84
24837456--24837501	18	2.6	18	85	0	65	50	0	4	45	1.21
24838343--24838388	17	2.6	18	76	13	51	60	2	0	36	1.09
24838530--24838795	29	9.1	28	67	14	87	33	28	3	33	1.75
24838500--24838873	59	6.4	59	86	3	508	33	28	4	33	1.78
24838500--24838873	58	6.4	59	85	6	485	33	28	4	33	1.78
24838501--24838873	117	3.2	117	87	4	531	33	28	4	33	1.78
24840237--24840455	29	7.4	29	78	11	187	39	24	1	34	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24840233--24840455	59	3.8	59	79	12	226	38	25	1	34	1.65
24840237--24840466	30	7.8	29	68	18	102	38	23	1	36	1.64
24840470--24840531	28	2.2	28	77	11	65	35	24	11	29	1.90
24842350--24842421	21	3.4	22	88	5	103	83	0	16	0	0.65
24842350--24842416	20	3.1	22	85	10	93	86	0	13	0	0.57
24842351--24842416	25	2.6	26	85	4	89	86	0	13	0	0.57
24842359--24842395	1	37.0	1	88	0	56	94	0	5	0	0.30
24842350--24842417	22	3.2	21	85	6	93	85	0	14	0	0.60
24843341--24843676	100	3.4	99	83	7	396	41	22	22	13	1.89
24843381--24843676	100	2.9	101	85	4	411	42	21	22	12	1.87
24843686--24843788	49	2.1	49	90	0	161	36	21	29	12	1.90
24844166--24844806	201	3.2	199	88	3	923	33	20	24	21	1.97
24845996--24846068	28	2.6	28	78	6	76	39	28	0	31	1.57
24846044--24846338	59	5.0	59	85	2	362	31	25	4	38	1.76
24846140--24846363	29	7.7	29	68	23	114	31	25	4	38	1.76
24846044--24846357	117	2.7	117	81	5	359	31	25	4	38	1.76
24849142--24849166	9	2.8	9	100	0	50	32	8	0	60	1.26
24850913--24850989	31	2.5	31	83	8	86	23	18	20	37	1.94
24855817--24855874	18	3.2	18	75	20	57	51	6	0	41	1.28
24857236--24857373	28	4.8	29	67	19	76	34	0	31	34	1.63
24857236--24857373	58	2.4	57	90	3	206	34	0	31	34	1.63
24857344--24857604	30	8.7	30	86	5	316	34	1	24	39	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24857434--24857487	19	3.3	19	62	37	52	29	0	27	42	1.56
24859399--24859428	11	2.7	11	94	0	51	56	0	3	40	1.16
24859819--24860511	68	9.9	68	90	4	983	29	20	15	34	1.94
24860068--24860315	31	7.4	31	65	15	118	28	20	16	34	1.95
24860296--24860524	76	3.0	76	93	1	343	27	20	15	35	1.94
24860409--24860524	37	3.0	40	67	23	120	27	21	15	35	1.94
24866206--24866513	30	10.5	28	77	14	120	36	2	24	36	1.71
24866175--24866305	58	2.2	58	90	1	199	35	0	29	33	1.63
24866175--24866270	30	3.2	30	68	22	76	37	1	29	32	1.64
24866206--24866298	28	3.3	27	73	16	89	37	0	31	31	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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