genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  116  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27001755--27001779	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
27005827--27006017	99	1.9	99	100	0	382	35	16	17	30	1.92
27007227--27007269	16	2.6	17	82	14	54	34	11	4	48	1.60
27007211--27007283	33	2.3	31	76	9	74	39	10	5	43	1.63
27024537--27024610	28	2.6	28	100	0	148	32	8	13	45	1.73
27031990--27032074	30	2.8	30	83	0	107	25	14	23	36	1.93
27035283--27035335	21	2.7	20	77	11	65	50	22	3	22	1.64
27040709--27040749	21	1.9	22	85	14	59	41	2	2	53	1.27
27044823--27044879	20	2.8	19	73	17	51	64	1	1	31	1.13
27050779--27050817	17	2.3	17	86	0	51	15	10	25	48	1.76
27050859--27050893	18	1.9	18	88	0	52	68	2	8	20	1.29
27051243--27051312	36	1.9	36	100	0	140	22	12	5	58	1.56
27051521--27051586	24	2.7	24	79	15	64	39	1	0	59	1.07
27051535--27051609	23	3.3	23	77	14	68	34	4	0	61	1.15
27063006--27063086	41	2.0	41	82	4	101	34	1	6	58	1.31
27064779--27064828	22	2.3	22	85	0	73	54	0	2	44	1.11
27069830--27069865	7	4.9	7	87	12	54	41	25	2	30	1.69
27070333--27070387	26	2.1	26	93	0	92	18	21	3	56	1.57
27071819--27071865	22	2.0	24	84	8	62	57	2	0	40	1.11
27073749--27073799	8	6.4	8	74	17	52	43	0	1	54	1.11
27075333--27075386	22	2.5	21	79	8	54	14	1	14	68	1.30
27075340--27075407	22	3.0	21	75	10	64	10	2	13	73	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27081634--27081678	19	2.4	19	84	0	54	68	0	13	17	1.20
27081645--27081682	19	2.0	19	100	0	76	68	0	5	26	1.11
27083901--27084030	68	1.9	66	86	6	181	35	7	10	46	1.68
27086835--27088368	765	2.0	764	96	1	2853	33	20	14	32	1.93
27097705--27097774	31	2.3	31	79	0	86	37	11	11	40	1.77
27101478--27101564	42	2.1	42	86	0	120	33	16	13	36	1.88
27105689--27105713	9	2.8	9	100	0	50	44	32	24	0	1.54
27112535--27112655	31	4.0	31	70	20	103	24	18	13	43	1.85
27112535--27112600	30	2.2	31	88	2	98	27	18	10	43	1.82
27112464--27112655	89	2.1	90	87	2	271	24	15	14	45	1.83
27112871--27112983	60	1.9	59	82	8	140	53	9	12	23	1.67
27113037--27113128	30	3.1	30	82	0	103	48	2	15	33	1.57
27113686--27113742	19	3.0	19	77	7	62	73	0	26	0	0.83
27114082--27114399	94	3.5	91	88	5	482	34	2	13	49	1.56
27114090--27114399	90	3.4	90	88	5	471	35	2	13	49	1.55
27115322--27115406	43	2.0	43	81	4	100	31	12	9	45	1.74
27116248--27116322	21	3.6	21	70	10	55	49	24	1	25	1.58
27116254--27116327	28	2.7	28	82	2	78	48	24	1	25	1.59
27116277--27116337	28	2.2	29	79	8	72	50	22	3	22	1.63
27119333--27119373	15	2.6	15	88	7	55	2	34	0	63	1.08
27133739--27133821	27	3.0	28	71	11	80	57	4	0	37	1.20
27142212--27142273	29	2.1	31	81	6	74	35	6	14	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27146561--27146643	27	3.0	28	71	11	80	57	4	0	37	1.20
27152331--27152595	138	1.9	138	83	1	343	31	20	14	33	1.92
27153713--27153804	48	1.9	48	84	0	121	33	27	19	19	1.96
27153713--27153816	48	2.2	48	82	0	118	33	25	20	21	1.97
27154885--27155140	138	1.9	138	81	4	320	30	19	14	34	1.92
27155585--27155705	46	2.6	46	88	0	161	33	23	19	23	1.97
27157975--27158606	214	3.0	213	86	1	881	35	21	15	27	1.93
27158622--27159687	205	5.2	205	88	2	1457	37	16	13	32	1.88
27166631--27166999	148	2.5	147	85	5	499	45	10	3	40	1.56
27169422--27169454	6	5.5	6	92	0	57	48	0	30	21	1.50
27180805--27180923	58	2.1	58	85	3	159	32	0	15	51	1.44
27181001--27181026	13	2.0	13	100	0	52	15	0	38	46	1.46
27181142--27181186	23	2.0	23	86	0	63	35	20	13	31	1.91
27182223--27182308	28	3.1	28	91	0	145	44	4	16	34	1.68
27183436--27183502	6	11.2	6	76	17	68	43	2	1	52	1.25
27183428--27183500	17	4.6	16	78	11	78	41	2	2	53	1.29
27183442--27183501	31	1.9	31	90	6	95	41	3	1	53	1.27
27184507--27184569	24	2.5	26	78	17	71	71	6	20	1	1.16
27185340--27185482	30	4.9	30	77	5	123	36	24	3	35	1.73
27185338--27185482	58	2.5	59	76	8	154	36	24	3	35	1.73
27185452--27185587	58	2.4	56	90	3	184	30	31	1	36	1.67
27185464--27185556	28	3.3	27	67	16	71	27	34	1	36	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27190946--27191478	59	9.1	59	88	2	734	35	4	27	31	1.78
27190940--27191483	117	4.6	118	88	3	733	35	5	27	31	1.79
27191288--27191443	29	5.3	29	68	13	113	36	5	26	30	1.80
27191454--27191499	21	2.2	21	100	0	92	34	4	32	28	1.77
27191477--27191589	29	3.9	28	79	13	113	37	2	23	36	1.69
27191687--27192010	162	2.0	162	86	3	447	45	12	15	26	1.83
27191733--27192083	162	2.2	161	79	5	370	47	12	15	23	1.80
27193629--27193695	6	11.2	6	80	12	75	52	2	0	44	1.16
27193670--27193719	27	1.9	25	84	15	66	60	6	2	32	1.32
27195578--27195615	20	1.9	20	88	0	58	23	18	13	44	1.85
27215054--27215095	21	2.0	21	86	9	59	35	14	35	14	1.86
27215682--27215722	20	2.0	20	85	0	55	36	7	2	53	1.42
27215735--27215796	29	2.1	28	80	13	72	61	3	1	33	1.22
27215740--27215788	22	2.2	22	82	7	64	65	2	2	30	1.15
27215841--27215881	19	2.2	19	91	4	66	34	2	9	53	1.47
27216178--27216205	14	2.0	14	100	0	56	64	7	0	28	1.20
27230663--27230697	6	5.8	6	100	0	70	48	0	34	17	1.47
27231229--27231274	23	2.0	23	83	8	58	39	10	17	32	1.84
27234783--27235064	30	9.4	30	83	6	326	34	2	25	37	1.71
27234812--27235064	61	4.2	60	86	5	343	33	3	24	38	1.71
27234812--27235066	30	8.5	30	84	6	329	33	3	24	38	1.71
27236696--27236747	28	1.9	28	92	7	90	32	0	3	63	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27236736--27236796	6	10.2	6	76	13	63	55	1	1	40	1.19
27236738--27236796	31	1.9	31	92	0	100	55	1	1	40	1.20
27236745--27236806	11	5.8	11	76	14	58	56	3	1	38	1.25
27242885--27242922	18	2.1	18	90	9	60	65	0	5	28	1.14
27244594--27244618	13	1.9	13	100	0	50	24	32	40	4	1.73
27245038--27245146	40	2.7	40	81	2	130	35	19	18	26	1.95
27248130--27249468	201	6.7	200	79	3	1232	29	21	19	29	1.97
27248556--27249049	189	2.5	193	81	3	510	30	20	17	30	1.96
27248155--27249254	591	1.9	591	80	2	1294	29	21	19	29	1.97
27249876--27250105	99	2.3	99	87	1	327	23	27	20	29	1.98
27250038--27250187	33	4.6	32	75	8	113	23	30	20	26	1.98
27256498--27256578	17	4.6	17	68	20	60	41	6	0	51	1.27
27257086--27257111	9	2.9	9	100	0	52	23	19	0	57	1.40
27258584--27258620	18	2.1	18	94	0	65	45	24	21	8	1.78
27259132--27259171	16	2.6	16	92	4	64	40	0	7	52	1.30
27262492--27262540	24	2.0	25	84	4	64	59	0	0	40	0.98
27262824--27262864	21	1.9	22	90	5	66	51	2	4	41	1.36
27264244--27264316	19	3.4	21	80	17	80	5	6	17	69	1.30
27264258--27264331	22	3.6	21	82	8	82	6	5	17	70	1.29
27264289--27264355	31	2.1	31	83	8	82	7	2	20	68	1.28
27264345--27264424	32	2.5	33	85	6	101	7	1	18	72	1.15
27264310--27264392	11	7.2	12	69	19	52	6	2	21	69	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27267481--27267516	2	18.0	2	88	0	54	44	0	5	50	1.25
27269442--27269484	21	2.0	21	82	8	52	23	27	0	48	1.51
27269458--27269512	29	1.9	28	92	3	92	20	34	0	45	1.51
27270265--27270311	22	2.1	22	96	0	85	34	12	6	46	1.67
27272075--27272112	18	2.1	18	100	0	76	31	15	34	18	1.92
27274386--27274466	31	2.7	30	82	5	92	46	12	7	33	1.69
27274386--27274466	29	2.7	29	80	5	90	46	12	7	33	1.69
27275135--27275215	30	2.7	30	81	9	94	48	12	6	33	1.66
27275135--27275215	29	2.7	29	80	5	90	48	12	6	33	1.66
27274170--27275669	749	2.0	749	99	0	2973	39	10	9	39	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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