genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10280394--10281135	340	2.2	337	86	3	990	27	18	15	38	1.91
10280867--10281351	215	2.2	216	83	4	622	29	18	15	37	1.91
10281297--10281469	62	2.8	61	90	3	265	26	19	15	38	1.91
10280527--10281692	555	2.1	554	83	3	1486	27	19	15	38	1.91
10281072--10281814	340	2.2	340	84	2	960	27	19	15	37	1.92
10281627--10281996	62	6.0	62	93	3	635	25	19	16	38	1.92
10281627--10281996	122	3.0	122	96	2	654	25	19	16	38	1.92
10282111--10282407	62	4.6	62	80	10	342	25	18	15	39	1.91
10282133--10282275	75	1.9	75	95	0	259	27	17	16	38	1.91
10282594--10282753	62	2.6	62	89	0	230	25	20	16	37	1.93
10282225--10282965	340	2.2	340	85	3	992	26	18	15	39	1.90
10282689--10283184	215	2.3	216	82	3	606	29	18	13	38	1.89
10283123--10283362	122	2.0	124	89	1	376	26	18	16	38	1.92
10283123--10283362	62	3.9	62	91	2	376	26	18	16	38	1.92
10282206--10284257	955	2.1	957	94	0	3592	27	18	15	38	1.91
10283549--10283708	62	2.6	62	90	0	239	25	20	17	37	1.94
10283182--10283923	340	2.2	337	86	3	999	27	18	15	38	1.91
10283655--10284139	215	2.2	216	83	4	631	29	18	15	37	1.91
10284085--10284257	62	2.8	61	90	3	265	26	19	15	38	1.91
10283315--10284480	555	2.1	554	83	3	1495	27	18	15	38	1.91
10283860--10284602	340	2.2	340	84	2	960	27	19	15	37	1.92
10284415--10284784	62	6.0	62	93	3	635	25	19	16	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10284415--10284784	122	3.0	122	96	2	654	25	19	16	38	1.92
10284898--10285194	62	4.6	62	81	10	351	25	19	15	39	1.91
10284920--10285062	75	1.9	75	95	0	259	27	17	16	38	1.91
10284078--10287041	954	3.1	936	86	6	3387	27	18	15	38	1.91
10285379--10285539	62	2.6	61	88	1	223	24	20	16	37	1.93
10285475--10285970	215	2.3	216	82	2	586	29	17	14	38	1.89
10285921--10286148	122	1.9	124	88	1	352	26	18	16	38	1.92
10285921--10286148	62	3.7	62	90	2	352	26	18	16	38	1.92
10286335--10286494	62	2.6	62	90	0	239	25	20	17	37	1.94
10285968--10286708	340	2.2	337	86	3	999	27	18	15	38	1.91
10286441--10286924	214	2.2	216	82	5	613	29	18	15	36	1.91
10284993--10287041	954	2.1	956	93	1	3527	27	18	15	38	1.91
10286863--10287041	62	2.9	62	89	0	279	26	18	15	38	1.91
10286117--10287263	554	2.1	554	83	4	1445	27	18	15	37	1.92
10287279--10287434	60	2.6	62	91	4	255	26	19	16	37	1.92
10287549--10287845	62	4.6	62	81	10	351	25	19	15	39	1.91
10287571--10287713	75	1.9	75	95	0	259	27	17	16	38	1.91
10288032--10288191	62	2.6	62	87	2	214	25	20	17	37	1.94
10287663--10288403	340	2.2	340	85	3	983	26	18	15	39	1.91
10288127--10288622	215	2.3	216	82	2	586	29	17	14	38	1.89
10288573--10288800	122	1.9	124	89	1	361	26	18	16	38	1.92
10288573--10288800	62	3.7	62	91	2	361	26	18	16	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10288987--10289146	62	2.6	62	91	0	248	25	20	17	36	1.94
10288620--10289361	340	2.2	337	87	3	1026	27	18	15	38	1.91
10289082--10289577	215	2.3	216	83	4	644	30	17	14	37	1.90
10289523--10289694	61	2.8	61	90	5	265	26	19	15	38	1.91
10289852--10290221	62	6.0	62	93	3	635	25	19	16	38	1.92
10289852--10290221	122	3.0	122	96	2	654	25	19	16	38	1.92
10290336--10290632	62	4.6	62	81	10	351	25	19	15	39	1.91
10290358--10290500	75	1.9	75	95	0	259	27	17	16	38	1.91
10290819--10290978	62	2.6	62	89	0	230	25	20	16	37	1.93
10290450--10291190	340	2.2	340	85	3	1001	26	18	15	39	1.91
10290914--10291409	215	2.3	216	82	3	606	29	18	13	38	1.89
10291348--10291773	62	6.9	62	93	1	703	25	19	15	38	1.91
10291348--10291773	184	2.3	185	92	2	703	25	19	15	38	1.91
10291959--10292117	62	2.6	61	83	1	192	26	19	14	39	1.90
10292297--10292456	62	2.6	62	87	0	221	26	20	15	36	1.93
10291593--10292671	339	3.2	341	85	3	1382	27	18	14	39	1.90
10292392--10292887	215	2.3	216	84	3	651	29	17	14	37	1.90
10292826--10293005	62	2.9	62	91	0	288	26	19	15	38	1.92
10292054--10293226	555	2.1	551	82	5	1414	28	19	14	37	1.91
10292608--10293553	339	2.8	335	82	4	1109	28	18	15	37	1.91
10293191--10293350	62	2.6	62	83	4	205	26	20	17	36	1.94
10293284--10293774	213	2.3	212	84	4	607	27	18	15	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10293739--10293898	62	2.6	62	84	0	203	25	20	16	38	1.93
10293834--10294327	214	2.3	215	85	3	656	30	17	14	37	1.90
10294266--10294445	62	2.9	62	94	0	315	25	18	16	38	1.92
10294604--10294790	61	3.0	61	85	3	252	24	20	17	37	1.94
10294727--10295211	212	2.3	212	82	5	601	29	17	15	38	1.90
10295151--10295377	60	3.8	61	91	4	361	25	17	17	39	1.91
10295151--10295377	121	1.9	122	92	0	384	25	17	17	39	1.91
10295573--10295785	61	3.4	61	81	10	211	39	15	18	26	1.90
10295935--10296239	61	5.0	62	88	2	429	38	15	18	27	1.91
10296085--10296204	62	2.1	55	80	13	127	41	16	16	25	1.89
10296689--10296876	62	3.0	62	86	4	238	39	14	18	27	1.90
10297024--10297147	60	2.1	60	92	0	203	36	17	21	24	1.95
10297255--10297470	62	3.4	62	86	5	267	39	14	19	26	1.90
10297619--10297924	123	2.5	122	85	5	386	38	15	18	26	1.91
10297619--10297924	61	5.0	62	86	4	390	38	15	18	26	1.91
10298052--10298219	81	2.1	81	84	7	216	41	17	17	23	1.90
10298135--10298655	217	2.4	215	84	6	678	39	14	17	28	1.88
10298591--10298779	62	3.0	62	89	3	274	38	16	17	26	1.91
10298931--10299239	62	5.0	62	92	0	467	37	15	18	27	1.91
10298374--10299979	340	4.7	337	70	14	1173	38	15	18	27	1.90
10298591--10299459	464	1.9	463	84	4	1189	38	15	18	28	1.91
10299212--10299675	215	2.1	217	82	5	564	39	13	17	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10299611--10299799	62	3.0	62	85	3	247	39	14	17	28	1.89
10300158--10300274	62	1.9	62	90	0	189	25	17	17	39	1.91
10299986--10300577	277	2.1	277	86	2	812	28	17	14	39	1.90
10300425--10300551	62	2.0	62	90	0	200	29	18	15	37	1.92
10300897--10301137	62	3.9	62	94	0	410	25	18	17	38	1.92
10300673--10301476	402	2.0	399	87	4	1154	28	17	15	38	1.90
10301289--10301476	62	3.0	62	89	0	288	27	18	15	38	1.91
10300949--10301691	339	2.2	340	89	2	1122	28	16	15	39	1.89
10301413--10301907	215	2.3	215	83	4	631	29	16	15	38	1.90
10301846--10302031	62	3.0	62	87	3	266	26	16	17	39	1.90
10301073--10302247	554	2.1	554	89	3	1799	29	16	15	39	1.89
10301628--10302295	340	2.0	339	86	3	941	28	16	15	39	1.89
10302183--10302309	62	2.0	62	83	3	157	29	17	16	37	1.92
10301905--10302567	278	2.4	276	86	5	913	28	16	14	40	1.88
10301628--10302861	618	2.0	613	86	3	1701	28	16	15	39	1.89
10302461--10302649	62	3.0	61	85	3	236	29	17	14	38	1.90
10303016--10303255	62	3.9	62	83	8	319	25	19	15	39	1.91
10303016--10303248	122	1.9	122	85	7	328	25	19	15	39	1.91
10303442--10303600	62	2.6	61	82	5	176	25	22	16	36	1.94
10303075--10303815	338	2.2	339	83	4	942	26	18	15	39	1.91
10303537--10304027	215	2.3	214	83	4	609	29	18	14	37	1.90
10303974--10304145	62	2.8	62	94	0	299	25	19	15	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10302183--10304151	952	2.1	951	88	2	2882	27	17	15	39	1.90
10304302--10304489	62	3.0	60	78	8	164	27	19	15	37	1.92
10303751--10304704	339	2.8	337	82	4	1127	28	18	14	38	1.90
10304426--10304921	215	2.3	216	83	3	626	30	17	14	37	1.90
10304859--10305038	62	2.9	61	90	2	270	24	19	17	38	1.92
10304641--10305600	340	2.8	338	83	4	1150	27	18	15	38	1.91
10305197--10305378	62	2.9	61	80	1	202	25	20	16	36	1.94
10303078--10306748	895	4.1	894	93	0	6182	27	18	15	38	1.91
10305320--10305815	215	2.3	216	83	2	613	29	18	13	38	1.89
10305754--10305933	62	2.9	62	86	0	261	25	19	17	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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