genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  107  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25065249--25065328	29	2.8	29	81	9	83	36	1	26	36	1.65
25065274--25065540	29	9.0	30	75	11	178	34	4	27	34	1.76
25065249--25065502	117	2.2	117	80	6	282	36	3	25	33	1.75
25068966--25069004	18	2.2	18	85	0	51	46	10	17	25	1.80
25074708--25074808	39	2.6	39	83	0	112	21	12	19	45	1.84
25077614--25077677	6	11.2	6	77	15	73	45	0	0	54	0.99
25077614--25077677	11	5.6	12	84	14	73	45	0	0	54	0.99
25078264--25078324	30	2.0	30	100	0	122	39	9	3	47	1.53
25079461--25079684	29	7.5	30	74	12	158	39	23	1	35	1.65
25079513--25079684	59	2.9	60	80	10	176	40	24	0	34	1.60
25079623--25079752	29	4.4	28	74	14	93	33	27	3	34	1.75
25079610--25079810	88	2.3	89	81	5	221	32	27	5	34	1.81
25092749--25094101	49	27.6	49	71	12	859	36	18	26	18	1.94
25092749--25094101	98	13.8	98	88	1	1935	36	18	26	18	1.94
25094599--25094679	11	7.6	11	72	19	57	39	0	2	58	1.12
25094599--25094669	17	4.2	17	85	0	106	40	0	2	56	1.14
25096428--25096736	30	10.5	30	77	9	287	37	25	2	34	1.71
25096428--25096793	29	12.5	29	74	10	228	36	25	3	35	1.72
25096428--25096736	59	5.2	58	83	4	302	37	25	2	34	1.71
25096540--25096793	59	4.4	58	83	6	212	35	27	3	34	1.73
25096631--25096800	57	2.9	60	84	4	206	31	28	4	35	1.76
25101159--25101197	6	6.3	6	88	5	60	15	0	5	79	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25101646--25102061	99	4.2	98	78	9	405	18	25	17	38	1.92
25101646--25102061	199	2.1	197	80	4	462	18	25	17	38	1.92
25114014--25114051	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
25119925--25119982	7	7.6	8	80	16	61	22	0	0	77	0.77
25120092--25120140	18	2.9	17	82	14	57	57	0	0	42	0.99
25120094--25120140	16	2.8	16	87	6	58	57	0	0	42	0.98
25122207--25122285	42	1.9	43	84	7	110	72	1	6	20	1.14
25124599--25124632	15	2.3	15	89	0	50	17	0	32	50	1.47
25125763--25126036	58	4.7	57	75	10	216	36	3	26	33	1.73
25125747--25126035	28	10.0	29	70	13	166	35	3	27	32	1.74
25125779--25126093	116	2.7	115	81	8	311	37	2	27	32	1.72
25125895--25126093	58	3.5	57	83	11	212	40	1	27	30	1.66
25127966--25128025	6	10.0	6	75	10	52	55	0	1	43	1.10
25127980--25128025	18	2.4	18	92	7	74	60	0	2	36	1.09
25129694--25129734	16	2.5	17	76	11	50	65	0	2	31	1.05
25136429--25136453	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
25140469--25140512	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
25140511--25140557	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
25141310--25141341	11	3.1	11	82	17	50	71	0	0	28	0.86
25141319--25141382	9	7.0	9	78	3	65	67	1	3	28	1.15
25141319--25141382	18	3.5	18	80	4	74	67	1	3	28	1.15
25141315--25141400	28	3.0	28	77	12	79	67	1	2	29	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25141384--25141418	18	1.9	18	88	0	52	68	2	0	28	1.04
25143790--25143852	27	2.3	27	88	0	90	28	7	38	25	1.84
25145245--25145319	35	2.1	35	80	9	82	56	0	5	38	1.22
25145555--25145617	16	3.9	16	82	0	81	41	25	6	26	1.79
25145958--25146003	24	1.9	24	90	0	74	32	6	10	50	1.63
25147628--25147809	86	2.1	86	83	3	224	37	25	12	24	1.90
25147628--25147805	43	4.1	43	74	4	153	37	25	12	24	1.91
25152323--25152488	41	4.0	41	78	4	129	21	25	17	34	1.95
25152494--25152632	41	3.4	41	90	1	217	20	28	20	30	1.97
25153989--25154107	41	3.0	41	78	6	118	25	25	17	31	1.97
25161951--25162005	17	3.3	16	83	14	67	72	1	0	25	0.94
25161942--25161999	26	2.2	27	85	14	77	68	1	0	29	0.99
25161942--25162002	9	6.9	9	80	16	65	68	1	0	29	0.99
25162890--25162916	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
25167125--25167172	24	2.0	24	88	4	71	47	8	10	33	1.68
25168371--25168496	29	4.4	28	66	15	69	31	5	32	30	1.81
25168412--25168955	59	9.2	57	87	3	610	36	3	27	32	1.73
25168528--25168861	29	11.2	31	67	20	131	36	3	28	32	1.73
25168412--25168955	178	3.1	176	86	4	706	36	3	27	32	1.73
25169027--25169368	162	2.1	162	90	1	533	42	12	17	26	1.85
25170119--25170144	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
25170584--25170646	29	2.2	29	100	0	126	31	15	3	49	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25170977--25171066	6	15.8	6	71	21	61	53	0	2	44	1.13
25170990--25171049	11	5.3	11	82	6	57	53	0	1	45	1.10
25170977--25171066	17	5.3	17	81	9	87	53	0	2	44	1.13
25173210--25173344	71	1.9	71	89	6	211	20	24	18	37	1.94
25173281--25173709	49	8.8	48	72	9	278	17	26	18	37	1.93
25173281--25173708	97	4.4	97	87	0	579	17	25	18	38	1.93
25176797--25176889	17	5.4	18	73	11	79	39	0	6	53	1.27
25176797--25176871	35	2.2	34	85	7	98	37	0	8	54	1.30
25176894--25176926	15	2.3	15	89	5	50	54	21	6	18	1.64
25177598--25177635	13	2.9	13	92	0	58	55	0	0	44	0.99
25178761--25179020	29	8.9	30	76	9	218	32	26	3	38	1.72
25178761--25178986	58	3.9	58	79	4	240	32	26	2	38	1.70
25178997--25179197	59	3.4	60	74	8	153	31	20	6	40	1.79
25188184--25188218	18	1.9	18	88	0	52	22	11	8	57	1.61
25188676--25189071	49	8.1	49	72	7	234	40	19	22	17	1.91
25188676--25188973	48	6.1	49	77	5	228	40	19	21	17	1.91
25188678--25189000	97	3.3	97	82	1	279	40	19	22	17	1.91
25195094--25195141	24	2.0	24	84	11	64	47	8	12	31	1.71
25198347--25198394	17	2.9	16	82	11	60	70	2	2	25	1.09
25198338--25198393	27	2.2	25	84	15	71	67	1	1	28	1.10
25200300--25200336	12	3.2	12	84	7	58	37	2	0	59	1.12
25201818--25202187	29	12.8	28	75	11	213	37	26	3	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25202053--25202217	29	5.7	29	74	11	133	33	26	7	32	1.84
25205435--25205615	29	6.1	29	80	13	199	33	1	27	37	1.67
25205411--25205615	59	3.4	59	84	4	243	34	2	26	36	1.70
25206053--25206108	16	3.5	16	90	0	94	35	5	30	28	1.80
25206090--25206183	44	2.1	44	86	7	127	30	5	26	37	1.79
25206278--25206423	58	2.5	55	81	13	168	50	1	2	45	1.24
25209775--25209862	15	6.0	14	71	17	54	50	2	0	47	1.13
25209736--25209862	58	2.2	58	84	9	163	50	1	0	47	1.16
25213311--25213375	24	2.7	24	87	2	94	46	0	1	52	1.10
25216748--25217202	50	9.3	50	80	5	435	16	23	18	41	1.89
25216757--25217202	147	3.0	147	75	10	426	16	23	18	41	1.90
25216757--25217184	197	2.2	196	82	2	493	16	23	17	41	1.90
25239603--25239630	12	2.3	12	100	0	56	42	21	17	17	1.89
25242210--25242991	209	3.8	208	84	4	898	37	18	21	22	1.94
25242841--25243163	172	1.9	172	86	1	468	36	16	22	24	1.94
25242585--25243377	381	2.1	381	84	3	1024	38	16	21	23	1.93
25242969--25243467	209	2.4	209	85	0	694	37	15	22	24	1.93
25243950--25243987	12	3.2	12	81	7	51	36	0	2	60	1.11
25243950--25243982	17	1.9	17	93	0	57	36	0	3	60	1.12
25245176--25245244	32	2.2	31	82	10	77	47	1	18	31	1.58
25245767--25246017	28	8.9	27	76	12	202	39	23	0	37	1.55
25245730--25245989	85	3.0	85	85	6	326	38	23	1	36	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25245762--25246093	29	11.6	28	71	14	137	37	23	2	36	1.69
25246144--25246245	29	3.5	29	85	4	125	35	29	5	29	1.81
25247438--25247546	28	3.8	28	72	8	94	35	7	25	31	1.84
25247561--25247631	28	2.5	29	81	4	81	28	9	29	32	1.89
25247590--25247689	28	3.5	27	71	15	67	36	3	22	39	1.69
25247427--25247894	146	3.2	145	80	7	500	36	7	24	31	1.84
25247948--25248098	59	2.6	58	83	7	164	37	1	18	41	1.62
25247971--25248098	30	4.3	29	82	5	141	39	2	15	42	1.60
25247919--25248113	29	6.7	29	78	11	168	36	2	21	40	1.65
25249212--25249251	18	2.4	16	87	8	53	37	5	2	55	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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