genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21652467--21652779	172	1.8	172	89	2	495	23	28	14	33	1.94
21655900--21656032	33	4.0	33	89	0	185	32	35	23	9	1.86
21655997--21656132	42	3.2	41	81	4	137	36	31	21	10	1.87
21656901--21656962	26	2.4	26	75	5	63	62	3	4	29	1.31
21660417--21660454	18	2.1	18	100	0	76	15	31	7	44	1.75
21660421--21660467	18	2.6	18	89	0	67	19	34	4	42	1.70
21664408--21664437	15	2.0	15	93	0	51	30	13	20	36	1.90
21664620--21664651	13	2.5	13	100	0	64	0	21	9	68	1.17
21664629--21664669	22	1.9	21	85	5	55	0	26	9	63	1.25
21674258--21674324	28	2.4	28	82	2	82	26	16	20	35	1.94
21680285--21680445	82	2.0	82	91	0	259	35	9	13	41	1.77
21682644--21682675	15	2.0	17	88	11	50	62	0	37	0	0.95
21689344--21689372	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
21695364--21695413	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
21698087--21698116	16	1.9	15	93	6	51	46	0	16	36	1.47
21699334--21699402	32	2.2	32	91	0	111	46	10	17	26	1.79
21700011--21700077	32	2.1	32	88	0	98	26	14	8	49	1.73
21713099--21713149	9	6.3	9	70	25	51	50	0	0	49	1.00
21726249--21726283	16	2.1	18	89	10	56	8	5	22	62	1.45
21730772--21730829	29	1.9	29	86	6	80	20	12	13	53	1.72
21730945--21730971	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
21739312--21739386	20	3.7	20	77	7	69	34	1	4	60	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21740094--21740140	2	24.5	2	91	8	80	53	0	0	46	1.00
21748135--21748167	15	2.1	16	88	5	50	36	0	0	63	0.95
21749627--21749658	14	2.4	14	90	10	50	37	0	0	62	0.95
21753432--21753747	65	4.8	67	74	13	230	31	18	14	35	1.91
21756361--21756437	27	2.9	27	80	0	100	16	23	18	41	1.90
21765651--21765679	11	2.5	12	88	11	51	34	0	0	65	0.93
21766479--21766541	31	2.1	31	83	16	80	41	3	0	55	1.16
21766479--21766541	30	2.1	29	83	16	76	41	3	0	55	1.16
21766657--21766728	36	2.0	37	83	2	92	47	12	11	29	1.76
21767346--21767523	51	3.4	51	67	15	144	35	6	1	56	1.32
21767347--21767584	109	2.2	110	96	2	430	38	6	1	53	1.36
21767663--21767758	45	2.3	43	87	10	137	48	5	6	39	1.51
21779043--21779102	29	2.1	29	96	0	111	38	16	10	35	1.82
21781554--21781609	20	2.7	20	77	5	58	8	3	14	73	1.21
21781594--21781669	24	3.2	23	73	14	57	9	5	14	71	1.29
21781606--21781673	12	5.7	12	82	5	75	8	5	17	67	1.37
21781597--21781729	68	2.0	68	81	3	160	11	4	15	68	1.35
21781604--21781695	47	2.0	47	82	8	116	9	4	17	68	1.34
21781606--21781731	12	10.9	12	70	8	55	11	4	15	68	1.36
21781662--21781745	44	1.9	44	82	4	107	14	3	14	67	1.35
21781857--21781950	39	2.4	38	79	10	100	29	1	5	63	1.23
21781953--21781982	13	2.3	13	94	0	51	70	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21792269--21792310	20	2.1	20	90	0	66	47	11	11	28	1.76
21792289--21792423	30	4.5	32	78	14	121	48	11	14	25	1.77
21792322--21792400	31	2.8	27	80	14	81	50	10	13	25	1.73
21795218--21795297	26	3.0	26	73	10	72	62	0	7	30	1.23
21796975--21797133	40	4.0	40	80	7	178	25	15	26	33	1.95
21797145--21797469	92	3.5	92	76	11	343	27	23	16	33	1.95
21797142--21797485	191	1.8	191	88	1	528	27	22	15	34	1.94
21797680--21797915	49	4.8	49	80	2	222	21	26	15	36	1.93
21797672--21797915	98	2.5	98	77	2	256	21	26	15	36	1.93
21798365--21798584	115	1.9	112	87	2	314	40	11	19	29	1.86
21798898--21798928	13	2.3	14	94	5	55	0	16	0	83	0.64
21800938--21800969	17	2.0	17	88	11	50	18	9	40	31	1.83
21803699--21803734	18	2.1	18	89	5	56	47	0	19	33	1.50
21805491--21805527	19	2.0	20	89	10	60	75	8	2	13	1.13
21805580--21805665	27	3.0	28	74	14	77	61	0	9	29	1.27
21818000--21818028	6	4.8	6	100	0	58	13	0	0	86	0.58
21817994--21818028	18	1.9	18	88	0	52	11	0	5	82	0.82
21818331--21818394	32	2.1	31	88	5	94	35	0	6	57	1.24
21820582--21820995	138	3.0	138	92	2	710	21	25	13	39	1.90
21825059--21825467	83	5.0	83	92	1	646	52	13	4	28	1.61
21829350--21829397	12	3.7	12	77	20	51	22	2	0	75	0.91
21829358--21829521	63	2.5	65	87	9	237	39	0	2	57	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21829358--21829521	67	2.5	63	86	9	224	39	0	2	57	1.16
21829364--21829539	67	2.7	67	86	7	220	43	0	2	53	1.17
21829845--21829879	11	3.2	11	91	0	52	8	45	0	45	1.34
21834538--21834588	6	8.0	6	80	10	57	78	1	19	0	0.85
21835511--21835656	50	2.9	50	82	4	186	34	17	25	21	1.96
21836202--21836233	16	2.0	16	93	0	55	34	6	15	43	1.72
21841021--21841190	85	2.0	84	94	1	295	29	29	12	28	1.94
21846078--21846557	158	3.0	158	89	1	687	30	24	22	22	1.99
21852474--21852512	20	1.9	21	89	5	62	53	25	10	10	1.66
21854533--21854634	43	2.4	42	87	6	143	59	18	0	21	1.37
21854668--21854746	22	3.6	21	75	17	72	48	18	0	32	1.49
21861185--21861243	31	1.9	31	89	0	91	27	1	16	54	1.52
21861277--21861360	37	2.2	38	79	12	93	57	4	1	36	1.28
21861294--21861386	19	4.9	18	68	13	62	54	5	2	37	1.35
21861249--21861398	10	15.5	10	69	21	72	56	4	2	36	1.34
21861249--21861480	9	24.0	9	69	20	89	57	3	3	34	1.35
21861720--21861769	8	6.0	8	86	4	55	50	0	2	48	1.12
21861720--21861769	17	3.0	17	83	11	59	50	0	2	48	1.12
21861880--21861950	33	2.2	33	87	5	101	49	15	9	25	1.75
21868779--21868826	10	4.7	10	82	5	51	66	0	0	33	0.92
21869886--21869941	30	2.0	28	82	10	69	48	5	12	33	1.64
21870315--21870350	18	2.0	18	94	0	63	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21870920--21871024	53	2.0	52	83	9	133	26	6	30	36	1.82
21877566--21877607	20	2.1	19	86	8	57	52	14	7	26	1.67
21895467--21895507	3	14.0	3	89	5	66	29	0	2	68	1.03
21898626--21898853	42	5.5	41	80	3	206	38	10	24	26	1.88
21905052--21905290	51	4.6	51	85	2	300	27	21	16	34	1.95
21907847--21907877	16	1.9	16	93	0	53	19	32	22	25	1.97
21910404--21910432	12	2.4	12	100	0	58	24	0	17	58	1.38
21914578--21914639	21	3.0	21	90	0	97	30	14	19	35	1.92
21920922--21921152	51	4.5	51	86	3	304	31	15	23	29	1.95
21924463--21924643	52	3.1	64	80	13	185	31	23	16	28	1.96
21924541--21924675	52	2.6	52	96	0	243	35	25	14	25	1.93
21925216--21925253	11	3.5	11	86	13	53	34	10	0	55	1.34
21925216--21925267	16	3.1	16	88	5	77	32	13	0	53	1.40
21925680--21925712	16	2.1	16	94	0	57	24	18	3	54	1.57
21932766--21932822	18	3.2	18	79	0	69	21	42	17	19	1.90
21933881--21933906	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
21939840--21939868	6	5.0	6	91	8	51	48	51	0	0	1.00
21940004--21940113	7	16.0	7	76	3	98	20	24	23	30	1.98
21941153--21941195	5	8.2	5	85	10	59	20	2	2	74	1.04
21942738--21942785	22	2.2	21	78	10	51	22	20	2	54	1.55
21943753--21943806	20	2.7	20	80	8	65	53	0	1	44	1.11
21944287--21944340	23	2.5	23	88	8	78	25	20	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21945829--21946064	41	5.8	41	85	4	309	27	27	10	33	1.90
21975387--21975451	21	3.1	20	82	8	67	35	10	21	32	1.88
21990345--21990379	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
21991342--21991381	19	2.1	19	85	4	53	65	5	0	30	1.14
21999885--21999938	22	2.6	20	86	11	81	12	25	18	42	1.86
22004877--22005062	52	3.6	52	82	7	232	27	17	23	31	1.97
22011770--22012014	52	4.7	50	78	6	229	26	15	24	33	1.95
22017817--22017878	31	2.0	31	93	0	106	32	9	12	45	1.75
22017819--22017885	31	2.2	31	88	0	98	32	11	11	43	1.78
22020532--22020598	16	4.2	16	86	0	89	29	28	2	38	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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