genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.110.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   

This is table  110  of  144  ( 17169 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25525766--25525804	21	1.9	20	89	5	60	84	0	0	15	0.62
25531936--25531962	10	2.7	10	100	0	54	29	7	33	29	1.85
25532534--25532581	8	5.8	8	82	9	53	83	0	12	4	0.79
25532688--25532742	28	2.0	28	92	0	92	38	1	5	54	1.34
25538798--25538882	30	2.9	29	75	10	82	32	11	4	50	1.60
25547762--25547953	65	3.0	64	85	2	240	29	27	19	23	1.98
25562205--25562272	30	2.3	31	82	10	79	47	4	0	48	1.22
25562235--25562291	26	2.1	28	81	12	66	49	3	0	47	1.18
25563081--25563148	31	2.3	30	78	12	70	29	8	7	54	1.58
25563926--25563978	25	2.2	24	82	3	61	41	9	0	49	1.35
25568321--25568694	30	12.6	30	82	7	317	35	2	23	38	1.68
25568313--25568694	60	6.4	59	81	7	382	35	2	24	38	1.68
25568313--25568685	149	2.5	148	86	5	477	35	2	24	37	1.69
25570243--25570281	20	2.0	20	85	10	53	15	12	48	23	1.79
25570449--25570506	28	2.1	28	80	6	64	17	10	25	46	1.79
25570530--25570594	17	4.0	17	78	11	73	53	0	4	41	1.21
25570543--25570613	11	6.5	11	72	15	58	56	0	4	39	1.19
25570514--25570611	31	3.3	29	81	6	99	53	0	4	42	1.20
25571094--25571205	31	3.4	31	71	13	107	27	21	16	34	1.94
25571186--25571870	76	9.0	76	93	0	1129	29	20	15	35	1.93
25570976--25571870	152	6.0	152	89	3	1268	29	20	15	34	1.93
25570976--25571870	228	4.0	228	89	3	1288	29	20	15	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25583213--25583771	30	18.7	29	82	8	451	37	2	22	37	1.67
25583194--25583741	60	9.2	59	81	9	512	37	2	22	37	1.67
25583202--25583771	90	6.4	88	82	11	603	37	2	22	37	1.68
25583274--25583761	60	8.1	61	83	6	536	38	2	21	37	1.65
25585521--25585575	28	2.0	28	82	7	67	20	9	25	45	1.80
25585599--25585663	17	4.0	17	78	11	73	53	0	4	41	1.21
25585612--25585682	11	6.5	11	72	15	58	56	0	4	39	1.19
25585583--25585680	31	3.3	29	81	6	99	53	0	4	42	1.20
25589384--25589471	17	5.1	17	81	2	86	45	1	3	50	1.26
25589380--25589472	6	15.8	6	72	12	59	45	1	3	50	1.25
25591371--25591683	29	10.8	29	73	9	210	38	24	3	34	1.72
25591371--25591683	58	5.4	57	78	8	269	38	24	3	34	1.72
25595897--25595941	22	2.0	22	86	0	63	53	20	6	20	1.67
25599794--25599835	21	2.0	21	85	0	57	45	16	4	33	1.69
25601704--25601859	40	3.9	40	82	3	188	31	16	26	26	1.96
25601704--25601860	80	2.0	80	85	0	215	31	16	26	26	1.97
25601704--25601878	40	4.4	40	81	0	179	31	17	25	25	1.97
25604436--25604474	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
25613085--25613151	32	2.2	29	82	12	73	68	2	2	25	1.18
25613159--25613191	16	2.0	17	88	5	50	45	0	3	51	1.16
25614426--25614489	28	2.2	30	81	15	82	46	4	3	45	1.39
25617437--25617464	4	7.0	4	100	0	56	0	25	0	75	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25617572--25617605	6	5.7	6	92	0	59	35	0	14	50	1.44
25621159--25621258	51	1.9	52	82	6	123	43	6	16	35	1.72
25621619--25622010	194	2.0	198	92	2	666	30	17	8	42	1.80
25624272--25624325	26	2.2	26	87	9	78	57	1	0	40	1.09
25624277--25624331	26	2.1	26	83	12	69	63	0	1	34	1.05
25626131--25626198	2	34.0	2	100	0	136	50	0	50	0	1.00
25627502--25627545	23	1.9	23	90	0	70	22	20	15	40	1.90
25627671--25627730	25	2.4	25	85	0	75	33	5	16	45	1.69
25627686--25627744	25	2.4	25	82	0	73	30	5	16	47	1.69
25630190--25630231	19	2.3	18	84	15	59	45	4	0	50	1.23
25630365--25630498	52	2.6	51	82	3	153	39	21	6	32	1.80
25640472--25640677	30	7.0	29	77	9	145	36	4	22	36	1.75
25640474--25640680	29	7.0	30	76	10	153	36	3	23	36	1.73
25640476--25640678	59	3.5	59	78	8	202	36	3	22	36	1.73
25642506--25642565	6	10.2	6	78	10	70	50	1	1	46	1.21
25642909--25643258	92	3.8	92	93	0	574	33	19	16	31	1.94
25643357--25643940	101	5.8	101	84	1	706	13	25	20	40	1.89
25643378--25643933	51	11.0	51	68	9	291	13	25	21	40	1.89
25643385--25643940	204	2.7	202	87	1	745	13	25	21	39	1.90
25645157--25645197	19	2.2	18	86	4	55	0	14	4	80	0.87
25653000--25653067	28	2.4	29	79	13	81	32	8	23	35	1.86
25653050--25653249	29	7.0	27	81	9	186	36	2	24	37	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25653050--25653249	87	2.3	86	80	9	219	36	2	24	37	1.69
25655059--25655169	6	19.2	6	69	17	74	53	0	2	43	1.21
25655059--25655169	17	6.4	16	80	11	105	53	0	2	43	1.21
25656490--25656543	28	1.9	28	85	7	74	29	0	0	70	0.88
25657181--25657277	29	3.3	28	83	12	106	45	3	14	37	1.61
25657210--25657290	29	2.8	27	80	12	81	45	2	13	38	1.57
25659082--25659156	30	2.5	29	81	14	82	53	4	1	41	1.28
25660415--25660452	20	1.9	19	89	5	58	44	5	5	44	1.49
25685913--25685970	6	10.2	6	76	16	61	48	0	0	51	1.00
25685913--25685986	17	4.4	17	89	5	105	48	0	0	51	1.00
25686675--25686714	21	1.9	21	94	0	71	52	0	2	45	1.14
25686698--25686731	3	11.0	3	87	6	50	67	0	0	32	0.91
25687833--25688040	30	6.9	30	83	0	191	36	20	1	40	1.64
25687833--25688035	90	2.3	90	80	3	230	36	20	1	41	1.64
25688023--25688167	30	4.9	30	67	18	97	33	26	4	36	1.76
25688023--25688126	30	3.5	30	73	16	99	34	25	2	37	1.71
25687992--25688191	60	3.4	59	86	5	253	33	27	4	35	1.77
25697947--25698862	92	10.0	92	92	0	1501	32	15	20	31	1.94
25699115--25699206	17	5.4	17	88	1	121	46	0	1	52	1.07
25699856--25699944	9	9.9	9	70	22	53	58	2	2	37	1.23
25699893--25699940	21	2.3	21	88	0	78	58	0	0	41	0.98
25701032--25701229	30	6.7	30	84	1	238	34	20	4	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25701047--25701236	89	2.1	90	87	1	267	34	19	4	41	1.71
25701224--25701442	59	3.7	58	83	6	255	34	27	3	34	1.73
25701224--25701386	30	5.5	30	72	14	133	34	27	3	34	1.75
25702433--25702476	9	5.2	8	78	10	52	20	0	0	79	0.73
25702420--25702476	25	2.3	25	93	0	96	22	0	3	73	0.98
25702430--25702482	25	2.1	25	92	3	88	26	1	1	69	1.09
25704725--25704749	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
25711256--25711297	17	2.4	18	76	4	50	52	0	0	47	1.00
25713918--25713943	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25719232--25719406	62	2.8	62	83	11	221	21	1	30	46	1.62
25720533--25720575	17	2.6	16	82	10	59	23	4	0	72	1.04
25729619--25729656	2	19.5	2	94	5	69	0	47	0	52	1.00
25742280--25742327	20	2.4	18	78	18	51	33	0	8	58	1.28
25743966--25744188	29	7.5	30	72	13	185	36	3	28	31	1.73
25744122--25744278	29	5.2	30	66	21	96	31	1	30	35	1.69
25743960--25744246	29	9.7	29	68	20	168	34	3	30	32	1.73
25743908--25744277	59	6.3	60	86	4	452	35	2	28	32	1.73
25746165--25746219	17	3.6	15	80	20	53	47	1	3	47	1.30
25746552--25747183	201	3.2	201	89	1	930	19	23	20	36	1.95
25759346--25759712	59	6.2	57	82	7	398	34	2	30	33	1.71
25759346--25759712	118	3.1	112	85	9	450	34	2	30	33	1.71
25759390--25759712	29	10.9	29	71	19	215	33	1	31	33	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25760447--25760482	18	2.0	18	94	0	63	25	16	19	38	1.92
25760449--25760489	18	2.2	18	86	4	55	21	17	17	43	1.87
25763328--25763374	22	2.2	23	78	21	57	76	4	4	14	1.09
25768207--25768239	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
25768526--25768554	12	2.3	13	94	5	51	48	0	3	48	1.18
25771841--25771952	39	2.9	39	87	2	154	25	16	16	41	1.90
25772741--25772767	14	1.9	14	100	0	54	81	0	18	0	0.69
25777577--25777634	23	2.5	23	82	2	71	70	13	3	12	1.28
25777627--25777707	24	3.5	24	77	5	76	70	19	4	4	1.25
25777658--25777701	23	1.9	23	85	0	61	68	20	4	6	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144