genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  34  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8703802--8703850	24	2.0	24	100	0	98	24	16	4	55	1.59
8707478--8707565	26	3.4	26	82	1	106	34	22	18	25	1.96
8708422--8708473	15	3.4	15	68	5	50	30	9	11	48	1.72
8709402--8709437	19	1.9	18	94	5	63	30	5	2	61	1.33
8711347--8711422	30	2.5	29	87	8	107	23	14	31	30	1.94
8714615--8714655	19	2.2	19	90	0	64	41	12	7	39	1.70
8724321--8726407	696	3.0	696	99	0	4140	30	16	20	32	1.95
8727739--8727798	19	3.2	19	87	0	84	43	13	5	38	1.66
8728976--8729144	81	2.1	81	91	3	268	42	14	4	39	1.66
8731312--8731353	18	2.3	19	76	12	52	50	2	0	47	1.14
8734598--8734663	31	2.2	31	86	8	91	54	12	7	25	1.63
8750530--8750645	46	2.6	46	81	2	137	47	13	18	20	1.82
8758248--8758361	12	9.8	12	69	14	60	9	7	27	56	1.57
8758251--8758378	23	5.6	24	78	5	126	10	7	26	56	1.58
8758276--8758369	12	8.1	12	69	15	72	10	6	25	57	1.56
8758549--8758626	41	1.9	40	84	10	104	20	5	12	61	1.50
8758821--8758851	10	3.1	10	100	0	62	12	48	29	9	1.73
8761424--8761482	21	2.8	21	77	10	59	49	23	1	25	1.60
8762595--8762677	42	2.0	42	81	11	98	34	0	1	63	1.02
8762610--8762676	21	3.3	20	76	13	66	32	0	0	67	0.91
8765365--8765408	19	2.3	19	92	0	70	29	22	25	22	1.99
8765373--8765412	19	2.1	19	100	0	80	32	20	20	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8766580--8766619	21	2.0	21	90	5	64	45	10	15	30	1.78
8766616--8766640	13	1.9	13	100	0	50	48	12	16	24	1.79
8767891--8767943	12	4.1	13	75	15	56	1	37	0	60	1.08
8775408--8775436	5	5.8	5	100	0	58	58	20	0	20	1.39
8776342--8776367	7	3.7	7	100	0	52	69	15	0	15	1.20
8779420--8779460	16	2.5	17	84	8	57	68	0	0	31	0.90
8779423--8779482	20	2.9	21	80	9	70	66	1	5	26	1.21
8783148--8783186	21	1.9	20	84	5	51	38	20	17	23	1.93
8783633--8783796	43	3.8	43	83	5	199	35	19	11	33	1.88
8783633--8783796	86	1.9	87	86	8	237	35	19	11	33	1.88
8785587--8785642	21	2.7	21	88	5	78	30	14	23	32	1.94
8791473--8791509	18	2.1	18	100	0	74	16	10	27	45	1.80
8796057--8796100	22	2.0	22	82	8	54	45	2	18	34	1.62
8804727--8804759	17	1.9	17	88	11	50	66	3	12	18	1.36
8805304--8805337	13	2.5	14	85	9	52	67	8	2	20	1.31
8810654--8810722	35	2.0	34	82	2	84	34	14	15	34	1.89
8811222--8811304	31	2.7	31	84	0	103	21	21	28	27	1.99
8811489--8811524	15	2.4	15	90	0	54	27	16	25	30	1.97
8818581--8818617	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
8822244--8822271	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8824151--8824179	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8824766--8824801	6	6.0	6	100	0	72	33	0	16	50	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8841431--8841486	23	2.5	23	77	11	62	60	14	1	23	1.43
8842668--8842730	7	9.1	7	85	3	74	36	25	23	14	1.93
8842665--8842729	34	1.9	34	90	0	103	40	24	21	13	1.90
8842675--8842727	27	2.0	27	84	0	70	39	24	20	15	1.91
8848550--8848605	23	2.5	23	80	8	62	64	12	3	19	1.42
8849187--8849230	13	3.3	13	84	6	61	43	18	22	15	1.88
8865323--8865360	16	2.4	16	86	4	51	28	0	2	68	1.03
8867333--8867387	21	2.5	21	91	5	83	29	10	7	52	1.63
8869036--8869069	13	2.7	12	86	13	50	79	2	0	17	0.86
8871168--8871210	21	2.0	21	86	0	59	11	23	11	53	1.69
8871355--8871416	24	2.7	23	92	2	97	37	0	3	59	1.13
8871562--8871586	7	3.6	7	100	0	50	56	0	44	0	0.99
8872993--8873278	144	2.0	142	97	1	545	35	16	10	37	1.83
8879753--8879790	18	2.1	18	90	0	58	39	23	18	18	1.92
8880232--8880315	40	2.1	40	93	0	141	36	25	20	17	1.94
8882625--8883056	59	7.4	59	88	2	618	32	2	30	34	1.71
8882625--8883056	117	3.7	118	88	3	629	32	2	30	34	1.71
8882625--8883053	176	2.4	175	88	2	653	33	2	30	34	1.71
8882962--8883062	30	3.4	30	69	17	84	26	3	31	37	1.75
8884900--8884965	17	3.9	17	75	15	73	50	4	1	43	1.32
8897686--8897722	17	2.2	17	90	0	56	40	37	0	21	1.54
8906084--8906133	11	3.9	13	82	17	61	42	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8906082--8906133	13	4.3	11	79	15	50	42	0	0	57	0.98
8907028--8907077	26	2.0	25	84	7	66	54	6	0	40	1.25
8907070--8907095	12	2.2	12	100	0	52	69	7	0	23	1.14
8907919--8908017	28	3.4	28	80	9	119	49	1	1	48	1.14
8907940--8908015	27	2.7	28	83	4	109	53	0	1	44	1.08
8908318--8908361	22	2.0	22	82	8	54	45	0	9	45	1.35
8916932--8916974	4	10.8	4	84	0	59	20	32	0	46	1.51
8917778--8917820	17	2.4	18	81	18	54	2	30	4	62	1.28
8919894--8919937	22	2.0	22	81	0	52	72	6	0	20	1.07
8924225--8924283	21	2.8	21	97	0	109	13	16	28	40	1.87
8924267--8924307	21	2.0	21	85	0	55	14	9	29	46	1.77
8926888--8927447	42	13.2	42	83	5	664	21	18	23	36	1.95
8927802--8927846	21	2.1	21	100	0	90	46	0	22	31	1.52
8928073--8928290	50	4.4	49	69	14	140	40	3	10	45	1.55
8927823--8928325	153	3.4	148	86	5	638	43	4	10	41	1.59
8928552--8928646	39	2.4	38	87	3	127	50	20	3	26	1.63
8932862--8932992	17	7.4	17	87	5	163	44	2	0	52	1.19
8932862--8932992	6	22.2	6	70	17	96	44	2	0	52	1.19
8934841--8935177	59	5.7	59	83	3	388	35	24	3	36	1.72
8934824--8935233	30	13.8	30	76	10	317	35	23	3	37	1.73
8934864--8935232	59	6.2	59	81	7	374	35	24	3	36	1.74
8935023--8935348	59	5.5	59	79	9	244	32	23	4	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8935305--8935366	29	2.2	29	88	8	92	33	30	9	25	1.88
8946841--8947128	51	5.7	51	75	10	261	37	20	27	13	1.91
8946890--8947163	100	2.8	100	86	1	390	36	18	28	15	1.92
8946941--8947119	50	3.6	49	75	6	189	36	20	29	13	1.91
8947655--8947719	6	11.2	6	76	12	64	44	1	1	52	1.19
8947653--8947719	17	3.9	17	82	3	89	44	1	1	52	1.19
8949400--8949714	29	10.7	29	78	11	259	35	26	2	34	1.71
8949400--8949831	59	7.3	58	81	7	360	35	26	3	34	1.73
8949462--8949831	29	12.6	28	71	19	104	36	27	2	34	1.70
8949519--8949905	59	6.6	58	85	5	363	36	26	3	34	1.74
8949813--8949907	29	3.2	29	65	19	79	34	23	7	34	1.83
8949489--8950032	59	9.2	59	80	7	353	34	25	4	35	1.76
8949931--8950008	28	2.7	27	77	16	77	33	25	2	38	1.70
8961976--8962164	89	2.1	88	83	7	240	39	18	9	32	1.83
8961976--8962181	88	2.3	88	82	8	240	38	18	10	32	1.85
8962582--8962679	38	2.5	38	82	14	110	30	1	3	65	1.15
8962579--8962680	39	2.6	39	76	17	104	29	0	2	66	1.12
8968446--8968686	90	2.8	88	83	9	314	36	19	9	34	1.85
8969075--8969131	19	3.0	19	70	10	53	28	5	3	63	1.33
8969141--8969173	9	3.8	9	92	8	59	30	0	0	69	0.88
8970654--8970898	89	2.7	87	82	6	285	35	20	10	33	1.86
8971280--8971361	40	2.0	40	84	9	105	35	1	2	60	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8971532--8971694	90	1.8	87	82	8	204	27	7	22	41	1.82
8973057--8973266	91	2.3	89	89	1	312	33	20	12	32	1.90
8973868--8974129	90	2.9	89	75	12	257	35	10	18	35	1.86
8975108--8975153	10	4.5	10	80	2	56	32	2	0	65	1.05
8975107--8975210	20	5.2	20	72	14	81	36	3	1	57	1.28
8975109--8975210	19	5.2	20	75	13	77	36	3	1	57	1.28
8975184--8975222	20	2.0	19	85	5	51	35	5	2	56	1.35
8975418--8975609	90	2.1	89	80	4	208	31	10	21	36	1.87
8979681--8979737	23	2.5	24	80	8	64	45	0	5	49	1.24
8979681--8979737	11	4.9	12	78	8	64	45	0	5	49	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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