genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  31  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7635571--7635633	30	2.3	27	76	23	76	44	0	0	55	0.99
7635573--7635654	31	2.5	33	84	15	125	41	0	0	58	0.98
7635616--7635640	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
7639951--7640204	130	1.9	133	83	8	329	33	17	8	40	1.80
7640204--7640323	63	1.9	64	86	5	172	29	11	10	48	1.73
7642643--7642855	82	2.6	81	91	3	329	33	26	16	23	1.96
7664688--7664733	21	2.2	20	81	7	56	8	15	0	76	1.02
7665759--7665797	19	2.2	17	86	9	51	0	41	2	56	1.13
7671267--7671460	38	5.1	38	84	2	246	13	19	31	35	1.91
7671455--7671551	41	2.4	40	79	5	95	21	16	23	38	1.93
7676037--7676087	26	2.0	26	84	0	66	43	27	13	15	1.85
7677530--7677559	15	2.0	15	93	0	51	33	16	6	43	1.74
7678324--7678373	3	16.7	3	100	0	100	68	0	32	0	0.90
7680227--7680325	34	2.9	34	83	0	135	19	14	30	36	1.91
7682461--7682525	32	2.0	32	93	0	112	40	13	13	32	1.85
7683149--7683181	15	2.2	15	89	10	50	75	3	0	21	0.93
7687978--7688054	16	4.4	16	69	22	57	38	1	2	57	1.21
7687950--7688127	58	3.1	55	73	20	154	39	1	5	53	1.35
7687985--7688076	42	2.2	42	82	7	107	40	2	2	55	1.24
7688016--7688077	21	3.1	19	74	17	61	40	1	0	58	1.08
7690644--7690686	18	2.4	18	80	7	52	51	0	2	46	1.13
7696891--7696916	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7711613--7711643	9	3.4	9	90	0	53	19	9	22	48	1.78
7711814--7711842	1	29.0	1	100	0	58	0	100	0	0	0.00
7715925--7715954	16	1.9	15	93	6	51	23	6	3	66	1.30
7717697--7717729	13	2.5	13	95	0	57	60	9	30	0	1.27
7723007--7723055	21	2.4	19	78	18	53	30	14	24	30	1.94
7728392--7728434	21	2.0	22	82	13	54	48	2	16	32	1.58
7729004--7729038	18	1.9	18	88	11	54	37	2	22	37	1.69
7735726--7735787	25	2.6	24	82	14	67	9	16	4	69	1.33
7737632--7738811	590	2.0	590	90	0	1860	26	20	17	35	1.94
7747705--7747937	30	7.7	30	84	4	206	41	5	18	35	1.72
7747704--7747910	90	2.3	90	80	1	245	42	4	16	36	1.70
7747854--7747965	30	3.7	30	79	12	106	37	7	22	33	1.81
7749625--7750134	42	12.7	42	73	10	278	26	18	25	30	1.98
7749625--7750173	81	6.8	80	80	6	442	26	18	24	30	1.98
7749965--7750283	38	8.2	38	78	9	279	25	19	22	32	1.97
7749625--7750254	161	3.9	160	76	6	480	26	19	24	30	1.98
7749870--7750233	78	4.6	78	81	4	297	26	19	24	29	1.98
7749965--7750283	116	2.7	116	84	4	394	25	19	22	32	1.97
7752352--7752394	11	3.8	11	82	17	61	62	0	2	34	1.08
7752989--7753043	21	2.6	21	97	0	101	25	30	14	29	1.95
7753140--7753707	49	11.6	49	70	7	321	20	25	16	37	1.93
7753099--7753714	98	6.3	98	78	4	580	20	25	15	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7753110--7753714	292	2.1	293	84	2	786	20	25	16	38	1.92
7755520--7755559	15	2.6	16	84	11	57	0	22	0	77	0.77
7755522--7755562	16	2.4	16	84	8	55	0	19	0	80	0.71
7759859--7759994	30	4.6	29	78	9	123	39	6	18	35	1.77
7759916--7760009	30	3.1	29	83	6	89	37	6	23	32	1.80
7761316--7761345	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
7761325--7761423	50	1.9	51	91	4	155	47	5	14	33	1.66
7764708--7764748	16	2.6	16	84	0	55	46	0	2	51	1.14
7768507--7768625	64	2.0	60	83	9	152	51	3	3	42	1.35
7768520--7768669	64	2.4	62	82	10	171	54	2	3	40	1.31
7769862--7769922	27	2.3	27	82	5	70	68	4	4	21	1.27
7769904--7769945	19	2.3	18	84	15	59	71	7	2	19	1.20
7771900--7772074	50	3.5	50	83	3	226	25	18	18	36	1.94
7771930--7772367	101	4.3	100	78	7	408	28	18	17	35	1.94
7774445--7774505	28	2.2	28	85	2	88	26	16	24	32	1.96
7777994--7778124	70	1.9	70	88	3	201	39	6	22	31	1.80
7783553--7783583	13	2.3	14	94	5	55	22	22	16	38	1.92
7783561--7783622	32	1.9	33	93	3	108	24	19	16	40	1.91
7787657--7787700	21	2.0	22	86	4	63	72	6	4	15	1.22
7790463--7790683	109	2.0	109	94	0	388	18	15	27	38	1.91
7797526--7797605	41	2.0	41	92	2	135	62	0	3	33	1.13
7802786--7802836	4	13.0	4	77	4	50	21	1	3	72	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7804954--7805002	25	2.0	25	91	0	80	20	6	10	63	1.47
7813858--7813906	18	2.7	17	78	12	53	67	4	6	22	1.30
7814089--7814166	29	2.6	30	79	2	86	35	2	23	38	1.68
7814137--7814187	21	2.4	21	96	0	93	35	0	27	37	1.57
7814155--7814264	30	3.7	30	84	7	118	34	5	23	36	1.78
7814180--7814278	30	3.4	28	82	12	110	38	7	18	36	1.78
7821014--7821162	30	5.0	30	81	7	169	35	20	8	36	1.82
7820975--7821162	90	2.1	90	83	5	229	36	20	6	36	1.80
7832675--7832776	49	2.1	50	84	1	134	34	18	24	22	1.96
7832689--7832803	49	2.3	50	79	11	139	33	20	22	23	1.97
7832857--7833045	40	4.8	39	71	12	152	30	23	18	27	1.98
7832844--7833045	39	5.1	39	71	15	155	29	25	18	26	1.98
7832844--7833045	79	2.6	79	86	3	289	29	25	18	26	1.98
7834548--7834625	29	2.7	27	80	11	84	46	19	1	33	1.58
7834537--7834721	30	6.2	30	78	6	160	38	19	5	35	1.76
7834523--7834682	59	2.7	58	78	10	164	40	18	4	36	1.71
7834507--7834711	60	3.4	60	74	6	191	38	20	5	36	1.77
7834833--7834872	15	2.7	15	84	3	55	22	2	5	70	1.19
7854687--7854750	24	2.7	24	90	0	92	48	9	4	37	1.56
7860506--7860574	24	2.9	24	86	4	86	46	10	4	39	1.58
7879622--7879670	17	2.9	17	87	6	73	53	12	20	14	1.73
7879621--7879677	17	3.4	17	82	7	71	50	12	22	14	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7887188--7887242	21	2.7	20	78	13	67	65	1	21	10	1.33
7892905--7893068	82	2.0	82	91	0	265	31	10	21	35	1.89
7898244--7898453	40	5.3	39	73	9	167	29	23	18	29	1.98
7898323--7898490	40	4.2	40	75	11	141	32	20	16	30	1.94
7898285--7898453	79	2.1	80	84	5	218	28	23	18	28	1.98
7898242--7898519	119	2.3	119	84	3	337	30	23	17	28	1.97
7898408--7898615	79	2.6	78	79	10	215	33	24	14	27	1.95
7898242--7898572	119	2.8	119	81	4	267	31	23	16	28	1.97
7899224--7899370	63	2.4	59	87	7	199	41	0	2	55	1.16
7900501--7900793	60	4.9	59	82	5	338	40	21	1	36	1.64
7900501--7900796	121	2.5	121	86	5	386	39	21	2	36	1.65
7900501--7900793	30	9.7	30	82	6	306	40	21	1	36	1.64
7908270--7908321	15	3.4	15	80	17	54	50	34	5	9	1.59
7908346--7908398	11	4.8	11	77	9	54	16	22	28	32	1.96
7908348--7908398	22	2.3	22	86	0	66	17	21	27	33	1.96
7908406--7908462	6	8.8	6	74	14	51	17	14	21	47	1.82
7908399--7908462	13	4.9	13	79	9	60	17	15	21	45	1.85
7908398--7908473	20	3.8	20	79	10	84	15	17	22	44	1.86
7908412--7908471	27	2.2	27	82	5	77	16	16	21	45	1.86
7908392--7908473	40	2.0	40	86	4	112	15	17	21	45	1.85
7915602--7915654	7	7.7	7	82	4	54	22	24	20	32	1.98
7915617--7915660	20	2.2	20	87	0	61	22	25	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7918523--7918569	21	2.2	21	85	7	60	31	19	12	36	1.89
7919294--7919699	193	2.1	196	81	3	482	26	25	18	29	1.98
7921384--7921434	22	2.3	22	96	0	93	41	13	3	41	1.63
7927162--7927391	51	4.5	51	89	2	320	30	23	13	31	1.94
7932312--7932365	21	2.4	22	79	17	58	38	25	7	27	1.83
7932326--7932368	21	2.0	22	86	4	61	37	25	6	30	1.82
7933000--7933226	51	4.5	51	90	1	339	32	23	12	31	1.92
7940313--7940545	51	4.6	51	90	3	346	28	23	15	32	1.95
7943433--7943475	19	2.4	18	85	14	54	37	2	2	58	1.24
7943543--7943577	15	2.4	14	86	9	52	48	37	5	8	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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