genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2194955--2195108	56	2.8	56	87	0	227	46	14	7	31	1.72
2202068--2202100	15	2.1	16	88	5	50	69	0	15	15	1.19
2205388--2205442	28	2.0	28	85	7	76	27	14	25	32	1.95
2205405--2205473	28	2.5	28	85	4	86	28	17	21	31	1.96
2208933--2209032	26	3.8	26	83	0	110	27	19	21	33	1.97
2210622--2210650	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
2222681--2222726	20	2.3	20	82	14	51	36	13	0	50	1.41
2228295--2228352	30	2.0	30	83	12	77	63	1	1	32	1.14
2231663--2231743	30	2.7	29	81	11	83	35	4	11	48	1.60
2239295--2239478	92	2.0	92	100	0	368	26	14	23	35	1.93
2239830--2240018	62	2.8	67	85	7	244	43	0	3	52	1.19
2240011--2240039	13	2.2	13	100	0	58	65	20	0	13	1.26
2242140--2242235	30	3.2	30	71	19	92	38	1	26	34	1.63
2242164--2242329	29	5.7	29	71	23	125	33	3	31	32	1.73
2242141--2242330	59	3.3	59	88	4	278	34	2	28	34	1.71
2243115--2243145	14	2.2	14	94	0	53	0	16	0	83	0.64
2243492--2243549	10	6.1	10	71	16	52	44	0	0	55	0.99
2243494--2243528	13	2.5	14	90	9	54	42	0	0	57	0.99
2244444--2244506	16	3.8	17	75	6	67	55	4	0	39	1.21
2244447--2244499	27	2.0	27	84	0	70	56	5	0	37	1.23
2255668--2255827	50	3.2	49	79	5	178	35	18	23	23	1.96
2255843--2256149	40	7.8	40	75	8	263	29	28	18	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2255843--2256150	79	3.9	78	84	3	395	29	28	18	23	1.98
2255853--2256144	156	1.9	157	86	3	419	29	28	18	22	1.98
2259292--2259336	22	2.1	22	87	4	65	13	11	20	55	1.68
2270989--2271031	3	14.3	3	95	0	77	30	0	37	32	1.58
2272359--2272404	17	2.6	17	86	10	58	41	2	2	54	1.25
2272433--2272487	24	2.3	23	79	14	58	47	0	0	52	1.00
2272770--2273220	246	1.8	246	85	0	634	44	9	11	35	1.73
2282630--2282706	38	2.0	38	100	0	154	31	10	10	48	1.71
2289279--2289332	26	2.1	25	86	10	74	38	1	18	40	1.61
2289103--2289435	172	1.9	171	84	3	445	43	9	10	36	1.73
2302135--2302436	84	3.6	84	88	2	446	47	3	5	43	1.45
2302129--2302436	167	1.8	167	91	0	463	47	3	5	43	1.46
2302361--2302503	67	2.1	67	90	0	223	47	4	3	44	1.41
2302275--2302587	151	2.1	151	93	1	536	47	4	4	43	1.44
2302388--2302499	35	3.3	34	71	16	97	48	6	4	41	1.48
2302428--2303960	84	18.3	84	87	3	2043	46	3	5	44	1.45
2302428--2303970	167	9.2	168	89	2	2070	46	3	5	44	1.45
2302428--2303960	251	6.1	252	87	2	2093	46	3	5	44	1.45
2304074--2304122	12	3.8	12	75	19	53	38	6	4	51	1.46
2304074--2304131	28	2.1	28	83	0	71	41	8	3	46	1.51
2307849--2308121	120	2.3	121	82	4	320	40	16	18	25	1.90
2307901--2308187	60	4.8	61	76	5	262	39	16	19	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2307849--2308172	121	2.7	121	81	6	309	38	15	18	26	1.91
2308790--2309447	59	10.9	60	76	8	487	37	15	18	29	1.91
2308765--2309447	120	5.7	120	78	8	474	37	14	17	29	1.90
2308975--2309438	181	2.5	179	85	5	626	35	16	18	28	1.93
2309944--2310426	61	8.0	59	76	12	326	39	14	18	28	1.89
2310919--2311273	60	5.9	60	73	9	217	40	14	15	29	1.87
2311003--2311286	60	4.7	61	76	10	262	39	15	15	29	1.88
2310919--2311286	122	3.1	118	81	7	370	39	15	16	29	1.89
2325653--2325699	24	2.0	24	100	0	94	55	6	12	25	1.61
2332102--2332155	28	1.9	28	88	0	81	25	22	11	40	1.87
2339316--2339744	59	7.3	57	84	7	536	35	3	28	32	1.73
2339347--2339745	29	13.6	27	67	25	174	35	3	29	32	1.74
2339311--2339744	30	14.8	28	67	24	143	35	3	29	32	1.74
2339311--2339742	118	3.7	118	88	3	602	35	3	28	32	1.74
2341302--2341385	17	4.8	17	76	4	87	52	5	2	39	1.39
2343662--2343699	17	2.4	17	91	8	62	60	0	5	34	1.19
2350523--2350557	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
2353307--2353372	29	2.3	29	75	0	69	31	3	27	37	1.72
2353321--2353668	29	11.9	29	77	6	224	35	3	25	36	1.73
2353350--2353668	59	5.5	59	77	10	257	36	3	24	36	1.71
2353462--2353659	30	6.7	30	75	10	115	37	2	21	38	1.67
2354666--2354711	15	3.0	16	82	17	62	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2355291--2355393	52	2.0	52	98	0	197	43	5	8	41	1.59
2355370--2355449	17	4.6	17	96	1	142	58	0	1	40	1.06
2355359--2355453	6	16.3	6	73	14	83	58	0	2	38	1.10
2355359--2355442	11	7.9	11	75	18	63	58	0	2	39	1.11
2357365--2357404	18	2.2	19	86	4	55	35	7	20	37	1.81
2368587--2368613	12	2.2	12	100	0	54	37	11	25	25	1.89
2369910--2369957	21	2.3	20	86	10	62	60	0	4	35	1.16
2375413--2375583	81	2.1	81	83	0	216	21	17	24	36	1.94
2375636--2375870	82	2.9	82	88	3	330	25	17	24	32	1.97
2378639--2378677	6	6.5	6	87	0	51	46	0	30	23	1.53
2380000--2380048	21	2.3	22	85	3	64	22	18	32	26	1.97
2384381--2384722	30	11.5	30	77	9	164	33	23	3	38	1.73
2384427--2384654	90	2.6	88	82	8	268	33	23	3	39	1.70
2384399--2384723	59	5.5	60	75	8	254	33	24	3	37	1.73
2384399--2384704	30	10.3	30	76	7	241	33	24	3	38	1.73
2384583--2384788	29	7.0	29	75	7	110	33	25	3	36	1.74
2387276--2387379	6	17.8	6	67	19	60	42	3	1	51	1.31
2387288--2387367	17	4.9	16	76	14	74	38	5	1	55	1.30
2387282--2387313	11	2.9	11	95	0	55	40	0	0	59	0.97
2387276--2387330	28	1.9	29	85	3	76	41	3	1	52	1.29
2389326--2389446	29	4.1	29	79	16	99	38	25	2	33	1.69
2389366--2389557	58	3.3	59	87	5	291	33	28	2	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2389366--2389592	116	1.9	117	87	4	334	32	29	4	33	1.77
2389366--2389585	58	3.8	57	84	6	255	33	28	4	34	1.76
2391097--2391129	17	2.0	17	88	5	50	36	0	9	54	1.32
2391098--2391186	44	2.0	44	86	2	126	37	7	3	51	1.48
2393880--2393949	34	2.1	33	89	2	104	51	2	28	17	1.59
2405295--2405343	24	2.0	26	88	8	75	42	4	6	46	1.47
2406904--2406942	19	2.1	19	90	0	60	35	15	5	43	1.69
2408403--2408434	4	8.5	4	86	13	50	78	0	0	21	0.76
2409447--2409490	17	2.6	18	85	10	65	36	0	4	59	1.18
2409483--2409519	17	2.2	17	95	0	65	32	2	10	54	1.49
2409492--2409521	11	2.6	11	94	5	51	40	0	10	50	1.36
2410226--2410275	20	2.6	20	87	6	68	52	0	8	40	1.31
2410881--2410923	22	1.9	22	85	4	59	69	0	13	16	1.19
2411356--2411606	30	8.4	30	75	10	196	36	23	2	37	1.68
2411356--2411553	61	3.3	60	76	10	201	37	22	2	37	1.68
2411356--2411553	91	2.2	89	78	9	206	37	22	2	37	1.68
2411447--2411665	59	3.7	57	79	10	196	36	27	2	33	1.71
2411504--2411665	59	2.7	59	87	1	227	34	30	2	32	1.71
2418360--2418507	51	2.9	50	69	15	133	39	22	26	11	1.88
2418312--2418507	101	1.9	101	87	2	286	37	21	27	12	1.90
2418767--2419013	40	5.6	40	66	26	133	36	14	16	33	1.89
2418521--2420223	92	18.5	92	92	2	2744	36	14	16	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2420468--2420511	17	2.6	18	85	10	65	36	0	4	59	1.18
2422340--2422656	30	10.7	29	83	7	354	38	23	1	36	1.66
2422362--2422656	90	3.3	89	88	3	398	37	23	2	36	1.66
2422340--2422782	30	14.9	29	77	11	275	36	25	2	35	1.70
2426011--2426081	33	2.2	33	97	0	133	32	0	28	39	1.57
2436534--2436575	20	2.1	19	86	8	57	52	14	7	26	1.67
2437648--2437689	20	2.1	19	86	8	57	52	14	7	26	1.67
2439729--2439786	29	2.0	30	86	3	82	41	13	5	39	1.67
2444914--2446951	679	3.0	679	99	0	4067	26	16	23	33	1.96
2453268--2453343	17	4.4	17	75	8	64	44	1	2	51	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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