genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  94  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22020532--22020598	32	2.1	32	91	0	107	29	28	2	38	1.72
22020486--22020662	94	1.9	94	92	0	300	33	26	5	34	1.79
22020626--22020662	16	2.3	16	90	0	56	29	29	5	35	1.80
22020678--22020723	16	2.9	16	86	0	65	41	4	28	26	1.74
22020679--22020733	16	3.4	16	74	20	53	40	5	27	27	1.78
22020896--22020993	26	3.6	26	71	15	72	52	2	1	44	1.19
22020905--22021062	57	2.7	58	86	9	205	51	1	1	45	1.17
22022397--22022469	31	2.4	31	88	0	110	34	12	10	42	1.78
22023874--22023902	9	3.2	9	100	0	58	75	0	0	24	0.80
22025262--22025305	23	1.9	23	90	0	70	52	2	9	36	1.46
22026139--22026169	14	2.1	15	94	5	55	29	0	0	70	0.87
22026137--22026222	17	4.9	17	72	17	52	34	0	0	65	0.93
22026165--22026220	18	2.9	19	73	7	60	37	0	0	62	0.95
22028048--22028086	18	2.1	19	86	13	55	64	0	0	35	0.94
22028798--22028917	28	4.5	28	69	13	74	58	2	2	36	1.25
22033623--22033648	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
22036765--22036804	9	4.6	9	96	3	73	42	0	0	57	0.98
22042288--22042329	17	2.4	18	80	15	52	23	21	0	54	1.44
22044060--22044098	19	2.1	19	95	0	69	35	23	20	20	1.96
22047655--22047744	34	2.6	34	92	0	144	18	37	2	41	1.63
22047655--22047712	17	3.4	17	74	25	59	18	41	1	37	1.61
22047689--22047751	17	3.7	17	72	16	58	19	31	1	47	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22048380--22048405	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22051597--22051671	11	6.8	11	71	0	51	26	25	25	22	2.00
22051610--22051670	22	2.8	22	76	0	59	27	26	22	22	1.99
22051599--22051671	33	2.2	33	82	0	83	27	24	24	23	2.00
22054753--22054803	21	2.5	20	78	6	50	54	7	7	29	1.57
22064044--22064168	23	5.4	23	77	8	94	15	18	22	44	1.87
22064060--22064166	46	2.3	46	83	0	124	14	17	23	43	1.86
22067678--22067724	25	1.9	25	91	4	78	72	2	2	23	1.06
22072715--22072740	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
22080513--22080550	16	2.3	17	95	4	69	52	0	13	34	1.40
22082917--22082958	19	2.2	19	87	8	59	59	0	0	40	0.97
22082919--22082970	25	2.1	25	92	0	86	61	0	1	36	1.07
22083154--22083204	22	2.3	23	80	12	61	35	0	3	60	1.15
22083346--22083374	9	3.2	9	100	0	58	20	0	10	68	1.18
22093672--22093708	8	4.6	8	96	0	65	40	0	0	59	0.97
22097624--22097717	49	1.9	49	86	4	136	39	2	19	39	1.63
22105037--22105076	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
22105444--22105508	18	3.6	18	77	10	69	32	4	0	63	1.15
22114185--22114330	29	5.0	29	82	1	148	32	5	26	34	1.80
22116386--22116444	6	10.0	6	72	17	52	50	3	3	42	1.35
22116386--22116425	17	2.4	16	91	4	62	50	0	2	47	1.14
22117063--22118125	92	11.6	91	93	1	1714	32	18	15	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22118260--22118413	51	3.1	51	69	15	131	14	28	21	35	1.92
22118271--22118495	101	2.2	101	88	0	317	13	26	22	38	1.91
22118271--22118542	50	5.4	50	70	9	180	12	25	22	39	1.89
22125516--22125710	29	6.7	30	82	9	192	33	4	25	36	1.75
22125524--22125714	58	3.3	57	86	4	233	32	4	26	36	1.76
22125524--22125710	87	2.1	87	86	4	252	33	4	25	36	1.76
22127175--22127209	13	2.7	13	95	0	61	28	11	22	37	1.89
22127240--22127318	6	13.3	6	71	17	58	50	3	3	41	1.38
22127274--22127318	17	2.6	17	92	0	72	53	0	2	44	1.13
22127275--22127324	11	4.4	11	77	7	55	50	2	2	46	1.24
22130140--22130189	11	4.6	11	75	5	57	44	4	0	52	1.20
22133932--22133975	19	2.3	19	77	14	54	65	11	0	22	1.24
22134091--22134130	17	2.5	16	84	11	55	35	0	7	57	1.27
22134973--22135033	19	3.1	20	79	18	74	59	0	1	39	1.08
22134963--22135016	28	1.9	28	88	7	83	62	0	0	37	0.95
22136156--22136201	9	5.1	9	89	0	56	41	32	23	2	1.67
22136169--22136202	3	11.3	3	93	0	59	35	32	32	0	1.58
22136158--22136198	12	3.4	12	89	0	55	39	34	24	2	1.69
22139717--22139780	31	2.1	31	84	0	83	34	10	9	45	1.72
22147575--22147639	27	2.4	27	89	0	94	40	23	15	21	1.91
22150151--22150206	6	9.7	6	88	7	89	16	82	0	1	0.76
22153074--22153102	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22155666--22155707	21	2.0	22	85	4	59	9	11	16	61	1.55
22157491--22157908	209	2.0	209	99	0	827	21	21	24	33	1.97
22161770--22161866	51	1.9	51	86	0	140	25	31	19	22	1.98
22162626--22162667	15	2.9	15	78	3	50	54	4	0	40	1.21
22162626--22162682	29	2.0	29	83	13	73	50	5	1	42	1.35
22164019--22164053	17	2.1	17	100	0	70	54	17	17	11	1.71
22164961--22165099	40	3.5	39	84	2	172	35	30	17	16	1.92
22164945--22165097	80	1.9	79	86	4	218	37	30	15	16	1.90
22168304--22168449	23	6.3	23	81	9	147	10	25	21	41	1.86
22168305--22168449	69	2.1	69	82	12	174	11	25	21	42	1.86
22170232--22170272	21	2.0	21	85	0	55	31	7	12	48	1.68
22170629--22170893	131	2.0	131	100	0	530	39	15	9	35	1.80
22170872--22170899	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22173266--22173301	7	5.1	7	90	9	56	27	0	0	72	0.85
22191626--22191672	16	2.8	17	90	6	69	38	2	4	55	1.31
22191665--22191692	13	2.2	13	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22193637--22193667	6	5.2	6	92	0	53	16	32	32	19	1.94
22194094--22194134	6	6.8	6	83	10	57	17	2	14	65	1.37
22194207--22194283	26	2.9	26	76	3	73	57	9	1	32	1.38
22197175--22197238	27	2.4	27	100	0	128	23	40	21	14	1.90
22197515--22197556	15	2.8	15	81	0	57	21	0	11	66	1.23
22197599--22197687	27	3.3	27	92	6	146	17	33	32	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22197952--22197985	17	2.1	17	88	5	52	44	5	8	41	1.60
22198173--22198222	19	2.4	21	81	18	61	34	2	6	58	1.34
22198174--22198222	20	2.6	19	84	9	64	34	2	6	57	1.35
22199028--22203030	214	18.7	214	95	0	7138	32	13	11	42	1.80
22199028--22203030	855	4.7	856	96	0	7138	32	13	11	42	1.80
22209066--22209266	51	3.9	51	91	0	276	31	12	21	33	1.91
22210042--22210092	21	2.4	21	83	6	68	33	27	11	27	1.92
22210172--22210544	201	1.9	191	83	7	471	24	28	19	27	1.99
22212773--22212813	21	2.0	21	85	0	55	36	7	17	39	1.77
22218527--22218647	60	2.0	60	90	0	188	31	14	21	33	1.93
22218587--22218686	51	2.0	51	93	0	173	27	16	25	32	1.96
22223831--22223860	15	2.0	15	100	0	60	60	0	0	40	0.97
22225816--22225891	29	2.6	30	85	6	93	42	3	19	34	1.70
22225844--22225957	30	3.8	30	85	6	133	40	0	21	37	1.59
22226894--22226923	11	2.7	11	94	0	51	26	0	3	70	1.03
22228120--22228210	48	1.9	47	93	2	155	20	23	14	41	1.89
22228242--22228333	48	1.9	48	90	0	148	20	23	16	39	1.92
22228252--22228418	85	2.0	85	87	0	244	22	23	16	37	1.93
22228130--22228788	208	3.2	208	87	1	919	23	20	17	38	1.93
22228459--22228625	85	2.0	85	85	0	226	25	21	16	36	1.94
22228662--22228928	140	1.9	139	91	2	437	23	22	16	36	1.94
22228462--22229135	348	1.9	348	90	0	1062	24	21	16	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22228801--22229249	208	2.2	208	87	2	625	23	21	15	39	1.91
22229073--22229412	160	2.1	160	83	1	448	22	20	16	40	1.91
22228246--22229619	556	2.4	550	83	5	1612	23	21	16	39	1.92
22229238--22229628	208	1.9	208	88	0	593	23	21	16	39	1.92
22229385--22229542	85	1.9	85	83	2	210	22	25	13	39	1.90
22228865--22229620	368	2.1	368	86	1	1086	23	21	16	39	1.92
22236455--22236481	12	2.2	12	100	0	54	40	14	37	7	1.74
22238199--22238407	30	7.0	29	79	9	190	38	1	23	35	1.66
22238232--22238407	30	5.9	30	84	5	214	38	1	24	35	1.66
22238923--22238964	22	2.0	22	90	4	68	28	26	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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