genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   

This is table  70  of  144  ( 17169 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14610258--14610443	62	3.0	61	89	3	282	25	18	17	38	1.93
14609484--14610659	555	2.1	554	87	3	1639	28	17	14	39	1.89
14610595--14610783	62	3.0	62	87	0	261	28	18	14	38	1.90
14610040--14612016	340	5.8	339	75	11	1823	28	17	15	39	1.90
14610720--14611214	215	2.3	215	81	2	591	28	17	14	38	1.90
14608282--14611338	895	3.5	895	84	6	3865	27	17	15	39	1.90
14611160--14611462	62	4.9	62	96	0	525	26	19	15	39	1.91
14611614--14611802	62	3.0	62	89	0	288	26	17	16	38	1.92
14611738--14612232	215	2.3	215	85	5	644	29	17	13	38	1.89
14612178--14612356	62	2.9	62	89	1	270	26	17	15	40	1.89
14611953--14612634	340	2.0	339	86	3	942	28	17	14	39	1.89
14612508--14612634	62	2.0	62	87	0	182	28	18	15	37	1.91
14612230--14612849	278	2.2	278	87	1	877	29	16	14	39	1.88
14614967--14615005	17	2.3	17	81	0	51	17	10	25	46	1.80
14622364--14622697	172	1.9	173	88	2	499	26	16	16	40	1.89
14635180--14635221	13	3.4	13	80	6	52	64	0	0	35	0.94
14635225--14635282	19	3.1	19	75	9	55	50	6	3	39	1.46
14645545--14645641	31	3.1	31	86	0	131	40	11	13	35	1.80
14647674--14647727	23	2.3	23	90	0	90	11	18	24	46	1.81
14648824--14648934	40	2.8	40	80	5	127	21	18	21	38	1.93
14650096--14650150	21	2.6	21	94	0	92	34	25	14	25	1.94
14654048--14654223	79	2.2	79	85	1	235	21	20	26	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14654048--14654250	80	2.6	78	81	3	244	21	20	27	31	1.98
14661784--14661834	21	2.4	21	93	0	84	33	23	17	25	1.96
14661799--14661851	21	2.5	20	85	11	63	28	32	11	28	1.91
14661883--14661930	23	2.1	23	92	0	78	31	18	14	35	1.91
14681997--14682051	24	2.2	24	84	9	67	49	9	14	27	1.73
14689974--14690016	22	2.0	22	100	0	86	32	18	11	37	1.87
14695888--14695922	15	2.4	15	90	4	54	14	14	5	65	1.44
14696859--14696917	21	3.0	18	77	18	55	47	6	0	45	1.29
14696859--14696915	22	2.8	21	82	10	57	45	7	0	47	1.30
14696924--14696962	19	2.0	20	90	5	62	38	0	0	61	0.96
14696926--14696977	25	2.1	25	85	7	70	38	1	0	59	1.08
14697896--14698053	80	2.0	79	93	1	271	27	14	20	37	1.92
14698495--14698631	48	2.9	48	92	3	224	52	14	8	24	1.70
14705145--14705288	48	3.0	46	79	14	150	51	14	10	23	1.73
14705160--14705288	48	2.7	48	87	1	179	53	14	9	22	1.69
14715073--14715164	38	2.4	38	79	0	121	21	27	7	43	1.79
14716815--14716886	5	14.4	5	80	9	58	79	2	12	5	1.02
14716815--14716871	20	2.8	20	82	12	71	80	3	12	3	0.96
14718091--14718125	18	1.9	18	88	0	52	45	11	20	22	1.82
14721380--14721529	74	2.0	74	86	0	210	32	14	16	36	1.89
14722979--14723027	16	3.0	16	79	8	55	28	2	4	65	1.22
14723415--14723462	21	2.3	21	82	13	55	37	2	0	60	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14726121--14726182	33	1.9	32	90	3	97	45	12	19	22	1.84
14731708--14731740	13	2.6	13	90	4	50	69	3	0	27	1.03
14732447--14732513	30	2.3	28	82	10	73	38	17	4	38	1.70
14732532--14732614	29	2.8	29	75	8	71	26	20	6	46	1.73
14732750--14732791	14	3.0	14	80	13	50	19	0	7	73	1.05
14732951--14733258	109	2.9	105	83	3	352	30	13	18	37	1.90
14735049--14735096	24	2.0	24	83	0	60	50	14	8	27	1.71
14741145--14741176	14	2.3	15	89	10	50	50	0	3	46	1.17
14745259--14745299	18	2.3	18	95	4	75	39	17	0	43	1.49
14749304--14749395	28	3.3	28	90	0	139	31	15	31	21	1.94
14753680--14754103	211	2.0	211	93	0	733	30	18	13	36	1.90
14775683--14775722	20	1.9	22	85	10	57	35	7	5	52	1.51
14779261--14779303	18	2.4	18	80	7	52	51	0	2	46	1.13
14782858--14782932	35	2.2	35	92	2	125	26	17	0	56	1.42
14783221--14783245	9	2.8	9	100	0	50	36	24	12	28	1.91
14784700--14784742	20	2.2	20	83	4	52	79	4	4	11	1.04
14785880--14786030	29	5.2	29	72	12	103	22	18	19	39	1.92
14785979--14786028	17	3.2	16	73	26	54	18	10	22	50	1.76
14785979--14786046	29	2.3	29	85	5	84	17	11	22	48	1.79
14789578--14789676	17	5.9	17	76	2	94	37	3	5	54	1.38
14789640--14789683	22	2.0	23	86	4	63	40	2	0	56	1.11
14789575--14789685	6	19.5	6	72	13	65	40	3	4	51	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14790180--14790323	73	2.0	73	97	0	270	29	18	13	37	1.90
14791470--14791567	30	3.3	30	77	11	101	34	22	3	39	1.70
14791477--14791568	31	3.0	31	76	12	100	33	22	2	41	1.66
14791479--14791764	29	9.8	30	70	15	143	31	24	2	40	1.69
14791595--14791763	58	2.9	59	87	4	247	30	27	2	39	1.71
14791535--14791700	87	1.9	89	81	7	205	31	22	1	43	1.63
14791595--14791803	116	1.8	115	79	11	248	31	26	3	38	1.74
14802764--14802793	12	2.6	12	94	5	53	53	40	0	6	1.27
14808329--14808391	33	2.0	30	82	17	74	15	4	4	74	1.16
14812499--14812573	31	2.3	31	78	15	80	4	29	1	65	1.19
14812525--14812581	31	1.9	28	86	10	78	3	28	1	66	1.18
14812556--14812603	20	2.3	20	85	3	60	6	20	0	72	1.05
14817363--14817407	24	2.0	21	87	12	63	71	0	13	15	1.15
14821247--14821518	135	2.0	135	99	0	535	34	2	35	27	1.71
14823928--14823993	28	2.3	29	82	7	82	63	0	10	25	1.26
14826338--14826393	21	2.7	21	94	0	94	19	19	28	32	1.97
14836135--14836173	17	2.1	18	86	13	53	17	23	0	58	1.38
14841282--14841325	23	1.9	23	86	9	63	29	2	9	59	1.41
14849932--14849983	22	2.3	23	74	9	54	53	0	1	44	1.11
14858004--14858988	49	20.2	49	70	9	611	38	20	25	16	1.92
14858004--14858965	97	9.9	97	88	2	1153	38	20	24	16	1.92
14859249--14859464	39	5.6	39	72	5	143	23	31	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14859970--14860054	17	5.0	17	73	2	73	36	2	5	55	1.37
14859978--14860042	34	1.9	34	90	0	103	32	3	7	56	1.43
14861786--14861955	30	5.7	31	75	12	126	30	24	5	39	1.79
14861816--14862186	59	6.3	57	78	8	311	30	22	5	40	1.77
14861820--14862186	118	3.1	118	80	6	395	31	22	5	40	1.77
14862006--14862243	29	8.2	28	72	15	123	32	23	6	37	1.80
14862140--14862216	28	2.7	30	76	15	81	35	25	5	33	1.79
14863820--14864004	98	1.9	98	90	0	298	38	15	17	28	1.90
14864135--14864182	15	3.2	16	82	11	57	70	4	8	16	1.27
14864289--14864527	30	8.0	31	81	8	239	35	2	26	35	1.70
14864289--14864522	59	4.0	60	80	8	246	35	2	26	35	1.69
14866252--14866395	17	8.4	17	90	0	225	57	3	0	38	1.16
14866252--14866395	34	4.2	34	96	0	261	57	3	0	38	1.16
14866764--14867688	39	23.7	39	71	9	256	25	20	30	23	1.98
14866802--14867649	78	10.8	77	71	8	421	25	20	30	23	1.98
14866760--14867649	117	7.6	116	74	9	541	25	20	30	23	1.98
14879572--14880007	30	14.9	29	80	6	327	36	2	25	35	1.72
14879600--14880007	59	7.0	57	79	7	310	36	2	25	35	1.71
14879668--14879915	89	2.8	87	86	4	334	37	1	24	36	1.66
14879600--14879994	89	4.5	87	77	11	229	36	3	24	35	1.71
14881754--14881804	6	8.7	6	80	4	59	58	1	0	39	1.09
14881745--14881815	17	4.1	17	90	3	106	59	2	1	36	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14881745--14881815	35	2.1	34	89	2	106	59	2	1	36	1.21
14883576--14883610	18	1.9	18	100	0	70	37	0	0	62	0.95
14893536--14893626	26	3.5	26	83	3	112	34	21	17	26	1.96
14899440--14899477	16	2.3	17	86	4	51	18	13	10	57	1.63
14909158--14909192	17	1.9	19	88	11	56	60	34	0	5	1.21
14912940--14913029	43	2.1	42	91	4	153	28	8	6	55	1.56
14914954--14915002	18	2.8	18	84	3	64	2	20	2	75	1.00
14917517--14917573	16	3.4	16	68	17	53	14	10	33	42	1.79
14917511--14917580	34	2.1	34	100	0	140	17	11	28	42	1.83
14929916--14929973	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144