genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  85  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19548548--19548595	23	2.1	23	96	0	87	16	6	22	54	1.65
19560446--19560548	23	4.5	23	83	0	134	45	13	2	37	1.59
19560446--19560548	46	2.2	46	87	3	154	45	13	2	37	1.59
19565703--19565873	85	2.0	85	97	0	324	33	18	16	30	1.94
19570152--19570181	3	10.0	3	100	0	60	33	33	0	33	1.58
19570247--19570290	6	7.3	6	100	0	88	15	0	52	31	1.44
19570289--19570326	18	2.1	18	95	0	67	21	0	44	34	1.52
19570759--19570794	12	2.6	15	75	25	51	16	44	11	27	1.82
19570766--19570792	12	2.2	12	100	0	54	14	37	11	37	1.82
19571095--19571176	9	8.8	9	73	16	53	40	31	2	25	1.69
19571112--19571178	12	5.6	12	74	0	62	40	29	2	26	1.71
19571105--19571178	3	23.7	3	71	13	51	39	31	2	27	1.70
19571095--19571173	18	4.4	18	79	6	79	40	31	2	25	1.69
19571366--19571394	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
19571411--19571448	3	12.7	3	83	10	51	2	2	26	68	1.16
19572137--19572169	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
19572207--19572235	6	4.8	6	100	0	58	34	17	34	13	1.89
19572964--19573003	21	1.9	21	89	0	62	35	0	0	65	0.93
19574023--19574070	21	2.3	20	83	13	62	68	2	22	6	1.23
19580543--19580583	16	2.4	18	80	15	52	63	4	0	31	1.15
19583024--19583118	46	2.1	46	100	0	190	34	7	16	41	1.77
19584675--19584713	16	2.4	16	83	8	53	46	0	2	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19584738--19584795	21	2.7	22	83	5	73	36	0	1	62	1.06
19588328--19588397	34	2.1	34	83	5	88	32	20	12	34	1.90
19592665--19592725	30	2.0	30	100	0	122	45	29	6	18	1.74
19594933--19594984	21	2.3	23	80	9	63	1	34	0	63	1.06
19597720--19597768	22	2.2	22	82	7	64	59	10	8	22	1.56
19605634--19605814	61	3.0	61	87	0	245	33	9	25	31	1.88
19605656--19605812	29	5.1	32	64	18	98	34	7	26	31	1.84
19610242--19610273	16	1.9	17	93	6	57	65	3	6	25	1.31
19622282--19622315	15	2.3	15	89	0	50	52	8	0	38	1.33
19626074--19626265	51	3.8	51	86	2	242	31	13	23	32	1.92
19626081--19626265	102	1.8	102	87	0	280	30	13	23	32	1.93
19633195--19633428	51	4.6	51	84	3	283	29	14	24	30	1.95
19633200--19633382	101	1.8	101	90	0	294	30	13	25	31	1.94
19634826--19634998	24	7.3	23	82	7	152	30	25	20	23	1.98
19634859--19634999	24	5.9	24	89	3	214	28	24	21	25	1.99
19634834--19634999	48	3.5	47	89	5	219	29	25	20	24	1.99
19634988--19635061	27	2.7	26	87	8	103	35	24	20	20	1.96
19639118--19639218	23	4.3	23	77	8	96	36	25	15	21	1.93
19639126--19639266	24	5.9	23	77	8	122	31	24	19	24	1.98
19639151--19639267	47	2.5	48	87	4	157	29	22	20	27	1.98
19639249--19639352	27	3.8	27	85	1	127	32	23	19	25	1.97
19651276--19651306	4	7.8	4	92	0	53	22	3	0	74	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19651275--19651317	16	2.9	14	83	16	59	20	2	0	76	0.89
19652953--19653025	35	2.2	33	90	5	110	28	9	9	52	1.66
19654396--19654438	22	1.9	23	90	4	70	11	20	46	20	1.82
19665527--19665576	20	2.5	20	81	15	50	42	0	16	42	1.47
19672601--19672650	20	2.5	20	81	15	50	42	0	16	42	1.47
19674372--19674441	25	2.8	25	97	2	133	21	8	27	42	1.81
19679807--19679991	40	4.6	40	82	4	194	32	20	17	29	1.95
19684599--19684646	17	2.8	17	90	0	69	18	14	12	54	1.71
19685700--19685757	26	2.2	26	84	6	73	32	18	20	27	1.97
19687465--19687564	25	4.0	25	78	1	83	26	17	23	34	1.96
19687516--19687572	26	2.2	26	90	0	87	22	22	26	28	1.99
19688749--19688799	20	2.5	20	87	9	68	27	0	19	52	1.46
19688763--19688795	16	2.1	16	94	0	57	27	0	21	51	1.48
19689154--19689412	128	2.0	128	90	3	405	30	10	14	43	1.80
19691490--19691518	14	2.0	15	93	6	51	13	6	0	79	0.93
19700919--19700961	21	2.0	21	86	0	59	34	11	25	27	1.91
19701196--19701264	19	3.7	19	75	7	70	37	0	5	56	1.23
19701232--19701289	20	2.8	20	84	7	64	31	0	8	60	1.27
19701238--19701289	19	2.6	19	84	6	59	32	0	7	59	1.26
19715061--19715128	24	2.9	23	78	8	75	48	1	35	14	1.53
19725910--19726023	23	5.0	23	81	8	126	40	24	24	10	1.87
19725910--19726023	46	2.5	45	79	12	142	40	24	24	10	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19727788--19727827	18	2.2	18	86	8	55	30	7	17	45	1.76
19733699--19733811	40	2.8	40	85	2	120	27	26	17	28	1.98
19738387--19738566	41	4.4	41	80	6	195	17	20	37	24	1.93
19738387--19738554	82	2.0	82	87	0	237	17	20	37	24	1.94
19740504--19740528	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
19741508--19741583	17	4.5	17	76	0	71	42	2	5	50	1.39
19741534--19741593	6	10.3	6	72	13	54	48	1	1	48	1.21
19743352--19743702	30	12.0	27	67	23	121	32	29	3	34	1.73
19743349--19743700	59	6.0	58	88	4	449	32	29	2	34	1.72
19743562--19743663	28	3.5	28	70	16	82	31	28	4	35	1.78
19743345--19743703	118	3.1	118	88	2	519	32	30	3	33	1.74
19754606--19755658	200	5.3	200	91	1	1646	36	20	22	20	1.95
19756097--19756175	27	2.9	26	79	5	86	45	24	13	16	1.84
19757864--19758360	29	17.0	29	67	17	244	32	29	2	35	1.70
19757864--19758394	117	4.5	116	84	6	619	32	30	2	34	1.70
19757869--19758394	59	9.0	58	84	6	595	32	29	2	35	1.70
19763100--19763136	17	2.1	18	90	5	58	62	0	5	32	1.18
19767587--19767689	42	2.4	43	85	4	138	49	14	22	13	1.78
19769436--19769479	14	2.8	16	86	10	56	63	4	0	31	1.14
19771303--19771638	23	14.6	23	84	2	406	36	4	13	46	1.62
19771302--19771652	69	5.0	69	84	3	454	35	3	14	46	1.63
19774516--19774626	18	6.4	17	88	7	152	54	1	0	44	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19774516--19774626	35	3.2	34	87	7	152	54	1	0	44	1.10
19774516--19774626	53	2.1	52	90	5	170	54	1	0	44	1.10
19775035--19775162	39	3.3	39	72	8	107	22	15	33	28	1.95
19775017--19775285	78	3.4	78	83	4	317	24	19	30	26	1.98
19775112--19775223	39	2.9	39	70	19	106	26	18	31	23	1.98
19775347--19775548	101	2.0	101	86	0	278	31	17	16	34	1.92
19775638--19776162	49	10.7	49	77	6	328	15	26	21	37	1.92
19775638--19776203	147	3.8	146	79	5	478	15	26	21	36	1.93
19776013--19776260	100	2.5	100	89	0	363	14	24	22	39	1.91
19777494--19777580	6	13.5	6	80	13	50	0	11	6	81	0.86
19777494--19777575	7	11.3	7	78	18	53	0	10	7	81	0.86
19777494--19777580	13	6.7	13	77	13	65	0	11	6	81	0.86
19777507--19777550	20	2.2	20	84	8	54	0	6	11	81	0.86
19782724--19782912	97	1.9	97	83	8	242	35	13	18	31	1.90
19783227--19783322	29	3.3	28	75	18	97	31	7	25	36	1.83
19783246--19783503	29	8.9	28	70	16	145	35	5	25	33	1.78
19783187--19783474	59	4.9	60	79	8	260	35	5	24	34	1.80
19783246--19783523	117	2.4	117	79	9	273	36	5	24	33	1.78
19784651--19784697	3	15.3	3	95	4	85	36	0	0	63	0.94
19786112--19786144	16	2.0	17	88	5	50	51	0	0	48	1.00
19786566--19786605	19	2.0	21	85	9	57	25	30	5	40	1.77
19801358--19802975	543	3.0	544	92	1	2674	34	18	10	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19803816--19804253	195	2.2	193	76	6	438	26	26	18	28	1.98
19815336--19815460	38	3.3	37	85	5	171	34	20	10	34	1.87
19816595--19816641	25	1.9	24	87	12	69	21	10	10	57	1.62
19817499--19817540	18	2.4	17	81	18	50	76	2	16	4	1.07
19820594--19820629	16	2.3	15	90	4	54	83	5	0	11	0.80
19821159--19821199	18	2.3	19	79	12	50	31	14	4	48	1.65
19827174--19828343	100	11.7	100	80	3	951	36	15	24	23	1.94
19827174--19828361	50	23.8	50	78	1	858	36	15	24	23	1.94
19829125--19829186	24	2.6	24	82	10	65	22	3	4	69	1.22
19829152--19829219	30	2.2	30	89	2	100	27	2	4	64	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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