genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  35  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8979681--8979737	6	9.8	6	83	7	64	45	0	5	49	1.24
8979682--8979737	17	3.2	17	85	9	78	46	0	5	48	1.25
8980392--8980609	30	7.4	29	78	10	210	39	24	1	34	1.66
8980471--8980630	57	2.8	57	83	8	182	38	26	3	31	1.72
8980475--8980729	58	4.4	59	77	12	169	33	25	4	36	1.76
8986163--8986260	43	2.3	42	84	12	119	79	0	20	0	0.73
8986162--8986260	37	2.8	37	84	6	125	79	0	20	0	0.73
8986168--8986260	6	15.2	6	77	12	91	79	0	20	0	0.73
8987443--8987806	51	7.2	51	80	2	396	43	20	23	11	1.85
8987550--8987587	20	1.9	20	84	10	51	42	23	21	13	1.88
8987443--8987806	100	3.6	100	82	2	444	43	20	23	11	1.85
8987469--8987806	151	2.2	152	81	4	405	44	20	22	12	1.84
8987831--8988119	49	5.9	49	84	4	260	37	21	26	14	1.92
8987962--8988132	49	3.5	49	92	0	279	38	22	27	12	1.90
8987891--8988161	98	2.8	98	78	3	312	36	21	26	15	1.94
8988526--8989173	207	3.1	207	91	0	1010	35	20	22	21	1.96
8989578--8989628	17	3.0	17	88	5	77	45	0	5	49	1.26
8989584--8989628	11	4.0	11	77	5	54	46	0	4	48	1.22
8989545--8989628	6	14.3	6	75	9	66	40	2	4	52	1.35
8990287--8990538	30	8.5	29	79	7	213	40	21	1	36	1.65
8990318--8990574	30	8.8	29	78	10	240	39	22	1	36	1.65
8990579--8990668	28	3.2	28	82	4	121	31	28	11	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8993813--8993963	43	3.5	43	84	0	214	21	17	23	38	1.93
8994460--8994610	75	2.0	75	94	0	266	48	7	11	32	1.68
8996730--8996777	20	2.4	19	79	6	51	20	22	22	33	1.97
9000538--9000759	111	2.0	111	100	0	444	34	17	17	31	1.93
9004509--9004575	26	2.6	26	85	0	80	29	14	22	32	1.94
9004515--9004584	26	2.7	26	81	0	68	30	12	28	28	1.93
9005574--9005720	23	6.3	22	83	10	154	42	21	22	13	1.87
9005534--9005720	71	2.6	68	80	12	175	42	20	22	13	1.88
9012264--9012414	23	6.5	23	80	7	153	43	21	22	11	1.85
9012264--9012404	48	3.0	46	79	12	144	43	22	21	12	1.86
9012266--9012414	71	2.1	69	84	9	187	42	22	22	12	1.86
9012756--9012789	7	4.9	7	100	0	68	0	41	0	58	0.98
9013405--9013481	26	3.0	26	79	7	93	29	19	24	25	1.98
9019833--9019885	24	2.2	24	90	6	81	52	1	5	39	1.36
9033469--9033530	31	2.0	31	100	0	124	38	6	22	32	1.80
9037828--9037866	16	2.7	15	88	11	55	76	0	5	17	0.96
9039133--9039172	21	1.9	21	89	0	62	57	0	12	30	1.36
9039180--9039220	21	2.0	21	90	0	64	43	7	12	36	1.70
9041016--9041055	19	2.1	19	86	9	55	30	12	2	55	1.50
9042401--9042606	30	6.9	30	85	6	256	40	19	1	37	1.61
9042405--9042606	61	3.4	60	86	3	282	41	19	1	37	1.61
9042405--9042793	30	13.2	28	74	11	167	36	22	2	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9042585--9042836	58	4.3	58	79	9	255	31	25	3	39	1.74
9042585--9042827	117	2.1	117	81	8	282	32	24	3	39	1.73
9053792--9054553	92	8.3	92	94	0	1328	34	14	17	33	1.90
9055649--9055699	21	2.4	21	90	6	77	52	1	5	39	1.37
9056756--9056976	30	7.5	30	80	4	216	41	18	1	38	1.61
9056757--9057035	60	4.7	58	79	7	260	39	19	2	39	1.64
9056756--9056976	90	2.5	89	82	5	261	41	18	1	38	1.61
9056755--9057028	30	9.3	28	74	10	183	40	19	2	37	1.64
9056936--9057240	58	5.2	56	82	7	306	33	25	2	38	1.71
9056964--9057065	29	3.4	29	67	22	77	34	23	2	39	1.70
9057041--9057185	29	5.0	28	67	22	77	30	28	3	37	1.74
9057110--9057202	30	3.1	29	71	21	77	33	27	4	34	1.77
9062752--9062829	34	2.3	34	80	4	95	20	10	33	35	1.86
9063487--9063511	13	1.9	13	100	0	50	28	16	32	24	1.96
9065910--9065962	16	3.3	16	74	10	54	64	0	0	35	0.94
9075881--9075925	18	2.5	18	92	0	72	44	15	4	35	1.67
9077587--9077618	14	2.3	14	94	0	55	71	3	0	25	1.00
9086409--9086439	16	2.0	16	93	6	55	64	0	0	35	0.94
9087203--9087246	16	2.5	19	75	21	58	38	13	15	31	1.87
9087653--9087678	6	4.3	6	100	0	52	50	0	34	15	1.45
9088246--9088279	12	2.8	12	90	0	50	8	0	76	14	1.01
9088264--9088337	30	2.5	28	81	12	85	17	4	70	8	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9088362--9088401	21	1.9	21	84	0	53	47	0	0	52	1.00
9088412--9088448	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
9089549--9089599	20	2.8	18	77	13	59	11	7	5	74	1.21
9089535--9089596	29	2.2	28	82	8	72	12	6	4	75	1.15
9089530--9089596	9	7.0	9	74	12	53	13	5	4	76	1.13
9089564--9089608	20	2.1	21	84	8	56	13	8	2	75	1.13
9090201--9090230	15	2.0	15	93	0	51	16	0	0	83	0.65
9090353--9090621	92	2.9	92	83	6	314	40	13	14	32	1.84
9091179--9091223	22	2.0	22	83	8	56	17	8	15	57	1.63
9094015--9094075	28	2.2	28	80	11	72	26	13	27	32	1.93
9094149--9094372	29	7.6	28	72	18	134	33	4	30	31	1.79
9094126--9094339	30	7.3	30	69	15	126	32	5	30	31	1.81
9094087--9094367	59	4.8	59	87	2	361	34	4	29	31	1.78
9094085--9094367	117	2.4	118	86	2	401	33	4	30	31	1.78
9096382--9096417	17	2.1	17	89	0	54	50	0	2	47	1.15
9097065--9097233	91	1.9	91	88	2	259	30	18	16	34	1.94
9097161--9097763	76	7.9	76	95	0	1008	32	17	15	34	1.91
9097980--9098108	51	2.5	51	81	5	145	11	25	23	39	1.88
9097937--9098285	50	7.0	50	71	11	212	13	24	22	39	1.90
9097939--9098355	101	4.2	100	81	5	407	14	24	22	39	1.91
9110293--9110573	29	9.5	30	64	20	76	36	4	28	30	1.77
9110391--9110600	29	7.2	29	72	16	146	34	4	28	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9110289--9110600	59	5.3	58	83	5	364	35	4	29	31	1.76
9112611--9112646	17	2.1	17	89	0	54	50	0	2	47	1.15
9112872--9112960	18	5.1	16	70	19	63	69	2	3	24	1.15
9112921--9112967	9	5.4	9	78	16	55	70	0	2	27	0.99
9112921--9112992	17	4.2	17	77	8	56	62	0	1	36	1.04
9113122--9113161	21	2.0	20	86	13	57	40	0	0	60	0.97
9113172--9113215	19	2.4	18	77	7	52	27	0	2	70	0.99
9113184--9113225	18	2.3	19	84	12	52	28	4	2	64	1.26
9114172--9114356	96	1.9	96	80	4	212	36	12	20	30	1.90
9114699--9114820	60	2.1	58	82	3	145	36	3	23	36	1.72
9114724--9114928	89	2.3	89	83	9	267	35	3	23	37	1.72
9114724--9114928	30	6.9	29	80	9	211	35	3	23	37	1.72
9114723--9114928	59	3.5	59	84	7	247	34	3	24	37	1.72
9116007--9116044	16	2.4	16	82	13	51	47	2	0	50	1.15
9116023--9116062	21	1.9	21	89	0	62	42	0	5	52	1.23
9116829--9116938	6	19.0	6	73	20	92	50	2	1	44	1.26
9116830--9116938	29	3.8	29	78	14	95	51	2	1	44	1.26
9116829--9116938	17	6.4	17	81	10	125	50	2	1	44	1.26
9117298--9117332	16	2.1	16	89	10	52	51	0	0	48	1.00
9117457--9117522	28	2.3	29	76	7	73	19	4	34	40	1.72
9118026--9118059	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
9128247--9129019	201	3.8	199	90	2	1147	35	20	23	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9129363--9129436	17	4.4	17	77	6	78	45	1	1	51	1.18
9131405--9131557	29	5.1	30	78	9	134	30	28	5	34	1.81
9135910--9135953	21	2.1	21	83	8	54	52	9	13	25	1.70
9138725--9138768	21	2.1	21	83	8	54	52	2	13	31	1.53
9142436--9142500	23	2.8	22	84	9	69	36	6	18	38	1.76
9143827--9143870	22	2.0	22	95	0	79	27	13	29	29	1.94
9144549--9144581	16	2.0	17	88	5	50	39	9	18	33	1.82
9144882--9144962	37	2.1	37	91	8	128	56	9	2	30	1.45
9147868--9147916	18	2.6	19	78	15	57	38	8	2	51	1.43
9147922--9147993	23	3.3	22	81	11	85	51	1	0	47	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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