genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24376194--24376252	28	2.1	28	83	0	73	45	8	0	45	1.33
24379382--24379527	23	6.3	23	82	9	165	12	23	21	43	1.86
24379383--24379527	69	2.1	69	86	10	199	12	23	20	43	1.86
24392531--24392793	62	4.3	60	80	9	286	34	15	21	28	1.94
24392541--24392781	119	2.0	122	87	6	348	34	15	21	29	1.94
24392791--24393144	59	6.0	59	82	5	432	32	31	2	33	1.72
24392791--24393144	117	3.0	117	84	6	457	32	31	2	33	1.72
24392941--24393112	29	5.9	31	69	16	91	33	33	1	31	1.68
24399063--24399143	34	2.4	34	100	0	162	40	17	7	34	1.77
24419679--24419761	31	2.7	33	78	10	95	42	2	10	44	1.52
24425670--24425730	31	2.0	31	87	6	88	62	0	0	37	0.96
24435738--24435781	17	2.8	16	83	16	56	50	4	4	40	1.43
24446214--24446356	76	1.9	75	91	1	232	37	20	7	33	1.82
24456915--24456964	18	3.1	16	81	13	57	52	0	0	48	1.00
24469551--24469596	22	2.1	22	84	15	60	67	2	0	30	1.03
24469580--24469614	14	2.5	15	86	13	56	71	0	0	28	0.86
24469551--24469603	24	2.3	23	84	12	65	66	1	0	32	1.03
24471759--24471805	20	2.5	19	77	16	53	29	2	4	63	1.25
24471763--24471802	20	2.0	21	85	14	57	30	2	5	62	1.29
24471821--24471857	17	2.1	19	90	10	60	21	8	8	62	1.49
24473490--24473565	32	2.4	32	85	8	95	68	18	6	6	1.34
24473538--24473571	12	2.7	13	86	9	52	70	20	5	2	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24473581--24473615	17	2.0	18	88	5	54	68	22	5	2	1.24
24473582--24473648	32	2.2	31	86	7	93	70	22	4	2	1.19
24473595--24473652	12	5.2	12	76	16	52	68	25	3	1	1.14
24477446--24477488	21	2.2	19	83	8	50	51	0	9	39	1.34
24481767--24482049	148	1.9	148	100	0	566	32	12	24	31	1.91
24487493--24487525	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
24490356--24490402	23	2.1	23	84	11	62	42	2	2	53	1.25
24496817--24496861	23	2.0	23	86	8	65	33	0	2	64	1.06
24498425--24498466	20	2.1	20	100	0	84	38	23	23	14	1.92
24498435--24498459	13	1.9	13	100	0	50	36	24	24	16	1.94
24498433--24498521	20	4.3	21	81	8	69	28	28	25	17	1.98
24498428--24498466	7	5.7	7	87	6	62	33	25	25	15	1.95
24498453--24498521	10	6.7	10	75	5	66	26	28	26	18	1.98
24498558--24498587	15	2.0	15	100	0	60	20	0	33	46	1.51
24498560--24498594	15	2.3	15	90	0	52	22	0	28	48	1.51
24498571--24498659	21	4.2	21	92	1	151	24	0	30	44	1.54
24499030--24499104	11	6.5	11	73	14	62	69	0	25	5	1.09
24499030--24499102	23	3.1	23	75	11	67	69	0	24	5	1.09
24499579--24499616	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
24500891--24500929	20	1.9	21	89	5	62	43	2	0	53	1.14
24503135--24503224	38	2.4	38	83	7	103	25	1	8	64	1.29
24503129--24503218	32	2.8	32	89	0	135	28	1	7	62	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24503309--24503419	7	15.7	7	70	10	75	45	27	0	26	1.59
24503309--24503421	14	8.0	14	74	9	86	45	27	0	26	1.60
24503332--24503422	14	6.4	14	74	12	87	46	26	1	26	1.60
24503582--24503642	26	2.3	26	85	0	86	57	6	0	36	1.25
24514279--24514322	22	2.0	22	81	0	52	29	9	13	47	1.74
24516364--24516402	20	2.0	20	100	0	78	35	28	10	25	1.89
24525845--24525883	20	2.0	20	89	0	60	53	2	12	30	1.52
24531423--24531491	30	2.3	30	90	2	104	52	14	7	26	1.67
24535072--24535100	10	2.7	11	94	5	51	13	0	0	86	0.58
24537431--24537501	29	2.4	28	75	13	72	57	7	5	29	1.48
24538966--24539023	4	14.2	4	89	7	73	67	0	32	0	0.91
24542281--24542327	21	2.2	21	88	0	67	27	17	34	21	1.95
24544280--24544328	16	3.2	16	72	16	50	36	2	4	57	1.30
24544626--24544771	47	3.1	47	63	21	106	46	12	3	37	1.58
24544521--24544874	94	3.8	94	92	3	547	46	12	3	37	1.58
24544521--24544874	189	1.9	186	88	5	543	46	12	3	37	1.58
24551100--24551140	20	2.0	20	85	0	55	43	19	7	29	1.78
24551572--24551602	14	2.2	14	100	0	62	32	32	9	25	1.88
24559165--24559225	24	2.5	24	94	2	104	57	1	0	40	1.08
24564408--24564473	13	5.1	13	79	0	51	36	22	7	33	1.83
24564408--24564473	26	2.5	26	80	0	78	36	22	7	33	1.83
24568293--24568359	6	12.0	6	73	20	65	44	1	0	53	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24568293--24568358	11	6.0	11	77	8	64	43	1	0	54	1.09
24568293--24568375	17	4.9	17	81	8	89	46	1	1	50	1.16
24569159--24569202	3	14.3	3	95	4	79	65	0	0	34	0.93
24569433--24569472	21	1.9	21	85	10	55	42	0	15	42	1.46
24570341--24570490	59	2.6	59	90	1	239	32	34	2	30	1.72
24570341--24570486	29	4.9	30	71	14	124	32	32	2	31	1.72
24570341--24570528	59	3.2	58	84	3	225	30	32	5	30	1.80
24579943--24580341	30	13.4	29	80	9	380	36	3	24	36	1.72
24579943--24580341	90	4.5	88	82	6	437	36	3	24	36	1.72
24582172--24582258	11	7.5	11	74	13	68	51	0	2	45	1.13
24582170--24582258	6	15.2	6	79	17	89	51	0	2	46	1.13
24582179--24582258	31	2.5	32	86	12	110	53	0	2	43	1.14
24582181--24582251	37	1.9	37	86	11	101	54	0	2	42	1.14
24582181--24582267	11	7.5	11	72	13	50	54	1	2	42	1.20
24582185--24582258	17	4.6	16	85	11	107	55	0	2	41	1.14
24585826--24586739	76	12.0	76	92	1	1442	33	15	18	32	1.93
24585826--24586739	303	3.0	303	93	1	1501	33	15	18	32	1.93
24587089--24587133	6	8.0	6	78	14	51	46	0	2	51	1.13
24587090--24587133	11	4.0	11	82	11	54	47	0	2	50	1.13
24587088--24587133	17	2.7	18	87	9	62	45	0	2	52	1.13
24587089--24587135	23	2.0	23	84	8	60	46	0	2	51	1.13
24587107--24587149	16	2.6	16	85	3	50	53	0	2	44	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24588169--24588217	20	2.4	19	77	12	53	51	0	14	34	1.43
24588505--24589382	451	1.9	452	93	1	1526	27	17	14	40	1.88
24589476--24589697	29	7.6	28	67	16	112	33	28	2	34	1.72
24589476--24589697	59	3.8	59	89	3	324	33	28	2	34	1.72
24589476--24589697	117	1.9	117	89	3	340	33	28	2	34	1.72
24589489--24589734	117	2.1	117	86	4	336	32	30	4	33	1.76
24591456--24591559	44	2.4	44	88	0	154	39	25	7	27	1.83
24593250--24593291	2	21.0	2	95	0	75	47	0	0	52	1.00
24595453--24595478	4	6.5	4	100	0	52	76	0	23	0	0.78
24599464--24599510	23	2.0	23	100	0	94	53	12	12	21	1.72
24599519--24599624	44	2.4	44	87	0	149	38	25	8	27	1.85
24600441--24600473	15	2.2	15	100	0	66	42	21	12	24	1.86
24601360--24601468	6	18.0	6	74	16	82	49	0	1	47	1.18
24601364--24601428	17	4.1	15	81	15	78	43	0	3	53	1.16
24601368--24601431	31	2.1	31	91	5	103	43	0	3	53	1.16
24601350--24601430	11	7.5	11	72	19	64	41	0	3	54	1.18
24601360--24601453	42	2.3	41	83	5	109	47	0	2	50	1.13
24601416--24601468	20	2.8	18	80	11	52	60	1	0	37	1.08
24601649--24601679	15	2.1	15	100	0	62	19	54	12	12	1.70
24603348--24603736	30	13.0	30	87	5	538	37	23	2	36	1.69
24603709--24603846	59	2.4	59	77	11	149	32	27	3	36	1.74
24616012--24616334	37	9.4	36	70	14	270	34	17	20	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24615938--24616380	68	6.5	68	96	1	798	33	18	20	26	1.96
24616715--24616823	6	18.0	6	74	16	73	50	0	1	46	1.18
24616719--24616783	17	4.1	15	81	15	78	43	0	3	53	1.16
24616723--24616786	31	2.1	31	91	5	103	43	0	3	53	1.16
24616705--24616785	11	7.5	11	72	19	64	41	0	3	54	1.18
24618671--24619059	30	13.1	29	84	6	437	37	25	2	34	1.70
24618864--24618920	19	3.4	19	65	34	58	38	26	3	31	1.73
24619070--24619155	30	2.9	29	72	14	77	30	30	6	32	1.84
24622255--24622282	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24624299--24624396	23	4.2	23	79	14	110	11	25	21	41	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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