genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  68  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14466143--14466328	62	3.0	60	85	6	248	27	19	15	37	1.92
14464902--14466325	711	2.0	711	91	0	2276	27	17	15	38	1.90
14465925--14466882	340	2.8	339	86	2	1221	28	17	14	39	1.89
14466480--14466664	62	3.0	62	87	0	255	25	19	16	38	1.92
14467043--14467220	62	2.9	62	90	4	279	24	19	17	38	1.92
14466264--14467430	553	2.1	554	85	3	1569	26	17	15	39	1.90
14465613--14467772	892	2.4	895	89	1	3325	26	17	15	39	1.90
14466819--14467846	339	3.0	338	89	2	1462	26	17	16	40	1.90
14467372--14467559	62	3.0	62	89	0	288	25	19	17	38	1.93
14467711--14467845	60	2.2	62	85	5	186	27	15	16	40	1.88
14468240--14468434	62	3.1	62	95	0	354	25	19	16	38	1.92
14470089--14470276	62	3.0	63	86	6	260	27	19	15	37	1.93
14470212--14470707	215	2.3	216	84	4	662	30	18	12	38	1.88
14470646--14470893	62	4.0	62	90	2	363	26	19	16	37	1.92
14470705--14471448	340	2.2	340	89	1	1116	27	17	15	39	1.90
14471045--14471233	62	3.0	62	87	0	270	26	18	17	37	1.93
14470428--14471233	402	2.0	401	85	2	1100	27	17	15	38	1.90
14471169--14471665	215	2.3	217	85	4	657	30	16	14	38	1.88
14471604--14471852	62	4.0	62	88	2	347	27	17	15	39	1.90
14469892--14472191	958	2.4	955	92	1	3834	27	17	15	39	1.89
14472004--14472251	62	4.0	62	88	2	363	25	17	16	39	1.91
14471385--14472592	401	3.0	400	88	1	1715	27	16	15	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14472404--14472592	62	3.0	62	87	0	261	28	16	15	39	1.89
14472967--14473170	62	3.3	61	92	1	318	27	18	17	37	1.93
14474051--14474111	9	6.8	9	78	0	50	77	3	4	14	1.07
14474061--14474195	27	5.1	27	74	5	89	69	3	8	18	1.29
14474067--14474187	52	2.3	52	81	4	136	67	3	9	19	1.32
14474070--14474194	26	4.8	26	73	14	105	68	4	8	18	1.31
14475044--14475083	16	2.5	16	92	8	64	65	0	25	10	1.24
14475042--14475081	15	2.7	15	88	11	64	65	0	25	10	1.24
14476422--14476484	32	2.0	32	83	0	81	41	17	7	33	1.79
14479618--14479656	13	2.9	14	80	7	53	5	28	0	66	1.12
14479636--14479692	31	1.9	28	86	10	78	3	28	1	66	1.18
14479667--14479715	20	2.4	20	82	3	62	6	22	0	71	1.08
14483317--14483371	24	2.3	24	96	0	101	69	3	20	7	1.28
14488140--14488202	32	2.0	32	90	0	99	39	19	9	31	1.83
14488249--14488346	39	2.5	39	94	0	169	54	16	5	24	1.62
14490009--14490201	51	3.8	51	83	6	259	37	13	12	35	1.84
14491536--14491976	215	2.0	216	84	6	583	29	18	13	38	1.89
14491915--14492156	62	3.9	62	91	0	385	25	18	16	39	1.91
14492310--14492498	62	3.0	62	86	0	261	28	17	15	38	1.91
14492869--14493488	62	10.0	62	92	0	954	25	19	15	39	1.91
14493640--14493892	62	4.1	62	89	1	382	28	17	15	38	1.90
14493238--14494294	402	2.6	401	94	0	1846	28	17	15	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14494042--14494354	62	5.0	62	92	0	473	28	18	15	38	1.91
14494505--14494940	62	7.0	63	90	3	674	27	17	16	38	1.92
14495097--14495214	62	1.9	62	89	0	182	23	17	18	39	1.92
14494815--14495455	281	2.3	277	86	2	899	27	17	14	40	1.88
14495373--14495618	62	4.0	62	85	4	329	28	19	15	36	1.92
14495771--14495958	62	3.0	62	88	0	270	27	17	16	38	1.91
14495435--14496173	339	2.2	340	85	4	1003	28	17	15	38	1.90
14495894--14496389	215	2.3	216	82	4	601	30	17	14	37	1.90
14496328--14496823	62	8.0	62	88	0	650	27	19	14	38	1.91
14496978--14497164	61	3.0	61	85	3	250	25	17	17	39	1.92
14497315--14497611	62	4.8	62	91	0	441	26	19	16	38	1.92
14496977--14497967	464	2.1	462	86	2	1369	27	17	14	39	1.90
14497779--14497967	62	3.0	62	88	0	270	27	17	15	38	1.91
14498309--14498804	62	8.0	62	88	2	728	25	19	15	39	1.91
14498309--14499268	186	5.0	186	74	11	860	26	18	15	39	1.91
14498091--14499268	650	1.8	649	86	2	1738	27	18	15	38	1.91
14498956--14499268	62	5.0	61	92	1	473	28	19	15	37	1.92
14498492--14499573	464	2.3	464	91	1	1731	27	17	15	40	1.89
14499422--14499600	61	2.9	62	82	2	209	23	16	18	41	1.90
14499080--14499944	339	2.6	339	84	2	1168	27	17	14	39	1.89
14499759--14500007	62	4.0	62	93	1	403	26	18	16	38	1.91
14500159--14500326	62	2.7	62	89	0	255	26	17	16	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14500159--14500346	62	3.0	61	86	2	250	27	17	16	38	1.91
14499018--14500561	739	2.1	739	90	2	2373	27	17	14	39	1.89
14500283--14500777	215	2.3	216	82	5	599	30	16	14	38	1.89
14500716--14501087	62	6.0	62	87	0	537	25	18	15	39	1.91
14501239--14501427	62	3.0	61	80	5	218	26	18	17	37	1.93
14500903--14501765	340	2.5	340	84	2	1153	27	17	15	39	1.90
14501579--14501951	62	6.0	62	90	1	545	26	19	15	38	1.91
14500498--14502711	864	2.5	864	85	4	2923	27	18	15	38	1.90
14502103--14502291	62	3.0	62	87	0	279	29	19	14	36	1.91
14501758--14502649	340	2.6	347	84	5	1117	27	18	14	38	1.90
14502397--14502711	62	5.1	62	88	3	431	27	18	14	38	1.91
14502397--14502711	123	2.5	122	87	3	434	27	18	14	38	1.91
14502864--14503035	62	2.8	62	85	0	245	26	18	15	39	1.90
14502524--14503370	337	2.5	339	87	2	1195	27	17	15	39	1.90
14503201--14503496	62	4.8	62	86	3	425	27	17	16	38	1.91
14502864--14503852	463	2.1	460	88	2	1462	27	17	15	38	1.91
14503667--14503852	62	3.0	61	95	1	318	26	18	17	36	1.94
14503325--14504528	339	3.6	339	89	2	1753	27	17	15	38	1.90
14504004--14504190	62	3.0	62	86	1	261	27	18	14	39	1.90
14504342--14504649	62	5.0	62	87	3	415	27	17	18	36	1.94
14504588--14505087	215	2.3	215	82	5	612	28	16	15	40	1.89
14505019--14505268	62	4.0	62	86	4	335	26	16	16	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14504404--14505823	616	2.3	616	88	1	2071	28	17	15	39	1.90
14505638--14505823	62	3.0	62	89	0	282	24	19	17	38	1.93
14505083--14506373	550	2.3	553	88	1	1910	28	17	14	38	1.89
14506188--14506435	62	4.0	62	89	0	325	28	17	13	40	1.87
14506589--14506837	62	4.0	62	91	2	358	28	18	16	36	1.92
14506989--14507236	123	2.0	124	91	0	399	25	18	17	37	1.93
14506989--14507236	62	4.0	62	94	1	399	25	18	17	37	1.93
14505996--14511506	400	13.8	401	71	15	3210	27	17	15	39	1.90
14507386--14507571	61	3.0	60	80	4	221	27	16	18	37	1.92
14507723--14508035	62	5.0	62	94	0	511	27	18	15	38	1.91
14508187--14508371	62	3.0	61	85	3	241	27	18	15	37	1.92
14508523--14508830	62	5.0	62	88	3	390	27	16	17	38	1.91
14508713--14509147	218	2.0	218	88	0	638	27	19	15	37	1.91
14508987--14509482	215	2.3	216	82	4	617	29	16	13	39	1.88
14509421--14509668	62	4.0	62	88	3	356	27	18	16	37	1.92
14509815--14510063	62	4.0	62	88	1	313	29	18	16	36	1.92
14510215--14510341	62	2.0	62	90	0	200	26	18	18	36	1.94
14509939--14510556	278	2.2	275	89	2	936	27	17	15	39	1.90
14510277--14510750	215	2.2	216	86	3	634	29	17	13	39	1.88
14510711--14510834	62	2.0	62	88	0	185	25	19	17	37	1.93
14510492--14511107	273	2.2	275	85	4	807	28	17	15	38	1.90
14510981--14511229	62	4.0	62	86	2	297	28	17	16	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14510711--14511506	399	2.0	397	87	4	1151	27	17	16	38	1.91
14511380--14511506	62	2.0	62	89	0	191	27	18	18	35	1.94
14511105--14511721	277	2.2	275	87	2	864	28	17	14	39	1.89
14511442--14511937	215	2.3	216	84	3	633	29	16	13	39	1.88
14511876--14512125	62	4.0	62	87	7	335	27	16	16	39	1.90
14510770--14512391	892	1.8	888	86	5	2333	28	17	15	39	1.89
14511876--14512125	126	2.0	124	87	6	362	27	16	16	39	1.90
14511658--14512797	399	2.9	398	85	5	1455	28	17	15	39	1.90
14512272--14512520	62	4.0	62	87	2	297	28	17	15	38	1.90
14512671--14512797	62	2.0	62	89	0	191	26	18	18	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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