genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19057106--19057208	20	5.1	20	71	5	73	47	10	7	33	1.67
19070788--19070885	48	2.0	48	90	0	151	37	17	13	31	1.88
19072092--19072126	15	2.3	15	90	0	52	77	0	22	0	0.78
19078107--19078200	27	3.5	28	71	10	88	25	34	17	23	1.96
19082520--19082569	4	13.5	4	83	8	54	20	2	0	78	0.86
19121201--19121241	22	1.9	22	85	5	57	14	19	7	58	1.59
19123193--19123231	18	2.2	18	85	0	51	17	10	12	58	1.61
19123828--19123866	6	6.2	6	82	11	51	76	0	23	0	0.78
19123827--19123865	19	2.0	20	90	5	62	74	0	25	0	0.82
19123827--19123873	14	3.4	14	80	13	53	76	0	23	0	0.78
19128615--19128718	37	2.7	38	76	5	93	31	26	19	22	1.97
19128823--19128860	12	3.1	13	81	14	53	26	28	0	44	1.54
19139228--19139272	17	2.8	16	81	18	58	0	22	0	77	0.76
19139228--19139272	10	4.2	11	86	8	58	0	22	0	77	0.76
19173334--19173377	20	2.2	20	88	8	63	13	13	2	70	1.26
19173342--19173378	14	2.7	14	88	12	51	13	13	2	70	1.28
19182506--19182556	6	9.0	6	75	12	54	1	21	0	76	0.88
19183137--19183191	18	3.0	18	76	23	53	58	10	14	16	1.64
19183150--19183191	21	2.0	20	82	13	50	59	9	11	19	1.59
19191407--19191451	22	2.0	22	83	8	56	48	13	11	26	1.75
19198459--19198492	14	2.4	14	90	0	50	20	8	5	64	1.43
19207574--19207948	187	2.0	187	95	0	678	32	18	21	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19208045--19208086	6	6.8	6	89	10	59	78	0	21	0	0.75
19208044--19208084	20	2.1	19	95	4	73	75	0	24	0	0.80
19215580--19215661	8	9.2	8	69	27	51	29	1	2	67	1.11
19215579--19215801	9	23.8	9	68	19	93	33	2	3	60	1.26
19215646--19215763	19	6.2	19	69	23	68	37	1	3	57	1.25
19215635--19215763	48	2.7	48	76	11	129	35	1	3	59	1.22
19215704--19215763	10	6.3	9	78	16	59	41	0	3	55	1.16
19221756--19221797	21	2.0	22	85	4	59	26	9	2	61	1.39
19225534--19225586	23	2.3	23	90	0	79	11	13	13	62	1.55
19232169--19232211	22	1.9	23	85	4	61	48	6	6	37	1.57
19233888--19233916	5	6.0	5	92	8	51	20	0	0	79	0.74
19237300--19237358	18	3.3	18	80	0	64	40	23	15	20	1.90
19242843--19242883	21	1.9	22	85	14	59	24	7	4	63	1.40
19244855--19244884	15	2.0	15	93	0	51	20	30	0	50	1.49
19246733--19246760	9	3.1	9	100	0	56	21	35	0	42	1.53
19249312--19249357	17	2.7	17	86	0	65	50	6	19	23	1.71
19249793--19249825	15	2.1	17	88	11	52	3	33	0	63	1.10
19260575--19260615	21	2.0	21	95	0	73	31	19	14	34	1.92
19262621--19262667	24	2.0	24	84	12	62	27	10	10	51	1.70
19268929--19268965	17	2.2	17	90	0	56	21	10	8	59	1.56
19277245--19277304	21	2.8	20	80	9	66	36	21	15	26	1.93
19284719--19284768	25	2.0	26	81	18	61	66	4	18	12	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19287184--19287231	21	2.2	22	85	3	62	18	22	20	37	1.94
19287405--19287447	21	2.0	21	82	8	52	11	11	9	67	1.42
19287405--19287447	22	2.0	21	86	4	59	11	11	9	67	1.42
19288610--19288714	34	3.2	33	70	17	94	25	26	20	26	1.99
19294109--19294249	30	4.7	30	85	1	167	24	34	13	28	1.93
19294104--19294249	60	2.4	60	86	0	193	23	34	13	29	1.92
19298001--19298040	18	2.2	18	90	0	62	62	2	2	32	1.22
19298203--19298243	17	2.4	17	87	4	55	46	7	9	36	1.65
19298195--19298243	18	2.8	17	81	6	62	51	6	8	34	1.57
19308559--19308597	20	2.0	20	89	0	60	41	7	2	48	1.45
19308564--19308608	20	2.2	20	84	7	56	42	8	2	46	1.47
19311383--19311420	7	5.4	7	96	0	58	55	0	44	0	0.99
19311943--19311992	24	2.1	24	81	7	57	44	4	4	48	1.40
19331324--19331382	25	2.3	24	82	8	64	35	0	0	64	0.94
19331814--19331850	12	2.9	13	88	8	58	51	0	0	48	1.00
19332590--19332651	30	2.1	30	84	6	81	41	1	6	50	1.38
19332799--19332834	18	1.9	19	94	5	65	50	5	2	41	1.40
19346916--19346963	23	2.3	23	86	13	68	33	2	0	64	1.05
19346915--19346970	23	2.4	24	80	19	66	32	1	0	66	1.03
19349267--19349338	30	2.4	29	82	15	78	65	1	0	33	1.02
19349266--19349384	47	2.6	45	81	7	134	67	1	0	31	1.01
19349521--19349572	22	2.4	22	87	6	70	55	0	25	19	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19367878--19367910	5	6.8	5	93	6	59	78	0	0	21	0.75
19378363--19378388	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
19382064--19382644	296	2.0	295	88	0	874	32	22	13	31	1.93
19383193--19383400	27	7.7	27	75	7	163	23	23	13	39	1.90
19383189--19383400	54	3.9	54	79	1	221	23	23	13	40	1.89
19383189--19383400	81	2.6	81	76	2	230	23	23	13	40	1.89
19384543--19385144	58	10.3	58	88	4	802	34	2	29	33	1.73
19385918--19385954	18	2.0	19	89	5	58	24	21	0	54	1.45
19387026--19387103	5	14.4	5	76	17	59	53	2	0	43	1.14
19387026--19387104	17	4.9	15	83	10	77	53	2	0	44	1.14
19387043--19387101	11	5.4	11	82	15	77	57	0	0	42	0.98
19387001--19387101	44	2.2	46	82	10	127	54	2	0	42	1.15
19387391--19388259	76	11.8	76	87	5	1083	31	18	15	33	1.93
19388048--19388245	68	2.9	67	91	3	306	28	22	14	34	1.93
19388090--19388199	31	3.4	31	71	14	103	28	21	13	36	1.92
19400249--19400399	30	5.1	30	69	15	98	33	3	27	35	1.73
19400234--19400436	59	3.5	58	85	2	282	33	2	29	34	1.73
19400234--19400429	29	6.8	27	68	18	101	33	3	29	34	1.73
19400329--19400534	104	2.0	104	94	1	360	33	1	30	34	1.69
19400388--19400481	45	2.1	45	92	4	154	32	1	29	36	1.65
19400433--19400603	29	5.9	28	73	21	142	32	2	31	33	1.71
19400433--19400595	59	2.8	57	87	9	215	33	1	30	33	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19400293--19400590	162	1.8	162	91	3	492	33	2	29	34	1.69
19402474--19402551	5	14.4	5	76	17	59	53	2	0	43	1.14
19402491--19402549	11	5.4	11	82	15	77	57	0	0	42	0.98
19402449--19402549	44	2.2	46	82	10	127	54	2	0	42	1.15
19402449--19402563	17	7.1	15	77	19	92	53	3	0	42	1.24
19402513--19402570	28	2.0	29	83	9	75	55	3	1	39	1.27
19405521--19405565	23	2.0	23	86	8	65	53	0	2	44	1.13
19405522--19405582	24	2.4	25	78	5	61	60	0	3	36	1.13
19411887--19411923	18	2.1	17	90	5	56	27	32	27	13	1.94
19417678--19417722	18	2.7	16	80	12	54	6	15	4	73	1.21
19417682--19417736	22	2.5	22	77	14	58	7	14	3	74	1.17
19427523--19427696	72	2.4	72	77	2	170	22	19	31	26	1.98
19429286--19429324	21	1.9	21	89	5	62	41	15	17	25	1.89
19429678--19429716	5	7.6	5	88	11	53	0	17	0	82	0.68
19429678--19429717	16	2.5	17	84	15	59	0	17	0	82	0.67
19429678--19429717	21	1.9	21	89	0	62	0	17	0	82	0.67
19438419--19438511	46	2.0	46	93	4	161	32	13	7	46	1.72
19441648--19441703	28	2.0	29	89	3	87	25	25	19	30	1.98
19448547--19448594	18	2.7	18	83	0	60	4	16	10	68	1.33
19465502--19465688	39	4.8	39	77	6	175	20	18	21	39	1.92
19478169--19478325	80	2.0	79	93	1	269	28	14	22	35	1.93
19478766--19478896	48	2.7	47	88	1	181	51	12	9	26	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19481361--19481462	41	2.5	41	85	3	134	34	18	21	25	1.96
19493182--19493213	16	1.9	17	93	6	57	0	15	0	84	0.63
19509185--19509295	55	2.0	56	83	1	143	26	30	20	22	1.98
19514883--19515095	23	9.3	23	88	0	318	35	4	13	46	1.63
19525138--19525196	25	2.4	25	94	0	100	16	22	5	55	1.60
19525138--19525186	14	3.6	14	76	18	50	16	22	6	55	1.63
19534336--19534378	13	3.5	13	75	18	56	60	0	27	11	1.31
19534337--19534383	23	2.0	23	100	0	94	59	0	27	12	1.34
19539462--19539515	19	2.9	19	81	10	58	22	3	1	72	1.10
19540206--19540239	12	3.0	12	87	12	54	23	0	14	61	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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