genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032251.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38743931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  38  of  144  ( 17169 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9807111--9807264	20	7.3	20	73	11	94	34	22	24	18	1.96
9807125--9807271	27	5.5	26	72	12	100	33	23	24	19	1.97
9807112--9807271	67	2.4	66	88	4	232	34	23	23	18	1.96
9807111--9807275	7	24.6	7	73	10	67	34	23	23	18	1.96
9807251--9807302	11	4.6	11	79	11	52	28	28	26	15	1.96
9807328--9807362	15	2.4	15	90	4	54	14	5	31	48	1.67
9807337--9807403	20	3.3	20	93	0	116	14	1	34	49	1.53
9807381--9807415	15	2.3	15	90	0	52	22	0	28	48	1.51
9807392--9807438	21	2.2	22	92	3	78	19	0	36	44	1.51
9807379--9807408	15	2.0	15	100	0	60	20	0	33	46	1.51
9820914--9820955	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
9822193--9822274	43	1.9	43	84	0	110	28	15	9	46	1.78
9826071--9827174	316	3.4	316	81	7	1191	36	18	16	29	1.92
9828676--9828729	8	6.9	8	85	12	67	20	0	1	77	0.86
9828676--9828719	23	2.0	22	90	4	70	22	0	2	75	0.92
9830049--9830097	23	2.1	23	85	7	64	24	10	6	59	1.53
9830048--9830097	22	2.2	22	80	13	57	26	10	6	58	1.54
9836884--9836921	5	7.4	5	94	5	67	81	0	18	0	0.69
9845986--9874386	338	84.1	339	83	3	32950	35	18	17	28	1.93
9859117--9859157	20	2.0	20	100	0	82	34	9	9	46	1.70
9874390--9875969	346	4.6	346	92	1	2675	35	21	17	24	1.95
9875968--9895206	346	55.1	347	82	6	20809	34	21	17	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9846027--9895209	692	71.3	691	78	8	25763	35	19	17	27	1.94
9886709--9887031	161	2.0	161	95	1	585	44	15	18	21	1.86
9886870--9895209	693	12.0	691	90	1	12128	34	21	18	25	1.96
9895810--9895842	16	2.1	16	94	0	57	3	15	0	81	0.80
9908430--9908457	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
9908514--9908545	3	10.7	3	93	0	55	34	3	0	62	1.11
9908766--9909736	43	22.1	43	70	15	390	20	26	34	18	1.96
9908757--9909736	86	11.2	87	72	13	577	20	26	34	18	1.96
9909141--9909254	53	2.2	53	91	3	185	19	28	34	18	1.95
9908810--9909736	129	7.0	129	74	13	823	20	26	34	18	1.96
9909055--9909737	139	5.1	137	76	12	675	21	26	34	18	1.96
9909454--9909568	53	2.2	53	88	1	169	26	26	32	13	1.94
9909080--9909737	267	2.5	266	80	9	748	21	26	34	17	1.96
9909320--9909692	182	2.1	181	86	6	533	21	26	34	17	1.95
9910372--9911703	43	31.2	43	71	14	761	19	26	34	20	1.96
9911110--9911407	121	2.4	123	82	6	325	16	28	32	21	1.95
9911024--9911407	207	1.9	207	84	6	528	17	27	33	21	1.96
9920920--9920950	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
9921010--9921044	3	11.7	3	87	0	52	34	5	0	60	1.21
9921010--9921044	15	2.3	15	100	0	70	34	5	0	60	1.21
9921238--9921490	85	2.9	86	84	3	312	19	27	33	18	1.96
9921359--9921643	129	2.2	130	86	1	394	20	27	34	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9921487--9922256	86	8.8	86	75	12	543	20	26	35	17	1.95
9921267--9922034	216	3.6	215	80	7	946	20	26	34	18	1.95
9921398--9921674	130	2.1	129	82	3	324	22	26	33	17	1.96
9921316--9922203	43	20.3	43	71	14	210	20	26	35	17	1.95
9921445--9921846	173	2.3	172	82	5	531	20	26	34	18	1.95
9921965--9922086	53	2.3	53	91	2	194	24	27	34	13	1.93
9922017--9922256	88	2.8	86	79	10	213	19	27	36	17	1.94
9922017--9922256	131	1.8	132	91	2	403	19	27	36	17	1.94
9922058--9922256	43	4.6	44	75	12	180	18	27	36	18	1.93
9922017--9922256	43	5.5	43	72	13	179	19	27	36	17	1.94
9922893--9924013	43	26.4	43	73	14	716	17	27	34	20	1.95
9922915--9923385	214	2.2	214	80	10	516	17	27	33	20	1.96
9923109--9923648	171	3.2	171	83	6	684	19	25	35	19	1.95
9923109--9923982	256	3.4	254	78	12	811	17	27	34	19	1.95
9923657--9923732	35	2.2	35	85	0	107	17	31	30	21	1.96
9923696--9924008	127	2.4	129	89	4	490	15	29	34	20	1.93
9922892--9924005	171	6.6	170	77	11	616	17	27	34	20	1.95
9927828--9927861	14	2.3	15	95	5	61	32	5	0	61	1.20
9928083--9928841	43	17.7	43	66	8	253	20	26	35	18	1.95
9928062--9928302	84	2.8	84	84	3	277	19	26	34	19	1.96
9928299--9928627	86	3.8	85	82	5	387	21	24	35	17	1.95
9928172--9928444	129	2.1	128	88	2	395	19	26	35	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9928210--9928486	130	2.1	129	81	3	306	22	26	33	17	1.96
9928473--9928744	129	2.1	130	90	0	438	19	24	36	19	1.95
9928075--9928865	302	2.6	298	88	3	1129	20	26	35	18	1.95
9928605--9928864	87	3.0	86	84	5	373	19	26	36	17	1.93
9931019--9931096	5	15.6	5	68	10	52	34	10	19	35	1.85
9931021--9931070	20	2.5	20	83	0	64	34	12	20	34	1.89
9932419--9932459	14	2.8	15	88	3	66	41	2	2	53	1.27
9934321--9934354	14	2.5	13	90	9	59	23	0	5	70	1.09
9935136--9935207	16	4.2	16	68	25	58	48	0	1	50	1.09
9935134--9935217	26	3.2	26	72	12	82	50	0	1	48	1.08
9950077--9950262	52	3.6	52	86	1	257	24	13	25	36	1.92
9950972--9951022	21	2.4	21	80	6	59	19	13	29	37	1.90
9955206--9955261	6	9.2	6	74	18	53	17	3	1	76	1.01
9955208--9955260	19	2.9	18	80	5	70	16	3	1	77	1.01
9956489--9956519	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
9960248--9960299	18	2.8	18	79	5	50	26	1	13	57	1.47
9966822--9966887	14	4.8	13	74	12	53	68	0	30	1	0.99
9967428--9967477	24	2.1	24	92	0	82	44	24	14	18	1.86
9970283--9970340	18	3.2	18	82	7	73	3	32	22	41	1.71
9970283--9970342	6	10.0	6	88	0	66	3	31	25	40	1.72
9972035--9972092	29	2.0	30	86	3	82	58	8	5	27	1.49
9972047--9972138	46	2.0	47	86	2	132	55	10	4	29	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9972209--9972241	17	1.9	17	100	0	66	36	15	12	36	1.84
9972351--9972378	5	5.6	5	100	0	56	64	0	0	35	0.94
9972303--9972358	20	2.7	21	86	5	87	57	12	0	30	1.36
9972550--9972621	6	12.3	6	81	11	69	41	0	6	51	1.29
9972527--9972608	23	3.6	23	81	1	85	36	2	8	52	1.45
9972568--9972623	17	3.2	17	85	9	78	46	0	5	48	1.25
9972527--9972625	23	4.6	22	73	19	75	39	2	7	51	1.41
9974504--9974581	30	2.6	30	87	4	113	35	28	1	34	1.66
9974509--9974619	29	3.8	29	81	3	123	36	26	0	36	1.63
9974525--9974610	30	2.9	30	82	5	86	38	29	1	31	1.65
9974538--9974802	29	9.0	29	70	14	148	33	29	2	35	1.70
9974588--9974833	59	4.2	59	85	4	291	30	28	3	37	1.73
9974558--9974803	118	2.1	119	80	9	288	32	29	2	35	1.71
9974588--9974787	30	6.8	30	68	18	107	32	28	2	36	1.71
9974813--9974873	28	2.2	28	82	5	70	29	24	9	36	1.88
9975087--9975278	97	2.0	97	82	8	239	31	17	14	36	1.89
9980444--9980511	7	9.3	7	77	20	52	83	4	11	0	0.78
9980439--9980511	6	12.5	6	79	15	57	83	4	12	0	0.78
9980465--9980506	8	5.4	8	88	2	50	85	7	7	0	0.73
9981938--9982081	39	3.7	39	69	14	116	24	25	23	27	2.00
9981940--9982273	78	4.4	77	78	7	315	23	29	21	25	1.99
9982347--9982845	206	2.4	206	89	0	766	36	18	22	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9982671--9983019	175	2.0	175	89	0	536	37	20	20	21	1.94
9983502--9983556	6	9.3	6	82	11	51	40	0	7	52	1.29
9983501--9983560	23	2.6	24	84	10	72	40	0	8	51	1.32
9983501--9983556	11	4.8	12	82	8	62	39	0	8	51	1.33
9983528--9983565	18	2.2	18	85	4	51	55	0	2	42	1.14
9985341--9985496	30	5.2	29	76	9	136	35	24	1	39	1.64
9985343--9985496	59	2.6	60	79	8	172	35	24	1	38	1.64
9986374--9986414	6	6.8	6	97	0	64	0	46	4	48	1.23
9988101--9988169	30	2.3	30	84	0	84	60	10	1	27	1.37
9988287--9988319	17	1.9	17	93	0	57	39	15	9	36	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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