genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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          145   

This is table  2  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
561583--561783	75	2.7	75	100	0	402	29	9	15	45	1.78
577598--577695	29	3.3	30	77	7	110	36	4	26	32	1.75
577595--577695	30	3.4	30	78	6	107	37	3	26	31	1.75
586009--586046	2	19.0	2	88	0	58	50	5	0	44	1.24
590035--590072	17	2.2	17	95	0	67	39	13	0	47	1.42
593455--593487	16	2.1	16	100	0	66	36	12	6	45	1.66
594341--594368	6	4.7	6	100	0	56	17	0	0	82	0.68
611430--611499	11	6.4	11	73	6	61	54	5	22	17	1.64
613443--613599	77	2.0	77	93	0	269	31	19	20	29	1.97
614123--614164	21	2.0	21	85	0	57	35	23	9	30	1.87
615874--615928	26	2.1	26	83	6	67	52	25	1	20	1.56
618772--618808	17	2.1	18	85	14	51	37	2	5	54	1.38
618814--618839	7	3.7	7	100	0	52	23	0	15	61	1.33
618995--619072	39	2.0	40	87	7	115	35	11	3	48	1.58
624669--624737	31	2.3	30	85	12	88	20	11	17	50	1.76
624684--624749	31	2.2	30	86	2	87	21	13	21	43	1.86
628965--629038	19	4.0	18	74	10	69	41	2	2	52	1.29
628965--629038	9	8.0	9	76	11	69	41	2	2	52	1.29
629084--629142	18	3.2	17	81	15	57	76	1	1	20	0.96
629100--629142	19	2.3	18	88	4	59	74	0	0	25	0.82
629100--629142	9	4.7	9	85	5	59	74	0	0	25	0.82
629176--629215	21	1.9	22	85	10	57	45	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
629176--629232	29	2.0	28	83	13	71	45	0	0	54	0.99
630335--630359	9	2.8	9	100	0	50	48	0	32	20	1.50
632849--632922	19	4.0	18	74	10	69	41	2	2	52	1.29
632849--632922	9	8.0	9	76	11	69	41	2	2	52	1.29
635035--635067	16	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
636039--636092	21	2.8	18	79	15	72	25	24	14	35	1.94
639605--639634	14	2.1	14	93	0	51	0	10	0	90	0.47
643237--643309	31	2.4	31	88	4	103	34	16	10	38	1.84
665332--665878	114	4.8	114	93	1	893	25	28	22	23	1.99
676888--676941	27	2.0	27	88	0	81	27	22	9	40	1.84
680202--680241	19	2.1	19	86	9	55	57	2	0	40	1.12
680210--680261	27	1.9	27	84	7	70	63	1	0	34	1.06
682009--682048	22	1.9	20	85	10	53	40	2	12	45	1.56
683416--683481	34	1.9	34	84	3	87	34	0	15	50	1.44
686756--686817	30	2.1	30	90	3	99	29	3	9	58	1.46
686845--686881	11	3.4	11	88	0	56	62	0	0	37	0.96
687371--687424	20	2.8	20	83	8	67	37	1	5	55	1.34
687372--687412	19	2.2	19	91	4	66	36	2	4	56	1.34
694165--694215	26	2.0	26	84	7	68	29	0	7	62	1.23
694164--694227	26	2.4	26	79	7	67	28	3	6	62	1.34
694632--694684	15	3.5	14	80	12	52	41	5	0	52	1.25
694644--694692	15	3.2	15	80	11	55	32	6	0	61	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
703370--703403	14	2.3	15	90	5	52	38	0	2	58	1.13
719266--719320	27	2.0	28	85	3	76	49	5	1	43	1.36
734208--734248	21	1.9	22	85	5	57	24	4	4	65	1.32
734646--734699	26	2.1	25	86	6	72	38	3	5	51	1.43
735164--735305	4	35.5	4	92	2	214	47	23	3	25	1.67
736714--737376	331	2.0	331	99	0	1308	34	15	13	36	1.87
738274--738339	32	2.0	33	82	5	80	37	4	3	54	1.36
747106--747171	32	2.0	32	82	8	80	33	10	6	50	1.62
751747--751786	20	2.0	20	100	0	80	50	10	10	30	1.69
751836--751916	29	2.7	30	82	5	92	45	14	9	29	1.77
758194--758228	6	5.8	6	86	0	52	2	17	2	77	1.02
758194--758228	18	1.9	18	94	0	61	2	17	2	77	1.02
759581--759638	24	2.3	26	85	11	77	37	0	5	56	1.21
760667--760897	106	2.2	106	100	0	462	35	19	19	26	1.95
761547--761602	28	2.0	28	96	0	103	62	10	0	26	1.28
762422--762486	29	2.2	29	81	10	80	47	9	1	41	1.45
764043--764090	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
765150--765198	22	2.2	23	88	3	73	40	2	0	57	1.10
765156--765208	22	2.4	21	81	9	61	39	3	0	56	1.17
765151--765236	22	4.1	19	76	13	55	40	2	0	56	1.12
766765--766980	113	1.9	113	100	0	432	31	8	19	40	1.82
773615--773662	24	2.0	24	100	0	96	20	20	33	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
774971--775009	21	1.9	21	94	5	71	58	12	10	17	1.61
779951--780002	27	1.9	27	84	7	70	55	0	5	38	1.24
782534--782564	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
783260--783299	18	2.3	18	86	4	55	45	0	5	50	1.23
784591--784617	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
784697--784743	23	2.0	23	100	0	94	36	0	25	38	1.56
784703--784748	23	2.2	20	84	11	56	39	0	23	36	1.55
786858--786941	25	3.4	25	68	11	66	19	21	21	38	1.94
789916--790006	45	2.0	45	97	0	173	25	17	25	31	1.97
794262--794313	24	2.1	25	82	10	63	50	0	3	46	1.20
794482--794524	21	2.0	23	86	9	63	55	6	0	37	1.27
796798--797256	219	2.1	220	96	0	848	32	11	16	38	1.86
803261--803745	207	2.3	202	79	9	516	31	24	17	27	1.97
804747--804878	60	2.2	60	83	4	169	27	21	12	37	1.90
809405--809893	183	2.8	173	85	9	672	47	13	14	25	1.80
809744--810017	140	2.0	140	90	5	439	46	16	15	21	1.84
813530--813712	91	2.0	92	98	1	359	52	8	5	33	1.55
813902--813956	29	1.9	28	81	3	65	25	16	16	41	1.88
814317--814754	125	3.5	123	85	4	576	29	17	23	29	1.97
814925--815042	51	2.3	51	92	1	191	47	1	20	30	1.60
816760--816819	30	2.0	30	83	3	75	26	1	5	66	1.21
823172--823257	31	2.7	31	77	7	84	31	12	8	47	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823172--823260	33	2.8	31	77	11	83	32	12	7	47	1.70
824702--824739	20	2.0	20	85	10	53	34	5	2	57	1.35
824869--824944	3	25.0	3	97	2	143	34	0	0	65	0.93
826740--826810	29	2.4	28	82	13	81	57	2	7	32	1.40
832522--832567	23	2.0	23	83	8	58	28	2	0	69	1.00
832551--832603	9	5.8	9	75	4	52	20	0	0	79	0.74
832533--832593	28	2.2	28	94	5	106	22	1	0	75	0.89
832527--832601	28	2.7	29	88	10	104	24	1	0	74	0.89
832558--832603	19	2.4	18	86	10	65	23	0	0	76	0.79
833555--833609	28	1.9	29	82	10	69	56	1	1	40	1.21
840065--840105	17	2.4	17	95	4	73	29	17	14	39	1.89
843299--843340	20	2.1	20	90	0	66	45	16	4	33	1.69
843319--843391	30	2.4	30	80	8	87	36	10	9	42	1.73
848947--848991	22	2.0	22	95	0	81	35	22	8	33	1.85
850571--850608	17	2.3	17	86	13	53	71	2	0	26	1.00
850571--850608	16	2.3	16	86	13	51	71	2	0	26	1.00
857116--857144	3	9.7	3	100	0	58	0	0	65	34	0.93
860056--860887	415	2.0	415	99	0	1655	37	12	16	33	1.86
862739--862785	24	2.0	24	91	0	76	36	19	23	21	1.95
865145--865169	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
865171--865219	24	2.0	24	92	0	80	32	6	10	51	1.61
869473--869511	15	2.5	15	87	4	60	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873170--873443	136	2.0	137	99	0	541	29	6	21	41	1.79
873201--873477	136	2.0	136	91	1	448	31	6	21	40	1.80
879768--879811	23	1.9	23	86	9	63	47	11	0	40	1.39
880154--880189	13	2.4	16	78	21	51	52	0	2	44	1.15
880151--880180	14	2.2	14	94	5	53	66	0	0	33	0.92
882552--882603	1	52.0	1	100	0	104	100	0	0	0	0.00
884891--884954	30	2.1	30	97	0	119	9	39	9	42	1.70
885345--885370	5	5.2	5	100	0	52	0	0	57	42	0.98
885782--885825	18	2.4	19	81	14	56	22	4	11	61	1.48
885877--885908	5	6.2	5	96	3	55	37	3	0	59	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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