genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  60  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19669592--19669639	20	2.5	20	90	10	73	37	0	8	54	1.31
19669923--19669961	20	2.0	20	84	0	51	41	5	5	48	1.47
19671735--19671792	21	2.8	21	97	0	107	39	8	5	46	1.57
19672567--19672797	88	2.6	85	78	8	212	34	12	11	41	1.79
19672661--19672821	87	1.9	87	81	5	200	36	14	8	40	1.77
19672608--19673183	83	6.8	84	81	6	533	33	11	10	44	1.75
19672805--19673183	167	2.3	168	87	4	525	32	10	10	46	1.72
19673908--19673973	31	2.1	31	97	0	123	37	12	22	27	1.90
19683148--19683183	18	2.0	18	94	0	63	25	27	5	41	1.77
19683379--19683422	21	2.1	21	91	0	70	29	40	22	6	1.80
19683584--19684218	317	2.0	318	99	0	1263	31	18	13	36	1.90
19684176--19684496	125	2.6	125	90	0	489	29	16	16	37	1.91
19684551--19684660	34	3.3	33	80	9	132	44	14	0	40	1.45
19684724--19684759	15	2.4	15	90	0	54	55	36	0	8	1.30
19687762--19687800	9	4.4	9	80	6	53	71	0	28	0	0.86
19687756--19687817	23	2.7	23	85	9	74	67	0	32	0	0.91
19687756--19687818	26	2.5	26	84	2	83	68	0	31	0	0.90
19688332--19688361	3	10.0	3	92	0	51	63	0	36	0	0.95
19688602--19688670	30	2.3	31	85	7	88	20	7	21	50	1.72
19689614--19689673	32	1.9	31	86	3	84	28	3	6	61	1.37
19693668--19693834	88	1.9	87	87	3	246	32	16	11	39	1.85
19695264--19695336	27	2.7	27	78	0	83	21	26	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19695420--19695462	22	2.0	22	90	9	70	65	0	34	0	0.93
19695422--19695458	18	2.1	18	100	0	74	67	0	32	0	0.91
19695906--19695943	20	1.9	19	85	15	51	44	0	28	26	1.54
19697000--19697056	21	2.8	20	81	5	78	31	17	29	21	1.96
19699187--19699502	49	6.5	49	92	1	496	30	11	12	45	1.78
19699187--19699502	97	3.2	97	93	2	501	30	11	12	45	1.78
19699777--19699839	33	1.9	33	90	0	99	22	12	49	15	1.79
19706758--19706830	30	2.4	30	86	0	101	21	31	31	15	1.94
19706789--19706822	17	2.0	17	88	11	52	26	35	26	11	1.91
19714861--19714898	17	2.2	17	95	0	67	52	2	13	31	1.54
19716654--19717048	68	5.8	68	83	0	414	35	19	22	22	1.96
19719543--19719604	32	1.9	32	90	0	97	38	20	9	30	1.85
19720792--19720848	26	2.0	27	83	12	71	43	3	5	47	1.43
19722376--19722447	37	1.9	37	94	0	126	54	2	23	19	1.57
19749872--19749934	33	1.9	33	87	6	92	58	0	1	39	1.07
19749924--19749970	22	2.1	22	88	4	67	68	6	6	19	1.34
19749967--19750023	27	2.1	27	86	0	78	66	0	7	26	1.17
19750028--19750113	27	3.3	25	73	9	64	65	5	6	22	1.39
19758414--19758502	15	5.7	15	69	21	51	23	1	5	69	1.16
19758410--19758502	27	3.4	26	72	20	82	23	1	5	69	1.15
19758410--19758536	55	2.3	55	91	1	200	23	3	5	67	1.26
19758432--19758530	28	3.6	27	73	18	89	22	4	6	67	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19767118--19767193	33	2.3	33	77	4	82	35	15	21	27	1.94
19774567--19774723	33	4.7	33	67	12	95	33	17	22	26	1.96
19774531--19774758	101	2.3	101	87	0	321	31	17	24	27	1.97
19774666--19774739	33	2.2	32	79	11	78	32	18	24	24	1.97
19774728--19775165	215	2.0	216	94	0	770	34	13	21	30	1.92
19778350--19778450	41	2.5	41	96	0	184	21	30	20	26	1.98
19778432--19778576	41	3.5	41	85	1	175	29	25	17	26	1.98
19778472--19778590	41	2.9	41	87	0	139	31	24	18	26	1.98
19787461--19787533	32	2.4	31	77	6	76	36	9	12	41	1.75
19788302--19788381	38	2.1	38	83	4	99	55	6	5	33	1.47
19800625--19800649	12	2.1	12	100	0	50	44	24	0	32	1.54
19803924--19803989	25	2.7	25	79	6	73	34	16	27	21	1.95
19803997--19804110	25	4.5	25	76	10	81	36	19	22	21	1.95
19804019--19804116	27	3.7	26	79	5	108	37	17	23	21	1.94
19804008--19804130	52	2.4	52	86	8	178	34	17	26	21	1.95
19804203--19804249	25	1.9	25	91	4	78	38	19	25	17	1.92
19807327--19807403	13	5.9	13	74	17	70	35	5	23	36	1.77
19807328--19807403	26	2.9	26	94	3	127	35	3	23	36	1.74
19812866--19813707	421	2.0	421	99	0	1675	27	20	14	37	1.92
19820258--19820288	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
19824005--19824041	7	5.3	7	100	0	74	40	16	13	29	1.86
19839525--19839558	18	1.9	18	88	5	52	47	2	2	47	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19843071--19843186	28	4.1	27	77	10	92	28	14	18	38	1.90
19843170--19843273	30	3.5	30	72	7	104	30	17	14	37	1.89
19846726--19846850	61	2.0	62	98	1	243	31	8	16	44	1.76
19846827--19846866	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
19846835--19846901	35	1.9	35	87	3	100	31	10	13	44	1.77
19846850--19846889	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
19853732--19853785	24	2.2	24	90	0	81	66	20	11	1	1.32
19860344--19860376	17	1.9	17	88	11	50	60	12	0	27	1.32
19861235--19861363	50	2.6	50	83	0	150	19	27	24	29	1.98
19865857--19865952	23	4.2	23	84	5	124	14	1	38	45	1.52
19865857--19865952	45	2.1	46	86	5	133	14	1	38	45	1.52
19866398--19866665	134	2.0	134	99	0	527	35	23	7	33	1.84
19871063--19871110	17	2.8	17	74	0	51	64	8	2	25	1.32
19879162--19879219	29	2.0	29	96	0	107	13	8	27	50	1.71
19882728--19882785	31	1.9	29	83	13	73	53	6	5	34	1.50
19882792--19882822	12	2.6	12	94	0	53	61	3	0	35	1.12
19895737--19895780	21	2.1	21	83	8	54	29	9	15	45	1.77
19896904--19897003	36	2.7	36	89	6	148	46	3	17	34	1.63
19902126--19902430	152	2.0	153	99	0	603	34	12	23	30	1.91
19906732--19906765	12	2.8	12	90	0	50	0	8	50	41	1.34
19908095--19908132	5	7.6	5	93	0	58	55	0	5	39	1.23
19908867--19908912	21	2.1	22	88	11	69	30	0	43	26	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19910851--19910889	18	2.1	19	90	4	62	46	10	12	30	1.75
19923663--19923710	23	2.1	23	88	7	71	37	18	10	33	1.85
19931742--19931800	25	2.4	25	78	16	68	23	16	22	37	1.94
19944694--19944730	17	2.2	17	100	0	74	10	16	21	51	1.74
19948514--19948591	25	3.1	25	71	14	70	21	21	17	38	1.93
19953548--19953606	11	5.3	11	72	24	52	32	1	5	61	1.28
19953909--19953962	21	2.6	21	90	0	90	35	16	25	22	1.95
19958360--19958414	19	2.8	19	83	8	67	60	3	12	23	1.49
19958891--19959011	22	5.5	22	75	0	107	9	23	22	44	1.82
19958917--19959011	44	2.2	44	86	0	127	11	22	22	44	1.84
19961841--19961895	24	2.3	24	87	6	85	49	5	5	40	1.49
19976646--19976675	14	2.1	15	93	6	53	3	20	0	76	0.92
19978391--19978420	13	2.3	13	94	0	51	73	0	3	23	0.98
19979496--19979521	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
19980277--19981211	50	18.7	49	68	5	317	23	20	23	32	1.98
19980250--19981207	100	9.6	100	83	2	1034	23	19	23	32	1.97
19981224--19981331	46	2.3	46	91	0	180	28	17	24	29	1.97
19982740--19982774	15	2.4	15	90	4	54	14	14	0	71	1.15
19988265--19988325	31	2.0	31	96	3	115	40	22	16	19	1.90
19990636--19990691	28	1.9	29	85	7	78	60	3	3	32	1.31
19991185--19991219	14	2.5	14	90	0	61	0	5	42	51	1.25
19994567--19994607	21	2.0	21	90	0	64	26	12	9	51	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19997549--19997623	6	12.7	6	85	2	62	81	9	2	6	0.96
19997573--19997618	12	3.8	12	97	0	83	84	13	2	0	0.71
19997573--19997618	18	2.6	18	96	0	83	84	13	2	0	0.71
20010263--20010290	9	3.1	9	100	0	56	35	0	10	53	1.36
20010275--20010346	35	2.1	35	97	0	135	41	5	11	41	1.64
20010701--20010726	13	2.0	13	100	0	52	61	7	15	15	1.55
20011261--20011362	21	4.9	21	98	0	195	24	27	23	24	2.00
20015575--20015612	13	2.9	13	100	0	76	23	7	28	39	1.83
20016142--20016167	12	2.2	12	100	0	52	30	42	0	26	1.56
20017595--20017731	72	1.9	72	93	0	238	55	15	6	22	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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