genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  65  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21590608--21590654	10	4.7	10	82	10	60	65	4	0	29	1.11
21590607--21590654	19	2.4	20	89	6	71	64	4	0	31	1.12
21590608--21590665	10	5.8	10	78	15	57	65	3	1	29	1.19
21591683--21591739	22	2.7	21	84	12	73	43	0	29	26	1.55
21596665--21596703	16	2.5	15	84	12	51	28	5	25	41	1.77
21603811--21603855	22	2.0	22	100	0	90	35	17	13	33	1.89
21607863--21607900	20	1.9	20	88	0	58	47	10	0	42	1.38
21608241--21608281	21	2.0	21	85	0	55	56	7	9	26	1.58
21609430--21609468	16	2.4	16	91	4	60	58	15	0	25	1.37
21619166--21619379	22	9.7	22	83	0	275	40	19	12	28	1.87
21619166--21619379	44	4.9	44	89	2	322	40	19	12	28	1.87
21619175--21619379	88	2.3	88	92	3	358	40	18	12	28	1.87
21620275--21620433	43	3.7	42	78	5	133	30	28	18	23	1.97
21622817--21622855	19	2.1	18	90	4	60	76	5	7	10	1.13
21623236--21623265	15	2.0	15	100	0	60	40	6	13	40	1.71
21624188--21624352	80	2.1	80	88	3	244	36	12	10	40	1.79
21626364--21626393	11	2.6	12	94	5	53	40	0	0	60	0.97
21626490--21626579	45	2.0	45	95	2	164	43	13	24	18	1.86
21630829--21630882	25	2.2	25	96	0	99	31	25	9	33	1.88
21631482--21631527	19	2.4	19	85	0	56	34	2	39	23	1.67
21631465--21631527	9	6.8	9	77	10	56	33	3	41	22	1.70
21631781--21631839	28	2.1	29	83	3	75	40	18	11	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21632207--21632259	22	2.4	22	81	6	63	22	1	22	52	1.56
21634046--21634153	56	1.9	56	96	0	198	28	17	31	22	1.97
21636616--21636670	20	2.4	25	77	22	68	58	5	5	30	1.44
21641493--21641707	109	2.0	109	99	0	421	33	6	7	52	1.54
21642537--21642587	15	3.5	15	76	15	61	33	0	1	64	1.05
21642563--21642600	20	1.9	20	84	10	51	31	2	2	63	1.22
21642705--21642748	14	2.8	16	80	16	56	52	0	0	47	1.00
21642787--21642834	15	3.3	15	76	5	53	6	10	6	77	1.13
21643001--21643033	13	2.4	14	85	5	50	66	18	6	9	1.40
21644695--21644942	43	5.8	43	78	6	200	31	23	17	28	1.97
21644719--21644944	86	2.6	85	80	8	235	31	24	17	26	1.97
21647736--21647764	13	2.2	13	100	0	58	37	0	0	62	0.96
21654644--21655464	3	273.7	3	100	0	1642	66	0	33	0	0.92
21656609--21656726	50	2.4	50	82	0	137	25	21	23	29	1.99
21656796--21657079	50	5.7	50	66	8	166	29	21	23	24	1.99
21656804--21657312	100	5.1	100	91	0	730	30	21	22	26	1.99
21656854--21657113	50	5.2	50	68	3	191	31	21	21	25	1.98
21656854--21657229	50	7.5	50	65	5	186	31	21	21	26	1.98
21657123--21657279	50	3.1	50	63	7	129	29	19	22	29	1.98
21659307--21659338	10	3.4	10	87	12	50	40	0	0	59	0.97
21660991--21661217	9	25.2	9	93	0	373	29	0	26	44	1.55
21660991--21661217	27	8.4	27	99	0	445	29	0	26	44	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21661323--21661404	43	1.9	43	94	0	146	26	29	18	25	1.98
21664103--21664166	30	2.1	30	82	5	76	50	25	0	25	1.50
21664116--21664158	15	2.9	15	82	10	52	51	20	0	27	1.48
21664111--21664183	38	1.9	38	86	5	103	52	23	0	24	1.48
21664460--21664576	40	2.9	39	79	10	130	26	22	22	29	1.99
21664649--21664798	40	3.8	40	87	0	201	24	23	22	30	1.99
21664441--21664984	190	2.9	188	80	7	565	26	23	19	31	1.98
21664841--21665005	40	4.2	40	77	1	161	23	22	21	33	1.97
21667870--21668019	75	2.0	75	100	0	300	34	12	13	40	1.81
21668334--21668364	16	1.9	16	93	0	53	22	0	38	38	1.54
21669168--21669284	28	4.2	27	82	5	135	21	17	3	57	1.55
21669901--21670056	78	2.0	78	89	0	240	32	16	19	32	1.93
21672120--21672581	154	3.0	154	97	0	854	34	15	21	28	1.94
21673508--21673543	19	1.9	19	88	5	56	5	16	2	75	1.12
21677241--21677293	13	4.1	13	80	9	54	37	20	3	37	1.71
21679246--21679285	7	5.7	7	100	0	80	72	0	0	27	0.85
21682992--21683064	23	3.1	23	73	9	76	34	16	23	26	1.95
21685009--21685098	39	2.3	39	86	0	117	34	15	32	17	1.92
21687601--21687656	27	2.1	27	82	0	67	19	25	21	33	1.97
21695840--21695896	17	3.4	16	80	4	60	47	1	0	50	1.11
21695848--21695912	9	7.7	9	76	11	50	41	3	0	55	1.15
21696152--21696480	130	2.5	130	90	1	491	33	7	17	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21699511--21699665	52	3.0	52	84	6	199	38	12	16	32	1.87
21699705--21699746	20	2.2	19	83	12	50	59	7	2	30	1.37
21699705--21699747	21	2.2	19	83	8	50	60	6	2	30	1.35
21699892--21700047	57	2.7	58	78	7	163	27	7	2	62	1.36
21701326--21701350	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
21701763--21701792	7	4.3	7	100	0	60	46	0	40	13	1.43
21718528--21718595	34	2.0	35	88	2	102	54	8	7	29	1.58
21718989--21719216	43	5.3	43	82	3	262	26	28	18	27	1.98
21719482--21719572	43	2.1	42	82	4	110	43	9	12	34	1.75
21719983--21720074	41	2.2	41	88	7	134	31	29	19	19	1.97
21719983--21720103	41	3.0	40	80	10	120	32	32	17	18	1.94
21742807--21742942	68	2.0	67	84	4	175	36	17	24	22	1.95
21742873--21743189	40	7.9	40	80	5	338	32	16	28	22	1.95
21742873--21743147	120	2.3	120	86	1	381	32	17	29	21	1.96
21751435--21751514	21	3.9	21	75	1	72	20	20	16	43	1.88
21751453--21751535	42	2.0	42	85	4	114	15	20	18	45	1.85
21754566--21755145	192	3.0	192	98	1	1110	34	17	14	34	1.90
21759220--21759797	190	3.0	194	89	2	912	46	13	15	24	1.82
21770943--21771022	26	3.3	22	81	15	72	35	20	23	21	1.96
21771211--21771239	14	2.1	14	100	0	58	51	13	6	27	1.66
21776158--21776192	18	1.9	19	88	11	56	25	31	8	34	1.86
21777816--21778752	468	2.0	468	100	0	1874	33	19	13	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21779347--21779405	23	2.4	24	81	16	68	32	22	22	23	1.98
21779342--21779438	26	3.8	26	77	13	87	30	21	23	23	1.99
21783120--21783151	16	2.1	16	94	5	57	40	3	6	50	1.43
21783271--21783325	23	2.4	24	82	8	62	32	3	3	60	1.32
21783637--21783715	31	2.5	31	87	4	106	24	15	12	48	1.79
21784976--21785001	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21788243--21788352	37	3.0	35	78	16	109	40	2	3	53	1.33
21789890--21790244	113	3.1	113	100	0	710	28	19	26	25	1.99
21792538--21792635	42	2.3	42	91	5	153	25	21	23	29	1.99
21794129--21794181	20	2.6	21	79	8	65	18	0	7	73	1.06
21794126--21794173	19	2.6	18	83	9	60	16	0	6	77	0.97
21795376--21795461	36	2.4	36	90	2	127	5	27	12	53	1.61
21799520--21799554	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
21799702--21799806	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
21799700--21799809	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
21799788--21799857	16	4.4	16	96	0	104	32	35	0	31	1.58
21802137--21802219	17	4.7	18	76	10	73	20	1	2	75	0.98
21802138--21802178	18	2.3	17	84	12	55	14	0	2	82	0.76
21802144--21802185	13	3.3	13	90	6	68	19	0	0	80	0.70
21802144--21802185	19	2.2	19	91	8	68	19	0	0	80	0.70
21802144--21802185	6	6.7	6	91	8	66	19	0	0	80	0.70
21802205--21802266	23	2.7	22	85	9	79	38	1	0	59	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21802167--21802242	34	2.3	32	78	10	82	26	2	1	69	1.09
21802207--21802266	24	2.5	24	86	7	79	38	1	0	60	1.07
21810965--21811030	18	3.8	18	74	9	57	45	0	3	51	1.16
21810998--21811061	20	3.2	20	84	8	78	43	0	3	53	1.16
21814090--21814148	26	2.2	27	84	3	75	72	0	13	13	1.11
21817449--21817505	28	2.0	28	82	6	69	40	12	12	35	1.80
21817492--21817527	18	2.0	18	88	0	54	50	5	8	36	1.56
21822268--21822518	116	2.2	116	92	0	412	29	23	19	27	1.98
21822842--21822913	36	2.0	36	91	0	117	38	16	15	29	1.89
21827371--21827408	16	2.3	17	81	9	51	23	31	23	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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