genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  35  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11221953--11221998	18	2.7	17	80	6	58	71	0	0	28	0.86
11222106--11222170	21	3.2	21	79	18	66	38	0	4	56	1.20
11222101--11222200	10	9.8	10	71	14	62	36	2	3	59	1.24
11222133--11222180	21	2.2	21	88	3	69	39	2	2	56	1.23
11222888--11222941	9	5.8	9	81	16	65	42	0	0	57	0.98
11223010--11223039	9	3.4	9	95	4	53	20	0	6	73	1.05
11234343--11234375	9	3.5	10	88	12	52	36	9	9	45	1.68
11236480--11236508	11	2.6	11	100	0	58	24	27	10	37	1.88
11238147--11238223	33	2.3	33	90	0	127	42	33	7	15	1.76
11258246--11258286	19	2.2	19	90	0	64	24	24	0	51	1.49
11260067--11260102	17	2.1	17	100	0	72	38	11	22	27	1.88
11272020--11272058	15	2.6	15	91	0	60	15	7	35	41	1.76
11272547--11272837	44	6.7	44	75	7	200	28	20	19	31	1.97
11272730--11273141	44	9.4	44	71	10	202	27	24	18	28	1.98
11272467--11273245	218	3.6	217	85	4	927	27	23	18	30	1.98
11273319--11273603	131	2.2	131	97	0	534	22	24	23	30	1.99
11274842--11274884	7	6.1	7	82	15	54	13	16	0	69	1.19
11274842--11274884	13	3.1	15	87	9	56	13	16	0	69	1.19
11275711--11275754	15	3.2	13	81	15	52	4	15	0	79	0.89
11275711--11275754	13	3.2	13	81	12	52	4	15	0	79	0.89
11275759--11275820	20	3.2	20	74	2	54	6	8	8	77	1.13
11275724--11275814	46	2.0	47	82	6	114	7	12	5	74	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11282225--11282256	15	2.1	15	94	0	55	15	6	34	43	1.72
11285152--11285199	20	2.5	20	86	3	62	33	14	8	43	1.75
11286032--11286239	91	2.3	91	88	2	294	29	24	14	31	1.95
11290829--11290856	1	28.0	1	100	0	56	0	100	0	0	0.00
11292931--11292977	24	2.0	24	87	8	69	51	2	8	38	1.45
11298348--11298408	19	3.5	19	68	25	62	27	13	16	42	1.85
11298346--11298411	32	2.1	32	100	0	132	28	12	15	43	1.82
11299939--11299994	28	2.0	27	83	13	69	37	1	23	37	1.65
11308388--11308560	70	2.5	70	87	2	242	32	12	19	35	1.89
11309271--11309330	25	2.4	25	97	0	111	40	30	1	28	1.66
11311813--11312072	138	1.9	138	95	0	475	41	15	11	31	1.82
11312292--11312369	38	2.0	39	97	2	149	33	12	28	25	1.93
11315173--11315212	16	2.5	17	80	19	50	25	2	2	70	1.13
11317801--11317832	15	2.0	17	88	11	50	0	21	56	21	1.43
11317800--11317853	18	2.9	18	76	13	56	3	22	55	18	1.58
11319993--11320063	31	2.3	31	85	4	90	23	12	19	43	1.86
11327712--11327741	16	1.9	16	93	6	53	30	0	0	70	0.88
11332482--11332833	184	1.9	183	87	0	515	33	13	18	34	1.90
11335138--11335183	21	2.2	21	84	0	56	26	21	10	41	1.86
11335248--11335286	11	3.5	11	86	6	60	76	0	20	2	0.90
11335247--11335287	12	3.5	12	75	18	50	78	0	19	2	0.87
11335560--11335678	47	2.5	47	79	0	130	31	6	21	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11335867--11335986	42	2.9	42	86	3	154	20	11	10	58	1.61
11335867--11336031	21	8.0	21	72	9	108	21	12	10	56	1.65
11335921--11336031	20	5.4	21	74	15	90	22	14	10	52	1.72
11336194--11336260	21	3.2	21	72	8	73	19	7	14	58	1.60
11336202--11336316	20	5.7	20	70	7	70	25	11	9	53	1.66
11336353--11336443	36	2.6	36	89	8	136	31	26	7	34	1.85
11339909--11339961	16	3.3	16	94	0	97	39	5	33	20	1.76
11342689--11342716	14	2.0	14	100	0	56	64	0	28	7	1.20
11342692--11342736	19	2.2	22	88	11	69	68	0	24	6	1.13
11343482--11343774	155	1.9	154	94	0	523	26	12	11	48	1.76
11344731--11344876	33	4.5	33	74	12	117	36	7	4	51	1.49
11345999--11346073	35	2.1	36	83	9	93	60	0	0	40	0.97
11346250--11346275	12	2.2	12	100	0	52	38	7	15	38	1.76
11349068--11349110	23	1.9	23	90	4	70	60	2	0	37	1.10
11349715--11349766	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
11357309--11357360	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
11357875--11357913	20	2.0	19	90	5	60	56	2	5	35	1.35
11366777--11366848	28	2.5	28	75	20	76	52	0	5	41	1.24
11366828--11367398	70	8.2	70	99	0	1124	40	4	5	49	1.45
11367471--11367509	17	2.3	17	90	0	60	48	2	2	46	1.29
11378016--11378102	45	1.9	45	88	0	129	39	12	6	41	1.70
11383271--11383591	106	3.0	106	93	0	552	31	18	17	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11394858--11395670	44	19.0	42	67	10	281	30	21	21	26	1.98
11394850--11395622	129	6.0	129	89	0	1093	30	21	21	26	1.98
11395569--11395683	44	2.6	44	81	2	115	30	20	23	25	1.99
11397757--11398295	106	5.1	106	92	2	834	32	18	16	32	1.93
11399476--11400088	77	7.9	77	94	2	940	54	10	9	25	1.64
11402394--11402581	43	4.3	43	87	5	252	31	26	19	22	1.97
11402394--11402558	89	1.9	89	90	0	267	31	26	20	21	1.98
11406799--11406871	36	2.0	36	94	0	128	28	20	13	36	1.91
11409944--11410256	41	7.4	42	80	12	329	33	27	20	18	1.96
11410086--11410184	52	1.9	52	89	4	155	33	27	23	16	1.95
11410003--11410272	134	2.0	134	89	4	420	31	28	21	18	1.97
11410050--11410225	93	1.9	93	90	4	284	32	28	21	17	1.96
11410463--11410575	41	2.8	41	90	0	172	29	30	20	20	1.97
11411040--11411133	49	1.9	49	82	8	120	48	21	2	27	1.61
11411345--11411458	33	3.4	34	72	10	101	51	13	1	33	1.51
11411362--11411460	32	3.1	31	70	11	90	52	12	2	33	1.50
11411336--11411460	66	1.9	66	93	0	214	52	14	1	31	1.51
11413151--11413177	5	5.4	5	100	0	54	59	0	40	0	0.98
11413668--11413724	14	3.6	16	79	13	64	50	0	1	47	1.11
11424686--11424958	91	3.0	91	99	0	537	35	18	10	35	1.86
11439488--11439564	25	2.9	26	81	9	93	66	1	0	32	1.00
11439480--11439523	22	2.0	22	82	8	54	56	2	0	40	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11452402--11452453	22	2.3	22	83	9	61	44	0	1	53	1.11
11452631--11452668	20	2.0	20	89	5	60	42	2	2	52	1.29
11454314--11454379	21	3.1	21	77	18	57	31	3	0	65	1.08
11459067--11459194	44	2.9	44	77	6	143	23	25	21	28	1.99
11459284--11459679	87	4.6	87	98	0	738	23	25	22	27	2.00
11459356--11459579	43	5.2	43	61	18	122	23	25	24	26	2.00
11464701--11464744	21	2.1	21	83	8	54	15	18	9	56	1.65
11465537--11465573	18	2.1	18	100	0	74	21	27	10	40	1.86
11465973--11466124	60	2.5	60	89	1	234	32	6	7	52	1.56
11467730--11468046	156	2.0	156	87	6	455	29	20	14	35	1.92
11469137--11469171	6	5.8	6	100	0	70	17	0	14	68	1.21
11476794--11476828	16	2.2	16	90	10	54	37	5	20	37	1.76
11477917--11477961	22	2.0	23	84	16	60	44	8	2	44	1.47
11480222--11480355	35	3.8	36	83	4	148	40	35	11	12	1.80
11485920--11486057	46	3.0	45	94	3	240	34	11	26	28	1.91
11491565--11491702	46	3.0	46	91	0	213	35	9	26	28	1.88
11496803--11496846	22	1.9	24	90	9	74	40	11	0	47	1.39
11505782--11505903	56	2.1	58	93	3	212	47	4	18	28	1.69
11507571--11507661	35	2.6	35	80	0	110	35	16	20	27	1.94
11514366--11514429	31	2.1	31	100	0	128	32	6	12	48	1.66
11520557--11520802	118	2.1	116	80	8	268	36	20	14	29	1.92
11523152--11523200	24	2.0	24	84	4	62	44	2	4	48	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11523160--11523249	20	4.4	20	77	16	87	42	1	3	53	1.24
11523405--11523430	9	2.9	9	100	0	52	46	0	11	42	1.40
11525324--11525368	22	2.1	21	87	4	63	13	17	28	40	1.88
11525406--11525678	43	6.3	43	80	5	266	30	30	16	22	1.96
11531389--11531417	15	1.9	15	100	0	58	44	34	0	20	1.52
11531577--11531612	18	2.0	18	100	0	72	44	22	0	33	1.53
11537166--11537205	21	1.9	21	84	0	53	47	0	30	22	1.52
11539418--11539487	14	4.8	14	69	22	54	72	4	4	18	1.17
11539430--11539501	22	3.1	22	76	21	76	70	2	8	18	1.24
11539425--11539500	23	3.4	23	84	13	97	69	3	7	18	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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