genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   

This is table  5  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1652235--1652281	23	2.0	23	95	0	85	63	0	36	0	0.94
1652237--1652289	17	3.3	15	82	17	63	66	0	33	0	0.92
1652235--1652289	20	2.7	19	86	10	74	65	0	34	0	0.93
1652423--1652488	19	3.2	21	87	10	100	28	0	12	59	1.33
1656535--1656579	22	2.1	21	87	4	63	64	2	31	2	1.18
1656535--1656587	21	2.5	22	84	6	65	64	1	30	3	1.22
1658875--1658937	27	2.4	26	89	5	108	57	6	0	36	1.24
1659280--1659332	6	8.8	6	87	0	61	3	28	32	35	1.75
1661021--1661099	39	2.1	38	95	2	140	37	2	3	55	1.31
1661523--1661563	19	2.2	19	95	0	73	31	0	17	51	1.46
1661703--1661793	8	10.4	8	69	17	56	48	14	1	36	1.51
1661729--1661872	27	5.8	26	78	14	162	54	13	0	31	1.44
1661706--1661800	19	5.2	19	65	19	51	49	16	1	32	1.53
1661682--1661863	76	2.4	73	85	9	242	52	14	1	32	1.49
1661756--1661872	49	2.4	48	88	1	171	54	13	0	30	1.45
1661832--1661874	21	2.0	22	95	4	79	58	13	0	27	1.37
1664191--1664319	60	2.1	60	80	9	147	27	11	15	44	1.81
1671886--1671938	22	2.5	22	72	6	56	58	3	1	35	1.27
1671981--1672029	15	3.2	15	76	2	53	71	2	4	22	1.13
1673134--1673176	16	2.8	15	72	6	50	48	6	4	39	1.51
1674040--1674073	16	2.1	16	88	0	50	17	5	0	76	0.98
1674909--1675224	27	11.7	27	85	3	388	31	17	14	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1675504--1675566	34	1.9	32	90	6	99	31	19	25	23	1.98
1679283--1679323	21	2.0	21	90	0	64	34	2	0	63	1.08
1684037--1684128	3	30.3	3	77	10	80	58	6	2	32	1.36
1696972--1697056	44	1.9	44	100	0	170	45	12	5	35	1.67
1697571--1697609	16	2.4	17	83	12	55	30	0	0	69	0.89
1704522--1704598	39	2.0	39	89	5	120	61	0	3	35	1.15
1704522--1704598	40	2.0	38	87	10	111	61	0	3	35	1.15
1706909--1707332	76	5.6	76	78	4	356	24	17	13	43	1.86
1706861--1707355	152	3.3	149	80	3	513	25	18	13	42	1.86
1706908--1707332	228	1.9	227	79	4	489	24	18	13	43	1.86
1707715--1707752	18	2.1	19	85	5	51	47	0	2	50	1.15
1707742--1707775	2	17.0	2	87	0	50	50	0	0	50	1.00
1710159--1710200	13	3.2	13	81	15	50	73	0	0	26	0.83
1714056--1714094	19	2.0	20	90	10	62	20	2	12	64	1.40
1715849--1715906	15	3.6	15	72	17	53	46	0	3	50	1.18
1715937--1715980	13	3.3	14	84	9	56	50	0	0	50	1.00
1715939--1715978	14	2.8	16	78	21	52	47	0	0	52	1.00
1716949--1717054	54	2.0	54	88	0	158	26	18	33	20	1.96
1717329--1717421	48	1.9	48	88	0	141	40	10	25	22	1.86
1718360--1718403	22	2.1	21	88	12	65	38	4	13	43	1.65
1720530--1720604	26	2.7	28	75	8	73	52	5	6	36	1.51
1721587--1721616	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1725818--1725855	17	2.2	18	85	4	51	28	0	13	57	1.36
1738642--1738790	35	4.2	35	66	20	110	34	2	8	54	1.43
1738631--1738848	108	2.0	109	99	0	429	33	1	9	55	1.43
1739380--1739462	16	5.2	16	67	11	62	50	21	6	21	1.70
1748479--1748547	23	2.8	25	78	6	79	55	1	2	40	1.24
1751643--1751696	24	2.2	25	90	3	83	20	25	14	38	1.91
1751678--1751742	22	3.0	22	81	0	76	16	21	16	44	1.86
1754324--1754382	23	2.6	23	78	2	66	54	1	0	44	1.10
1756711--1756735	11	2.3	11	100	0	50	16	16	20	48	1.82
1757094--1757133	20	2.0	20	100	0	80	30	25	10	35	1.88
1789010--1789046	18	2.1	18	94	0	65	54	29	0	16	1.43
1789214--1789285	35	2.1	35	100	0	144	54	8	11	26	1.64
1791062--1791099	18	2.1	19	85	5	51	52	0	0	47	1.00
1792414--1792448	18	2.0	18	88	5	54	20	2	5	71	1.19
1797913--1797948	16	2.2	16	95	0	63	27	0	33	38	1.57
1798184--1798218	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1798275--1798437	26	6.3	27	66	26	86	49	1	2	46	1.25
1798331--1798498	47	3.7	46	70	18	143	47	4	2	45	1.37
1798390--1798450	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
1823949--1823987	20	1.9	21	89	5	62	41	0	0	58	0.98
1825798--1825822	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
1835184--1835551	184	2.0	183	80	5	413	33	8	14	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1835184--1835551	92	4.0	92	76	4	332	33	8	14	43	1.75
1836319--1836361	21	2.2	20	87	8	61	30	0	4	65	1.13
1836318--1836362	20	2.3	18	82	14	54	33	0	4	62	1.15
1836564--1837040	237	2.0	238	99	0	947	40	12	10	37	1.77
1837393--1837430	18	2.1	19	90	5	60	68	0	0	31	0.90
1843899--1844177	141	2.0	141	89	2	427	27	21	20	30	1.98
1844390--1844772	129	2.8	133	83	5	452	28	18	20	32	1.96
1844992--1845650	142	4.7	141	84	4	870	27	20	21	30	1.98
1866627--1866661	16	2.1	16	89	10	52	54	0	0	45	0.99
1875473--1875772	151	2.0	151	80	3	345	44	16	14	24	1.85
1876151--1876543	196	2.0	197	99	0	779	35	16	12	35	1.87
1884945--1884985	19	2.1	20	86	4	57	34	0	0	65	0.93
1886549--1886577	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
1895212--1895242	10	2.9	11	90	9	55	35	0	0	64	0.94
1899802--1899846	11	3.9	11	83	11	63	60	4	0	35	1.17
1902384--1902451	19	3.7	19	77	11	70	57	5	0	36	1.23
1902385--1902526	9	14.7	9	66	20	56	59	3	1	35	1.23
1906700--1906746	24	2.0	24	84	16	62	51	14	0	34	1.43
1907555--1907593	20	2.0	20	95	5	71	41	5	2	51	1.38
1913856--1913892	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
1917162--1917221	23	2.6	22	82	7	75	28	8	1	61	1.34
1917203--1917240	19	2.0	20	94	5	69	34	7	0	57	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1919489--1919538	24	2.1	24	100	0	100	20	8	36	36	1.82
1919308--1919746	232	1.9	232	95	0	788	32	18	18	29	1.95
1931213--1931269	29	2.0	29	83	13	73	42	5	8	43	1.58
1943004--1943097	19	5.2	18	75	7	73	82	7	8	1	0.87
1943002--1943066	32	2.0	33	85	8	89	80	9	9	1	0.98
1943005--1943104	17	5.8	17	72	12	71	83	7	8	2	0.90
1943004--1943125	35	3.4	33	75	17	95	81	6	8	3	0.95
1943004--1943124	14	8.8	13	72	15	66	82	5	8	3	0.93
1943004--1943111	1	108.0	1	71	0	54	83	6	7	2	0.90
1943555--1943584	8	3.6	8	91	8	51	86	3	10	0	0.67
1946828--1947724	82	11.0	82	90	2	1338	32	26	20	21	1.97
1950889--1951136	57	4.4	57	85	3	313	23	25	24	26	2.00
1956959--1957089	43	3.0	42	80	14	142	29	28	18	23	1.98
1958572--1959025	226	2.0	227	99	0	901	33	7	11	47	1.67
1963309--1963338	14	2.1	14	100	0	60	40	13	16	30	1.87
1976400--1976446	24	2.0	24	87	4	69	0	14	8	76	1.01
1993139--1993168	3	10.0	3	100	0	60	0	33	33	33	1.58
1995422--1995479	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
1995451--1995503	19	3.0	17	84	10	70	37	18	7	35	1.80
1995435--1995492	19	2.8	20	87	10	73	41	17	5	36	1.72
2003189--2003246	27	2.2	26	79	11	64	44	1	1	51	1.21
2003369--2003402	17	2.1	17	88	5	52	38	5	0	55	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2006976--2007145	59	2.9	59	97	0	313	44	8	5	41	1.57
2007158--2007189	16	2.0	16	93	0	55	46	9	0	43	1.35
2008851--2008965	57	2.0	57	96	0	212	42	2	1	53	1.25
2010717--2010756	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
2010705--2010770	35	1.9	34	90	6	107	46	13	7	31	1.71
2018117--2018156	17	2.4	17	87	4	55	52	25	2	20	1.59
2032487--2032538	16	3.3	16	81	2	52	32	7	11	48	1.68
2035925--2035970	18	2.6	18	89	0	65	6	0	50	43	1.28
2039329--2039717	76	5.1	76	99	0	751	23	17	16	41	1.90
2046847--2046988	60	2.3	63	81	6	175	42	19	14	23	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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