genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  58  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18830325--18830355	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
18831075--18831174	19	5.2	20	69	8	64	63	2	4	31	1.24
18831084--18831174	38	2.4	39	81	1	94	63	2	4	29	1.25
18839222--18839263	14	3.0	14	82	0	57	42	16	9	30	1.80
18844599--18844855	45	5.7	45	85	1	300	36	13	21	28	1.91
18844599--18844854	135	1.9	133	83	4	334	37	13	21	28	1.91
18845065--18845098	13	2.6	13	100	0	68	38	29	8	23	1.85
18851431--18851469	12	3.3	12	89	7	53	56	0	10	33	1.33
18852616--18852660	23	2.0	23	100	0	90	20	4	40	35	1.72
18852738--18852767	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
18852771--18853139	184	2.0	185	99	0	731	36	14	13	35	1.86
18858424--18858615	98	2.0	98	95	0	348	35	25	11	27	1.90
18859435--18859479	22	2.0	22	91	0	72	46	17	0	35	1.49
18859862--18859893	5	6.4	5	92	0	55	15	0	21	62	1.32
18863732--18863791	17	3.4	17	80	13	68	66	0	28	5	1.12
18863748--18863807	25	2.4	25	88	0	84	63	0	33	3	1.11
18863742--18863812	28	2.6	26	82	14	74	64	0	32	2	1.08
18890411--18890447	18	2.1	18	94	0	65	45	8	10	35	1.69
18902141--18902183	5	8.6	5	100	0	86	60	0	0	39	0.97
18902288--18902502	45	4.8	45	85	1	306	45	15	17	21	1.85
18903342--18903432	35	2.6	35	87	5	112	17	10	31	39	1.85
18909145--18909192	21	2.3	21	78	7	53	27	20	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18912753--18912801	21	2.3	21	85	0	62	18	14	40	26	1.89
18920242--18920271	14	2.1	15	93	6	53	26	0	10	63	1.26
18921225--18921265	19	2.2	20	82	8	50	29	0	29	41	1.56
18922688--18922722	17	1.9	18	88	11	54	54	0	28	17	1.43
18926518--18926592	34	2.2	34	83	4	89	20	14	32	33	1.92
18936523--18937731	20	60.5	20	98	0	2222	28	0	21	49	1.53
18938496--18938562	18	3.8	18	71	13	59	43	7	14	34	1.74
18941368--18941414	20	2.3	20	79	13	60	14	25	21	38	1.92
18942071--18942113	20	2.1	21	95	4	79	34	9	4	51	1.55
18945774--18945875	51	2.0	51	92	0	168	30	22	26	20	1.98
18948889--18948930	20	2.1	20	95	0	75	33	19	4	42	1.72
18951877--18951917	20	2.0	20	95	0	73	31	19	19	29	1.96
18952070--18952160	36	2.6	36	87	3	132	36	18	18	26	1.94
18955298--18955343	22	2.1	22	87	0	65	67	8	2	21	1.29
18963243--18963320	23	3.4	23	75	18	81	19	16	3	60	1.51
18963218--18963320	47	2.2	48	87	1	154	17	18	3	60	1.51
18965793--18966393	300	2.0	300	100	0	1202	35	23	13	27	1.93
18975489--18975579	28	3.3	27	78	3	83	35	4	18	41	1.71
18977863--18977905	22	2.0	22	86	4	61	53	11	0	34	1.37
18984104--18984130	14	1.9	14	100	0	54	44	7	7	40	1.60
18984064--18984220	48	3.0	54	87	10	218	43	8	13	33	1.75
18984172--18984239	34	1.9	35	94	5	120	42	13	14	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18984119--18984290	90	2.0	88	84	12	230	44	11	13	31	1.78
18984648--18984702	21	2.6	22	88	8	87	10	20	41	27	1.85
18986767--18986807	13	3.1	14	82	10	59	48	14	17	19	1.81
18987158--18987229	32	2.2	32	85	4	92	16	45	20	16	1.85
18996027--18996064	16	2.3	17	86	4	51	36	0	2	60	1.11
18996107--18996162	27	2.1	27	82	0	67	32	1	5	60	1.29
19002584--19002616	10	3.4	10	87	8	50	48	0	0	51	1.00
19004394--19004471	36	2.1	36	85	2	102	11	33	0	55	1.36
19018558--19018590	16	2.1	16	94	5	59	27	0	42	30	1.56
19025685--19025709	10	2.5	10	100	0	50	8	0	0	92	0.40
19026100--19026167	3	23.3	3	72	11	52	32	7	1	58	1.34
19030121--19030160	20	2.0	20	100	0	80	35	25	10	30	1.88
19036751--19037117	44	8.2	44	81	2	410	30	16	23	29	1.96
19036754--19037145	89	4.4	89	95	0	669	30	16	23	28	1.96
19037154--19037312	44	3.6	44	77	16	141	32	20	19	27	1.97
19038537--19038604	3	23.3	3	72	11	52	32	7	1	58	1.34
19038942--19038968	6	4.5	6	100	0	54	51	14	0	33	1.43
19041355--19041395	20	2.0	20	90	9	66	14	14	4	65	1.42
19042727--19042751	13	1.9	13	100	0	50	12	24	8	56	1.62
19043686--19044035	88	4.0	88	70	12	227	27	19	25	27	1.99
19043623--19043991	44	8.4	44	70	11	245	29	17	25	27	1.98
19043550--19044035	132	3.7	132	95	0	839	28	19	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19047200--19047258	11	5.4	11	100	0	118	42	0	0	57	0.98
19054970--19055073	51	2.0	51	90	0	163	47	11	14	26	1.78
19058102--19058148	21	2.3	21	88	3	69	40	10	4	44	1.59
19059652--19059724	23	3.2	23	76	7	76	26	13	30	30	1.94
19070150--19070311	70	2.3	70	77	10	188	27	35	19	17	1.94
19070249--19070340	29	3.2	28	83	6	96	27	39	19	14	1.90
19071250--19071289	20	2.0	20	100	0	80	55	10	10	25	1.64
19074014--19074148	63	2.1	64	82	9	161	22	24	28	25	1.99
19079629--19079810	87	2.1	87	95	0	328	24	19	19	36	1.95
19091124--19091173	8	6.4	8	74	21	52	0	24	2	74	0.93
19099078--19099122	23	2.0	23	86	8	65	24	22	0	53	1.46
19100503--19100543	2	20.5	2	100	0	82	48	0	51	0	1.00
19101877--19101971	29	3.3	28	72	10	75	22	33	23	21	1.97
19102476--19102526	24	2.1	24	85	7	68	80	3	9	5	1.01
19103953--19104063	47	2.4	47	80	3	134	40	22	17	19	1.91
19104056--19104106	22	2.3	22	100	0	102	41	25	11	21	1.87
19107368--19107417	6	8.2	6	86	8	66	60	36	0	4	1.16
19108212--19108292	41	2.0	41	80	9	94	24	37	22	16	1.93
19108270--19108337	29	2.3	29	82	5	84	23	32	25	19	1.97
19109896--19109965	21	3.5	19	78	9	61	35	10	10	44	1.72
19117339--19117369	10	3.0	10	90	9	53	12	9	29	48	1.73
19120014--19120038	11	2.3	11	100	0	50	16	24	0	60	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19123687--19123724	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
19131487--19131554	34	2.0	34	91	0	109	17	5	45	30	1.72
19134599--19134660	31	2.0	31	87	0	88	17	17	41	22	1.90
19136316--19136645	162	2.0	163	99	0	653	46	6	9	37	1.60
19137297--19137353	25	2.1	27	81	9	64	54	5	1	38	1.33
19147257--19147516	122	2.1	121	79	4	263	31	25	15	28	1.96
19154106--19154327	122	1.8	122	81	3	277	29	25	16	28	1.97
19155739--19155960	122	1.8	122	81	3	277	29	25	16	28	1.97
19161671--19161730	26	2.3	26	88	2	84	40	8	13	38	1.75
19161808--19161851	19	2.4	18	81	7	54	59	2	9	29	1.41
19165656--19165835	42	4.3	42	86	0	243	36	23	19	20	1.95
19175595--19175619	11	2.3	11	100	0	50	40	16	12	32	1.84
19176328--19176498	43	4.0	43	72	11	136	23	18	25	33	1.97
19181928--19181977	20	2.3	20	80	10	55	56	12	6	26	1.58
19182510--19182557	25	2.0	24	84	12	62	37	18	2	41	1.63
19183036--19183097	27	2.2	28	97	2	117	41	8	11	38	1.70
19184075--19184173	51	1.9	52	87	8	148	47	13	3	36	1.58
19184356--19184649	157	1.9	158	89	0	455	40	9	4	45	1.57
19191366--19191400	18	2.0	18	94	5	63	11	25	45	17	1.81
19208128--19208156	15	1.9	15	100	0	58	24	34	20	20	1.97
19216741--19216957	27	8.0	27	80	0	182	27	23	15	33	1.95
19216732--19216950	81	2.7	81	79	0	213	27	23	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19216748--19216957	54	3.9	54	78	0	204	26	24	15	33	1.95
19224187--19224226	16	2.5	15	88	4	53	25	0	27	47	1.52
19224170--19224521	156	2.3	155	88	1	533	31	5	20	42	1.74
19226085--19226118	17	2.0	17	88	11	52	23	41	0	35	1.55
19226544--19226598	21	2.6	21	97	0	101	65	0	9	25	1.22
19227537--19227573	17	2.2	17	90	0	56	81	2	0	16	0.81
19238876--19238950	29	2.6	29	84	0	96	30	22	13	33	1.92
19241015--19241126	61	1.9	58	87	5	161	50	4	5	40	1.45
19241100--19241173	17	4.5	17	70	16	66	54	1	4	40	1.28
19244333--19244526	68	2.8	69	80	6	198	34	15	25	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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